Пептид Атлас - PeptideAtlas

Пептид Атлас это протеомика ресурс данных, который собирает наборы данных тандемной масс-спектрометрии со всего мира, обрабатывает их с помощью Trans-Proteomic Pipeline и дает комбинированный результат свободно доступный для сообщества. Peptide Atlas - один из основателей ProteomeXchange Консорциум.

История

Самая ранняя концепция PeptideAtlas началась в Институт системной биологии в исследовательской лаборатории Руэди Эберсольд Эрик Дойч и Шэрон Чен из базы данных аннотированных пептидов (APD). Концепция была расширена дополнительными усилиями Парага Маллика и Фрэнка Дезьера. Первый пример ансамбля экспериментов на людях был опубликован в 2004 году как Human PeptideAtlas.^[1]

С годами эта концепция была расширена на многие другие виды благодаря большим усилиям Николь Кинг, Чжи Сун, Терри Фарра и Дэйва Кэмпбелла.

Текущее состояние

PeptideAtlas по-прежнему поддерживается и разрабатывается в Институте системной биологии в исследовательской лаборатории Роберта Морица, возглавляемой Эриком Дойчем, и при значительных усилиях Чжи Сун и Дэйва Кэмпбелла.

Смотрите также

внешняя ссылка

Веб-сайт PeptideAtlas (www.peptideatlas.org)

использованная литература

^ Дезер, Франк; Deutsch, Eric W .; Несвижский, Алексей И .; Маллик, Параг; Кинг, Николь Л .; Eng, Джимми К .; Адерем, Алан; Бойл, Роза; Бруннер, Эрих; Донохо, Сэмюэл; Фаусто, Нельсон; Хафен, Эрнст; Худ, Ли; Катце, Майкл Г .; Kennedy, Kathleen A .; Крегенов, Флойд; Ли, Hookeun; Линь, Бяоян; Мартин, Дэн; Раниш, Джеффри А .; Роулингс, Дэвид Дж .; Самельсон, Лоуренс Э .; Шио, Юдзуру; Уоттс, Джулиан Д .; Wollscheid, Bernd; Райт, Майкл Э .; Ян, Вэй; Ян, Лихонг; Йи, Юджин С .; Чжан, Хуэй; Эберсольд, Руеди (2005). «Интеграция с геномом человека пептидных последовательностей, полученных с помощью высокопроизводительной масс-спектрометрии». Геномная биология. 6 (1): –9. Дои:10.1186 / gb-2004-6-1-r9. ISSN 1474-760X. ЧВК 549070. PMID 15642101.

[1] Дезер, Франк; Deutsch, Eric W .; Несвижский, Алексей И .; Маллик, Параг; Кинг, Николь Л .; Eng, Джимми К .; Адерем, Алан; Бойл, Роза; Бруннер, Эрих; Донохо, Сэмюэл; Фаусто, Нельсон; Хафен, Эрнст; Худ, Ли; Катце, Майкл Г .; Kennedy, Kathleen A .; Крегенов, Флойд; Ли, Hookeun; Линь, Бяоян; Мартин, Дэн; Раниш, Джеффри А .; Роулингс, Дэвид Дж .; Самельсон, Лоуренс Э .; Шио, Юдзуру; Уоттс, Джулиан Д .; Wollscheid, Bernd; Райт, Майкл Э .; Ян, Вэй; Ян, Лихонг; Йи, Юджин С .; Чжан, Хуэй; Эберсольд, Руеди (2005). «Интеграция с геномом человека пептидных последовательностей, полученных с помощью высокопроизводительной масс-спектрометрии». Геномная биология. 6 (1): –9. Дои:10.1186 / gb-2004-6-1-r9. ISSN 1474-760X. ЧВК 549070. PMID 15642101.

[1]