REEP5 - REEP5
Белок 5, усиливающий экспрессию рецепторов это белок что в люди кодируется REEP5 ген.[5][6][7]Белок, усиливающий экспрессию рецепторов, - это белок, кодируемый у людей геном REEP5.
Ген
REEP5 расположен на хромосоме 5 между парами оснований с 112876385 до 112922289 на минусовой цепи.[8] Ген включает пять экзонов.[8] Гены DCP2 и SRP19 расположены выше и ниже REEP5 у человека.[9]
Протеин
Белок является членом семейства REEP, которые обычно способствуют внутриклеточному перемещению через изменения в эндоплазматическом ретикулуме, и которые обладают способностью усиливать активность рецепторов, связанных с G-белком.[10] Человеческий белок имеет длину 189 аминокислот, содержит две трансмембранные области и одну названную область - TB2_DP1_HVA22,[11] Масса белка до модификации составляет 21,5 кДал.[12] По сравнению с коллекцией белков человека SwissProt, REEP5 состоит из нормального процентного содержания всех аминокислот.[12] За исключением длинного отрезка электрически нейтральных аминокислот, никаких существенных закономерностей не наблюдается.[12] Вторая изоформа существует у человека и имеет длину 131 аминокислоту в результате изменения после 117-й аминокислоты.[13] Большая часть пятого экзона не включена.
Регулирование
Уровень гена
Выражение ткани
REEP5 экспрессируется в ряде тканей на относительно высоком уровне, по крайней мере, 20 чтений на килобазу транскрипта, на миллион отображенных считываний, появляющихся в тканях надпочечников, жира, желчного пузыря, сердца, почек, простаты, легких и мочевого пузыря.[14] Экспрессия еще более повышена в тканях мозга и щитовидной железы.[14]
Факторы транскрипции
Фактор роста нервов / EGR - это фактор транскрипции с потенциальным сайтом связывания в промоторе REEP5, который способствует нейрональной пластичности и, следовательно, потенциально обеспечивает объяснение повышенных уровней белка 5, усиливающего экспрессию рецепторов, в головном мозге.[15]
Кроме того, два фактора транскрипции, связанные с развитием и функцией сердца, имеют возможные сайты связывания в промоторе. Блок транскрипции 20 (TBX20) связан с развитием сердца, а дефицит белка связан с плохой функцией сердца у взрослых мышей и смертью младенцев до беременности.[16] MyoD - это миогенный регулятор, который был обнаружен в эмбриональных сердцах некоторых птиц в клетках Пуркинье, которые связаны с сократительной функцией.
Уровень протеина
На субклеточном уровне REEP5 экспрессируется в эндоплазматический ретикулум.[17] Здесь его локализует иммунохимическое окрашивание.[18]
Номер посттрансляционные модификации предсказаны с помощью вычислений у людей и близких ортологов. Было предсказано ацетилирование второй аминокислоты.[19] Фосфорилирование 150-й аминокислоты предсказано у людей, мышей и кур.[20] O-GlcNac Также прогнозируются добавления на сайтах 128, 188 и 189.[21] Сайты сумоилирования предсказаны для аминокислот 147, 175, 186 и 187.[22] Расщепление пропептида было обнаружено по аминокислоте 11.[23] Гликирование было предсказано для аминокислот 16, 117, 164, 186 и 187.[24]
Гомология
Паралоги
REEP5 имеет пять паралогов у человека; REEP1, REEP2, REEP3, REEP4 и REEP[25]
| Имя паралога | Регистрационный номер | Идентичность последовательности | Ожидаемые миллионы лет с момента расхождения |
|---|---|---|---|
| REEP6 | NP_612402.1 | 54% | 563.16 |
| REEP4 | AAH50622 | 25% | 1325.64 |
| REEP1 | NP_001303894.1 | 24.6% | 1341.62 |
| REEP3 | AAT70686.1 | 22.7% | 1421.20 |
| REEP2 | NP_057690.2 | 15.6% | 1792.58 |
Ортологи
REEP5 имеет ортологи столь же далекие от человека, как Symbiodinium microadriacticum, простейший вид.[25] Идентичность последовательностей у позвоночных высока, но значительно снижается за пределами этой группы. Область DP1 / TB2 / HVA22 хорошо консервативна по сравнению с двумя трансмембранными областями.
| Организм | Дата дивергенции (миллионы лет назад) | Таксономическая группа | Порядковый номер доступа | Идентичность последовательности | электронная стоимость |
|---|---|---|---|---|---|
| Homo Sapiens | NA | Млекопитающие | NP_005660.4 | 100% | NA |
| Mus musculus | 89 | Млекопитающие | N_031900.3 | 93.7% | 4x10−134 |
| Данио Рерио | 433 | Актиноптеригии | NP_956352.1 | 72.0% | 7x10−104 |
| Дрозофилия меланаогастер | 736 | Насекомое | NP_001188928.1 | 38.2% | 9x10−57 |
| Джаминия розовая | 1017 | Эксбазидиомицеты | XP_025360265 | 31.9% | 5x10−40 |
| Rhodotorula graminis WP1 | 1105 | Микроботриомицеты | XP_018269688.1 | 31.2% | 7x10−35 |
| Цитрус уншиу | 1275 | Магнолиопсида | Гей51937.1 | 25.2% | 4x10−26 |
| Symbiodinium microadriacticum | 1552 | Dinophyceae | OLQ12882.1 | 16.2% | 5x10−16 |
Скорость эволюции
Скорость эволюции белка REEP5 умеренно высока, она находится между цитохромом с и фибриногеном альфа. Ожидается, что нейтральные мутации будут происходить примерно раз в миллион лет.
Взаимодействующие партнеры
REEP5 взаимодействует с рядом белков, включая регулятор передачи сигналов G-белка 2, который был обнаружен с помощью гибридизации дрожжей 2. RGS2 играет роль в 2 путях передачи сигналов G-белка и сокращении гладких мышечных тканей. Дерлин 2 (Derl2) взаимодействует с REEP5, что определяется коиммунопреципитацией антител, и разрушает неправильно свернутые гликопротеины в эндоплазматическом ретикулуме.[26] Холинергический рецептор Muscarinic 5 был обнаружен как взаимодействующий с помощью реконструкции убиквитина.[27] CHRM5 связывает ацетилхолин и может влиять на функцию центральной и периферической нервной системы.[28]
Регулятор передачи сигналов G-белка 2 также был обнаружен с помощью дрожжевой гибридизации 2 и является регулятором рецептора G-белка, который может участвовать в сокращении гладких сосудистых мышц.[27][29]
Четыре белка были экспериментально обнаружены в нескольких работах.[30] Три из них, атластин GTPase 1, атластин GTPase 2 и цинковый палец FYVE-типа, содержащий 27, связаны со структурированием эндоплазматического ретикулума (в частности, канальцев), развитием аксонов или ростом нейронов.[17][31] Четвертый - REEP6, который отвечает за транспортировку рецепторов к поверхности клетки, а также за регулирование структуры эндоплазматического ретикулума.[32]
SARS-CoV-2
REEP5 - один из многих белков человека, который взаимодействует с SARS-CoV-2. В частности, белок коронавируса P0DTC5, который появляется в промежуточном компартменте между эндоплазматическим ретикулумом и аппаратом Гольджи, взаимодействует с REEP5. P0DTC5 - это белок оболочки вируса, который имеет решающее значение для морфогенеза вируса, что делает возможным то, что REEP5 каким-то образом связан с упаковкой или высвобождением вируса из клеток человека.[33]
Клиническое значение
Исследования связали REEP5 с несколькими заболеваниями и расстройствами.
При раке толстой кишки экспрессия REEP5 увеличивает активность CXCR1, рецептора белка, который способствует росту и распространению раковых клеток. Исследователи обнаружили, что недостаточная экспрессия REEP5 снижает эффективность CXRC1 и снижает способность клеток рака легких метастазировать.[10] Это обеспечивает как потенциальную мишень для лечения рака, так и дополнительные доказательства того, что REEP5 выполняет функцию белка, повышающего активность других рецепторных белков. Другой тип рака, связанный с REEP5, - это рак толстой кишки, при котором белок обычно взаимодействует и нейтрализует HCCR1, белок, который в противном случае мешал бы P53 и способствуют прогрессированию рака.[34]
REEP5 также был связан с сердечными заболеваниями, и исследования этой связи показали, что он помогает организовать соединительный саркоплазматический ретикулум в миоцитах. REEP5 выравнивает соединительный SR с Т-канальцами, что способствует эффективному высвобождению ионов кальция. Когда функция белка нарушается, соединение становится смещенным, и высвобождение ионов кальция становится менее эффективным. Учитывая важность ионов кальция для мышечных сокращений, которые приводят в действие сердце, нацеливание на REEP5 может стать терапевтическим вариантом при некоторых расстройствах.[35]
Кроме того, есть некоторые статистические данные, связывающие определенные SNP, обнаруженные в мРНК REEP5, с большим депрессивным расстройством.[36] Однако биологический механизм не был подтвержден, и исследование рассматривало только ограниченную популяцию.[36]
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000129625 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000005873 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ Кларк AJ, Metherell LA, Cheetham ME, Huebner A (декабрь 2005 г.). «Унаследованная нечувствительность к АКТГ проливает свет на механизмы действия АКТГ». Тенденции в эндокринологии и метаболизме. 16 (10): 451–7. Дои:10.1016 / j.tem.2005.10.006. PMID 16271481. S2CID 27450434.
- ^ Сайто Х., Кубота М., Робертс Р. В., Чи К., Мацунами Х. (ноябрь 2004 г.). «Члены семейства RTP индуцируют функциональную экспрессию пахучих рецепторов млекопитающих». Клетка. 119 (5): 679–91. Дои:10.1016 / j.cell.2004.11.021. PMID 15550249. S2CID 13555927.
- ^ «Ген Entrez: дополнительный белок 5 рецептора REEP5».
- ^ а б «Дополнительный белок 5 рецептора REEP5 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-07-30.
- ^ "Human hg38 chr5: 112 865 773-113 003 301 UCSC Genome Browser v401". genome.ucsc.edu. Получено 2020-07-31.
- ^ а б Park CR, You DJ, Park S, Mander S, Jang DE, Yeom SC и др. (Декабрь 2016 г.). «Дополнительные белки REEP5 и REEP6 улучшают клеточные ответы, опосредованные CXCR1, и прогрессирование рака легких». Научные отчеты. 6: 39041. Дои:10.1038 / srep39041. ЧВК 5155276. PMID 27966653.
- ^ «белок 5 [Homo sapiens], усиливающий экспрессию рецептора - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-06-22.
- ^ а б c «SAPS <Статистика последовательностей
- ^ "UniProtKB - Q00765 (REEP5_HUMAN)". UniProt. 2020-06-17. Получено 2020-07-30.
- ^ а б "Экспрессия гена REEP5 - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-07-30.
- ^ Левковиц Ю., Барабан Дж. М. (май 2002 г.). «Доминантно-отрицательный ингибитор Egr блокирует индуцированный фактором роста нервов разрастание нейритов путем подавления активации c-Jun: роль комплекса Egr / c-Jun». Журнал неврологии. 22 (10): 3845–54. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.22-10-03845.2002. ЧВК 6757642. PMID 12019303.
- ^ Стеннард Ф.А., Коста М.В., Лай Д., Бибен С., Фуртадо М.Б., Соллоуэй М.Дж. и др. (Май 2005 г.). «Мышиный фактор транскрипции T-box Tbx20 действует как репрессор во время развития сердца и необходим для целостности, функционирования и адаптации сердца взрослых». Разработка. 132 (10): 2451–62. Дои:10.1242 / dev.01799. PMID 15843414.
- ^ а б Чанг Дж., Ли С., Блэкстоун С. (сентябрь 2013 г.). «Протрудин связывает атластины и белки, формирующие эндоплазматический ретикулум, и регулирует формирование сети». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 110 (37): 14954–9. Дои:10.1073 / pnas.1307391110. ЧВК 3773775. PMID 23969831.
- ^ «REEP5] Первичные антитела». www.thermofisher.com. Получено 2020-07-31.
- ^ «Сервер NetAcet 1.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
- ^ "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
- ^ "Сервер YinOYang 1.2". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
- ^ «GPS-SUMO: прогнозирование сайтов SUMOylation и мотивов SUMO-взаимодействия». sumosp.biocuckoo.org. Получено 2020-08-01.
- ^ «Сервер ProP 1.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
- ^ "Сервер NetGlycate 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-08-01.
- ^ а б «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-07-31.
- ^ Ода Й, Окада Т., Йошида Х., Кауфман Р.Дж., Нагата К., Мори К. (январь 2006 г.). «Derlin-2 и Derlin-3 регулируются ответом на развернутый белок млекопитающих и необходимы для ER-ассоциированной деградации». Журнал клеточной биологии. 172 (3): 383–93. Дои:10.1083 / jcb.200507057. ЧВК 2063648. PMID 16449189.
- ^ а б «База данных Molecular INTeraction - основной ресурс ELIXIR». Получено 2020-08-02.
- ^ «Холинергический рецептор мускаринового 5 CHRM5 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-08-02.
- ^ «Регулятор RGS2 передачи сигналов G-белка 2 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-08-02.
- ^ "PSICQUIC View". www.ebi.ac.uk. Получено 2020-08-02.
- ^ «ZFYVE27 цинковый палец FYVE-типа, содержащий 27 [Homo sapiens (человек)] - ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-08-02.
- ^ Справка, Дом генетики. «Ген REEP6». Справочник по генетике. Получено 2020-08-02.
- ^ «ИнтерПро». www.ebi.ac.uk. Получено 2020-08-02.
- ^ Shin SM, Chung YJ, Oh ST, Jeon HM, Hwang LJ, Namkoong H и др. (Июнь 2006 г.). «Взаимодействующая с HCCR-1 молекула», удаленная в полипозе 1, «играет роль супрессора опухолей в канцерогенезе толстой кишки». Гастроэнтерология. 130 (7): 2074–86. Дои:10.1053 / j.gastro.2006.03.055. PMID 16762630.
- ^ Яо Л., Се Д., Гэн Л., Ши Д., Хуанг Дж., Ву И и др. (Февраль 2018). «REEP5 (рецепторный дополнительный белок 5) действует как скульптор мембраны саркоплазматической ретикулума для модуляции сердечной функции». Журнал Американской кардиологической ассоциации. 7 (3): e007205. Дои:10.1161 / JAHA.117.007205. ЧВК 5850239. PMID 29431104.
- ^ а б Ян З, Ма Х, Ван И, Ван Дж, Сян Б., Ву Дж и др. (2012-09-01). «Связь полиморфизмов генов APC и REEP5 с большим депрессивным расстройством и ответом на лечение антидепрессантами в популяции ханьских китайцев». Психиатрия больницы общего профиля. 34 (5): 571–7. Дои:10.1016 / j.genhosppsych.2012.05.015. PMID 22795047.
дальнейшее чтение
- Кинзлер К.В., Нильберт М.К., Су Л.К., Фогельштейн Б., Брайан Т.М., Леви Д.Б. и др. (Август 1991 г.). «Идентификация генов локуса FAP из хромосомы 5q21». Наука. 253 (5020): 661–5. Дои:10.1126 / science.1651562. PMID 1651562.
- Nishisho I, Nakamura Y, Miyoshi Y, Miki Y, Ando H, Horii A и др. (Август 1991 г.). «Мутации генов хромосомы 5q21 у пациентов с FAP и колоректальным раком». Наука. 253 (5020): 665–9. Дои:10.1126 / science.1651563. PMID 1651563.
- Спирио Л., Джослин Г., Нельсон Л., Лепперт М., Уайт Р. (ноябрь 1991 г.). «Повтор CA на 30-70 КБ ниже гена аденоматозного полипоза кишечной палочки (APC)». Исследования нуклеиновых кислот. 19 (22): 6348. Дои:10.1093 / nar / 19.22.6348. ЧВК 329171. PMID 1659692.
- Джослин Г., Карлсон М., Тливерис А., Альбертсен Х., Гельберт Л., Самовиц В. и др. (Август 1991 г.). «Идентификация делеционных мутаций и трех новых генов в локусе семейного полипоза». Клетка. 66 (3): 601–13. Дои:10.1016/0092-8674(81)90022-2. PMID 1678319. S2CID 33965913.
- Prieschl EE, Pendl GG, Harrer NE, Baumruker T (март 1996 г.). «Мышиный гомолог TB2 / DP1, гена локуса семейного аденоматозного полипоза (FAP)». Ген. 169 (2): 215–8. Дои:10.1016/0378-1119(95)00827-6. PMID 8647449.
- Кимура К., Вакамацу А., Сузуки Ю., Ота Т., Нисикава Т., Ямасита Р. и др. (Январь 2006 г.). «Диверсификация транскрипционной модуляции: широкомасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Геномные исследования. 16 (1): 55–65. Дои:10.1101 / гр. 4039406. ЧВК 1356129. PMID 16344560.
- Shin SM, Chung YJ, Oh ST, Jeon HM, Hwang LJ, Namkoong H и др. (Июнь 2006 г.). «Молекула, взаимодействующая с HCCR-1», удаленная в полипозе 1, «играет роль супрессора опухолей в канцерогенезе толстой кишки». Гастроэнтерология. 130 (7): 2074–86. Дои:10.1053 / j.gastro.2006.03.055. PMID 16762630.