C2orf73 - Википедия - C2orf73
| C2orf73 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | C2orf73, хромосома 2 открытая рамка считывания 73 | ||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI: 1922337 ГомолоГен: 18988 Генные карты: C2orf73 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ортологи | |||||||||||||||||||||||||
| Разновидность | Человек | Мышь | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ансамбль | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (мРНК) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (белок) | |||||||||||||||||||||||||
| Расположение (UCSC) | Chr 2: 54,33 - 54,38 Мб | Chr 11: 30.43 - 30.47 Мб | |||||||||||||||||||||||
| PubMed поиск | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Неохарактеризованный белок C2orf73 это белок что у людей кодируется C2orf73 ген. Предполагается, что белок будет локализован в ядро.
Ген
Полный ген охватывает в общей сложности 53 712 человек. пар оснований и содержит девять экзоны. Расположение гена в геноме человека указано хромосома 2 в положении 2p16.2 и фланкируется генами ACYP2 и СПТБН1.[5] У этого гена нет псевдонимов.
мРНК
Главная мРНК продуцируется геном C2or73 - 1921 г. нуклеотиды длинный. Есть шесть других мРНК изоформы произведено альтернативное сращивание и вариация длины экзона.[6]
| Изоформа | Экзоны | Длина мРНК (оснований) |
|---|---|---|
| Начальный | 2, 3, 5, 6, 7 | 1921 |
| X1 | 2, 3, 5, 6, 7 (усеченный), 8, 9 | 1726 |
| X2 | 2, 3 (усеченный), 5, 6, 7 (усеченный) | 971 |
| X3 | 2 (усеченный), 5, 6, 7 (усеченный) | 868 |
| X4 | 4, 5, 6, 7 (усеченный) | 951 |
| X5 | 1, 5, 6, 7 (усеченный) | 1049 |
| X6 | 2, 3, 5, 7 (усеченный) | 1034 |
Протеин
Белок имеет молекулярную массу 32142 Дальтон.[7] Есть четыре изоформы белка. Первичная изоформа (X1) - 287 аминокислоты длинный.[8]
C2orf73 содержит короткий мотив последовательности, GDWWSH (этот мотив еще не имеет известной функции). Белок богат лизином и беден лейцином по сравнению с содержанием среднего гена человека и имеет прогнозируемый изоэлектрическая точка из 9.305.[9]
| Изоформа | Из изоформы мРНК | Длина (аминокислоты) | Молекулярный вес (кДа) | Изоэлектрическая точка |
|---|---|---|---|---|
| X1 | Первичный, X1 | 287 | 32.1 | 9.305 |
| X2 | X2 | 229 | 25.4 | 9.120 |
| X3 | X3, X4, X5 | 166 | 18.1 | 9.703 |
| X4 | X6 | 143 | 16.7 | 8.790 |
Структура
Трехмерная структура C2orf73 экспериментально еще не определена. Вычислительный прогноз, сделанный И-ТАССЕР представлен справа.[10]
Инструмент PELE на Biology Workbench предсказывает три вероятных α-спирали и один β-цепь в белке.[14]
Пост-трансляционные модификации
Инструменты GPS, NetPhos, MyHits и SUMOsp на ExPASy[15] прогнозировать потенциал посттрансляционные модификации для белка. Шесть потенциальных сайты фосфорилирования и один сайт сумоилирования предсказаны.
Субклеточная локализация
PSORT II предсказывает локализацию C2orf73 в ядре.[16] Это подтверждается предсказанным присутствием сайта сумоилирования, который участвует в ядерный цитоплазматический транспорт.[17]
Выражение
GEO профили из NCBI показывают, что C2orf73 слабо экспрессируется в следующих тканях у людей: Костный мозг, печень, сердце, легкие, мозг, спинной мозг, скелетные мышцы, вилочковая железа, и эпителий.[18]
Регулирование выражения
В Геноматикс Инструмент Эльдорадо предсказывает многие факторы транскрипции иметь высокую аффинность связывания в 1100 парах оснований перед C2orf73. Многие факторы транскрипции обычно регулируют такие процессы, как развитие клеток и дифференциация, смерть клетки, а клеточный цикл.[19]
Взаимодействующие белки
Экспериментально установлено, что три белка взаимодействуют с C2orf73 через Двугибридные дрожжи эксперименты.[20]
- FCH и двойные SH3-домены 2 (FCHSD2 ) - Функция еще не определена
- Белки семейства B теплового шока, член 1 (HSPB1 ) - способствует устойчивости клеток к стрессу
- SH3-домен связывающий белок 4 (SH3BP4 ) - участвует в эндоцитоз конкретных рецепторы клеточной поверхности
Функция
Функция C2orf73 в настоящее время недостаточно изучена научным сообществом или кем-либо еще.
Гомология
Нет паралоги C2orf73 в геноме человека. Ортологи встречаются повсюду, но ограничиваются этим типом Хордовые (за некоторыми исключениями в других типах королевства Animalia, словно Осьминог бимакулоидный ).[21]
| Разновидность | Распространенное имя | Регистрационный номер NCBI | Длина последовательности (AA) | Миллионы лет с тех пор LCA[22] | % Личность | % Сходства |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Человек | NP_001093866.1 | 287 | - | - | - |
| Heterocephalus glaber | Голый землекоп | XP_004867342.1 | 235 | 90 | 62.2 | 68.2 |
| Mus musculus | Мышь | NP_001093864.1 | 233 | 90 | 54.9 | 62.8 |
| Fukomys damarensis | Дамаралендский землекоп | XP_010614136.2 | 288 | 90 | 75.0 | 83.7 |
| Pteropus vampyrus | Большая летучая лисица | XP_011362281.1 | 291 | 96 | 77.7 | 82.8 |
| Eptesicus fuscus | Большая коричневая летучая мышь | XP_008160678.1 | 321 | 96 | 61.8 | 67.6 |
| Ринолофус синусовый | Китайская румяная подковообразная летучая мышь | XP_019575083.1 | 301 | 96 | 71.4 | 79.4 |
| Erinaceus europaeus | Европейский ёжик | XP_007528011.1 | 284 | 96 | 63.8 | 71.4 |
| Condylura cristata | Звездноносая родинка | XP_012586937.1 | 291 | 96 | 69.8 | 79.0 |
| Camelus ferus | Дикий двугорбый верблюд | XP_006174505.1 | 291 | 96 | 75.6 | 83.2 |
| Capra hircus | Козел | XP_013823176.1 | 285 | 96 | 73.1 | 77.9 |
| Bos taurus | Крупный рогатый скот | NP_001094753.1 | 290 | 96 | 75.5 | 81.0 |
| Panthera pardus | Леопард | XP_019277335.1 | 292 | 96 | 75.0 | 82.2 |
| Ursus maritimus | Полярный медведь | XP_008698084.1 | 290 | 96 | 77.3 | 84.5 |
| Falco peregrinus | Сапсан | XP_013152712.1 | 231 | 312 | 36.2 | 44.6 |
| Аптерикс мантелли | Коричневый киви Северного острова | XP_013805202.1 | 197 | 312 | 36.9 | 41.9 |
| Питон бивиттатус | Бирманский питон | XP_007425859.1 | 314 | 312 | 30.8 | 45.0 |
| Анолис каролиненсис | Каролина анол | XP_003216202.2 | 320 | 312 | 35.3 | 42.7 |
| Xenopus laevis | Африканская когтистая лягушка | XP_018118010.1 | 307 | 352 | 36.9 | 52.2 |
| Nanorana parkeri | Лягушка | XP_018419829.1 | 307 | 352 | 36.4 | 45.8 |
| Callorhinchus milii | Австралийская акула-призрак | XP_007890694.1 | 293 | 473 | 28.0 | 34.9 |
| Циона кишечника | Морской брызг | XP_002125895.1 | 235 | 676 | 22.4 | 34.5 |
| Осьминог бимакулоидный | Калифорнийский двухточечный осьминог | XP_014784430.1 | 242 | 797 | 22.4 | 30.0 |
| Saccoglossus kowalevskii | Желудь червь | XP_002735239.2 | 232 | 684 | 17.9 | 27.9 |
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000177994 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000040919 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Открытая рамка считывания 73 (C2orf73) хромосомы 2 человека (Homo sapiens), мРНК - нуклеотид - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 28 апреля 2017.
- ^ «Открытая рамка считывания 73 хромосомы 2 C2orf73 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 28 апреля 2017.
- ^ «Ген C2orf73 - GeneCards | Белок CB073 | Антитело CB073». www.genecards.org. Получено 28 апреля 2017.
- ^ «Открытая рамка считывания 73 хромосомы 2 C2orf73 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 28 апреля 2017.
- ^ "SDSC Biology Workbench". workbench.sdsc.edu. Получено 28 апреля 2017.
- ^ «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 28 апреля 2017.
- ^ Чжан И (январь 2008 г.). «Сервер I-TASSER для предсказания трехмерной структуры белков». BMC Bioinformatics. 9 (1): 40. Дои:10.1186/1471-2105-9-40. ЧВК 2245901. PMID 18215316.
- ^ Ян Дж., Ян Р., Рой А., Сюй Д., Пуассон Дж., Чжан И. (январь 2015 г.). «I-TASSER Suite: предсказание структуры и функции белков». Методы природы. 12 (1): 7–8. Дои:10.1038 / nmeth.3213. ЧВК 4428668. PMID 25549265.
- ^ Рой А., Кучукурал А., Чжан И. (апрель 2010 г.). «I-TASSER: единая платформа для автоматизированного прогнозирования структуры и функции белков». Протоколы природы. 5 (4): 725–38. Дои:10.1038 / nprot.2010.5. ЧВК 2849174. PMID 20360767.
- ^ "SDSC Biology Workbench". workbench.sdsc.edu. Получено 28 апреля 2017.
- ^ "ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике - Категории". www.expasy.org. Получено 28 апреля 2017.
- ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 28 апреля 2017.
- ^ Hay RT (апрель 2005 г.). «СУМО: история изменений». Молекулярная клетка. 18 (1): 1–12. Дои:10.1016 / j.molcel.2005.03.012. PMID 15808504.
- ^ «Главная - ГЕО - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 28 апреля 2017.
- ^ «Genomatix - Анализ данных NGS и персонализированная медицина». www.genomatix.de. Получено 28 апреля 2017.
- ^ "PSICQUIC View". www.ebi.ac.uk. Получено 28 апреля 2017.
- ^ Альтшул С.Ф., Мэдден Т.Л., Шеффер А.А., Чжан Дж., Чжан З., Миллер В., Липман Д.Д. (сентябрь 1997 г.). «Gapped BLAST и PSI-BLAST: новое поколение программ поиска по базе данных белков». Исследования нуклеиновых кислот. 25 (17): 3389–402. Дои:10.1093 / nar / 25.17.3389. ЧВК 146917. PMID 9254694.
- ^ «Дерево времени :: Шкала времени жизни». www.timetree.org. Получено 28 апреля 2017.