Grid.org - Википедия - grid.org

grid.org был веб-сайтом и онлайн-сообществом, созданным в 2001 году для кластерные вычисления и сеточные вычисления пользователи программного обеспечения. За шесть лет здесь работали несколько разных волонтерские вычисления проекты, которые позволили участникам пожертвовать свои свободные компьютерные циклы на стоящие дела. В 2007 году он стал сообществом для Открытый исходный код программное обеспечение для кластерных и грид-вычислений. Примерно после 2010 года он был перенаправлен на другие сайты.

Волонтерские компьютерные проекты

С момента основания в апреле 2001 г. по 27 апреля 2007 г.[1] grid.org был веб-сайтом и организацией, которые распределенных вычислений такие проекты, как United Devices Исследовательский проект рака, возглавляемый Джикку Венкатом, доктором философии, при финансовой поддержке United Devices (UD) и участники участвовали в волонтерские вычисления с помощью программного обеспечения UD Agent (версия 3.0).

Хронология проектов, размещенных на grid.org

Проект исследования рака

Агент UD, запускающий программное обеспечение LigandFit для фазы 2 исследования рака.

Исследовательский проект рака United Devices, начатый в 2001 году, занимался поиском возможных лекарств для лечения рак с помощью распределенных вычислений.[2] Было около 150 000 пользователей в Соединенных Штатах и ​​170 000 в Европе, а также сотни тысяч в других частях мира.

Проект представлял собой альянс нескольких компаний и организаций:[3]

United Devices опубликовала исследование рака хранитель экрана по принципу использования резервных вычислительных мощностей. Программа, которую можно настроить на непрерывную работу, использовала «виртуальный скрининг» для обнаружения возможных взаимодействий между молекулами и белками-мишенями, то есть лекарством. Эти молекулы (лиганды ) отправляются агенту UD на главном компьютере. Когда эти молекулы успешно стыкуются с целевым белком, это взаимодействие оценивается для дальнейшего исследования.

Исследование состояло из двух этапов:

  • На этапе 1 было протестировано более 3 миллиардов лекарственных молекул против 12 белков, которые, как известно, являются подходящими мишенями для противораковых препаратов. Для моделирования молекулярных взаимодействий использовалась программа «THINK».[4]
  • Фаза 2 с использованием программного обеспечения «LigandFit», разработанного Accelrys для моделирования взаимодействий, стремился уточнить данные Фазы 1, чтобы составить более управляемый список кандидатов на лекарства для тестирования, для которого потребуются экспериментальные сотрудники, в том числе некоторые из промышленности.[5][6]

Проект сворачивания протеома человека, фаза 1

Основная статья: Проект сворачивания протеома человека

В IBM -спонсируется Проект сворачивания протеома человека («HPF»), фаза 1, была объявлена ​​16 ноября 2004 г. и завершена 3 июля 2006 г. Проект работал одновременно на grid.org и IBM. Сетка мирового сообщества.[7]

Он использовал программное обеспечение "Rosetta" для предсказания структуры белков человека, чтобы помочь предсказать функцию белков. Когда-нибудь эта информация может быть использована для лечения множества заболеваний и генетических дефектов.

Согласно объявлению на форумах grid.org,[8] после завершения проекта HPF1 его оставили на grid.org до 9 августа 2006 г.[9] За это время участники, чьи компьютеры были настроены для выполнения этого проекта, получили новую работу и потратили вычислительные ресурсы на вычисление результата, но результат возвращался на grid.org только для очков - он не использовался для научных исследований.

Статус проекта Human Proteome Folding Project вызвал дискуссии на форумах grid.org. Большинство участников хотели, чтобы все доступные вычислительные мощности были направлены на все еще активный проект по борьбе с раком,[9] но представитель UD Робби Брюэр утверждал, что «некоторым [пользователям] нравится заставка».[8][10] Как отмечалось выше, в конце концов работа избыточного HPF1 на grid.org была остановлена.[9]

Проект по оспе

В Сетка исследования оспы был частью инициативы United Devices "Patriot Grid" по борьбе с биологическим терроризмом. Этот проект помог проанализировать потенциальных кандидатов на лекарственные средства для лечения в борьбе с вирусом оспы. В нем использовалось программное обеспечение «LigandFit» (которое уже использовалось на этапе 2 проекта исследования рака), но со специальным набором целевых молекул, нацеленных на оспа вирус.[11]

В число партнеров проекта вошли Оксфордский университет, то Университет Западного Онтарио, Мемориальный онкологический центр Слоуна – Кеттеринга, Эссексский университет, Evotec OAI, Accelrys, и IBM.[12]

В Сетка мирового сообщества во многом началось из-за успеха этого проекта.[нужна цитата ]

Anthrax Project

В Проект исследования сибирской язвы был частью инициативы United Devices "Patriot Grid" по борьбе с биологическим терроризмом. В нем использовалось программное обеспечение «LigandFit» (которое уже использовалось на этапе 2 проекта исследования рака), но со специальным набором целевых молекул, нацеленных на продвинутые стадии сибирская язва бактериальная инфекция.

Проект действовал с 22 января 2002 г. по 14 февраля 2002 г. и завершился после того, как в общей сложности было завершено обследование 3,57 миллиардов молекул. Результаты исследовательского проекта были переданы ученым-биологам для завершения проверки компьютерного моделирования.[13]

В число партнеров проекта вошли Оксфордский университет.

Проект HMMER

В HMMER Генетические исследования проект использовал Скрытая марковская модель для поиска закономерностей в генетических последовательностях ДНК.[14]

Проект Webload

В Веб-тестирование производительности проект использовался как коммерческая возможность с избранными веб хостинг провайдеры, чтобы помочь им протестировать масштабируемость своей серверной инфраструктуры в периоды высокого спроса.[15]

Грид-сообщество с открытым исходным кодом

В ноябре 2007 года сайт grid.org был изменен Univa как сообщество, позволяющее пользователям взаимодействовать и обсуждать темы, связанные с кластерами и сетками с открытым исходным кодом.[16] Это позволило пользователям загружать, получать поддержку, вносить свой вклад и сообщать о проблемах с открытым исходным кодом. Инструментарий Глобус на основе продуктов, предлагаемых Univa. В 2008 году было зарегистрировано более 100 000 уникальных посетителей.[17]Примерно в середине 2010 года он был перенаправлен на Unicluster.org (продукт Univa), а к 2012 году он был перенаправлен на основной сайт Univa.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ "Все хорошее когда-нибудь заканчивается…". grid.org. Получено 2007-04-26.[мертвая ссылка ]
  2. ^ "Заставка помогает бороться с раком". Новости BBC. 2001-04-03. Получено 2006-08-20.
  3. ^ «Участники онкологического проекта». grid.org. Архивировано из оригинал на 2007-09-27. Получено 2006-08-20.
  4. ^ "Подумайте о вычислениях фазы 1". Оксфордский университет. Архивировано из оригинал на 2006-08-27. Получено 2006-08-20.
  5. ^ «LigandFit объяснил». grid.org. Архивировано из оригинал на 2007-09-27. Получено 2006-08-20.
  6. ^ «Фаза 2 проекта». Оксфордский университет. Архивировано из оригинал в 2006-09-24. Получено 2006-08-20.
  7. ^ "О проекте сворачивания протеома человека". grid.org. 2004. Архивировано с оригинал на 2007-06-23. Получено 2006-08-20.
  8. ^ а б Брюэр, Робби (10 июля 2006 г.). «Статус Grid.org». форумы grid.org. Архивировано из оригинал на 2006-12-06. Получено 2006-08-20.
  9. ^ а б c "Брать ответственность". форумы grid.org. 2006-07-17. Получено 2006-08-20.[мертвая ссылка ]
  10. ^ Брюэр, Робби (21 августа 2006 г.). «Статус Grid.org». форумы grid.org. Архивировано из оригинал на 2006-12-06. Получено 2006-08-20.
  11. ^ «О проекте по оспе». grid.org. Архивировано из оригинал на 2007-09-27. Получено 2006-08-20.
  12. ^ «Участники оспы». grid.org. Архивировано из оригинал на 2007-09-27. Получено 2006-08-20.
  13. ^ «Проект исследования сибирской язвы». grid.org. Архивировано из оригинал на 2006-09-10. Получено 2006-08-20.
  14. ^ «Генетическое тестирование с HMMR». grid.org. Архивировано из оригинал на 2007-09-27. Получено 2006-08-20.
  15. ^ «Тестирование веб-производительности». grid.org. Архивировано из оригинал на 2007-09-27. Получено 2006-08-20.
  16. ^ «О grid.org». Архивировано из оригинал 20 января 2008 г.. Получено 11 ноября, 2013.
  17. ^ "Сообщество Grid.org с открытым исходным кодом HPC достигло вехи роста". пресс-релиз. Univa. 14 января 2009 г. Архивировано с оригинал 21 января 2009 г.. Получено 11 ноября, 2013.