C7orf50 - C7orf50

C7orf50
Идентификаторы
ПсевдонимыC7orf50, YCR016W, открытая рамка считывания хромосомы 7 50
Внешние идентификаторыMGI: 1920462 ГомолоГен: 49901 Генные карты: C7orf50
Расположение гена (человек)
Хромосома 7 (человек)
Chr.Хромосома 7 (человек)[1]
Хромосома 7 (человек)
Геномное расположение C7orf50
Геномное расположение C7orf50
Группа7p22.3Начинать996,986 бп[1]
Конец1,138,260 бп[1]
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez

84310

73212

Ансамбль

ENSG00000146540

ENSMUSG00000053553

UniProt

Q9BRJ6

Q9CXL3

RefSeq (мРНК)

NM_028469

RefSeq (белок)

NP_082745

Расположение (UCSC)Chr 7: 1 - 1.14 МбChr 5: 139.36 - 139.46 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

C7orf50 (хромосома 7, открытая рамка считывания 50) это ген в людях (Homo sapiens ), который кодирует белок известный как C7orf50 (не охарактеризованный белок C7orf50). Этот ген повсеместно экспрессируется в почки, мозг, толстый, предстательная железа, селезенка среди 22 других тканей и демонстрирует низкую тканевую специфичность.[5][6] C7orf50 сохраняется в шимпанзе, Обезьяны-резусы, собаки, коровы, мышей, крысы, и куры, а также 307 других организмы из млекопитающие к грибы.[7] Предполагается, что этот белок участвует в импорте рибосомальные белки в ядро собираться в рибосомные субъединицы как часть рРНК обработка.[8][9] Кроме того, предполагается, что этот ген будет микроРНК (miRNA) белок, кодирующий ген хозяина, это означает, что он может содержать гены miRNA в своем интроны и / или экзоны.[10][11]

Ген

Фон

C7orf50, также известный как YCR016W, MGC11257 и LOC84310, является ген, кодирующий белок плохой характеристики, требующей дальнейших исследований. Доступ к этому гену можно получить на NCBI по инвентарному номеру NC_000007.14, на HGNC по идентификационному номеру 22421, на ENSEMBL по ID ENSG00000146540, на Генные Карты в GCID: GC07M000996, и дальше UniProtKB в удостоверении личности Q9BRJ6.

Место расположения

C7orf50 расположен на короткая рука из хромосома 7 (7п22.3), начиная с базовая пара (б.п.) 977 964 и заканчиваются на 1 138 325 б.п. Этот ген занимает 160 361 п.н. на минус (-) цепи и содержит в общей сложности 13 экзонов.[5]

Gene Neighborhood

Гены в окрестности C7orf50 следующие: LOC105375120, GPR146, LOC114004405, LOC107986755, ZFAND2A, LOC102723758, LOC106799841, COX19, ADAP1, CYP2W1, MIR339, GPER1 и LOC101927021. Это соседство простирается от 89700 до 1165958 пар оснований на хромосоме 7.[5]

мРНК

Альтернативная сварка

C7orf50 имеет в общей сложности 7 экспериментально отобранных мРНК стенограммы.[5] Эти транскрипты поддерживаются независимо от аннотированных геномов и не были сгенерированы вычислительными методами из конкретной сборки генома, такой как первичная сборка GRCh38.p13; поэтому они обычно более надежны. Самый длинный и полный из этих транскриптов (транскрипт 4) составляет 2138 п.н., что дает 194 аминокислота -длинный (аа) белок, состоящий из 5 экзонов.[12] Из этих транскриптов четыре кодируют один и тот же белок 194aa (изоформа а),[13] различаются только их 5 'и 3' непереведенные регионы (UTR). Три других транскрипта кодируют изоформы b, c и d соответственно. Таблица ниже представляет эти стенограммы.

C7orf50 определено экспериментально

Контрольные последовательности NCBI (RefSeq) Транскрипты мРНК

ИмяНомер регистрации NCBIДлина стенограммыКол-во экзоновДлина белкаИзоформа
Вариант стенограммы 1NM_032350.51311бп5194aaа
Вариант стенограммы 2NM_001134395.11301бп5194aaа
Вариант стенограммы 3NM_001134396.11282бп5194aaа
Вариант стенограммы 4NM_001318252.22138бп5194aaа
Вариант стенограммы 7NM_001350968.11081бп6193aaб
Вариант стенограммы 8NM_001350969.11500 бп5180aac
Вариант стенограммы 9NM_001350970.11448бп360aad

Альтернативно, когда первичная геномная сборка, GRCh38.p13, используется для аннотации (NCBI: NC_000007.14), имеется 10 предсказанных расчетами транскриптов мРНК.[5] Наиболее полный и поддерживаемый из этих транскриптов (вариант транскрипта X6) составляет 1896 п.н., что дает белок длиной 225 а.о.[14] Всего для C7orf50 предсказано 6 различных изоформ. Из этих транскриптов 5 кодируют одну и ту же изоформу (X3).[15] Остальные транскрипты кодируют изоформы X2, X4, X5, X6 и X7, как представлено ниже.

C7orf50 определяется расчетным путем

Контрольные последовательности NCBI (RefSeq) Транскрипты мРНК

ИмяНомер регистрации NCBIДлина стенограммыДлина белкаИзоформа
Вариант стенограммы X2XM_017012719.11447бп375aaX2
Вариант стенограммы X3XM_011515582.31192бп225aaX3
Вариант стенограммы X4XM_024446977.11057бп193aaX4
Вариант стенограммы X5XM_011515581.31240бп225aaX3
Вариант стенограммы X6XM_011515584.21896бп225aaX3
Вариант стенограммы X7XM_017012720.21199бп225aaX3
Вариант стенограммы X8XM_011515583.21215бп225aaX3
Вариант стенограммы X9XM_017012721.22121бп211aaX5
Вариант стенограммы X10XM_024446978.12207бп180aaX6
Вариант стенограммы X11XM_024446979.1933бп93aaX7

5 'и 3' UTR

На основании экспериментально определенного варианта транскрипта мРНК C7orf50 4, 5'-UTR C7orf50 составляет 934 нуклеотиды (nt) long, а 3 'UTR - 619nt. Кодирующая последовательность (CDS) этого транскрипта охватывает nt 935..1519 с общей длиной 584nt и кодируется в рамке считывания 2.[12] Интересно, что 5'UTR C7orf50 содержит uORF нуждаются в дальнейшем исследовании, в диапазоне от нуклеотида 599 до нуклеотида 871 также во второй рамке считывания.[16]

Протеин

Общие свойства

Последовательность белка 194aa изоформы C7orf50 изоформы a от NCBI [13] как следует:

> NP_001127867.1 неохарактеризованная изоформа a белка C7orf50 [Homo sapiens] MAKQKRKVPEVTEKKNKKLKKASAEGPLLGPEAAPSGEGAGSKGEAVLRPGLDAEPELSPEEQRVLERKL 70KKERKPKKEERQRLREAGLVDYLCRWAQKHKNWRFQKTRQTWLLLHMYDSDKVPDEH 140FSTLLAYLEGLQGRARELTVQKAEALMRELDEEGSDPPLPGRAQRIRQVLQLLS 194

Подчеркнутый участок в последовательности указывает на домен, известный как DUF2373 («домен с неизвестной функцией 2373»), обнаруженный в изоформах a, b и c.

C7orf50 имеет прогнозируемый молекулярный вес (Mw) 22 кДа, что делает C7orf50 меньше, чем средний белок (52 кДа).[17] В изоэлектрическая точка (теоретическая pI) для этой изоформы составляет 9,7, что означает, что C7orf50 является слегка основным.[18][19] Что касается циклов зарядки и закономерностей в изоформе a, существует значительный цикл смешанного заряда (*) (- ++ 0 ++ - +++ - +) от aa67 до aa79 и кислотный (-) цикл от aa171 - aa173 . Вполне вероятно, что этот прогон смешанного заряда кодирует белок-белковое взаимодействие (PPI) сайт C7orf50.[20][21]

Домены и мотивы

DUF2373 - это область неизвестной функции обнаружен в белке C7orf50. Это очень консервативный c-терминал регион найден от грибов до человека.[22] Что касается мотивов, то двудольный сигнал ядерной локализации (NLS) был предсказан от aa6 до aa21, что означает, что C7orf50, вероятно, локализован в ядре.[23] Интересно, что сигнал ядерного экспорта (NES) также обнаруживается в белке C7orf50 в следующих аминокислотах: 150 и 153–155, что позволяет предположить, что C7orf50 выполняет функцию как внутри, так и вне ядра.[24][25]

Схематическая модель белка C7orf50. Зеленая область указывает на сигнал ядерной локализации (NLS), синяя - на смешанный заряд, а оранжевая - на DUF2373. Отмеченные сайты указывают на пост-трансляционные модификации. Изображение создано с помощью инструмента Prosite MyDomains.

Структура

Вторичная структура

Большинство C7orf50 (изоформа а) вторичная структура состоит из альфа спирали, а остальная часть - небольшие части случайные катушки, бета-ходы, или удлиненные пряди.[26][27]

Третичная структура

В третичная структура C7orf50 состоит в основном из альфа-спиралей, как определено I-TASSER.[9][28][29]

Четвертичная структура

Сеть взаимодействия (четвертичная структура ) с участием белка C7orf50 имеет значительно больше (p <1.0e-16) взаимодействий, чем случайно выбранный набор белков. Это указывает на то, что эти белки частично связаны биологически как группа; следовательно, они внутренне зависят друг от друга в рамках своего биологического пути.[30] Это означает, что хотя функция C7orf50 не охарактеризована, он, скорее всего, связан с теми же процессами и функциями, что и белки в его сети.

Функциональные улучшения в сети C7orf50
Биологические процессыобработка рРНКсозревание 5.8S, LSU и SSU рРНК
Молекулярные функциикаталитическая активность, действующая на РНКАТФ-зависимая РНК-геликазная активность
Сотовые компонентыядрышкопрерибосомы
Реактивные путиосновной путь процессинга рРНК в ядрышке и цитозолеМодификация рРНК в ядре и цитозоле
Белковые домены и мотивыконсервативный С-концевой домен геликазыГеликаза DEAD / DEAH box

Ближайшими предполагаемыми функциональными партнерами C7orf50 являются следующие белки: DDX24, DDX52, PES1, EBNA1BP2, RSLD1, NOP14, FTSJ3, KRR1, ЛЯР, и PWP1. Предполагается, что эти белки будут совместно экспрессироваться, а не связываться напрямую C7orf50 и друг с другом.

STRING четвертичный анализ C7orf50. Показывает белок-белковые взаимодействия (прямые и косвенные), связанные с C7orf50. Узлы сети (кружки) представляют белки. Края (линии) представляют собой белок-белковые ассоциации.

Регулирование

Генная регуляция

Промоутер

C7orf50 имеет 6 предсказаний промоутер регионы. Промотор с наибольшим количеством транскриптов и Теги CAGE общий набор промоутеров 6 (GXP_6755694) на Эльдорадо, автор Геноматикс. Эта область промотора находится на минусовой (-) цепи и имеет начальную позицию 1137965 и конечную позицию 1139325, что делает этот промотор длиной 1361 п.н. Он имеет 16 кодирующих транскриптов, и транскрипт, наиболее идентичный транскрипту 4 C7orf50, представляет собой транскрипт GXT_27788039 с 98746 тегами CAGE.[31]

ID промоутераНачальная позицияКонечное положениеДлинаКоличество стенограмм кодированияНаибольшее количество тегов CAGE в стенограммах
GXP_9000582101306310131631101бп0Нет данных
GXP_6755691102823910300701832бп4169233
GXP_6053282105520610563061101бп1449
GXP_3207505112728811283881101бп1545
GXP_9000584113054111316411101бп0Нет данных
GXP_6755694113796511393251361бп16100,070

В Остров CpG связанный с этим промотором, имеет 75 CpG (22% островка) и имеет длину 676 пар оснований. Количество C плюс G составляет 471, процент C или G составляет 70% в пределах этого острова, а отношение наблюдаемого к ожидаемому CpG составляет 0,91.[32][33]

C7orf50 с ElDorado предполагал промоторы с помеченными экзонами. Ген находится на минусовой (-) цепи, поэтому транскрипты промотора (GXP_6755694) проходят от 5 ’к 3’ на нижней цепи (R к L).

Сайты связывания факторов транскрипции

Как определено MatInspector в Геноматикс, следующее фактор транскрипции (TF) с наибольшей вероятностью связываются с C7orf50 в промоторной области.[31]

Фактор транскрипцииПодробная информация о семье
NR2FПодсемейство ядерных рецепторов 2 фактора
ПЕРОРецептор, активируемый пролифератором пероксисом
HOMFФакторы транскрипции гомеодомена
PRDMФактор транскрипции домена PR (гомологичный PRDI-BF1-RIZ1)
ВТБПФактор белка, связывающего ТАТА позвоночных
HZIPФакторы транскрипции гомеодомен-лейциновая молния
ZTREРегулятор транскрипции цинка
XBBFФакторы привязки X-box
SP1FФакторы GC-Box SP1 / GC
CAATФакторы связывания CCAAT
ZF57Цинк-палец-белок с доменом KRAB 57
CTCFСемейство генов CTCF и BORIS, регуляторы транскрипции с высококонсервативными доменами цинковых пальцев
МИОДФакторы, определяющие миобласты
KLFSКруппель подобные факторы транскрипции

Образец выражения

C7orf50 демонстрирует повсеместную экспрессию в почках, головном мозге, жировой ткани, предстательной железе, селезенке и других тканях, а также низкую тканевую и иммунную специфичность.[5][6] Эта экспрессия очень высока, в 4 раза выше среднего гена; следовательно, количество мРНК C7orf50 выше, чем в среднем в клетке.[34] По-видимому, не существует определенного типа клеток, в котором этот ген не экспрессируется.[35]

Регламент транскрипции

Усилители сварки

Предполагается, что мРНК C7orf50 будет иметь энхансеры экзонного сплайсинга, в котором Белки SR может связываться, в положениях п.н. 45 (SRSF1 (IgM-BRCA1)), 246 (SRSF6 ), 703 (SRSF5 ), 1301 (SRSF1 ) и 1308 (SRSF2 ) [36][37]

Прогнозирование петли ствола

Предполагается, что как 5 ', так и 3' UTR мРНК C7orf50 складываются в такие структуры, как петли выпуклости, внутренние петли, петли разветвленные, петли для шпилек, и двойные спирали. 5'UTR имеет прогнозируемый свободная энергия -416 ккал / моль при ансамблевом разнообразии 238. 3 'UTR имеет прогнозируемую свободную энергию -279 ккал / моль при ансамблевом разнообразии 121.[38]

Нацеливание на miRNA

В 3’UTR мРНК C7orf50 имеется много плохо консервативных сайтов связывания miRNA. Известные семейства miRNA, которые, как предполагается, связываются с мРНК C7orf50 и регулируют / репрессируют транскрипцию, следующие: miR-138-5p, miR-18-5p, miR-129-3p, miR-124-3p.1, miR-10-5p и miR-338-3p.[39][40][41]

Белковая регуляция

Субклеточная локализация

Предполагается, что белок C7orf50 локализуется в межклеточном пространстве как в ядре, так и в цитоплазме, но в первую очередь в нуклеоплазме и ядрышках.[42][43][23][44]

Посттрансляционная модификация

Предполагается, что белок C7orf50 относится к муциновому типу. GalNAc о-гликозилированный на следующих аминокислотных сайтах: 12, 23, 36, 42, 59 и 97.[45][46] Кроме того, предполагается, что этот белок будет СУМОилированный at aa71 со связыванием белка SUMO от aa189 до aa193.[47][48][49] C7orf50 также прогнозируется киназа -специфический фосфорилированный на следующие аминокислоты: 12, 23, 36, 42, 59, 97, 124, 133, 159 и 175.[50][51][52][53][54] Интересно, что многие из этих сайтов перекрываются с сайтами о-гликозилирования. Из этих сайтов фосфорилирования большинство составляют серины (53%), а остальные либо тирозины или же тренонины. Наиболее ассоциированными с этими сайтами киназами являются следующие группы киназ: AGC, CAMK, TKL, и STE. Наконец, предполагается, что этот белок содержит 8 гликации ε аминогрупп лизины на следующих сайтах: aa3, 5, 14, 15, 17, 21, 76 и 120.[55][56]

Гомология

Паралоги

Нет паралоги C7orf50 были обнаружены в геноме человека; однако есть незначительные доказательства (58% сходства) паралогичного домена DUF2373 в белке KIDINS220.[57]

Ортологи

Ниже представлена ​​таблица различных ортологи гена C7orf50 человека.[58][7] В таблицу включены близкие, средне и дальние ортологи. C7orf50 высоко эволюционно консервативен от млекопитающие к грибы. При сравнении этих последовательностей ортологов наиболее консервативными частями являются части DUF2373, что подчеркивает важность этого домена в функционировании C7orf50. C7orf50 эволюционировал умеренно и равномерно с течением времени со скоростью расхождения более Гемоглобин но меньше чем Цитохром с.

Избранные ортологи C7orf50
Род и видРаспространенное имяКласс таксонаДата расхождения (MYA)Номер доступаДлина (AA)% идентичности с человеком
Homo sapiensЧеловекМлекопитающиеНет данныхNM_001318252.2194aa100%
Тупая китайскаяКитайская землеройкаМлекопитающие82XP_006167949.1194aa76%
Dasypus novemcinctusДевятиполосый броненосецМлекопитающие105XP_004483895.1198aa70%
Miniopterus natalensНатальская длиннопалая летучая мышьМлекопитающие96XP_016068464.1199aa69%
Протоботропс мукроскваматусКоричневая гадюкаРептилии312XP_015673296.1196aa64%
Balearica Regulorum gibbericepsСерый венценосный журавльАвес312XP_010302837.1194aa61%
Falco peregrinusСапсанАвес312XP_027635198.1193aa59%
Xenopus laevisАфриканская когтистая лягушкаАмфибия352XP_018094637.1198aa50%
Электрофор электрическийЭлектрический угорьАктиноптеригии435XP_026880604.1195aa53%
Ринкодон типКитовая акулаChondrichthyes465XP_020372968.1195aa52%
Циона кишечникаМорская вазаAscidiacea676XP_026696561.1282aa37%
Осьминог бимакулоидныйКалифорнийский двухточечный осьминогГоловоногие моллюски797XP_014772175.1221aa40%
Приапул хвостатыйПриапулПриапулида797XP_014663190.1333aa39%
Бомб террестрисЖелтохвостый шмельНасекомое797XP_012171653.1260aa32%
Актиния тенебросаАвстралийский красный морской анемон варатаАнтозоа824XP_031575029.1330aa43%
Trichoplax adhaerensTrichoplaxTrichoplacidae948XP_002110193.1137aa44%
Spizellomyces punctatusВетвящиеся хитридовые грибыГрибы1105XP_016610491.1412aa29%
Eremothecium cymbalariaeГрибыГрибы1105XP_003644395.1266aa25%
Quercus suberПробковый дубPlantae1496XP_023896156.1508aa30%
Plasmopara halstediiЛожная мучнистая роса подсолнечникаОомицеты1768XP_024580369.1179aa26%
Скорость дивергенции C7orf50 по сравнению со скоростью дивергенции гемоглобина и цитохрома C.

Функция

Консенсусное предсказание функции C7orf50 (условия GO), как определено И-ТАССЕР,[59][28][29] предсказывает, что молекулярная функция будет связывание с белками, биологический процесс должен быть импорт белка (конкретно в ядро ), а связанный с ней клеточный компонент - поровый комплекс (в частности, ядерная оболочка ). Можно предсказать, что функция C7orf50 заключается в том, что C7orf50 импортирует рибосомные белки в ядро, чтобы превратить их в рибосомы, но необходимы дальнейшие исследования для закрепления этой функции.

Взаимодействующие белки

Белки, по прогнозам, будут взаимодействовать с C7orf50 [60][61]
Название протеинаИмя ДжинаФункцияНомер доступа UniProt
Белок 1, содержащий домен THAP1THAP1ДНК-связывающий регулятор транскрипции, который регулирует пролиферацию эндотелиальных клеток и прогрессию клеточного цикла G1 / S.[62]Q9NVV9
Протеиновый налог-2налогАктиватор транскрипции, который активирует как вирусный длинный концевой повтор (LTR), так и клеточные промоторы посредством активации путей CREB, NF-каппа-B, SRF и AP-1.[63]P03410
Главный прионный белокPRNPЕго основная физиологическая функция неясна. Может играть роль в развитии нейронов и синаптической пластичности. Может потребоваться для поддержания миелиновой оболочки нейронов. Может способствовать гомеостазу миелина, действуя как агонист рецептора ADGRG6. Может играть роль в усвоении железа и гомеостазе железа.[64]P04156
Альдегиддегидрогеназа X, митохондриальнаяALDH1B1Играют важную роль в детоксикации ацетальдегида, полученного из спирта. Они участвуют в метаболизме кортикостероидов, биогенных аминов, нейромедиаторов и перекисном окислении липидов.[65]P30837
Ядрышковый белок, регулирующий рост клетокЛЯРИграет роль в поддержании соответствующего процессинга пре-рРНК 47S / 45S в пре-рРНК 32S / 30S и их последующего процессинга с образованием 18S и 28S рРНК.[66][67]Q9NX58
Белок, содержащий домен спиральной спирали 85BCCDC85BФункционирует как репрессор транскрипции.[68][69]Q15834
Ядерный белок 56NOP56Участвует на ранних и средних стадиях биогенеза 60S рибосомной субъединицы. Компонент ядра малых ядрышковых частиц рибонуклеопротеина (snoRNP) C / D-бокса. Требуется для биогенеза C / D-бокс-snoRNA, таких как U3, U8 и U14 snoRNA.[70]O00567
рРНК 2'-O-метилтрансфераза фибрилларинFBLОбладает способностью метилировать как РНК, так и белки. Участвует в процессинге пре-рРНК, катализируя сайт-специфическое 2'-гидроксильное метилирование рибозных фрагментов в пре-рибосомальной РНК.[71][72][73]P22087
40S рибосомный белок S6RPS6Может играть важную роль в контроле роста и пролиферации клеток посредством селективной трансляции определенных классов мРНК.[74]P62753

Клиническое значение

C7orf50 был отмечен во множестве полногеномных ассоциативных исследований (GWAS ) и было показано, что он связан с диабет 2 типа среди африканцы к югу от Сахары,[75] дневная сонливость в Афро-американцы,[76] пренатальный воздействие на твердые частицы,[77] наследственный Метилирование ДНК знаки, связанные с рак молочной железы,[78] Метилирование ДНК по отношению к плазме каротиноиды и липидный профиль,[79] и имеет существенное взаимодействие с прион белки.[80]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000146540 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000053553 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ а б c d е ж «Открытая рамка считывания 50 хромосомы 7 C7orf50 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-04-29.
  6. ^ а б «Резюме экспрессии белка C7orf50 - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2020-04-29.
  7. ^ а б «Ортологи C7orf50». NCBI. Получено 2020-05-02.
  8. ^ Альбертс Б., Джонсон А., Льюис Дж., Рафф М., Робертс К., Уолтер П. (2002). «Транспорт молекул между ядром и цитозолем». Молекулярная биология клетки (4-е изд.).
  9. ^ а б «Сервер I-TASSER для предсказания структуры и функции белков». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2020-04-29.
  10. ^ Boivin V, Deschamps-Francoeur G, Scott MS (март 2018 г.). «Гены, кодирующие белки, как хозяева для экспрессии некодирующей РНК». Семинары по клеточной биологии и биологии развития. 75: 3–12. Дои:10.1016 / j.semcdb.2017.08.016. PMID  28811264.
  11. ^ Комитет по номенклатуре генов HUGO. "Белок микроРНК, кодирующий гены хозяина". GeneNames. Получено 2020-04-29.
  12. ^ а б «Открытая рамка считывания 50 (C7orf50) хромосомы 7 человека (Homo sapiens), вариант транскрипта 4, мРНК». 2020-04-25. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  13. ^ а б «не охарактеризованная изоформа a белка C7orf50 [Homo sapiens] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-04-29.
  14. ^ «ПРОГНОЗИРОВАННЫЙ: открытая рамка считывания 50 (C7orf50) хромосомы 7 человека (Homo sapiens), вариант транскрипции X6, мРНК». 2020-03-02. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  15. ^ «не охарактеризованный белок C7orf50 изоформа X3 [Homo sapiens] - белок - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-04-29.
  16. ^ "ORF Finder". www.bioinformatics.org. Получено 2020-05-03.
  17. ^ «Средний размер белка - Различный - BNID 113349». bionumbers.hms.harvard.edu. Получено 2020-04-29.
  18. ^ Козловский Л.П. "Proteome-pI - Статистика базы данных изоэлектрических точек протеома". isoelectricpointdb.org. Получено 2020-04-29.
  19. ^ «ExPASy - инструмент вычисления pI / Mw». web.expasy.org. Получено 2020-04-29.
  20. ^ «SAPS <Статистика последовательностей . www.ebi.ac.uk. Получено 2020-04-29.
  21. ^ Чжу З.Ы., Карлин С. (август 1996 г.). «Кластеры заряженных остатков в трехмерных структурах белков». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 93 (16): 8350–5. Bibcode:1996PNAS ... 93.8350Z. Дои:10.1073 / пнас.93.16.8350. ЧВК  38674. PMID  8710874.
  22. ^ "Pfam: Семейство: DUF2373 (PF10180)". pfam.xfam.org. Получено 2020-04-29.
  23. ^ а б "Сканер мотивов". myhits.isb-sib.ch. Получено 2020-04-29.
  24. ^ "Сервер NetNES 1.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-02.
  25. ^ la Cour T, Kiemer L, Mølgaard A, Gupta R, Skriver K, Brunak S (июнь 2004 г.). «Анализ и прогнозирование сигналов ядерного экспорта, богатого лейцином». Белковая инженерия, дизайн и выбор. 17 (6): 527–36. Дои:10.1093 / белок / gzh062. PMID  15314210.
  26. ^ "NPS @: CONSENSUS предсказание вторичной структуры". npsa-prabi.ibcp.fr. Получено 2020-04-29.
  27. ^ "CFSSP: Сервер прогнозирования вторичной структуры Chou & Fasman". www.biogem.org. Получено 2020-04-29.
  28. ^ а б Чжан Ц., Фреддолино П.Л., Чжан И. (июль 2017 г.). «КОФАКТОР: улучшенное прогнозирование функции белков за счет объединения информации о структуре, последовательности и взаимодействии белок-белок». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (W1): W291 – W299. Дои:10.1093 / нар / gkx366. ЧВК  5793808. PMID  28472402.
  29. ^ а б Ян Дж, Чжан И (июль 2015 г.). «Сервер I-TASSER: новая разработка для предсказания структуры и функции белков». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (W1): W174-81. Дои:10.1093 / нар / gkv342. ЧВК  4489253. PMID  25883148.
  30. ^ «Белок C7orf50 (человек) - сеть взаимодействия STRING». string-db.org. Получено 2020-04-29.
  31. ^ а б «Genomatix - Анализ данных NGS и персонализированная медицина». www.genomatix.de. Получено 2020-04-29.
  32. ^ "Информация об острове CpG". genome.ucsc.edu. Получено 2020-05-03.
  33. ^ Гардинер-Гарден М., Фроммер М. (июль 1987 г.). «Острова CpG в геномах позвоночных». Журнал молекулярной биологии. 196 (2): 261–82. Дои:10.1016/0022-2836(87)90689-9. PMID  3656447.
  34. ^ «AceView: Gene: C7orf50, исчерпывающая аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTsAceView». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-04-29.
  35. ^ «2895856 - Профили GEO - NCBI». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-04-29.
  36. ^ Смит П.Дж., Чжан С., Ван Дж., Чу С.Л., Чжан М.К., Крайнер А.Р. (август 2006 г.). «Матрица повышенных показателей специфичности для прогнозирования SF2 / ASF-специфических энхансеров экзонного сплайсинга». Молекулярная генетика человека. 15 (16): 2490–508. Дои:10.1093 / hmg / ddl171. PMID  16825284.
  37. ^ Cartegni L, Wang J, Zhu Z, Zhang MQ, Krainer AR (июль 2003 г.). "ESEfinder: Интернет-ресурс для выявления энхансеров экзонного сплайсинга". Исследования нуклеиновых кислот. 31 (13): 3568–71. Дои:10.1093 / нар / gkg616. ЧВК  169022. PMID  12824367.
  38. ^ "Веб-сервер RNAfold". rna.tbi.univie.ac.at. Получено 2020-04-30.
  39. ^ "TargetScanHuman 7.2". www.targetscan.org. Получено 2020-04-30.
  40. ^ Чипман Л.Б., Паскинелли А.Е. (март 2019 г.). «Нацеливание на miRNA: рост за пределами семени». Тенденции в генетике. 35 (3): 215–222. Дои:10.1016 / j.tig.2018.12.005. ЧВК  7083087. PMID  30638669.
  41. ^ Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP (январь 2009 г.). «Большинство мРНК млекопитающих являются консервативными мишенями для микроРНК». Геномные исследования. 19 (1): 92–105. Дои:10.1101 / гр.082701.108. ЧВК  2612969. PMID  18955434.
  42. ^ «Резюме экспрессии белка C7orf50 - Атлас белков человека». www.proteinatlas.org. Получено 2020-05-02.
  43. ^ «Прогноз PSORT II». psort.hgc.jp. Получено 2020-05-02.
  44. ^ Хортон П., Накай К. (1997). «Лучшее предсказание сайтов локализации белка в клетке с классификатором k ближайших соседей». Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. 5: 147–52. PMID  9322029.
  45. ^ «Сервер NetOGlyc 4.0». www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-02.
  46. ^ Стентофт С., Вахрушев С.Ю., Джоши Х.Дж., Конг Ю., Вестер-Кристенсен МБ, Шелдагер К.Т. и др. (Май 2013). «Прецизионное картирование гликопротеома O-GalNAc человека с помощью технологии SimpleCell». Журнал EMBO. 32 (10): 1478–88. Дои:10.1038 / emboj.2013.79. ЧВК  3655468. PMID  23584533.
  47. ^ Чжао Кью, Се И, Чжэн И, Цзян С., Лю В, Му В и др. (Июль 2014 г.). «GPS-SUMO: инструмент для предсказания сайтов сумоилирования и мотивов SUMO-взаимодействия». Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с веб-сервером): W325-30. Дои:10.1093 / нар / gku383. ЧВК  4086084. PMID  24880689.
  48. ^ Рен Дж, Гао Х, Цзинь Ц., Чжу М., Ван Х, Шоу А. и др. (Июнь 2009 г.). «Систематическое изучение сумоилирования белков: разработка сайт-специфического предиктора SUMOsp 2.0». Протеомика. 9 (12): 3409–3412. Дои:10.1002 / pmic.200800646. PMID  29658196. S2CID  4900031.
  49. ^ «GPS-SUMO: прогнозирование сайтов SUMOylation и мотивов SUMO-взаимодействия». sumosp.biocuckoo.org. Получено 2020-05-02.
  50. ^ «GPS 5.0 - Прогнозирование сайтов фосфорилирования киназам». gps.biocuckoo.cn. Получено 2020-05-02.
  51. ^ "Сервер NetPhos 3.1". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-02.
  52. ^ Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Последовательность и предсказание на основе структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии. 294 (5): 1351–62. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  53. ^ Блом Н., Зихериц-Понтен Т., Гупта Р., Гаммельтофт С., Брунак С. (июнь 2004 г.). «Прогнозирование посттрансляционного гликозилирования и фосфорилирования белков по аминокислотной последовательности». Протеомика. 4 (6): 1633–49. Дои:10.1002 / pmic.200300771. PMID  15174133. S2CID  18810164.
  54. ^ Ван С., Сюй Х, Лин С., Дэн В., Чжоу Дж., Чжан Ю. и др. (Март 2020 г.). «GPS 5.0: обновленная информация о прогнозировании сайтов фосфорилирования, специфичных для киназ, в белках». Геномика, протеомика и биоинформатика. 18 (1): 72–80. Дои:10.1016 / j.gpb.2020.01.001. ЧВК  7393560. PMID  32200042.
  55. ^ "Сервер NetGlycate 1.0". www.cbs.dtu.dk. Получено 2020-05-02.
  56. ^ Йохансен МБ, Кимер Л., Брунак С. (сентябрь 2006 г.). «Анализ и прогноз гликирования белков млекопитающих». Гликобиология. 16 (9): 844–53. Дои:10.1093 / glycob / cwl009. PMID  16762979.
  57. ^ «Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью белкового запроса». blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-02.
  58. ^ "BLAST: Базовый инструмент поиска местного выравнивания". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-05-02.
  59. ^ «Итоги I-TASSER». zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Получено 2020-05-03.
  60. ^ www.ebi.ac.uk https://www.ebi.ac.uk/intact/. Получено 2020-05-03. Отсутствует или пусто | название = (помощь)
  61. ^ «База данных CCSB Interactome». interactome.dfci.harvard.edu. Получено 2020-05-03.
  62. ^ «THAP1 - белок 1, содержащий домен THAP - Homo sapiens (человек) - ген и белок THAP1». www.uniprot.org. Получено 2020-05-03.
  63. ^ "Tax - Protein Tax-2 - Human T-cell leukemia virus 2 (HTLV-2) - tax ген и белок". www.uniprot.org. Получено 2020-05-03.
  64. ^ «PRNP - основной предшественник прионного белка - Homo sapiens (человек) - ген и белок PRNP». www.uniprot.org. Получено 2020-05-03.
  65. ^ «ALDH1B1 - альдегиддегидрогеназа X, митохондриальный предшественник - Homo sapiens (человек) - ген и белок ALDH1B1». www.uniprot.org. Получено 2020-05-03.
  66. ^ "LYAR - ядрышковый белок, регулирующий рост клеток - Homo sapiens (человек) - ген и белок LYAR". www.uniprot.org. Получено 2020-05-03.
  67. ^ Миядзава Н., Йошикава Х., Магаэ С., Исикава Х., Изумикава К., Терукина Г. и др. (Апрель 2014 г.). «Реактивный гомолог антитела Ly-1 к регулятору роста клеток человека ускоряет процессинг прерибосомальной РНК». Гены в клетки. 19 (4): 273–86. Дои:10.1111 / gtc.12129. PMID  24495227. S2CID  6143550.
  68. ^ Du X, Wang Q, Hirohashi Y, Greene MI (декабрь 2006 г.). «DIPA, который может локализоваться в центросоме, связывается с p78 / MCRS1 / MSP58 и действует как репрессор транскрипции гена». Экспериментальная и молекулярная патология. 81 (3): 184–90. Дои:10.1016 / j.yexmp.2006.07.008. PMID  17014843.
  69. ^ "CCDC85B - белок 85B, содержащий домен спиральной спирали - Homo sapiens (человек) - ген и белок CCDC85B". www.uniprot.org. Получено 2020-05-03.
  70. ^ «NOP56 - Ядерный белок 56 - Homo sapiens (человек) - ген и белок NOP56». www.uniprot.org. Получено 2020-05-03.
  71. ^ «FBL - рРНК 2'-O-метилтрансфераза фибрилларин - Homo sapiens (человек) - ген и белок FBL». www.uniprot.org. Получено 2020-05-03.
  72. ^ Тессарз П., Сантос-Роса Х., Робсон С.К., Сильвестерсен КБ, Нельсон С.Дж., Нильсен М.Л., Кузаридес Т. (январь 2014 г.). «Метилирование глутамина в гистоне H2A - это модификация, предназначенная для РНК-полимеразы-I». Природа. 505 (7484): 564–8. Bibcode:2014Натура.505..564Т. Дои:10.1038 / природа12819. ЧВК  3901671. PMID  24352239.
  73. ^ Айер-Бирхофф А., Крог Н., Тессарз П., Рупперт Т., Нильсен Х., Груммт I. (декабрь 2018 г.). «SIRT7-зависимое деацетилирование фибрилларина контролирует метилирование гистона H2A и синтез рРНК во время клеточного цикла». Отчеты по ячейкам. 25 (11): 2946–2954.e5. Дои:10.1016 / j.celrep.2018.11.051. PMID  30540930.
  74. ^ «RPS6 - 40S рибосомный белок S6 - Homo sapiens (человек) - ген и белок RPS6». www.uniprot.org. Получено 2020-05-03.
  75. ^ Микс К.А., Хеннеман П., Венема А., Аддо Дж., Бахендека С., Бурр Т. и др. (Февраль 2019). «Эпигеномное исследование ассоциации цельной крови с диабетом 2 типа среди лиц из Африки к югу от Сахары: результаты исследования RODAM». Международный журнал эпидемиологии. 48 (1): 58–70. Дои:10.1093 / ije / dyy171. ЧВК  6380309. PMID  30107520.
  76. ^ Барфилд Р., Ван Х., Лю Й., Броуди Дж. А., Свенсон Б., Ли Р. и др. (Август 2019 г.). «Эпигеномный анализ ассоциаций дневной сонливости в мультиэтническом исследовании атеросклероза выявляет афроамериканские ассоциации». Спать. 42 (8): zsz101. Дои:10.1093 / сон / zsz101. ЧВК  6685317. PMID  31139831.
  77. ^ Gruzieva O, Xu CJ, Yousefi P, Relton C, Merid SK, Breton CV, et al. (Май 2019). «Пренатальное загрязнение воздуха частицами и метилирование ДНК у новорожденных: метаанализ на уровне всего эпигенома». Перспективы гигиены окружающей среды. 127 (5): 57012. Дои:10.1289 / EHP4522. ЧВК  6792178. PMID  31148503.
  78. ^ Joo JE, Dowty JG, Milne RL, Wong EM, Dugué PA, English D, et al. (Февраль 2018). «Наследственные метки метилирования ДНК, связанные с предрасположенностью к раку груди». Nature Communications. 9 (1): 867. Bibcode:2018НатКо ... 9..867J. Дои:10.1038 / s41467-018-03058-6. ЧВК  5830448. PMID  29491469.
  79. ^ Tremblay BL, Guénard F, Lamarche B, Pérusse L., Vohl MC (июнь 2019 г.). «Сетевой анализ потенциальной роли метилирования ДНК во взаимосвязи между плазменными каротиноидами и липидным профилем». Питательные вещества. 11 (6): 1265. Дои:10.3390 / nu11061265. ЧВК  6628241. PMID  31167428.
  80. ^ Сато Дж., Обаяси С., Мисава Т., Сумиёси К., Оосуми К., Табуноки Х. (февраль 2009 г.). «Анализ микроматрицы белка идентифицирует взаимодействующие с человеческими клетками прионные белки». Невропатология и прикладная нейробиология. 35 (1): 16–35. Дои:10.1111 / j.1365-2990.2008.00947.x. PMID  18482256. S2CID  32299311.