CYANA (программное обеспечение) - CYANA (software)

ЦИАНА
Оригинальный автор (ы)Петер Гюнтерт
Стабильный выпуск
2.1 / 1 июля 2005 г.; 15 лет назад (2005-07-01)
Предварительный выпуск
3.96 / 5 марта 2013; 7 лет назад (2013-03-05)
Операционная системаLinux, FreeBSD, Unix и подобно операционные системы, Майкрософт Виндоус, Mac OS X
ТипВычислительная химия
Интернет сайтwww.cyana.org

ЦИАНА (cкомбинированное назначение и dуNamics аалгоритм для NМИСТЕР аpplications) - программа для автоматизированного расчета структуры биологических макромолекул на основе конформационных ограничений из ядерный магнитный резонанс (ЯМР). Сочетание автоматизированных ядерная спектроскопия эффекта Оверхаузера (NOESY) кросс-пиковое задание, расчет конструкции с помощью алгоритма быстрой динамики торсионного угла.

Пакет CYANA включает в себя предыдущую систему DYANA, которая использует моделирование отжига в сочетании с молекулярной динамикой в ​​пространстве торсионных углов (динамика торсионных углов). Целевая функция используется в качестве потенциальной энергии, и система может уйти от локальных минимумов целевой функции, поскольку она связана с температурной баней, которая медленно охлаждается от своей начальной высокой температуры.[1][2]

Программное обеспечение написано на стандартном Fortran 77, а также имеет интерактивный командный язык, который позволяет использовать математические и символьные выражения Fortran 77, макросы, потоки управления и распараллеливание. Стандартные протоколы также написаны на этом командном языке и могут быть изменены пользователем без изменения исходного кода.[3]

Рекомендации

  1. ^ Гюнтерт П., Мументхалер К. и Вютрих К. (1997). Динамика торсионных углов для расчета структуры ЯМР с помощью новой программы DYANA. Журнал молекулярной биологии 273, 283-298.
  2. ^ Гюнтерт, П. (2004). Автоматический расчет структуры белка ЯМР с помощью CYANA. Методы молекулярной биологии. 278, 353-378.
  3. ^ Руководство INCLAN

внешняя ссылка