C18orf63 - C18orf63

C18orf63
Идентификаторы
ПсевдонимыC18orf63, DKFZP781G0119, хромосома 18 открытая рамка считывания 63
Внешние идентификаторыMGI: 4936900 ГомолоГен: 124404 Генные карты: C18orf63
Расположение гена (человек)
Хромосома 18 (человек)
Chr.Хромосома 18 (человек)[1]
Хромосома 18 (человек)
Геномное расположение C18orf63
Геномное расположение C18orf63
Группа18q22.3Начните74,315,839 бп[1]
Конец74,359,189 бп[1]
Ортологи
ВидыЧеловекМышь
Entrez

644041

100503964

Ансамбль

ENSG00000206043

н / д

UniProt

Q68DL7

A0A494BAC1

RefSeq (мРНК)

NM_001174123

NM_001370919

RefSeq (белок)

NP_001167594

NP_001357848

Расположение (UCSC)Chr 18: 74.32 - 74.36 Мбн / д
PubMed поиск[2][3]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Хромосома 18 открытая рамка считывания 63 это белок который у человека кодируется C18orf63 ген.[4] Этот белок еще недостаточно изучен научным сообществом. Были проведены исследования, предполагающие, что C18orf63 может быть потенциальным биомаркер для ранней стадии панкреатический рак и рак молочной железы.[5][6]

Ген

Этот ген расположен на полосе 22, поддиапазоне 3, на длинной руке хромосома 18. Состоит из 5065 пар оснований охватывающий от 74 315 875 до 74 359 187 п.н. на 18 хромосоме.[4] Всего у гена 14 экзоны.[4] C18orf63 также известен под псевдонимом DKFZP78G0119.[7] Для этого гена не существует изоформ.[4]

Профиль экспрессии NCBI GEO для C18orf63

Выражение

C18orf63 имеет высокую экспрессию в яичко.[4] Ген показывает низкую экспрессию в почках, печени, легких и тазу.[8] Здесь нет фенотип связанный с этим геном.[4][9]

Промоутер

В промоутер регион для C18orf63 - длина 1163 п.н., начиная с 74 314 813 п.н и заканчивая 74 315 975 п.н.[10] Идентификатор промоутера - GXP_4417391. Наличие множества факторов транскрипции, связывающих y-бокс, и сайтов связывания факторов транскрипции SRY предполагает, что C18orf63 участвует в определении мужского пола.[11]

Протеин

Аминокислотный состав среднего белка (слева) и аминокислотный состав C18orf63 (справа)

Белок C18orf63 состоит из 685 аминокислоты и имеет молекулярную массу 77230,50 Да, с прогнозируемой изоэлектрическая точка 9,83.[4][12] Нет изоформы существуют для этого белка.[13] Этот белок богат глутамин, изолейцин, лизин, и серин по сравнению со средним белком, но не хватает аспарагиновая кислота и глицин.[14][15]

Структура

Частичная 3D-структура для C18orf63

В предсказанной вторичной структуре этого белка есть ряд бета-ходы, бета-нити и альфа спирали. Для C18orf63 ожидается, что 48,6% белка будет образовывать альфа-спирали, а 28,6% структуры, как ожидается, будут состоять из бета-цепей.[16][17]

Домены и мотивы

Мотивы и домены для C18orf63

Белок содержит один область неизвестной функции, DUF 4709, охватывающий от 7-й до 280-й аминокислоты.[18] Мотивы , которые предположительно существуют, включают N-концевой мотив, мотив RxxL и мотив, сохраняющий KEN, которые все сигнализируют о деградация белка.[19] Другой мотив, который, как предполагается, существует, - это мотив Wxxx, который способствует проникновению грузовых белков PTS1 в просвет органеллы, и мотив RVxPx, который позволяет транспортировать белок из сеть транс-Гольджи к плазматическая мембрана из реснички.[20][21] Также существует двудольный сигнал ядерной локализации в конце белковой последовательности.[22] Трансмембранного домена нет, что указывает на то, что C18orf63 не является трансмембранным белком.[23]

Посттрансляционные модификации

Посттрансляционные модификации прогнозируется, что белок подвергнется включению СУМОилирование, PKC и CK2 фосфорилирование, N-гликозилирование, амидитация и спайность.[24][25][26][27] Всего имеется шесть сайтов фосфорилирования PKC и 2 сайта фосфорилирования CK2, 2 сайта SUMOylation и 2 сайта N-гликозилирования. В этой последовательности нет сигнальных пептидов.[27]

Субклеточное расположение

Из-за сигнала ядерной локализации в конце белковой последовательности предполагается, что C18orf63 будет ядерный. C18orf63 также будет нацелен на митохондрии в дополнение к ядру.[28][29][30]

Гомология

Орологи

Ортологи были найдены в большинстве эукариоты, за исключением класса Амфибия.[13] Нет человека паралоги существуют для C18orf63.[13][31] Самый дальний обнаруживаемый гомолог - Mizuhopecten yessoensis, имеющий 37% идентичности с последовательностью белка человека. Домен с неизвестной функцией был единственным гомологичным доменом, присутствующим в последовательности белка, он оказался высококонсервативным во всех ортологах. В таблице ниже приведены некоторые примеры различных ортологов этого белка.

Таблица ортологов для C18orf63
РодВидыРаспространенное имяРегистрационный номерДлина последовательностиИдентичность последовательностиСходство последовательности
МлекопитающиеГалеоптерVariegatusЛетающий лемурXP_008582575.167778%87%
ФукомысDamarensisДамарский землекопXP_019061329.165470%81%
EquusПржевальскийЛошадь ПржевальскогоXP_008534756.175176%83%
ЛоксодонтаафрикаАфриканский слонXP_023399495.167673%83%
ШиншиллаLanigeraДлиннохвостая шиншиллаXP_005373135.167974%83%
АвесCorvusCornixСерая воронаXP_019138065.274352%69%
СтурнусvulgarisОбыкновенный скворецXP_014726419.174251%68%
СтрутиокамелусЮжный страусXP_009668441.174144%62%
ФаэтонлептурусБелохвостый тропический птицаXP_010287785.174044%60%
НесторNotabillisКеаXP_010018784.174143%60%
РептилииОфиофагХаннаКоролевская кобраETE73844.167155%69%
АнолисcarolinensisКаролина анолXP_008106943.171948%66%
ПогонаvitticepsЦентральный бородатый драконXP_020657479.167652%70%
ChrysemysпиктаНарисованная черепахаXP_008162704.177045%60%
РыбыКаллоринхмилиАвстралийская акула-призракXP_007901438.173857%74%
РинкодонтипКитовая акулаXP_020370482.171241%55%
SalmoзарплатаАтлантический лососьXP_0140366110.162643%60%
БеспозвоночныеСтилофорапестикКоралловыйXP_022802513.172133%57%
AcanthasterPlanciТерновый венец морская звездаXP_022082271.175037%56%
MizuhopectenyessoensisГребешокOWF48219.126037%57%
Скорость эволюции C18orf63 по сравнению с бетаглобином, фибриногеном альфа и цитохромом c

Скорость эволюции

C18orf63 - это медленно эволюционирующий белок. Белок развивается быстрее, чем Цитохорме С но медленнее, чем Бетаглобин.[13]

Взаимодействующие белки

Предполагается, что интересующие факторы транскрипции связываются с регуляторной последовательностью, включая: супрессоры опухолей p53, SRY яичка определяющие факторы, Факторы транскрипции, связывающие Y-бокс, и элементы, реагирующие на глюкокортикоиды.[10] Было обнаружено, что белок JUN взаимодействует с C18orf63 через антимикробную приманку. коиммунопреципитация.[32] Белок JUN связывается с промотором USP28 в клетки колоректального рака и участвует в активации этих раковых клеток.[33][34]

Клиническое значение

Мутации

Разнообразие миссенс-мутации встречаются в человеческой популяции для этого белка. В регуляторной последовательности миссенс-мутации происходят в двух сайтах связывания факторов транскрипции.[31] Затрагиваемые факторы транскрипции: элементы, реагирующие на глюкокортикоиды и Регуляторы клеточного цикла E2F-myc. Существует одиннадцать распространенных мутаций, которые влияют на саму последовательность белка.[31] Ни одна из этих мутаций не влияет на предсказанные посттрансляционные модификации, которым подвергается последовательность белка.

Ассоциация болезней

C18orf63 был связан с расстройства личности, ожирение, и диабет второго типа через исследование ассоциации всего генома.[35][36][37] В настоящее время исследования не показали, играет ли C18orf63 прямую роль в каком-либо из этих заболеваний.

использованная литература

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000206043 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ а б c d е ж г "C18orf63 хромосома 18 открытая рамка считывания 63 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-02-19.
  5. ^ Чжэн Х., Чжао С., Цянь М., Рой С., Сохерварди А., Рой Д., Курук М. (30 сентября 2015 г.). Новые протеомные рабочие процессы сочетают истощение альбумина и переваривание на гранулах для количественной оценки онкологической сыворотки (PDF). Группа поддержки биотехнологий (Отчет). Отчет по применению. Центр интегративной протеомики Рутгерса.
  6. ^ Курук М. (апрель 2016 г.). Общность фенотипа протеома в сыворотке крови при анализе с помощью ЖХ-МС / МС и его применение для мониторинга нарушения самочувствия. Ежегодное собрание Американской ассоциации исследований рака, 2016 г. Новый Орлеан, Лос-Анджелес, США. Дои:10.13140 / rg.2.2.23237.65765.
  7. ^ "C18orf63 Gene". Генные Карты. Получено 2018-02-19.
  8. ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, команда разработчиков EMBL-EBI Expression Atlas. "Результаты поиска <Атлас выражений . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-04-26.
  9. ^ Космический. "Ген C18orf63 - КОСМИЧЕСКИЙ". Cance.sanger.ac.uk. Получено 2018-04-27.
  10. ^ а б «Genomatix - Анализ данных NGS и персонализированная медицина». www.genomatix.de. Получено 2018-04-27.
  11. ^ Справка, Дом генетики. "Ген SRY". Домашний справочник по генетике. Получено 2018-05-05.
  12. ^ «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2018-04-26.
  13. ^ а б c d «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-04-26.
  14. ^ EMBL-EBI. «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-05-01.
  15. ^ «Аминокислотная частота». www.tiem.utk.edu. Получено 2018-05-01.
  16. ^ Кумар Т.А. "CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman". www.biogem.org. Получено 2018-05-01.
  17. ^ «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2018-05-01.
  18. ^ «неохарактеризованный белок C18orf63 [Homo sapiens] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2018-04-26.
  19. ^ Морган Д.О. (июнь 2013 г.). «Коробка D встречает свою спичку». Молекулярная клетка. 50 (5): 609–10. Дои:10.1016 / j.molcel.2013.05.023. ЧВК  3702177. PMID  23746347.
  20. ^ Neuhaus A, Kooshapur H, Wolf J, Meyer NH, Madl T., Saidowsky J, Hambruch E, Lazam A, Jung M, Sattler M, Schliebs W., Erdmann R (январь 2014 г.). «Новый сайт взаимодействия с белком Pex14 человеческого Pex5 имеет решающее значение для импорта матричного белка в пероксисомы». Журнал биологической химии. 289 (1): 437–48. Дои:10.1074 / jbc.M113.499707. ЧВК  3879566. PMID  24235149.
  21. ^ Ou Y, Zhang Y, Cheng M, Rattner JB, Dobrinski I., van der Hoorn FA (2012). «Нацеливание CRMP-2 на первичную ресничку модулируется GSK-3β». PLOS ONE. 7 (11): e48773. Bibcode:2012PLoSO ... 748773O. Дои:10.1371 / journal.pone.0048773. ЧВК  3504062. PMID  23185275.
  22. ^ Накаи К., Хортон П. (январь 1999 г.). «PSORT: программа для обнаружения сигналов сортировки в белках и прогнозирования их субклеточной локализации». Тенденции в биохимических науках. 24 (1): 34–6. Дои:10.1016 / S0968-0004 (98) 01336-X. PMID  10087920.
  23. ^ Möller S, Croning MD, Apweiler R (июль 2001 г.). «Оценка методов прогнозирования областей, охватывающих мембраны». Биоинформатика. 17 (7): 646–53. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.7.646. PMID  11448883.
  24. ^ "Сканер мотивов". myhits.isb-sib.ch. Получено 2018-04-27.
  25. ^ «Сервер NetAcet 1.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-04-27.
  26. ^ "Сервер NetNGlyc 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-04-27.
  27. ^ а б Петерсен Т.Н., Брунак С., фон Хейне Г., Нильсен Н. (сентябрь 2011 г.). «SignalP 4.0: отличия сигнальных пептидов от трансмембранных областей». Методы природы. 8 (10): 785–6. Дои:10.1038 / nmeth.1701. PMID  21959131. S2CID  16509924.
  28. ^ "Атлас клеток - C18orf63 - Атлас белков человека". www.proteinatlas.org. Получено 2018-05-01.
  29. ^ «PSORT: инструмент для прогнозирования субклеточной локализации белка». www.genscript.com. Получено 2018-05-01.
  30. ^ «Сервер TargetP 1.1». www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-05-01.
  31. ^ а б c "Человеческий поиск BLAT". genome.ucsc.edu. Получено 2018-04-27.
  32. ^ Ли Х, Ван В., Ван Дж., Малованная А., Си И, Ли В., Герра Р., Хоук Д.Х., Цинь Дж., Чен Дж. (Январь 2015 г.). «Протеомные анализы выявляют различные комплексы связанных с хроматином и растворимых факторов транскрипции». Молекулярная системная биология. 11 (1): 775. Дои:10.15252 / msb.20145504. ЧВК  4332150. PMID  25609649.
  33. ^ «JUN - фактор транскрипции AP-1 - Homo sapiens (человек) - ген и белок JUN». www.uniprot.org. Получено 2018-05-01.
  34. ^ Серра Р.В., Фанг М., Парк С.М., Хатчинсон Л., Грин М.Р. (март 2014 г.). "KRAS-направленный путь подавления транскрипции, который опосредует фенотип метилирования CpG-островков". eLife. 3: e02313. Дои:10.7554 / eLife.02313. ЧВК  3949416. PMID  24623306.
  35. ^ Terracciano A, Sanna S, Uda M, Deiana B, Usala G, Busonero F, Maschio A, Scally M, Patriciu N, Chen WM, Distel MA, Slagboom EP, Boomsma DI, Villafuerte S, Sliwerska E, Burmeister M, Amin N , Janssens AC, van Duijn CM, Schlessinger D, Abecasis GR, Costa PT (июнь 2010 г.). «Полногеномное сканирование ассоциаций пяти основных параметров личности». Молекулярная психиатрия. 15 (6): 647–56. Дои:10.1038 / mp.2008.113. ЧВК  2874623. PMID  18957941.
  36. ^ Comuzzie AG, Cole SA, Laston SL, Voruganti VS, Haack K, Gibbs RA, Butte NF (2012). «Новые генетические локусы, определенные для патофизиологии детского ожирения в латиноамериканском населении». PLOS ONE. 7 (12): e51954. Bibcode:2012PLoSO ... 751954C. Дои:10.1371 / journal.pone.0051954. ЧВК  3522587. PMID  23251661.
  37. ^ Саксена Р., Войт Б. Ф., Лиссенко В., Бертт Н. П., де Баккер П. И., Чен Х., Ройс Дж. Дж., Катиресан С., Хиршхорн Дж. Н., Дали М. Дж., Хьюз Т. Е., Груп Л., Альтшулер Д., Альмгрен П., Флорез Дж. К., Мейер Дж., Ардли K, Bengtsson Boström K, Isomaa B, Lettre G, Lindblad U, Lyon HN, Melander O, Newton-Cheh C, Nilsson P, Orho-Melander M, Råstam L, Speliotes EK, Taskinen MR, Tuomi T, Guiducci C, Berglund A, Карлсон Дж., Джаннини Л., Хакетт Р., Холл L, Холмквист Дж., Лаурила Е., Сьёгрен М., Стернер М., Сурти А., Свенссон М., Свенссон М., Тьюхи Р., Блуменштиель Б., Паркин М., Дефеличе М., Барри Р., Бродер В., Камарата Дж., Чиа Н., Фава М., Гиббонс Дж., Хендсакер Б., Хили К., Нгуен К., Гейтс С., Сугнез К., Гейдж Д., Низзари М., Габриэль С. Б., Чирн Г. В., Ма К., Парик Х., Ричардсон Д. , Рике Д., Перселл С. (июнь 2007 г.). «Полногеномный ассоциативный анализ определяет локусы диабета 2 типа и уровни триглицеридов». Наука. 316 (5829): 1331–6. Bibcode:2007 Наука ... 316.1331.. Дои:10.1126 / science.1142358. PMID  17463246. S2CID  26332244.