Тинкер (программное обеспечение) - Tinker (software)
| Оригинальный автор (ы) | Джей Пондер, Пенгю Рен, Жан-Филипп Пикемаль |
|---|---|
| Разработчики) | Лаборатория Джея Пондера, Отделение химии, Вашингтонский университет в Сент-Луисе; Pengyu Ren Lab, Департамент биомедицинской инженерии, Техасский университет в Остине; Жан-Филип Пикемаль, Сорбонна, |
| изначальный выпуск | 8 сентября 2004 г. |
| Стабильный выпуск | 8.1.2 / 17 февраля 2017 г. |
| Написано в | Фортран 95, CUDA, OpenMP и MPI параллельный |
| Операционная система | Windows, OS X, Linux, Unix |
| Доступно в | английский |
| Тип | Молекулярная динамика |
| Лицензия | Проприетарный бесплатное ПО[1] |
| Интернет сайт | инструменты |
Тинкер, стилизованный под ТИНКЕР, это компьютер программного обеспечения заявка молекулярная динамика моделирование с полным и общим пакетом для молекулярная механика и молекулярная динамика, с некоторыми особенностями для биополимеры. Ядро пакета - это модульный набор вызываемых подпрограмм, которые позволяют манипулировать координатами и оценивать потенциальную энергию и производные с помощью простых средств.
Тинкер работает над Windows, OS X, Linux и Unix. Исходный код доступен бесплатно по ограниченной лицензии. Код написан на портативном FORTRAN 77, FORTRAN 95 или же CUDA с общими расширениями, а некоторые C.
Основные разработчики: 1) лаборатория Джея Пондера, на химическом факультете, Вашингтонский университет в Сент-Луисе, Святой Луи, Миссури. Заведующий лабораторией Пондер - профессор химии (основное назначение), биохимии, молекулярной биофизики и биомедицинской инженерии; 2) лаборатория Pengyu Ren , на кафедре биомедицинской инженерии Техасский университет в Остине, Остин, Техас. Заведующий лабораторией Рен - профессор биомедицинской инженерии; 3) Исследовательская группа Жана-Филипа Пикемаля в Лаборатории химии Теорика, факультет химии, Сорбонна, Париж. Руководитель исследовательской группы Пикемал - профессор теоретической химии.
Функции
Пакет Tinker основан на 3 кодах: i) канонический Тинкер (версия 8.); II) пакет Tinker-OpenMM для использования Тинкер с GPus; iii) пакет Tinker-HP для массово-параллельных приложений MPI на CPus и GPU . Тинкер-HP получила награду 2018 Премия Атоса-Жозефа Фурье в высокопроизводительных вычислениях.
Предоставляются программы для выполнения многих функций, включая:
- минимизация энергии более Декартовы координаты, крутильные углы или твердые тела через сопряженный градиент, переменную метрику или усеченный метод Ньютона
- молекулярная, стохастическая динамика и динамика твердого тела с периодическими границами и контролем температуры и давления
- колебательный анализ нормального режима
- дистанционная геометрия, включая эффективную случайную попарную метризацию
- построение структур белков и нуклеиновых кислот из последовательности
- имитация отжига с различными протоколами охлаждения
- анализ и разбивка одноточечных потенциальных энергий
- проверка аналитических производных стандартных и определяемых пользователем потенциалов
- расположение переходного состояния между двумя минимумами
- полный поиск поверхности энергии с помощью Проверка соответствия метод
- расчеты свободной энергии через возмущение свободной энергии или взвешенный анализ гистограммы
- подгонка параметров межмолекулярного потенциала к структурным и термодинамическим данным
- глобальная оптимизация за счет сглаживания энергетической поверхности, включая Возможное сглаживание и поиск (PSS) метод
Смотрите также
- Список программ для молекулярного моделирования методом Монте-Карло
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Молекулярная динамика
- Молекулярная геометрия
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Сравнение реализаций силового поля
- Складной @ дома
Рекомендации
- Лагардер, Луи; Джолли, Люк-Анри; Липпарини, Филиппо; Авиат, Феликс; Штамм, Бенджамин; Цзин, Чжифэн Ф .; Харгер, Мэтью; Торабифард, Хеди; Сиснерос, Андрес; Шнидерс, Майкл; Греш, Ноад; Мадай, Ивон; Рен, Пэнъю; Подумай, Джей; Пикемаль, Жан-Филипп (2018). «Tinker-HP: пакет для массово-параллельной молекулярной динамики для многомасштабного моделирования больших сложных систем с расширенными точечными дипольными поляризуемыми силовыми полями». Химическая наука. 9 (4): 956–972. Дои:10.1039 / C7SC04531J. ЧВК 5909332. PMID 29732110.
- Харгер, Мэтью; Ли, Даниэль; Ван, Чжи; Долби, Кевин; Лагардер, Луи; Пикемаль, Жан-Филипп; Думай, Джей У .; Рен, Пэнъю (2017). «Tinker-OpenMM: Абсолютная и относительная алхимическая свободная энергия с использованием AMOEBA на графических процессорах». Журнал вычислительной химии. 38 (23): 2047–2055. Дои:10.1002 / jcc.24853. ЧВК 5539969. PMID 28600826.
- Рен, Пэнъю; Вдумайтесь, Джей У. (2003). "Поляризуемая атомная многополюсная модель воды для моделирования молекулярной механики". Журнал физической химии B. 107 (24): 5933–5947. Дои:10.1021 / jp027815 +.
- Pappu, Rohit V .; Hart, Reece K .; Вдумайтесь, Джей В. (1998). «Анализ и применение методов сглаживания потенциальной энергии и поиска для глобальной оптимизации». Журнал физической химии B. 102 (48): 9725. Дои:10.1021 / jp982255t.
- Конг, Йонг; Вдумайтесь, Джей В. (1997). «Расчет поля реакции из-за смещенных от центра точечных мультиполей». Журнал химической физики. 107 (2): 481. Bibcode:1997ЖЧФ.107..481К. Дои:10.1063/1.474409.
- Дудек, Майкл Дж .; Вдумайтесь, Джей У. (1995). «Точное моделирование внутримолекулярной электростатической энергии белков». Журнал вычислительной химии. 16 (7): 791. CiteSeerX 10.1.1.502.6823. Дои:10.1002 / jcc.540160702.
- Kundrot, Craig E .; Думай, Джей У .; Ричардс, Фредерик М. (1991). «Алгоритмы для расчета исключенного объема и его производных как функции молекулярной конформации и их использование для минимизации энергии». Журнал вычислительной химии. 12 (3): 402. CiteSeerX 10.1.1.511.419. Дои:10.1002 / jcc.540120314.
- Думай, Джей У .; Ричардс, Фредерик М. (1987). «Эффективный ньютоноподобный метод молекулярной механики минимизации энергии больших молекул». Журнал вычислительной химии. 8 (7): 1016. Дои:10.1002 / jcc.540080710.