C19orf18 - C19orf18

Открытая рамка считывания 18 хромосомы 19 (c19orf18) представляет собой белок, который у человека кодируется геном c19orf18. Ген является эксклюзивным для млекопитающие и предполагается, что белок будет иметь трансмембранный домен и растяжение спиральной катушки.[1] Этот белок имеет функцию, которая еще не полностью изучена научным сообществом.

Ген

Расположение c19orf18 на 19 хромосоме

Псевдонимы этого гена включают MGC41906 и LOC147685.[1] Ген расположен на хромосома 19 при 19q13.43.[2] Ген охватывает от 58 485 905 пар оснований до 58 469 805 пар оснований на минусовой цепи и содержит 6 экзоны и 5 интроны.[1] Транскрипция этого гена продуцирует одну сплайсированную мРНК, которая кодирует белок c19orf18.

Выражение

Уровни экспрессии c19orf18 в различных тканях человека

C19orf18 это повсеместно выраженный на умеренных уровнях.[1] У людей более высокая экспрессия наблюдается в яичках, простате, легких, печени, поджелудочной железе, матке, сердце и других соединительных тканях.[3][4]

Гомология

Паралоги

Нет известных паралоги этого гена в геноме человека.[5]

Ортологи

Ген присущ только млекопитающим.[1] В трансмембранный домен является наиболее консервативным регионом среди близких ортологи и далекий гомологи. В следующей таблице представлены некоторые ортологи, найденные при поиске в ВЗРЫВ.[6] Этот список не содержит всех ортологов для c19orf18. Он предназначен для отображения разнообразия видов, для которых найдены ортологи. Они сортируются по дате расхождения, а затем по сходству белков.

РазновидностьДата расхождения (MYA)Регистрационный номерДлина последовательности (аа)ЛичностьСходство
Homo sapiens (Люди)0NP_689687.1215100%100%
Pongo abelii (Орангутанг)15.2XP_002829939.121692%94%
Rhinopithecus roxellana (Золотая курносая обезьяна)28.1XP_010385277.121684%90%
Карлито Сиричта (Филиппинский долгопят)66.7XP_008066887.121770%81%
Отолемур гранаттий (Галаго)73XP_012663984.118350%62%
Mus musculus (Мышь)88XP_017167821.118346%63%
Oryctolagus cuniculus (Европейский кролик)88XP_008247222.124249%62%
Ринолофус синусовый (Подкова)94XP_019567114.128470%82%
Vicugna pacos (Альпака)94XP_015107013.121465%80%
Обыкновенная волчанка (Собака)94XP_005616108.122349%61%
Bos taurus (Корова)94XP_015313970.125044%53%
Орниторинхус анатинус (Утконос)169XP_007664656.130834%57%

Протеин

Кодирующая последовательность содержит 215 аминокислот. Молекулярная масса c19orf18 составляет 24,151 кдал, а изоэлектрическая точка для нефосфорилированного состояния составляет 9,06.[7] Последовательность белка богата лейцин и не хватает триптофан, цистеин, и тирозин. Имеется кластер отрицательного заряда от аминокислот 149 до 172.[8]

Структура

Прогнозируемая структура белка c19orf18

Между GOR4, CFSSP и PHYRE2 существует межпрограммный консенсус о том, что структура белка в основном содержит спиральные области и альфа спирали.[9][10][11]

Топология

Предполагается, что белковая последовательность содержит сигнальный пептид (От 1 аа до 24 аа), внеклеточный домен (От 25 до 100 а.о.), а трансмембранный домен (От 101 до 121 аминокислот) и цитоплазматический домен (от 122 до 215 аминокислот).[12]

Субклеточная локализация

PSORTII и CELLO предсказали, что белок человека будет локализоваться в плазматическая мембрана и часть его будет во внеклеточной области.[13][14] Иммунофлуоресцентное окрашивание линии клеток человека U-2 OS показывает локализацию в аппарат Гольджи.[15]

Функция

Белковые взаимодействия

Было предсказано, что белок C19orf18 взаимодействует с несколькими белками, перечисленными в таблице ниже. Взаимодействия были идентифицированы и проверены посредством аффинного захвата-МС.[16]

Предсказанное название взаимодействующего белкаСчетЭкспериментальная проверка
Взаимодействующий белок 1 семейства Nedd40.9165Захват сродства-МС
Рецептор активина А, тип IIA0.7829Захват сродства-МС
Синтаксин 60.9679Захват сродства-МС
Костный рецептор морфогенетического белка типа 1А0.8914Захват сродства-МС
Рецептор фактора роста фибробластов 20.8789Захват сродства-МС
Связанный с микрофибриллами белок 30.8756Захват сродства-МС

Белок C19orf18 взаимодействует с взаимодействующим белком 1 семейства Nedd4 (NDFIP1), который способствует гибели бета-клеток поджелудочной железы, снижает секрецию инсулина.[17] Рецептор активина A типа 2A (ACVR2A) представляет собой трансмембранный рецептор, который участвует в связывании лиганда и опосредует функции активины.[18] Syntaxin 6 участвует в транспортировке пузырьков транс-сети Гольджи, возможно, нацеливаясь на эндосомы в клетках млекопитающих.[19] Костный рецептор морфогенетического белка типа 1А (BMPR1A) экспрессируется почти исключительно в скелетных мышцах и является регулятором транскрипции.[20] Рецептор 2 фактора роста фибробластов (FGFR2) играет важную роль в регуляции дифференцировки, пролиферации и апоптоза остеобластов и необходим для нормального развития скелета.[21] Связанный с микрофибриллами белок 3 (MFAP3) имеет функцию, которая не совсем понятна, но может участвовать в ядерной передаче сигналов и может играть роль в метастаз.[22]

Клиническое значение

Ассоциация болезней

Белок c19orf18 подавляется в панкреатический рак[23] и содержит сайты CpG, реплицируемые для связи с эпителиальный рак яичников риск.[24] Экспрессия гена также снижается в тератозооспермия[25] и увеличивается выражение в синдром поликистоза яичников.[26] Ген также может участвовать в рак простаты и различные опухоли[3]

Рекомендации

  1. ^ а б c d е [email protected], Даниэль Тьерри-Миг и Жан Тьерри-Миег, NCBI / NLM / NIH. «AceView: Gene: C19orf18, исчерпывающая аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-26.
  2. ^ «Открытая рамка считывания 18 хромосомы 19 C19orf18 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-26.
  3. ^ а б "Профиль EST - Hs.134209". Профили EST.
  4. ^ "GDS3113 - Профили GEO - NCBI". GEO профили.
  5. ^ "C19orf18 Gene - Генные карты". Генные карты - База данных генов человека.
  6. ^ «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». Инструмент поиска NIH Basic Local Alignment Search.
  7. ^ "C19orf18 (человек)". PhosphoSitePlus.
  8. ^ «Результаты SAPS». EMBL-EBI.
  9. ^ «ПРОГНОЗ ВТОРИЧНОЙ СТРУКТУРЫ GOR IV». Центр биоинформатики PRABI Рона-Альпы.
  10. ^ Ашок Кумар, Т. "CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman". www.biogem.org.
  11. ^ Келли, Лоуренс. "Сервер распознавания складок PHYRE2". www.sbg.bio.ic.ac.uk.
  12. ^ «C19orf18 - не охарактеризованный белок-предшественник C19orf18 - Homo sapiens (человек) - ген и белок C19orf18». UniProt.
  13. ^ «Прогноз PSORT II». PSORTII.
  14. ^ "CELLO: система прогнозирования субклеточной локализации". Центр молекулярной биоинформатики. Архивировано из оригинал на 2016-03-04.
  15. ^ "C19orf18". Атлас белков человека.
  16. ^ Тайерс, Майк. "Сводка результатов C19orf18". BioGRID.
  17. ^ «NDFIP1 - белок 1, взаимодействующий с семейством NEDD4 - Homo sapiens (человек) - ген и белок NDFIP1». UniProt.
  18. ^ «Рецептор активина А ACVR2A типа 2А [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». Ген.
  19. ^ Бок, Дж. Б.; Кламперман, Дж; Давангер, S; Шеллер, Р. Х (июль 1997 г.). «Синтаксин 6 функционирует в переносе пузырьков сети Гольджи». Молекулярная биология клетки. 8 (7): 1261–1271. Дои:10.1091 / mbc.8.7.1261. ISSN  1059-1524. ЧВК  276151. PMID  9243506.
  20. ^ "Ген BMPR1A - GeneCards | Белок BMR1A | Антитело BMR1A". Генные Карты Человеческий Ген.
  21. ^ «FGFR2 - предшественник рецептора 2 фактора роста фибробластов - Homo sapiens (человек) - ген и белок FGFR2». UniProt.
  22. ^ «MFAP3L - предшественник микрофибриллярно-ассоциированного белка 3-подобного типа - Homo sapiens (человек) - ген и белок MFAP3L». UniProt.
  23. ^ Маклер, Эми; Нараянан, Рамасвами (01.05.2017). «Разработка экзосомальных генов для целей рака поджелудочной железы». Геномика рака - Протеомика. 14 (3): 161–172. Дои:10.21873 / cgp.20028. ISSN  1109-6535. ЧВК  5420817. PMID  28446531.
  24. ^ Фридли, Брук Л .; Armasu, Sebastian M .; Cicek, Mine S .; Larson, Melissa C .; Ван, Чен; Уинхэм, Стейси Дж .; Kalli, Kimberly R .; Koestler, Devin C .; Райдер, Дэвид Н. (28 апреля 2014 г.). «Метилирование ДНК лейкоцитов и рак яичников: взаимосвязь со статусом заболевания и исходом». BMC Medical Genomics. 7: 21. Дои:10.1186/1755-8794-7-21. ISSN  1755-8794. ЧВК  4102255. PMID  24774302.
  25. ^ "GDS2697 - Профили GEO - NCBI". GEO профили.
  26. ^ "GDS4399 - Профили GEO - NCBI". GEO профили.

внешняя ссылка

  • СМИ, связанные с C19orf18 в Wikimedia Commons