C17orf50 - C17orf50

C17orf50
Идентификаторы
ПсевдонимыC17orf50, хромосома 17 открытая рамка считывания 50
Внешние идентификаторыMGI: 1913580 ГомолоГен: 11949 Генные карты: C17orf50
Расположение гена (человек)
Хромосома 17 (человек)
Chr.Хромосома 17 (человек)[1]
Хромосома 17 (человек)
Геномное расположение C17orf50
Геномное расположение C17orf50
Группа17q12Начинать35,760,887 бп[1]
Конец35,765,079 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

146853

66330

Ансамбль

ENSG00000270806

ENSMUSG00000035085

UniProt

Q8WW18

Q8C1R3

RefSeq (мРНК)

NM_145272

NM_025492

RefSeq (белок)

NP_660315

NP_079768

Расположение (UCSC)Chr 17: 35.76 - 35.77 МбChr 11: 83.44 - 83.44 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Неохарактеризованный белок C17orf50 белок, который у человека кодируется C17orf50 ген.

Ген

Ген расположен на длинном плече хромосомы 17 на передней цепи.[5] в позиции 17q12. C17orf50 охватывает 4200 пар оснований от 35 760 897 до 35 765 079. У человека этот ген кодирует белок длиной 174 аминокислоты.[6] и имеет три экзоны.[7]

Регулирование транскрипции

Промоторная область для C17orf50 имеет длину 1417 пар оснований с регистрационным номером GXP_123003 от Геноматикс.[8] Первая половина промотора плохо сохраняется даже у приматов.[9][10][11]

Есть много сайтов связывания для факторов транскрипции, обнаруженных в мозге и эмбриональной ткани,[8] в частности, фактор домена Brn-5 POU, который имеет три сайта связывания в консервативной области промотора. Этот фактор транскрипции экспрессируется в слое IV неокортекс взрослых и на самом высоком уровне в развивающемся головном и спинном мозге.[12]

Аннотированная промоторная последовательность C17orf50, показывающая возможные сайты связывания факторов транскрипции и консервативные области

Гомология / эволюция

Ортологи этого гена существуют в эукариоты, преимущественно у млекопитающих.[9] Однако некоторые гомологи присутствуют у птиц, рептилий и земноводных. Нет паралоги этого гена. В таблице ниже представлен краткий список ортологов, позволяющих проследить эволюционную историю C17orf50.

РазновидностьРегистрационный номерДивергенция от человека (MYA)[13]Личность
Homo sapiensNP_6603150100%
Chlorocebus sabaeusXP_00800926729.4485%
Mus musculusNP_079768.29068%
Pteropus vampyrusXP_01138555817170%
Chelonia mydasEMP2888831245%
Corvus brachyrhynchosXP_01758432131244%
Анолис каролиненсисXP_00321835331237%
Xenopus tropicalisOCA3556035246%

Самый далекий обнаруженный ортолог отделился от человека примерно 352 миллиона лет назад, что указывает на то, что белок возник незадолго до этого. По сравнению с другими белками, а именно цитохром с и альфа-цепь фибриногена, не охарактеризованный белок C17orf50 - это быстро эволюционирующий белок.

Выражение

C17orf50 экспрессируется на низких уровнях в различных тканях, таких как легкие, простата, тимус, щитовидная железа, трахея, тонкий кишечник и желудок, и наиболее высоко он экспрессируется в мозге плода.[14]

Протеин

Немодифицированная молекулярная масса белка C17orf50 составляет 19,3 килодальтон. Белок имеет кластер отрицательного заряда с 21 по 52 положение; это богатый глутаматом регион.[15] Есть три сигнала ядерной локализации без других сигналов удерживания, что убедительно указывает на то, что белок локализован в ядре.[16]

Возможная структура не охарактеризованного белка C17orf50

Домены

Неохарактеризованный белок C17orf50 содержит область неизвестной функции (DUF4673) с позиции 5 по 172, что составляет большую часть белка.[7]

Посттрансляционные модификации

Неохарактеризованный белок C17orf50 содержит два потенциальных сайты сумоилирования на К7 и К12.[17][18]Возможны треонин и серин. сайты гликозилирования во всем протеине.[19]Возможный треонин, серин и тирозин сайты фосфорилирования также присутствуют.[20]

Аннотированный концептуальный перевод C17orf50

Взаимодействующие белки

Неохарактеризованный белок C17orf50 потенциально взаимодействует с белком цинкового пальца 587 (ZNF587),[21][22] который экспрессируется во всей ткани плода, включая мозг,[23] Предполагается, что ZNF587 регулирует транскрипцию.[24]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000270806 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000035085 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ "Ген: C17orf50 ENSG00000270806". Ансамбль. EMBL-EBI. Получено 6 мая 2018.
  6. ^ "неохарактеризованный белок C17orf50 [Homo sapiens]". NCBI. Национальная медицинская библиотека США. Получено 25 января 2018.
  7. ^ а б "C17orf50 хромосома 17 открытая рамка считывания 50 [ Homo sapiens (человек) ]". NCBI. Национальная медицинская библиотека США. Получено 25 января 2018.
  8. ^ а б "GXP_123003". Геноматикс. Получено 26 марта 2018.
  9. ^ а б «NCBI». Национальная медицинская библиотека США. Получено 19 февраля 2018.
  10. ^ «Выравнивание нескольких последовательностей». ClustalW. Центр биоинформатики Киотского университета. Получено 28 марта 2018.
  11. ^ "Сервер BoxShade". ExPASy. Швейцарский институт биоинформатики. Получено 28 марта 2018.
  12. ^ Андерсен Б., Шонеманн, доктор медицины, Пирс Р., Дженн К., Шугарман Дж, Розенфельд М.Г. (ноябрь 1993 г.). «Brn-5 представляет собой дивергентный фактор домена POU, высоко экспрессируемый в слое IV неокортекса». Журнал биологической химии. 268 (31): 23390–8. PMID  7901208.
  13. ^ "TimeTree". Шкала времени жизни. Институт геномики и эволюционной медицины. Получено 22 февраля 2018.
  14. ^ «Хромосома 17 открытая рамка считывания 50». UniGene. NCBI. Получено 28 марта 2018.
  15. ^ "Результаты по вакансии saps-I20180327-142242-0812-44488260-p1m". EMBL-EBI. Европейская лаборатория молекулярной биологии. Получено 17 апреля 2018.
  16. ^ «ПСОРТII». PSORTII. Получено 17 апреля 2018.
  17. ^ «Программа анализа SUMOplot». Abgent. WuXi AppTec. Получено 17 апреля 2018.
  18. ^ «Интернет-сервис GPS-SUMO». GPS. Рабочая группа по кукушке. Получено 17 апреля 2018.
  19. ^ «Сервер NetOGlyc 4.0». ДТУ Биоинформатика. Кафедра биологии и информатики здоровья. Получено 3 апреля 2018.
  20. ^ "Сервер NetPhos 3.1". ДТУ Биоинформатика. Департамент здравоохранения и биоинформатики. Получено 3 апреля 2018.
  21. ^ "Нетронутый". EMBL-EBI. Европейская лаборатория молекулярной биологии. Получено 19 апреля 2018.
  22. ^ «Юнипрот». UniProt. Консорциум UniProt. Получено 19 апреля 2018.
  23. ^ "Ensg00000198466 (ZNF587)" цинковый палец ", белок 587 человека (Homo sapiens)". Атлас выражений. EMBL-EBI. Получено 25 апреля 2018.
  24. ^ "UniProtKB - Q96SQ5 (ZN587_HUMAN)". UniProt. Консорциум UniProt. Получено 25 апреля 2018.