БиоМарт - BioMart

БиоМарт
BioMartLogo.png
Интерфейс BioMart QuickQuery
Интерфейс BioMart QuickQuery
Написано вЯва
Операционная системаUnix-подобный
Доступно ванглийский
ТипСистема федеративных баз данных
ЛицензияLGPL
Интернет сайтбиомарт.org

БиоМарт проект, управляемый сообществом, по обеспечению единой точки доступа к распределенным данные исследования. Проект BioMart вносит свой вклад программное обеспечение с открытым исходным кодом и услуги передачи данных для международных научное сообщество. Хотя программное обеспечение BioMart в основном используется биомедицинские исследования community, он разработан таким образом, что любой тип данных может быть включен в структуру BioMart. Проект BioMart зародился в Европейский институт биоинформатики как решение для управления данными[1] для Проект генома человека.[2] С тех пор BioMart превратился в многопрофильное сотрудничество с различными проектами баз данных на пяти континентах.[3][4][5][6]

Программного обеспечения

БиоМарт - это свободно доступный, Открытый исходный код, система федеративных баз данных который обеспечивает унифицированный доступ к разрозненным, географически распределенным источникам данных.[7] BioMart позволяет размещать базы данных на разных серверы для беспрепятственного представления пользователям, облегчая совместные проекты. БиоМарт содержит несколько уровней оптимизация запросов для эффективного управления большими наборами данных и предлагает разнообразный выбор графический пользовательский интерфейс и интерфейсы прикладного программирования чтобы разрешить выполнение запросов любым способом, наиболее удобным для пользователя. Возможности BioMart расширены за счет интеграции с несколькими широко используемыми программными пакетами, такими как Биокондуктор,[8] Галактика,[9] Cytoscape,[10] и Таверна.[11]

Услуги

Сообщество BioMart создало большое количество[количественно оценить ] серверов, обеспечивающих доступ к различным типам исследовательских данных. Используя технологию объединения данных BioMart, Центральный портал БиоМарт[3][5][6] была создана для обеспечения удобной единой точки доступа к растущему пулу источников данных.

Источники данных и сообщество

Существует около 40 источников данных BioMart, включая Атлас регуляторной деятельности UTR (AURA), База данных рака COSMIC, Ансамбль Геномы, HapMap, ИнтерПро, Информатика генома мыши (MGI), Рфам и UniProt. Доступ предоставляется учреждениями, включая Европейский институт биоинформатики (EBI) и Wellcome Trust Sanger Institute в Соединенном Королевстве, Лаборатория Колд-Спринг-Харбор и Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) в США и Французский национальный центр научных исследований (CNRS).[12]

Рекомендации

  1. ^ Каспрзик А., Киф Д., Смедли Д. и др. (2004). «EnsMart: универсальная система для быстрого и гибкого доступа к биологическим данным». Genome Res. 14 (1): 160–9. Дои:10.1101 / гр.1645104. ЧВК  314293. PMID  14707178.
  2. ^ Лендер Э.С., Линтон Л.М., Биррен Б. и др. (2001). "Начальная последовательность и анализ человеческого генома" (PDF). Природа. 409 (6822): 860–921. Bibcode:2001Натура.409..860л. Дои:10.1038/35057062. PMID  11237011.
  3. ^ а б Смедли Д., Хайдер С., Баллестер Б. и др. (2009). «БиоМарт - простые биологические запросы». BMC Genomics. 10: 22. Дои:10.1186/1471-2164-10-22. ЧВК  2649164. PMID  19144180.
  4. ^ Каспршик А (2011). «BioMart: движущая сила изменения парадигмы управления биологическими данными». База данных (Оксфорд). 2011: bar049. Дои:10.1093 / база данных / bar049. ЧВК  3215098. PMID  22083790.
  5. ^ а б Хайдер С., Баллестер Б., Смедли Д., Чжан Дж., Райс П., Каспршик А. (2009). «Центральный портал БиоМарт - единый доступ к биологическим данным». Нуклеиновые кислоты Res. 37 (Выпуск веб-сервера): W23–7. Дои:10.1093 / нар / gkp265. ЧВК  2703988. PMID  19420058.
  6. ^ а б Губерман Дж. М., Ай Дж., Арнаиз О. и др. (2011). «Центральный портал BioMart: открытая сеть баз данных для биологического сообщества». База данных (Оксфорд). 2011: bar041. Дои:10.1093 / база данных / bar041. ЧВК  3263598. PMID  21930507.
  7. ^ Чжан Дж., Хайдер С., Баран Дж. И др. (2011). «BioMart: среда объединения данных для крупных совместных проектов». База данных (Оксфорд). 2011: bar038. Дои:10.1093 / база данных / bar038. ЧВК  3175789. PMID  21930506.
  8. ^ Дуринк С., Моро Ю., Каспршик А., Дэвис С., Де Моор Б., Бразма А. и др. (2005). «BioMart и Bioconductor: мощная связь между биологическими базами данных и анализом данных микрочипов». Биоинформатика. 21 (16): 3439–40. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti525. PMID  16082012.
  9. ^ Лю Б., Маддури Р.К., Сотомайор Б. и др. (2014). «Облачная платформа рабочего процесса биоинформатики для крупномасштабного анализа секвенирования нового поколения». Дж Биомед Информ. 49: 119–33. Дои:10.1016 / j.jbi.2014.01.005. ЧВК  4203338. PMID  24462600.
  10. ^ Лопес CT, Франц М., Кази Ф., Дональдсон С.Л., Моррис К., Бадер Г.Д. (2010). «Cytoscape Web: интерактивный сетевой браузер». Биоинформатика. 26 (18): 2347–8. Дои:10.1093 / биоинформатика / btq430. ЧВК  2935447. PMID  20656902.
  11. ^ Вольстенкрофт К., Хейнс Р., Товарищи Д. и др. (2013). «Пакет рабочих процессов Taverna: проектирование и выполнение рабочих процессов веб-служб на настольном компьютере, в Интернете или в облаке». Нуклеиновые кислоты Res. 41 (Выпуск веб-сервера): W557–61. Дои:10.1093 / nar / gkt328. ЧВК  3692062. PMID  23640334.
  12. ^ «БиоМарт». www.biomart.org. Получено 14 июля 2016.

внешняя ссылка