C12orf66 - C12orf66

C12orf66 белок, который у человека кодируется C12orf66 ген.[1] Белок C12orf66 является одним из четырех белков в белковом комплексе KICSTOR, который негативно регулирует механистическую мишень комплекса рапамицина 1 (mTORC1 ) сигнализация.

Ген

Человек C12orf66 варианты расшифровки

C12orf66 находится на минусовой нити в локус 12q14.2.[1] C12orf66 вариант 1 имеет длину 36 Мбит / с и охватывает пары оснований 64,186,312 - 64,222,296 на хромосоме 12. Всего имеется 3 C12orf66 варианты расшифровки. C12orf66 вариант 1 - самый длинный с 4 экзонами. C12orf66 вариант 2 имеет укороченный экзон 1 и отсутствует экзон 4 по сравнению с вариантом 1. C12orf66 в варианте 3 отсутствует экзон 4.[1]

Профиль выражения для C12orf66 на различных образцах тканей в наборе GDS3834 NCBI Geo. Красные полоски представляют значения отдельных выражений и должны считаться произвольными при сравнении образцов. Синие прямоугольники представляют ранг уровня экспрессии в одном образце и должны использоваться для сравнения уровней экспрессии гена между образцами.[2]

Выражение

В людях, C12orf66 имеет более высокую экспрессию в ряде тканей, таких как эндокринные железы а также лимфоидные ткани и клетки.[2] Кроме того, C12orf66 экспрессия увеличивается при ряде видов рака, включая лейкоз, рак груди, рак шейки матки и ряд связанных с желудочно-кишечным трактом рака.[3][4] C12orf66 экспрессия выше в более раннем развитии. Ряд экспериментов с использованием различных линий эмбриональных стволовых клеток человека, ооцитов, а также эритробласты найденный C12orf66 экспрессия была увеличена в этих клетках на более раннем этапе развития, а экспрессия снизилась, когда эти клетки стали дифференцированный.[5][6][7] Кроме того, выражение C12orf66 в органах плода выше, чем C12orf66 экспрессия в одних и тех же органах взрослого человека.[2]

Протеин

Прогнозируемая структура человеческого белка C12orf66[8]

Белок C12orf66 человека состоит из 446 аминокислот в длину с молекулярной массой 50 кДалл.[1][9][10] C12orf66 содержит область неизвестной функции 2003 (DUF2003) из аминокислот 10-444.[9] DUF2003 характеризуется серией альфа-спиралей и бета-листов.[11]

Визуальное представление белка, кодируемого человеческим геном C12orf66, с предсказанными вторичными структурами и сайтами посттрансляционной модификации
C12orf66 Белок
СвойствоПрогноз
Изоэлектрическая точка9.2[12]
Сотовая связьЦитоплазма[12][13][14]
Сайты фосфорилированияT236, T282, S417[15][16]
Сайты N-миристоилированияG75, G442[15]

Функция

C12orf66 является частью более крупного белкового комплекса под названием KICSTOR. KICSTOR - это комплекс из четырех белков, кодируемых генами КПТН, ITFG2, C12orf66, и SZT2.[10] Комплекс KICSTOR играет роль в регулировании mTORC1 сигнализация. mTORC1 активирует трансляцию белка, когда в клетке имеется достаточное количество аминокислот и энергии. Это гарантирует, что рост и пролиферация клеток происходит в идеальной клеточной среде.[17] KICSTOR рекрутирует белковый комплекс GATOR1, негативный регулятор mTORC1, в правильное место на лизосоме, где происходит передача сигнала mTORC1.[10] Помимо локализации GATOR1 в лизосоме, KICSTOR также необходим для регуляции передачи сигналов mTORC1 за счет аминокислотной или глюкозной депривации. Обычно депривация аминокислот или глюкозы подавляет передачу сигналов mTORC1. Однако потеря любого одного белка в четырехбелковом комплексе KICSTOR привела к отсутствию ингибирования mTORC1 за счет лишения аминокислот или глюкозы и усилению передачи сигналов mTORC1.[10] Таким образом, KICSTOR является негативным регулятором передачи сигналов mTORC1, который функционирует путем локализации GATOR1 на лизосомной поверхности, а также ингибирования mTORC1 в периоды аминокислотной или глюкозной депривации.[10][17] Как комплекс KICSTOR напрямую ингибирует mTORC1, а также распознает аминокислотную или глюкозную депривацию, еще предстоит выяснить.

Клиническое значение

Утрата геномного локуса 12q14, содержащего ген, кодирующий человеческий белок. C12orf66 связан с рядом задержек в развитии и расстройствами нервного развития, такими как макроцефалия.[18][19][20][21] Кроме того, одно исследование показало, что уровень C12orf66 экспрессия подавляется при колоректальном раке. В этом исследовании количество C12orf66 подавление регуляции наряду с экспрессией ряда других генов использовалось как точный индикатор клинического исхода у пациентов с колоректальным раком.[4] Таким образом, уровень C12orf66 экспрессия гена отражала выживаемость этих пациентов.[4]

Белок-белковые взаимодействия

C12orf66 взаимодействует с тремя белками комплекса KICSTOR, кодируемыми генами КПТН, ITFG2, и SZT2 а также GATOR1.[10] Кроме того, предполагается, что C12orf66 взаимодействует с KRAS, DEPDC5 и C7orf60. Эти взаимодействия были обнаружены с помощью высокопроизводительной аффинно-захватывающей хроматографии.[22][23]

Гомологи

C12orf66 - это высококонсервативный белок с большим количеством ортологов и неизвестными паралогами. Список ортологов C12orf66 включает млекопитающих, птиц, рептилий, земноводных, рыб, морских червей, моллюсков, насекомых и грибов.[24][25]

Ортологи белка C12orf66
Род и видРаспространенное имяВремя с момента последнего общего предка (миллион лет назад)[26]Номер доступа (белок)[24][27]Длина последовательностиИдентификация последовательности (ALIGN)[12]Сходство последовательностей (игла EMBOSS)[28]
Homo sapiensЧеловек0 мояNP_001287869.1468 лет назад100%100%
Mus musclusДом мышь88 млн лет назадNP_766610.2445 лет назад94.5%91.7%
Gallus gallusКурица320 млн лет назадXP_416063.1446 лет назад93.3%92.3%
Тамнофис сирталисГардер Змея320 млн лет назадXP_013927488.1446 лет назад89.8%90.8%
Xenopus laevisАфриканская когтистая лягушка353 млн лет назадXP_018111484.1478 лет назад84.3%80.9%
Данио РериоДанио432 млн лет назадNP_001025261.3449 лет назад77.5%83.2%
Nematostella vectensisМорской анемон Starlett685 млн лет назадXP_001634917.1440 лет назад46.8%63.9%
Branchiostoma belcheriЛанцетник699 млн лет назадXP_019643671.1450 аа48.9%66.7%
Stegodyphus mimosarumПаук758 млн лет назадKFM75667.1492 аа40.7%52.2%
Lingula anatinaLingula758 млн лет назадXP_013389803.1438 лет назад45.5%62.0%
Saccoglossus kowalevskiiЖелудь червь758 млн лет назадXP_006818351.1421 аа45.9%60.8%
Приапул хвостатыйМорской червь758 млн лет назадXP_014664498.1442 аа43.6%59.2%
Crassostrea gigasТихоокеанская устрица758 млн лет назадXP_011430560.1451 аа42.2%59.2%
Осьминог бимакулоидныйКалифорнийский двухточечный осьминог758 млн лет назадXP_014782952.1504aa37.6%47.6%
Дафния великаяДафния758 млн лет назадJAN84465.1430 лет назад39.1%56.7%
Apis dorsataГигантская медоносная пчела758 млн лет назадXP_006624940.1428 лет назад34.9%54.0%
Polistes dominulaЕвропейская бумажная оса758 млн лет назадXP_015181516.1434 аа33.5%53.1%
Bemisia tabaciБелокрылка серебристая758 млн лет назадXP_018895945.1418 лет назад34.6%52.1%
Tribolium castaneumКрасный мучной жук758 млн лет назадKYB27801.1551 аа34.3%40.8%
Lichtheimia corymbiferaЛихтеймия1150CDH55915.1450 аа23.4%38.5%

Рекомендации

  1. ^ а б c d "C12orf66 хромосома 12 открытая рамка считывания 66 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-02-25.
  2. ^ а б c "GDS3834 / 10819". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-07.
  3. ^ Группа, Шулер. "Профиль EST - Hs.505871". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-07.
  4. ^ а б c Абдул Азиз, Нурул Айнин; Mokhtar, Norfilza M .; Харун, Рослан; Молла, доктор Манир Хоссейн; Мохамед Роуз, Иса; Сагап, Исмаил; Мохд Тамил, Азми; Ван Нга, Ван Зурина; Джамал, Рахман (01.01.2016). «Сигнатура экспрессии 19-гена как показатель выживаемости при колоректальном раке». BMC Medical Genomics. 9 (1): 58. Дои:10.1186 / s12920-016-0218-1. ISSN  1755-8794. ЧВК  5016995. PMID  27609023.
  5. ^ "GDS5408 / 1554068_s_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-07.
  6. ^ "GDS3256 / 1554067_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-07.
  7. ^ "GDS4557 / 235026_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-07.
  8. ^ Келли, Лоуренс. "Сервер распознавания складок PHYRE2". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Получено 2017-05-07.
  9. ^ а б База данных, генокарты Human Gene. «Ген C12orf66 - Генные карты | Белок CL066 | Антитело к CL066». www.genecards.org. Получено 2017-05-07.
  10. ^ а б c d е ж Вольфсон, Рэйчел Л .; Чантранупонг, Линн; Wyant, Gregory A .; Гу, Синь; Ороско, Хосе М .; Шен, Куанг; Кондон, Кендалл Дж .; Петри, Сабрина; Кедир, Джибриль (15.02.2017). «KICSTOR привлекает GATOR1 к лизосомам и необходим питательным веществам для регулирования mTORC1». Природа. 543 (7645): 438–442. Дои:10.1038 / природа21423. ISSN  1476-4687. ЧВК  5360989. PMID  28199306.
  11. ^ EMBL-EBI. «Европейский институт биоинформатики EMBL». www.ebi.ac.uk. Получено 2017-05-07.
  12. ^ а б c "SDSC Biology Workbench".[постоянная мертвая ссылка ]
  13. ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2017-05-07.
  14. ^ «SOSUI / представить последовательность белка». harrier.nagahama-i-bio.ac.jp. Получено 2017-05-07.
  15. ^ а б "Сканер мотивов". myhits.isb-sib.ch. Получено 2017-05-07.
  16. ^ "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2017-05-07.
  17. ^ а б Вулльшлегер, Стефан; Лоуит, Робби; Холл, Майкл Н. (10 февраля 2006 г.). «Передача сигналов TOR в росте и метаболизме». Клетка. 124 (3): 471–484. Дои:10.1016 / j.cell.2006.01.016. ISSN  0092-8674. PMID  16469695. S2CID  17195001.
  18. ^ Мак Кормак, Адриан; Шарп, Синтия; Грегерсен, Нерин; Смит, Уорик; Хейс, Ян; Джордж, Алиса М .; С любовью, Дональд Р. (01.01.2015). «Микроделеции 12q14: дополнительная серия случаев с подтверждением области макроцефалии». Отчеты о случаях в генетике. 2015: 192071. Дои:10.1155/2015/192071. ISSN  2090-6544. ЧВК  4525753. PMID  26266063.
  19. ^ Линч, Салли Энн; Фулдс, Никола; Турессон, Анн-Шарлотта; Коллинз, Аманда Л; Аннерен, Горан; Хедберг, Бернт-Овес; Делани, Кэрол А; Иремонгер, Джеймс; Мюррей, Кэролайн М (2017-05-02). «Синдром микроделеции 12q14: шесть новых случаев, подтверждающих роль HMGA2 в росте». Европейский журнал генетики человека. 19 (5): 534–539. Дои:10.1038 / ejhg.2010.215. ISSN  1018-4813. ЧВК  3083609. PMID  21267005.
  20. ^ Fokstuen, Siv; Коцот, Дитер (01.06.2014). «Хромосомные перестройки у пациентов с клиническими проявлениями синдрома Сильвера-Рассела». Американский журнал медицинской генетики. Часть А. 164A (6): 1595–1605. Дои:10.1002 / ajmg.a.36464. ISSN  1552-4833. PMID  24664587.
  21. ^ Мари, Франческа; Германн, Пиа; Джованнуччи-Узелли, Мария Л .; Галлуцци, Фиорелла; Скотт, Дэрил; Ли, Брендан; Реньери, Алессандра; Унгер, Шейла; Забель, Бернхард (2009-09-01). «Уточнение синдрома микроделеции 12q14: изначальная карликовость и задержка развития с остеопойкилозом или без него». Европейский журнал генетики человека. 17 (9): 1141–1147. Дои:10.1038 / ejhg.2009.27. ISSN  1476-5438. ЧВК  2986596. PMID  19277063.
  22. ^ Huttlin, Edward L .; Тинг, Лили; Брукнер, Рафаэль Дж .; Гебреаб, Фана; Гайги, Мелани П .; Шпит, Джон; Тэм, Стэнли; Заррага, Габриэла; Колби, Грег (16.07.2015). "Сеть BioPlex: систематическое исследование человеческого взаимодействия". Клетка. 162 (2): 425–440. Дои:10.1016 / j.cell.2015.06.043. ISSN  1097-4172. ЧВК  4617211. PMID  26186194.
  23. ^ Лаборатория, Майк Тайерс. "Сводка результатов C12orf66 | BioGRID". thebiogrid.org. Получено 2017-04-24.
  24. ^ а б «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-07.
  25. ^ "Человеческий поиск BLAT". genome.ucsc.edu. Получено 2017-05-07.
  26. ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 2017-05-07.
  27. ^ «Дом - Джин - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2017-05-07.
  28. ^ EMBL-EBI. «Игла EMBOSS <Парное выравнивание последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2017-05-07.