Темный гаситель - Википедия - Dark quencher

А темный тушитель (также известный как темный присоска) - вещество, поглощающее энергию возбуждения от флуорофор и рассеивает энергию как высокая температура; в то время как типичный (флуоресцентный) тушитель повторно излучает большую часть этой энергии в виде свет.[1] Темные тушители используются в молекулярная биология в сочетании с флуорофорами. Когда они находятся близко друг к другу, например, в молекуле или белке, излучение флуорофора подавляется. Этот эффект можно использовать для изучения геометрии и движения молекул.

Пример его использования есть в TaqMan или анализ захватчика, Генотипирование SNP методы. Например, петля для шпильки с флуорофор и тушитель у основания используется стебель. Немеченый SNP-специфический праймер для ПЦР (один из многих) со специфическим 5'-концом связывается с исследуемой последовательностью, а taq-полимераза удлиняет последовательность, которая будет иметь специфический 5'-конец, зависящий от SNP (нечувствительный к полиморфизму перед рассматриваемый SNP). При следующем запуске грунтовка, дополняющая этот хвост, с помощью шпильки удлиняется петля. В следующем прогоне удлинение дополнительной пряди приведет к линеаризации шпильки, разделяющей флуорофор и тушитель. Альтернативой использованию тушителей является использование FRET где комбинация двух красителей дает сигнал.[2]

Режим работы

Темные тушители - это красители без родных флуоресценция. До последних нескольких лет гасители обычно представляли собой второй флуоресцентный краситель, например флуоресцеин в качестве репортера и тетраметилродамин в качестве гасителя (зонды FAM / TAM). Однако гасящая флуоресценция может увеличивать фоновый шум из-за перекрытия спектров тушительной и репортерной флуоресценции. Это ограничение часто требует использования сложного анализа данных и оптических фильтров. Темные гасители предлагают решение этой проблемы, потому что они не занимают полосу излучения. Кроме того, темные тушители позволяют мультиплексировать (когда два или более зондов репортер-тушитель используются вместе).

Флуоресцентные красители поглощают свет, что переводит краситель в возбужденное состояние; краситель возвращается в основное состояние из возбужденного состояния, испуская свет (флуоресценция). В системе репортер - тушитель краситель безызлучательно (без света) передает энергию тушителю. Это возвращает краситель основное состояние и генерирует возбужденное состояние тушителя. Затем тушитель возвращается в основное состояние за счет эмиссионного распада (флуоресценция ) или безызлучательно (тушение темноты). При безызлучательном или темновом распаде энергия выделяется посредством молекулярных колебаний (тепла). При типичной концентрации зонда в мкМ или менее тепло от безызлучательного распада слишком мало, чтобы повлиять на температуру раствора.

Примеры темных тушителей

  • Дабсыл (диметиламиноазобензолсульфоновая кислота) абсорбируется в зеленом спектре и часто используется с флуоресцеином. (Dabsyl имеет почти идентичную абсорбцию, но имеет сульфонилхлорид для образования более стабильных конъюгатов вместо сукцинимидилового эфира).
  • Тушители черной дыры способны гасить во всем видимом спектре.
  • Qxl гасители охватывают весь видимый спектр.
  • Айова черный FQ поглощает в зелено-желтой части спектра.
  • Айова Блэк RQ блоки в оранжево-красной части спектра.
  • IRDye QC-1 тушит красители от видимого до ближнего инфракрасного диапазона (500-900 нм).[3]

Рекомендации

  1. ^ Остерман, Х., Следующий шаг в ближней инфракрасной флуоресценции: IRDye QC-1 Dark Quencher, 2009; Обзорная статья. Скачать PDF В архиве 2011-07-13 на Wayback Machine
  2. ^ Пенг, X., Чен, Х., Дрейни, Д.Р., Волчек, W.M., Нефлуоресцентный краситель-тушитель широкого диапазона для анализов FRET, Analytical Biochemistry, 2009; (Том 388), стр. 220–228. Скачать PDF В архиве 2011-07-13 на Wayback Machine
  3. ^ Пенг, X., Дрейни, Д.Р., Волчек, W.M., Подавленный флуоресцентный пептидный субстрат в ближнем инфракрасном диапазоне для анализа протеазы ВИЧ-1, Proc. SPIE, 2006; (6097), [1][постоянная мертвая ссылка ]

дальнейшее чтение

  • Я. Лакович, Принципы флуоресцентной спектроскопии, 2-е изд., Пленум, Нью-Йорк, 1999.
  • Johansson, M.K .; Кук, Р. (2003). «Внутримолекулярные димеры: новая стратегия создания зондов с тушением флуоресценции». Chem. Евро. J. 9 (15): 3466–3471. Дои:10.1002 / chem.200304941. PMID  12898673.

внешняя ссылка