Белок 101, связанный с аутофагией - Википедия - Autophagy-related protein 101
Белок, связанный с аутофагией 101 также известный как ATG101 это белок что у людей кодируется C12orf44 ген (хромосома 12 открытая рамка считывания 44).[5]
Аутофагия это процесс формирования вакуоль вокруг белков и нуклеиновых кислот, которые должны расщепляться в лизосомах. Переписанный мРНК последовательность C12orf44 составляет 1287 пар оснований, а после трансляции последовательность составляет 218 аминокислоты в длину. Белок ATG101 локализован в цитоплазма, но, возможно, также может быть обнаружен связанным со структурой, известной как фагофор, участвует в аутофагии. Этот ген высоко консервативен среди млекопитающих, а также демонстрирует сохранность среди большинства эукариот. Считается, что он напрямую взаимодействует с ATG13 в ULK1 комплекс, который может иметь значение для активации фагофоров.
Функция
ATG101 - это недавно обнаруженный важный белок, связанный с аутофагией, среди многих других белков, ответственных за аутофагию, процесс, хорошо сохраненный среди большинства эукариотических организмов. Однако ATG101 не гомологичен ни одному из других белков ATG. ATG101 взаимодействует с незаменимым белком аутофагии ATG13 у млекопитающих, что является ULK1 взаимодействующий белок.[6] Считается, что ULK1 (unc-51-подобная киназа 1) важен для активации макроаутофагии у млекопитающих. Предполагается, что ATG101 защищает ATG13 от протеасомной деградации, тем самым стабилизируя уровни ATG13 в клетках и регулируя уровни макроаутофагии.[7] Согласно опубликованным статьям, считается, что ATG101 локализуется на изолирующей мембране, также известной как фагофор. Это прикрепление к фагофору, возможно, могло бы объяснить сайт пальмитоилирования, обнаруженный на третьем АК, который является цистеин. Фагофоры несут ответственность за распознавание и окружение материалов, которые должны разлагаться в лизосома, путем формирования мембраны, которая полностью окружает материалы, подлежащие разложению.
Свойства белка
| Белок неизвестной функции DUF1649 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | DUF1649 | ||||||||
| Pfam | PF07855 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR012445 | ||||||||
| |||||||||
Белок ATG101 содержит домен DUF1649 (домен с неизвестной функцией 1649).
ATG101 высоко консервативен среди большинства позвоночных, включая таких животных, как мыши, чьи общие предки с людьми, как считалось, разошлись между 65 и 85 миллионами лет назад. Это может свидетельствовать о том, что ATG101 важен в том смысле, что он должен оставаться структурно консервативным для сохранения функции. Только 2 промаха SNP известны в последовательности ДНК для ATG101, что свидетельствует об отсутствии других версий этого белка, что также предполагает его структурную важность.
В этом концептуальном переводе можно увидеть сайт пальмитоилирования на третьей аминокислоте, а также возможный сайт фосфорилирования, показанный в скобках. Аминокислоты выровнены над кодирующей областью мРНК, которая также пронумерована по бокам. В ATG101 этот белок богат валином.
Экспрессия гена
Никаких конкретных данных об установлении ATG101 в каком-либо конкретном районе нет. Глядя на множественные наборы экспрессии как у людей, так и у мышей, было выдвинуто предположение, что он повсеместно экспрессируется в тканях.
Джин соседство
- GRASP GRP1 (общий рецептор фосфоинозитидов 1) -ассоциированный белок каркаса[8] -
Коды для общего рецепторного белка, который относительно неизвестен, расположен на той же цепи, что и C12orf44, как показано ниже, охватывает 8924 п.н.
- NR4A1 (подсемейство ядерных рецепторов 4, группа A, член 1) -
Этот ген кодирует фактор роста нервов IB, который входит в суперсемейство рецепторов стероидных гормонов и ретиноидов. Экспрессия индуцируется фитогемагглютинином в лимфоцитах человека и сывороточной стимуляцией арестованных фибробластов. Кодируемый белок действует как фактор ядерной транскрипции. Транслокация белка из ядра в митохондрии вызывает апоптоз. Расположение находится на той же цепи, что и C12orf44, охватывает 8097 п.н.
- OR7E47P (обонятельный рецептор, семейство 7, подсемейство E, член 47 псевдоген) -
Обонятельные рецепторы взаимодействуют с молекулами одоранта в носу, чтобы инициировать нейронный ответ, который запускает восприятие запаха. Белки обонятельных рецепторов являются членами большого семейства рецепторов, связанных с G-белками (GPCR), возникающих из генов одного кодирующего экзона. Обонятельные рецепторы разделяют структуру 7-трансмембранного домена со многими рецепторами нейротрансмиттеров и гормонов и отвечают за распознавание и опосредованную G-белком передачу сигналов запаха. Расположенный после C12orf44 на хромосоме, он лежит на той же цепи и имеет длину 946 п.н.
- KRT80 (кератин 80) -
Этот ген кодирует эпителиальный кератин, который слабо экспрессируется на языке. Он расположен на цепи, противоположной C12orf44, и его длина составляет 23 005 п.н.
Рекомендации
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000123395 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000037204 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ «Ген Энтреса: открытая рамка считывания 44 хромосомы 12».
- ^ Mercer CA, Kaliappan A, Dennis PB (июль 2009 г.). «Новый человеческий связывающий белок Atg13, Atg101, взаимодействует с ULK1 и необходим для макроаутофагии». Аутофагия. 5 (5): 649–62. Дои:10.4161 / авто.5.5.8249. PMID 19287211.
- ^ Хосокава Н., Сасаки Т., Иемура С., Нацумэ Т., Хара Т., Мидзусима Н. (октябрь 2009 г.). «Atg101, новый белок аутофагии млекопитающих, взаимодействующий с Atg13». Аутофагия. 5 (7): 973–9. Дои:10.4161 / авто.5.7.9296. PMID 19597335.
- ^ NM_001098673.1. Справочник NCBI [Интернет]. Bethesda (MD): Национальная медицинская библиотека (США), Национальный центр биотехнологической информации; 2002 окт. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Books
внешняя ссылка
- Человек ATG101 расположение генома и ATG101 страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.