Графическая нотация системной биологии - Systems Biology Graphical Notation

логотип Системной биологии Графическое обозначение

В Графическая нотация системной биологии (SBGN) это стандарт графическое представление предназначены для содействия эффективному хранению, обмену и повторному использованию информации о сигнальных путях, метаболических сетях и сети регуляции генов среди сообществ биохимиков, биологов и теоретиков. Система создавалась в течение нескольких лет сообществом биохимики, моделисты и компьютерные ученые.[1]

SBGN состоит из трех ортогональных языков для представления различных взглядов на биологические системы: Описание процесса, Отношения сущностей и Потоки деятельности. Каждый язык определяет исчерпывающий набор символов с точной семантикой вместе с подробными синтаксическими правилами построения и интерпретации карт. Используя эти три обозначения, биолог может однозначно представить сети взаимодействий (например, биохимический взаимодействия). В этих обозначениях используются идея и символы, подобные тем, которые используются инженерами-электриками и другими инженерами и известны как блок-схема. Простота синтаксиса и семантики SBGN делает карты SBGN подходящими для использования на уровне средней школы.[нужна цитата ]

Некоторая программная поддержка SBGN уже доступна, в основном для языка описания процессов.[2] Визуализациями SBGN можно обмениваться с файловым форматом SBGN-ML на основе XML.[3]

SBGN Язык описания процесса

пример карты описания процесса SBGN

Язык описания процесса SBGN (PD) показывает временные ходы биохимических взаимодействий в сети. Его можно использовать, чтобы показать все молекулярные взаимодействия происходящие в сети биохимических образований, причем одна и та же сущность появляется несколько раз на одной диаграмме.[4]

SBGN Язык отношений сущностей

пример карты отношений сущностей SBGN

Язык SBGN Entity Relationship (ER) позволяет увидеть все отношения, в которых участвует данный объект, независимо от временных аспектов. Отношения можно рассматривать как правила, описывающие влияние узлов сущностей на другие отношения.[5]

SBGN Activity Flow язык

пример карты SBGN Activity Flow

Язык SBGN Activity Flow (AF) отображает поток информации между биохимическими объектами в сети. Он опускает информацию о переходах между состояниями объектов и особенно удобен для представления эффектов возмущений, генетических или экологических по природе.[6]

История

Работа по определению набора символов для описания взаимодействий и взаимосвязей молекул была начата Куртом Коном в Национальный институт рака с его Карты молекулярного взаимодействия (МИМ).[7] Инициатором разработки SBGN стал Хироаки Китано при финансовой поддержке японской Организация по развитию новой энергетики и промышленных технологий. В встреча, которая инициировала Разработка графической нотации системной биологии проходила 11–12 февраля 2006 г. в Национальном институте передовых промышленных наук и технологий (AIST) в Токио, Япония.

Первая спецификация языка описания процессов SBGN - тогда называемая диаграммами процессов - была выпущена 23 августа 2008 г. (уровень 1, версия 1).[8] Исправления документа выпущены 1 сентября 2009 г. (Уровень 1 Версия 1.1),[9] 3 октября 2010 г. (уровень 1, версия 1.2)[10] и 14 февраля 2011 г. (уровень 1, версия 1.3).[4]

Первая спецификация языка отношений сущностей SBGN была выпущена 1 сентября 2009 г. (уровень 1, версия 1).[11] Исправления документа опубликованы 6 октября 2010 г. (Уровень 1 Версия 1.1).[12] и 14 апреля 2011 г. (уровень 1, версия 1.2).[5]

Первая спецификация языка SBGN Activity Flow была выпущена 1 сентября 2009 года.[6]

внешняя ссылка

Рекомендации

  1. ^ Le Novère N, Hucka M, Mi H, Moodie S, Schreiber F, Сорокин А. и др. (2009). "Графическая нотация системной биологии". Nat Biotechnol. 27 (8): 735–41. Дои:10.1038 / nbt.1558. PMID  19668183.
  2. ^ "Сообщество № SBGN_Software". sbgn.org. Архивировано из оригинал на 2012-05-04. Получено 2009-11-30.
  3. ^ "Графическая нотация системной биологии". Графическая нотация системной биологии. Получено 2020-08-11.
  4. ^ а б Moodie SL, Le Novère N, Demir E, Mi H и Villéger A. Графическая нотация системной биологии: язык описания процесса Уровень 1. Предшествующая природа (2011) Дои:10.1038 / npre.2011.3721.4
  5. ^ а б Ле Новер Н., Демир Э., Ми Х, Муди С. и Виллегер А. Системная биология Графическая нотация: язык взаимоотношений сущностей, уровень 1. Предшествующая природа (2010) Дои:10.1038 / npre.2011.5902.1
  6. ^ а б Ми Х, Шрайбер Ф., Ле Новер Н., Муди С., Сорокин А. Системная биология Графическая нотация: язык потока активности Уровень 1. Предшествующая природа (2009) Дои:10.1038 / npre.2009.3724.1
  7. ^ Кон KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Карты молекулярного взаимодействия биорегуляторных сетей: общая рубрика системной биологии. Mol Biol Cell (2006) Дои:10.1091 / mbc.E05-09-0824
  8. ^ Ле Новер Н., Муди С., Сорокин А., Хука М., Шрайбер Ф., Демир Э, Ми Х, Мацуока Ю., Вегнер К., Китано Х. Графическая нотация системной биологии: диаграмма процесса, уровень 1. Nature Precedings (2008) doi: 10101 / npre.2008.2320.1
  9. ^ Moodie S, Le Novère N, Сорокин А., Ми Х., Шрайбер Ф. Системная биология Графическая нотация: язык описания процесса Уровень 1. Предшествующая природа (2009) Дои:10.1038 / npre.2009.3721.1
  10. ^ Moodie SL, Le Novère N, Demir E, Mi H, Schreiber F. Графическая нотация системной биологии: язык описания процесса, уровень 1. Предшествующая природа (2010) doi: 10101 / npre.2010.3721.2
  11. ^ Ле Новер Н., Муди С., Сорокин А., Шрайбер Ф., Ми Х. Графическая нотация системной биологии: язык взаимоотношений сущностей, уровень 1. Предшествующая природа (2009) Дои:10.1038 / npre.2009.3719.1
  12. ^ Ле Новер Н., Муди С., Демир Э., Шрайбер Ф., Ми Х. Графическая нотация системной биологии: язык взаимоотношений сущностей, уровень 1. Предшествующая природа (2010) Дои:10.1038 / npre.2010.3719.2