Outron - Outron

An Outron это нуклеотидная последовательность в 5 'конце первичная стенограмма из ген который удаляется специальной формой Сплайсинг РНК в течение созревание конечного продукта РНК.[1] В то время как интрон последовательности расположены внутри гена, внешние последовательности лежат вне гена.[2]

Характеристики

Outron - это интроноподобная последовательность обладающие схожими характеристиками, такими как Содержание G + C[3] и акцепторный сайт сплайсинга, который является сигналом для транс-сращивание.[4][5] Такой транс-сайт сплайсинга по существу определяется как акцепторный (3 ') сайт сплайсинга без расположенного выше донорного (5') сайта сплайсинга.

У эукариот, таких как эвгленозойские, динофлагелляты, губки, нематоды, книдарийцы, гребневики, плоские черви, ракообразные, хетогнаты, коловратки, и оболочки, длина сращиваемых лидерных (SL) аутронов составляет от 30 до 102 нуклеотиды (нуклеотиды) с длиной экзона SL от 16 до 51 нт и полной длиной SL РНК от 46 до 141 нт.[3]

Обработка

В стандартной цис-сварка донорный сайт сплайсинга в верхнем положении необходим вместе с акцепторным сайтом, расположенным в нижнем положении той же молекулы пре-РНК. транс-сплайсинг основан на 3'-акцепторном сайте сплайсинга на внешней стороне и 5'-донорном сайте сплайсинга (динуклеотид GU), расположенном на отдельной молекуле РНК, SL РНК.[3]Более того, на внешней стороне преждевременной мРНК есть точка ветвления. аденозин - за которым следует нисходящий поток полипиримидиновый тракт - который взаимодействует с интроноподобной частью SL РНК с образованием Y-разветвленного побочного продукта, напоминающего лассо структура, образованная при сплайсинге интронов. Ядерная техника затем разрешает эту разветвленную Y-образную структуру с помощью транс-сплайсинг последовательности SL РНК на 3 ' трансакцепторный сайт сплайсинга (динуклеотид AG) пре-мРНК.[2]

Когда аутроны обрабатываются, экзон SL транс-сплайсированы к отдельным, непарным, расположенным ниже акцепторным сайтам, смежным с каждым открытая рамка чтения полицистронной пре-мРНК, приводя к отдельным зрелым кэпированным транскриптам.[6][7][8]

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ Конрад, Ричард; Фен Лю, Руэй; Блюменталь, Томас (1993-02-25). «Функциональный анализ C. elegans транс-сплайс-акцептор ". Исследования нуклеиновых кислот. 21 (4): 913–919. Дои:10.1093 / nar / 21.4.913. ISSN  0305-1048. ЧВК  309224. PMID  8451190.
  2. ^ а б Стовер, Николас А .; Kaye, Michelle S .; Кавальканти, Андре Р. О. (10 января 2006 г.). "Транс-сплайсинг лидера". Текущая биология. 16 (1): R8 – R9. Дои:10.1016 / j.cub.2005.12.019. ISSN  0960-9822. PMID  16401417.
  3. ^ а б c Lasda, Erika L .; Блюменталь, Томас (01.05.2011). "Транс-сращивание ». Междисциплинарные обзоры Wiley: РНК. 2 (3): 417–434. Дои:10.1002 / wrna.71. PMID  21957027.
  4. ^ «Оксфордский эталон - Outron». Получено 26 сентября 2019.
  5. ^ "Браузер онтологий последовательностей MISO - Outron (SO: 0001475)". Получено 26 сентября 2019.
  6. ^ Клейтон, Кристин Э. (15 апреля 2002 г.). «Жизнь без контроля транскрипции? От мухи к человеку и обратно». Журнал EMBO. 21 (8): 1881–1888. Дои:10.1093 / emboj / 21.8.1881. ISSN  1460-2075. ЧВК  125970. PMID  11953307.
  7. ^ Блюменталь, Томас; Глисон, Кэти Сеггерсон (февраль 2003 г.). "Caenorhabditis elegans опероны: форма и функции ». Природа Обзоры Генетика. 4 (2): 110–118. Дои:10.1038 / nrg995. ISSN  1471-0056. PMID  12560808.
  8. ^ Лей Ц., Ли Ц., Цзо Цз., Хуанг Ц., Ченг Х., Чжоу Р. (март 2016 г.). «Эволюционное понимание транс-сплайсинга РНК у позвоночных». Геномная биология и эволюция. 8 (3): 562–77. Дои:10.1093 / gbe / evw025. ЧВК  4824033. PMID  26966239.