CCDC92 - CCDC92

CCDC92
Идентификаторы
Символ?
Альт. именаЛимкаин бета-2

CCDC92, или же Лимкаин бета-2, представляет собой белок, который у человека кодируется геном CCDC92. Вероятно, он участвует в реакциях восстановления или восстановления / окисления ДНК. Этот ген повсеместно встречается у людей и очень высок. консервированный через животных.[1][2]

Ген CCDC92 расположен в цитогенном месте 12q24.31 и имеет длину 36 576 оснований с девятью экзонами.[3] который кодирует белок длиной 331 аминокислоту.

Протеин

Белок CCDC92 (инвентарный номер: NP_079416 ) находится в ядре[4] в людях. Он имеет один домен, домен 92 со спиральной спиралью, из аминокислот 23-82, функция которого неизвестна. Белок богат гистидином и глутаминовой кислотой и имеет дефицит фенилаланина. Он имеет молекулярную массу 37 кДал, PI 9,3 и не имеет заряженных доменов, гидрофобных доменов или трансмембранных доменов. CCDC92 имеет консервативные предсказанные сайты фосфорилирования в S211, S325, T21, T52, T122, Y130[5] и консервативные сайты гликозилирования в S183 и T244.[6]

Последовательность

mtsphfssyd egpldvsmaa tnlenqlhsa qknllflqre hastlkglhs eirrlqqhct dltyeltvks seqtgdgtsk sselkkrcee leaqlkvken enaellkele qknamitvle ntikerekky leelkakshk ltllsseleq rastiaylts qlhaakkklm sssgtsdasp sgspvlasyk pappkdklpe tprrrmkksl saplhpefee vyrfgaesrk lllrepvdam pdptpfllar esaevhlike rplvippias drsgeqhspa rekphkahvg vahrihhatp pqaqpevktl avdqvnggkv vrkhsgtdrt v

Структура

Рядом с началом белка есть большой альфа-спиральный участок, который простирается примерно до середины белка, затем два меньших спиральных участка находятся ближе к концу (см. Концептуальный перевод ниже).

Прогнозируемая третичная структура (И-ТАССЕР )

Третичная структура CCDC92 была предсказана с использованием И-ТАССЕР и показан справа. I-TASSER умеренно уверен в надежности этой конструкции (C-Score -1,61). Эта структура очень похожа на структуру антипараллельного домена в белке PcsB Streptococcus pneumoniae. Этот белок участвует в расщеплении клеточной стенки, однако функция антипараллельного домена неизвестна.

Выражение

GEO Профиль экспрессии CCDC92 у человека. Синие точки указывают процентиль, при котором белок экспрессировался в этой ткани по сравнению со всеми другими белками.

У людей CCDC92 экспрессируется повсеместно на среднем или высоком уровне (показано справа).[2] У собак и мышей он экспрессируется повсеместно, но на значительно более низких уровнях.[7][8]

Ортологи

Скорректированные изменения аминокислот на 100 (м) по сравнению с миллионами лет, прошедшими с тех пор, как вид отделился от человека, определяет, насколько быстро изменяется белок. Фибриноген и цитохром C даны для справки.

CCDC92 имеет ортологи еще у желудевого червя,[9] который отделился от человека 750 миллионов лет назад.[10] Наиболее консервативным доменом является домен 92 со спиральной спиралью, который у человека представляет собой аминокислоты 23-83.[11] Эта область не имеет известных функций и не присутствует ни в одном другом гене.

CCDC92 имеет 54% сходства с белком SPPG_05228 гриба Spizellomyces punctatus.[9] Spizellomyces punctatus имеет участок длиной 8 аминокислот (LKGLHSEI), который идеально соответствует спирально-спиральному домену 92 варианта человека. Эта последовательность присутствует в основном в белках, которые участвуют в реакциях восстановления / окисления, а некоторые связываются с ДНК.[12]

ТаксонРаспространенное имяДата расхожденияНомер доступаДлинаЛичностьСходство
Homo sapiensЧеловек0 мояNP_079416331 аа100%100%
Пан панискусБонобо6,6 млн лет назадXP_003812138331 аа99%100%
Mus musculusДомовая мышь90,9 млн лет назадNP_659068314 лет назад87%92%
Ceratotherium simum simumБелый носорог97,5 млн лет назадXP_014642670314 лет назад90%94%
Ocrycteropus aferТрубкозуб105,0 млн лет назадXP_007936428276 лет назад69%76%
Мелеагрис галлапавоДикая индейка320,5 млн лет назадXP_010718371315 лет назад86%92%
Аллигатор миссисипиенсисАмериканский аллигатор320,5 млн лет назадKQL90045338 лет назад86%91%
Питон бивиттатусБирманский питон320,5 млн лет назадXP_007424723335 лет назад84%91%
Xenopus tropicalisЗападная когтистая лягушка355,7 млн ​​лет назадXP_012821424357 лет назад76%87%
Salmo salarАтлантический лосось429,6 млн лет назадNP_001167260332 аа71%83%
Callorhinchus miliiАвстралийская акула-призрак482,9 млн лет назадXP_007905974320 лет назад72%83%
Данио РериоДанио429,6 млн лет назадNP_001032794349 лет назад62%74%
Saccoglossus kowalevskiiЖелудь червь747,8 млн лет назадXP_002731228316 аа34%55%
Spizellomyces punctatusСпизелломицеты1302,5 млн лет назадKNC99855363 аа40%54%

Функция

Точная функция CCDC92 окончательно не известна. Однако на основании взаимодействующих белков, консервативных последовательностей и субклеточной локализации (ядра) можно определить, что вероятной функцией CCDC92 является репарация ДНК.

Взаимодействующие белки[13]

Взаимодействующий белокФункция белка
CEP164Ремонт ДНК УФ
CHGBНеизвестный
UCH37Ремонт ДНК, рекомбинация; разрывает связанные цепи Lys-48
RPN9Регуляторная субъединица для расщепления АТФ убиквитинированных белков
аспСПрисоединяет глутамат к тРНК
ppsAФосфорилирует пируват до фосфоенолпирувата
ASPP2Регулирует апоптоз
TRIM27Опосредует образование полиубиквитиновых цепей, связанных с Lys-48
ELAVL1РНК-связывающий белок, повышающий стабильность; участвует в дифференцировке эмбриональных стволовых клеток

Клиническое значение

GEO Профиль GDS4006. Наблюдает за эффектом ингибитора гистондеацетилазы и гипометилирующего агента на уровни CCDC92.
GEO-профиль CCDC92 для эксперимента GDS3049. Наблюдает за уровнями экспрессии в присутствии и в отсутствие ингибитора тирозинкиназы (имантиниба)

В крупных В-клеточных лимфатических линиях экспрессия CCDC92 повышается в присутствии ингибитор гистондеацетилазы (Панобиностат ) или гипометилирующий агент (Децитабин ).[14] Он еще больше увеличивается, когда эти два препарата комбинируются и повышают экспрессию до 10 процентилей. В линии лейкозных клеток экспрессия CCDC92 также увеличивается в присутствии ингибитор тирозинкиназы, Имантиниб[15]

Эти два изменения могут быть значительными, если CCDC92 участвует в ремонте поврежденных онкогены. Если бы это было так, любой из фармацевтических препаратов, повышающих экспрессию CCDC92, можно было бы использовать для введения большего количества его в организм, чтобы найти поврежденные последовательности ДНК и восстановить их.

Рекомендации

  1. ^ Страница GeneCards для CCDC92
  2. ^ а б NCBI GEO Профиль CCDC92 для эксперимента GDS596 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/4697540
  3. ^ Запись NCBI Gene для CCDC92
  4. ^ Прогнозирование k-NN PSORT2 для CCDC92
  5. ^ Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Последовательность и предсказание на основе структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии. 294 (5): 1351–62. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  6. ^ Стентофт С., Вахрушев С.Ю., Джоши Х.Дж., Конг Й., Вестер-Кристенсен МБ, Шьольдагер К.Т., Лаврсен К., Дабелстин С., Педерсен Н. Б., Маркос-Сильва Л., Гупта Р., Беннетт Е. П., Мандель Ю., Брунак С., Вандалл Х. Х., Левери SB, Clausen H (май 2013 г.). «Прецизионное картирование гликопротеома O-GalNAc человека с помощью технологии SimpleCell». Журнал EMBO. 32 (10): 1478–88. Дои:10.1038 / emboj.2013.79. ЧВК  3655468. PMID  23584533.
  7. ^ NCBI GEO Profile для CCDC92 в эксперименте GDS3142
  8. ^ NCBI GEO Профиль CCDC92 для эксперимента GDS4164.
  9. ^ а б Запрос NCBI BLAST для Homo sapiens CCDC92 (инвентарный номер NP_079416)
  10. ^ Запрос временного дерева для сравнения Homo sapiens и Saccoglossus kowalevskii
  11. ^ Регистрационный номер NCBI NP_079416
  12. ^ Запрос NCBI BLAST для последовательности "LKGLHSEI"
  13. ^ Европейский институт биоинформатики PSICQUIC Просмотр Запрос для CCDC92
  14. ^ NCBI GEO Профиль CCDC92 для эксперимента GDS4006 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS4006:ILMN_1731107
  15. ^ NCBI GEO Профиль CCDC92 для эксперимента GDS3049 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS3049:218175_at

Источники