TRIM28 - Википедия - TRIM28

TRIM28
PDB 1fp0 EBI.jpg
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыTRIM28, KAP1, PPP1R157, RNF96, TF1B, TIF1B, трехчастный мотив, содержащий 28
Внешние идентификаторыOMIM: 601742 MGI: 109274 ГомолоГен: 21175 Генные карты: TRIM28
Расположение гена (человек)
Хромосома 19 (человек)
Chr.Хромосома 19 (человек)[1]
Хромосома 19 (человек)
Genomic location for TRIM28
Genomic location for TRIM28
Группа19q13.43Начинать58,544,064 бп[1]
Конец58,550,722 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE TRIM28 200990 at fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

10155

21849

Ансамбль

ENSG00000130726

ENSMUSG00000005566

UniProt

Q13263

Q62318

RefSeq (мРНК)

NM_005762

NM_011588

RefSeq (белок)

NP_005753

NP_035718

Расположение (UCSC)Chr 19: 58,54 - 58,55 МбChr 7: 13 - 13,03 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Трехчастный мотив, содержащий 28 (TRIM28), также известный как транскрипционный промежуточный фактор 1β (TIF1β) и KAP1 (KRAB-ассоциированный белок-1), представляет собой белок что у людей кодируется TRIM28 ген.[5][6]

Функция

Белок, кодируемый этим геном, обеспечивает контроль транскрипции путем взаимодействия с Krüppel -ассоциированный домен репрессии бокса, обнаруженный во многих факторы транскрипции. Белок локализуется в ядро и считается, что он связан с определенными хроматин регионы. Белок входит в состав трехсторонняя семья мотивов. Этот трехчастный мотив включает три цинк-связывающих домена, RING, B-бокс типа 1 и B-бокса типа 2, а также спиральная катушка область, край.[7]

KAP1 - это повсеместно экспрессируемый белок, участвующий во многих критических функциях, включая регуляцию транскрипции, дифференциацию и пролиферацию клеток, восстановление повреждений ДНК, подавление вируса и апоптоз. Его функциональность зависит от посттрансляционных модификаций. Фосфорилирование KAP1 действует как дезактиватор белка во многих его механизмах, в то время как сумоилирование действует как активатор.[8]

Клеточная дифференциация и пролиферация

Исследования показали, что делеция KAP1 у мышей перед гаструляцией приводит к смерти (что означает, что он является необходимым белком для пролиферации), в то время как делеция у взрослых мышей приводит к повышенной тревожности и вызванным стрессом изменениям в обучении и памяти. Было показано, что KAP1 участвует в поддержании плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток и способствует и ингибирует клеточную дифференцировку линий взрослых клеток. Повышенные уровни KAP1 были обнаружены при раке печени, желудка, молочной железы, легких и предстательной железы, что указывает на то, что он может играть важную роль в пролиферации опухолевых клеток (возможно, путем ингибирования апоптоза).[8]

Транскрипционная регуляция

KAP1 может регулировать геномную транскрипцию посредством множества механизмов, многие из которых остаются в некоторой степени неясными. Исследования показали, что KAP1 может репрессировать транскрипцию путем связывания непосредственно с геномом (что может быть достаточным само по себе) или посредством индукции образования гетерохроматина через макромолекулярный комплекс Mi2α-SETB1-HP1.[9][10] KAP1 может также взаимодействовать с гистоновыми метилтрансферазами и деацетилазами через C-концевой PHD и бромодомен для эпигенетического контроля транскрипции.[8]

Ответ на восстановление повреждений ДНК

Было показано, что ATM фосфорилирует KAP1 при обнаружении поврежденной или разорванной ДНК. Фосфорилированный KAP1, наряду со многими другими белками повреждения ДНК, быстро мигрирует к месту повреждения ДНК. Его точное участие в этом пути до некоторой степени неясно, но оно было вовлечено в запуск клеточного ареста, что позволило восстановить поврежденную ДНК.[8]

Апоптоз

KAP1 образует комплекс с MDM2 (лигазой убиквитина E3), который связывается с p53. Комплекс отмечает связанный р53 для деградации. p53 - известный предшественник апоптоза, который способствует синтезу белков, необходимых для гибели клеток, поэтому его деградация приводит к ингибированию апоптоза.[8]

Клиническое значение

Роль в установлении вирусной задержки

KAP1 способствует установлению вирусной латентности в определенных типах клеток цитомегаловируса человека (HCMV) и других эндогенных ретровирусов.[8][9]. KAP1 действует как корепрессор транскрипции вирусного генома. Белок связывается с гистонами вирусного хроматина, а затем рекрутирует Mi2α и SETB1. SETB1 представляет собой гистон-метилтрансферазу, которая рекрутирует HP1, тем самым вызывая образование гетерохроматина. Это образование гетерохроматина предотвращает транскрипцию вирусного генома. mTOR участвует в фосфорилировании KAP1, что приводит к переключению с латентного периода на литический цикл.[9]

Манипуляции и потенциал для будущего лечения

Атаксия, телеангиэктазия, мутировавшая (ATM) представляет собой киназу, которая (подобно mTOR) может фосфорилировать KAP1, что приводит к переключению с вирусной латентности на литический цикл. Было показано, что активатор хлорохина (ATM) приводит к увеличению транскрипции генома HCMV. Этот эффект усиливается за счет использования фактора некроза опухоли. Было высказано предположение, что это лечение (сопровождаемое антиретровирусным лечением) потенциально может очистить вирус от инфицированных людей.[9]

Взаимодействия

TRIM28 был показан взаимодействовать с:

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000130726 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000005566 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Реймонд А., Мерони Дж., Фантоцци А., Мерла Дж., Каир С., Лузи Л., Риганелли Д., Занария Е., Мессали С., Кайнарка С., Гуффанти А., Минуччи С., Пеликчи П. Г., Баллабио А. (май 2001 г.). «Семейство трехчастных мотивов идентифицирует клеточные компартменты». Журнал EMBO. 20 (9): 2140–51. Дои:10.1093 / emboj / 20.9.2140. ЧВК  125245. PMID  11331580.
  6. ^ Capili AD, Schultz DC, RauscherIII FJ, Borden KL (январь 2001 г.). «Структура раствора домена PHD из корепрессора KAP-1: структурные детерминанты для цинк-связывающих доменов PHD, RING и LIM». Журнал EMBO. 20 (1–2): 165–77. Дои:10.1093 / emboj / 20.1.165. ЧВК  140198. PMID  11226167.
  7. ^ "Entrez Gene: TRIM28 трехчастный мотив, содержащий 28".
  8. ^ а б c d е ж Айенгар, Сушма; Фарнем, Пегги (29 июля 2011 г.). «Белок KAP1: загадочный главный регулятор генома». Журнал биологической химии. 286 (30): 26267–26276. Дои:10.1074 / jbc.r111.252569. ЧВК  3143589. PMID  21652716.
  9. ^ а б c d Раувель, Бенджамин (07.04.2015). «Высвобождение цитомегаловируса человека из латентного периода с помощью переключателя фосфорилирования KAP1 / TRIM28». eLife. 4. Дои:10.7554 / eLife.06068. ЧВК  4384640. PMID  25846574.
  10. ^ Срипатия, Смита (20 марта 2006 г.). «Функции корепрессора KAP1 для координации сборки De Novo HP1-демаркированного микроокружения гетерохроматина, необходимого для репрессии транскрипции, опосредованной белком цинкового пальца KRAB». Молекулярная и клеточная биология. 26 (22): 8623–8638. Дои:10.1128 / mcb.00487-06. ЧВК  1636786. PMID  16954381.
  11. ^ Нильсен А.Л., Санчес К., Ичиносе Х., Червиньо М., Леруж Т., Шамбон П., Лоссон Р. (ноябрь 2002 г.). «Селективное взаимодействие между фактором ремоделирования хроматина BRG1 и гетерохроматином-ассоциированным белком HP1alpha». Журнал EMBO. 21 (21): 5797–806. Дои:10.1093 / emboj / cdf560. ЧВК  131057. PMID  12411497.
  12. ^ Каммас Ф., Улад-Абдельгани М., Вонеш Дж. Л., Хус-Гарсия И., Шамбон П., Лоссон Р. (сентябрь 2002 г.). «Дифференцировка клеток индуцирует ассоциацию TIF1beta с центромерным гетерохроматином через взаимодействие HP1». Журнал клеточной науки. 115 (Пт 17): 3439–48. PMID  12154074.
  13. ^ Нильсен А.Л., Улад-Абдельгани М., Ортис Дж. А., Рембоутсика Е., Шамбон П., Лоссон Р. (апрель 2001 г.). «Образование гетерохроматина в клетках млекопитающих: взаимодействие между гистонами и белками HP1». Молекулярная клетка. 7 (4): 729–39. Дои:10.1016 / S1097-2765 (01) 00218-0. PMID  11336697.
  14. ^ Lechner MS, Begg GE, Speicher DW, Rauscher FJ (сентябрь 2000 г.). «Молекулярные детерминанты для нацеливания на опосредованное гетерохроматиновым белком 1 молчание гена: прямое взаимодействие хромотеневого домена и корепрессора KAP-1 имеет важное значение». Молекулярная и клеточная биология. 20 (17): 6449–65. Дои:10.1128 / mcb.20.17.6449-6465.2000. ЧВК  86120. PMID  10938122.
  15. ^ а б Чанг CJ, Чен YL, Ли SC (октябрь 1998 г.). «Коактиватор TIF1beta взаимодействует с фактором транскрипции C / EBPbeta и глюкокортикоидным рецептором, вызывая экспрессию гена альфа-1-кислого гликопротеина». Молекулярная и клеточная биология. 18 (10): 5880–7. Дои:10.1128 / mcb.18.10.5880. ЧВК  109174. PMID  9742105.
  16. ^ Шульц Д.К., Айянатан К., Негорев Д., Мол Г.Г., Раушер Ф.Д. (апрель 2002 г.). «SETDB1: новый ассоциированный с KAP-1 гистон H3, лизин-9-специфическая метилтрансфераза, которая способствует HP1-опосредованному подавлению эухроматических генов белками цинкового пальца KRAB». Гены и развитие. 16 (8): 919–32. Дои:10.1101 / gad.973302. ЧВК  152359. PMID  11959841.
  17. ^ Моосманн П., Георгиев О., Ле Дуарен Б., Буркин Дж. П., Шаффнер В. (декабрь 1996 г.). «Репрессия транскрипции белком RING finger TIF1 beta, который взаимодействует с репрессорным доменом KRAB KOX1». Исследования нуклеиновых кислот. 24 (24): 4859–67. Дои:10.1093 / nar / 24.24.4859. ЧВК  146346. PMID  9016654.
  18. ^ Peng H, Begg GE, Harper SL, Friedman JR, Speicher DW, Rauscher FJ (июнь 2000 г.). «Биохимический анализ домена репрессии транскрипции Kruppel-ассоциированного бокса (KRAB)». Журнал биологической химии. 275 (24): 18000–10. Дои:10.1074 / jbc.M001499200. PMID  10748030.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.