Браузер генома - Genome browser

В биоинформатика, а браузер генома это графический интерфейс для отображения информации из биологическая база данных для геномных данных.[1] Браузеры генома позволяют исследователям визуализировать и просматривать целые геномы с аннотированными данными, включая предсказание и структуру генов, белки, экспрессию, регуляцию, вариации, сравнительный анализ и т. Д. Аннотированные данные обычно поступают из множества различных источников. Они отличаются от обычных биологических баз данных тем, что отображают данные в графическом формате с координатами генома на одной оси с аннотациями или графикой, заполняющей пространство, чтобы показать анализ генов, такой как частота генов, их профили экспрессии и т. Д.[1]

Доступно большое количество браузеров генома, многие из них бесплатные и с базами данных, доступными в Интернете. Среди наиболее известных - Браузер генома UCSC, Браузер Ensembl Genome и NCBI Программа просмотра данных генома.[2][3] Эти браузеры генома могут поддерживать несколько геномов, однако другие браузеры генома могут быть специфичными для определенных видов.[1] Эти браузеры могут предоставлять сводку данных из геномных баз данных и сравнительную оценку различных генетических последовательностей у нескольких видов, а также позволяют визуализировать данные различными способами для облегчения оценки и интерпретации этих сложных данных.[4][5]

использованная литература

  1. ^ а б c Цзюнь Ван, Лэй Конг, Ге Гао, Цзинчу Луо (март 2013 г.). «Краткое введение в веб-браузеры генома». Брифинги по биоинформатике. 14 (2): 131–143. Дои:10.1093 / bib / bbs029.CS1 maint: использует параметр авторов (ссылка на сайт)
  2. ^ Майкл Спайчер; Стилианос Э. Антонаракис; Арно Г. Мотульский, ред. (2010). «Базы данных и браузеры генома». Генетика человека Фогеля и Мотульского: проблемы и подходы (4-е изд.). Springer. С. 905–920. ISBN  978-3540376538.
  3. ^ Джонатан Певзнер. Биоинформатика и функциональная геномика (3-е изд.). Вайли. С. 50–52. ISBN  9781118581780.
  4. ^ Джоэл Т. Дадли, Конрад Дж. Карчевски. Изучение личной геномики. С. 64–72.CS1 maint: использует параметр авторов (ссылка на сайт)
  5. ^ Ван Цзылин, Чжан Лишу. Основные компьютерные навыки для биологов. Всемирная научная издательская компания. С. 20–29. ISBN  9781848169265.CS1 maint: использует параметр авторов (ссылка на сайт)