GFP-кДНК - Википедия - GFP-cDNA
 | Эта статья слишком полагается на Рекомендации к основные источники. (Ноябрь 2008 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
| Эта статья нужны дополнительные цитаты для проверка. (Ноябрь 2008 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
В GFP-кДНК проектная документация по локализации белки в субклеточные компартменты эукариотический клетка применение флуоресцентная микроскопия. Экспериментальные данные дополнены биоинформатический анализирует и публикует онлайн в база данных. Функция поиска позволяет находить белки, содержащие особенности или мотивы, представляющие особый интерес. Проект является результатом сотрудничества исследовательских групп Райнер Пепперкок на Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) и Стефан Виманн на Немецкий центр исследования рака (ДКФЗ).
Какие эксперименты проводятся?
В кДНК романа идентифицированы Открытые рамки для чтения (ORF) помечены Зеленый флуоресцентный белок (GFP) и экспрессируется в эукариотических клетках. Впоследствии субклеточная локализация слитые белки регистрируется флуоресцентной микроскопией.
Шаги:
1. Крупномасштабное клонирование
Любая крупномасштабная манипуляция с ORF требует клонирование технологии, свободные от рестрикционные ферменты. В этом отношении те, кто использует рекомбинация клонирование (Gateway of Invitrogen или Creator of BD Biosciences) оказалось наиболее подходящим. Эта технология клонирования основана на механизмах рекомбинации, используемых фаги интегрировать их ДНК в хозяина геном. Это позволяет быстро и удобно переключать ORF между функционально полезными векторов без необходимости обычного рестрикционного клонирования. В проекте cDNA-GFP ORF переносятся в CFP / YFP выражение векторов. Для анализа локализации генерируются как N-, так и C-концевые слияния. Это максимизирует возможность правильного определения локализации, поскольку присутствие GFP может маскировать сигналы наведения который может присутствовать на одном конце нативного белка.
N-концевые флуоресцентные сплавы
Вставьте интересующий ген в MCS перед геном флуоресцентного белка и выразите свой ген как слияние с N-концом флуоресцентного белка.
C-концевые флуоресцентные сплавы
Вставьте интересующий ген в MCS ниже гена флуоресцентного белка и выразите свой ген как слияние с С-концом флуоресцентного белка.
2. Трансфекция эукариотических клеток, экспрессия.
Слитые векторы трансфицируют в клетки Vero (почки обезьяны фибробласты ). Особо интересные ORF также проверяются на локализацию в клетках PC12 и гиппокамп нейроны.
3. Локализация белка
В разные моменты времени субклеточная локализация слитых белков регистрируется с помощью флуоресцентной микроскопии. По окончании визуализации живых клеток клетки все еще можно зафиксировать и провести эксперименты по совместной локализации.
4. Биоинформатический анализ
Поскольку последовательность кДНК известна, биоинформатика может делать прогнозы относительно локализации и функции кодируемого белка. Биоинформатическому анализу способствует биоинформатическая поисковая система. Комбайн.
5. Присвоение категории субклеточной локализации.
Результаты N- и C-концевых слияний оцениваются, и, в свою очередь, эти данные сравниваются с биоинформатическими прогнозами. Затем для каждой ORF назначается окончательная субклеточная локализация (примерно из 20 категорий). Сходная локализация как с N-, так и с C-концевыми конструкциями обеспечивает более высокую степень надежности результата. Для тех ORF, где два слияния не дают сходного паттерна локализации, рассматривается ряд других критериев, включая биоинформатические прогнозы. Иногда четкая локализация не может быть назначена.
Какие данные публикуются?
Каждый лист данных содержит флуоресцентные изображения как N-, так и C-концевых слияний, назначенную локализацию, другие локализации, комментарии и Swissprot Я БЫ. Для каждой записи о белках дается ссылка на соответствующий Комбайн страница биоинформатики.
Как пользоваться базой данных GFP-кДНК?
Изображения всех локализованных белков и их биоинформатический анализ можно просмотреть с помощью кнопок «Таблица результатов» или «Изображения результатов». Кроме того, используйте окно поиска на сайте входа, чтобы найти белки, содержащие особенности или мотивы, представляющие для вас особый интерес, которые были локализованы в этом проекте.
внешняя ссылка
- База данных GFP-кДНК
- Часто задаваемые вопросы
- Биоинформатическая поисковая система Harvester[постоянная мертвая ссылка ]