База данных метаболомов дрожжей - Yeast Metabolome Database
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных метаболомики |
| Типы данных захвачен | Структуры метаболитов дрожжей, описания метаболитов, реакции метаболитов, ферменты и переносчики метаболитов, последовательности ферментов и транспортеров дрожжей, химические свойства, номенклатура, синонимы, химическая таксономия, спектры ЯМР метаболитов, спектры ГХ-МС метаболитов, спектры ЖХ-МС метаболитов |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Альберты и Центр инноваций в области метаболомики |
| Лаборатория | Д-р Дэвид Вишарт |
| Основное цитирование | База данных метаболомов дрожжей.[1] |
| Доступ | |
| Интернет сайт | http://www.ymdb.ca |
| Скачать URL | http://www.ymdb.ca/downloads |
| Разное | |
| Выпуск данных частота | Каждые 2-3 года с периодическими исправлениями и обновлениями |
| Политика курирования | Курируется вручную |
В База данных метаболомов дрожжей (YMDB)[1] представляет собой всеобъемлющую, высококачественную, свободно доступную онлайн-базу данных малых молекул метаболиты найден или произведен Saccharomyces cerevisiae (Пекарские дрожжи ). YMDB был разработан для облегчения дрожжевого метаболомика исследования, особенно в области общих ферментация а также анализ вина, пива и ферментированных продуктов. YMDB поддерживает идентификацию и характеристику метаболитов дрожжей с использованием ЯМР-спектроскопия, ГХ-МС спектрометрия и Жидкостная хроматография – масс-спектрометрия. (Спектрометрия ЖХ-МС). YMDB содержит два типа данных: 1) химические данные и 2) молекулярная биология /биохимия данные. Химические данные включают 2027 структур метаболитов с подробными описаниями метаболитов, а также около 4000 ЯМР, ГХ-МС и ЖХ / МС спектры.
Биохимические данные включают 1104 белок (и ДНК ) последовательностей и более 900 биохимические реакции (Рис. 1), которые связаны с этими записями метаболитов.[1] Каждая запись метаболита в YMDB содержит более 80 полей данных, причем 2/3 информации посвящено химическим данным, а другая 1/3 - ферментативным или биохимическим данным. Многие поля данных имеют гиперссылки на другие базы данных (КЕГГ, PubChem, MetaCyc, ЧЭБИ, Банк данных белков, UniProt, и GenBank ) и разнообразные апплеты для просмотра структуры и пути. База данных YMDB поддерживает расширенный поиск по тексту, последовательности, спектру, химической структуре и реляционным запросам.
Объем и доступ
Все данные в YMDB не являются собственностью или получены из сторонних источников. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на исходный источник. Данные YMDB доступны через общедоступный веб-интерфейс и загружаются.
Пользователи могут выполнять поиск в YMDB, используя различные инструменты для конкретных баз данных. Простой текстовый запрос поддерживает общие текстовые запросы текстового компонента базы данных. Выбрав метаболиты или белки в поле «поиск», можно ограничить поиск и возвращаемые результаты только теми данными, которые связаны с метаболитами или белками. Инструмент просмотра YMDB генерирует табличный синопсис содержания YMDB (рис. 2). Это представление браузера позволяет пользователям случайно пролистывать базу данных или повторно сортировать ее содержимое. Нажатие на данную кнопку MetaboCard вызывает полное содержание данных для соответствующего метаболита (рис. 3). По ссылке «Поиск» пользователи найдут ряд параметров поиска, перечисленных в раскрывающемся меню. Параметр Chem Query позволяет пользователям рисовать (используя апплет MarvinSketch или ChemSketch) или набирать (Улыбки строка) химическое соединение и для поиска в YMDB химических веществ, похожих или идентичных запрашиваемому соединению. Опция Advanced Search поддерживает более сложный текстовый поиск в текстовой части YMDB. Кнопка Sequence Search позволяет пользователям выполнять ВЗРЫВ (белок ) поиск последовательностей всех последовательностей, содержащихся в YMDB. Как одиночная, так и множественная последовательность (т.е. целая протеом ) ВЗРЫВ запросы поддерживаются. YMDB также поддерживает опцию Data Extractor, которая позволяет искать и / или извлекать определенные поля данных или комбинации полей данных. Спектральный поиск эталонного соединения YMDB ЯМР и спектральные данные MS также поддерживаются через его MS, МС / МС, ГХ-МС и ЯМР Ссылки на поиск Spectra. Пользователи могут загрузить полные текстовые данные YMDB, химические структуры и данные последовательности, нажав кнопку «Загрузить».
Смотрите также
Рекомендации
- ^ а б c Джуисон, Тимоти; Нокс, Крейг; Неве, Ванесса; Джумбу, Янник; Го, Ань Чи; Ли, Жаклин; Лю, Филипп; Мандал, Рупашри; Кришнамурти, Рам; Синельников, Игорь; Уилсон, Майкл; Уишарт, Дэвид С. (январь 2012 г.). «База данных метаболома дрожжей». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D815–20. Дои:10.1093 / nar / gkr916. ЧВК 3245085. PMID 22064855.