Правила Чаргаффса - Википедия - Chargaffs rules

Правила Чаргаффа утверждать, что ДНК от любого вида любого организма должно иметь стехиометрическое соотношение 1: 1 (правило пар оснований) пиримидин и пурин баз и, более конкретно, что количество гуанин должно быть равно цитозин и количество аденин должно быть равно тимин. Этот паттерн присутствует в обеих цепях ДНК. Их открыл химик австрийского происхождения. Эрвин Чаргафф,[1][2] в конце 1940-х гг.

Определения

Правило первой четности

Первое правило гласит, что двухцепочечный ДНК молекула глобально имеет процентное равенство пар оснований:% A =% T и% G =% C. Строгая проверка правила составляет основу Пары Уотсона-Крика в модели двойной спирали ДНК.

Правило второй четности

Второе правило гласит, что как% A ≈% T, так и% G ≈% C действительны для каждой из двух цепей ДНК.[3] Это описывает только глобальную особенность базового состава в одной цепи ДНК.[4]

Исследование

Второе правило четности было открыто в 1968 году.[3] Он утверждает, что в одноцепочечной ДНК количество адениновых единиц равно примерно равно тимину (% A % T), а количество цитозиновых единиц составляет примерно равен гуанину (% C %ГРАММ).

Первое эмпирическое обобщение второго правила четности Чаргаффа, называемое принципом симметрии, было предложено Винаякумаром В. Прабху. [5] в 1993. Этот принцип гласит, что для любого данного олигонуклеотида его частота приблизительно равна частоте его комплементарного обратного олигонуклеотида. Теоретическое обобщение[6] был математически выведен Мишелем Э. Б. Ямагиши и Роберто Х. Хераи в 2011 году.[7]

В 2006 году было показано, что это правило распространяется на четыре[2] пяти типов двухцепочечных геномов; в частности, это относится к эукариотический хромосомы, то бактериальный хромосомы, двухцепочечные ДНК вирусные геномы и архей хромосомы.[8] Это не относится к органеллярные геномы (митохондрии и пластиды ) менее ~ 20-30 kbp, также он не применяется к одноцепочечным ДНК (вирусным) геномам или любому типу РНК геном. Основание для этого правила все еще исследуется, хотя размер генома может иметь значение.

Само правило имеет последствия. В большинстве бактериальных геномов (которые обычно кодируют на 80-90%) гены расположены таким образом, что примерно 50% кодирующей последовательности лежит на любой цепи. Вацлав Шибальский в 1960-х годах показали, что в бактериофаг кодирующие последовательности пурины (A и G) превышают пиримидины (C и T).[9] Это правило с тех пор было подтверждено на других организмах, и теперь его, вероятно, следует назвать "Правило Шибальского ". Хотя правило Шибальского в целом соблюдается, известны исключения.[10][11][12] Биологическая основа правления Шибальского, как и правления Чаргаффа, еще не известна.

Комбинированный эффект второго правила Чаргаффа и правила Шибальского можно увидеть в бактериальных геномах, где кодирующие последовательности распределены неравномерно. В генетический код имеет 64 кодоны из которых 3 функционируют как кодоны терминации: всего 20 аминокислоты обычно присутствует в белках. (Есть две необычные аминокислоты -селеноцистеин и пирролизин - обнаружены в ограниченном количестве белков и кодируются стоп-кодоны -TGA и TAG соответственно.) Несоответствие между количеством кодонов и аминокислот позволяет нескольким кодонам кодировать одну аминокислоту - такие кодоны обычно различаются только в положении третьего кодона.

Многофакторный статистический анализ использования кодонов в геномах с неодинаковыми количествами кодирующих последовательностей на двух цепях показал, что использование кодонов в третьей позиции зависит от цепи, на которой расположен ген. Вероятно, это результат правил Шибальского и Чаргаффа. Из-за асимметрии в использовании пиримидина и пурина в кодирующих последовательностях цепь с большим кодирующим содержанием будет иметь тенденцию иметь большее количество пуриновых оснований (правило Шибальского). Поскольку количество пуриновых оснований будет с очень хорошим приближением равняться количеству их комплементарных пиримидинов в одной и той же цепи, и, поскольку кодирующие последовательности занимают 80-90% цепи, оказывается, что (1) давление отбора на третьем основании, чтобы минимизировать количество пуриновых оснований в цепи с большим кодирующим содержанием; и (2) что это давление пропорционально несовпадению длины кодирующих последовательностей между двумя цепями.

Предполагается, что происхождение отклонения от правила Чаргаффа в органеллах является следствием механизма репликации.[13] Во время репликации нити ДНК разделяются. В одноцепочечной ДНК цитозин самопроизвольно медленно дезаминируется до аденозин (от C до A трансверсия ). Чем длиннее разделены пряди, тем больше дезаминирование. По причинам, которые еще не ясны, эти цепи имеют тенденцию существовать дольше в одной форме в митохондриях, чем в хромосомной ДНК. Этот процесс имеет тенденцию давать одну нить, обогащенную гуанин (G) и тимин (T) с его дополнением, обогащенным цитозином (C) и аденозином (A), и этот процесс, возможно, вызвал отклонения, обнаруженные в митохондриях.[нужна цитата ][сомнительный ]

Второе правило Чаргаффа, по-видимому, является следствием более сложного правила четности: в одной цепи ДНК любой олигонуклеотид присутствует в равных количествах с его обратным комплементарным нуклеотидом. Из-за вычислительных требований это не было проверено во всех геномах для всех олигонуклеотидов. Это было проверено для триплетных олигонуклеотидов для большого набора данных.[14] Альбрехт-Бюлер предположил, что это правило является следствием эволюции геномов в процессе инверсия и транспозиция.[14] Похоже, что этот процесс не повлиял на митохондриальные геномы. Второе правило четности Чаргаффа, по-видимому, распространяется с уровня нуклеотидов на популяции триплетов кодонов в случае цельной одноцепочечной ДНК генома человека.[15] Своего рода «второе правило четности Чаргаффа на уровне кодонов» предлагается следующим образом:

Внутрицепочечные отношения между процентами популяции кодонов
Первый кодонВторой кодонПредлагаемая связьПодробности
Twx (1-я базовая позиция - Т)yzA (3-я базовая позиция - A)% Twx  % yzATwx и yzA являются зеркальными кодонами, например TCG и CGA
Cwx (1-я базовая позиция - C)yzG (3-я базовая позиция - G)% Cwx  % yzGCwx и yzG являются зеркальными кодонами, например CTA и ТЕГ
wTx (2-я базовая позиция - Т)yAz (2-я базовая позиция - A)% wTx  % yAzwTx и yAz являются зеркальными кодонами, например CTG и CAG
wCx (2-я базовая позиция - C)yGz (2-я базовая позиция - G)% wCx  % yGzwCx и yGz являются зеркальными кодонами, например TCT и AGA
wxT (3-я базовая позиция - Т)Айз (1-я базовая позиция - A)% wxT  % АйзwxT и Айз являются зеркальными кодонами, например CTT и AAG
wxC (3-я базовая позиция - C)Гыз (1-я базовая позиция - G)% wxC  % ГызwxC и Гыз являются зеркальными кодонами, например GGC и GCC
Примеры - вычисление полного генома человека с использованием первой рамки считывания кодонов дает: 36530115 TTT и 36381293 AAA (соотношение% = 1,00409). 2087242 TCG и 2085226 CGA (соотношение% = 1.00096) и т. Д.

В 2020 году было показано, что физические свойства дцДНК (двухцепочечной ДНК) и стремление к максимальной энтропии всех физических систем являются причиной второго правила четности Чаргаффа.[16] Симметрии и паттерны, присутствующие в последовательностях дцДНК, могут возникать из-за физических особенностей молекулы дцДНК и принципа максимальной энтропии, а не из-за биологического или эволюционного давления окружающей среды.

Процент оснований в ДНК

Следующая таблица представляет собой репрезентативный образец данных Эрвина Чаргаффа за 1952 год, в котором перечислены основные составы ДНК различных организмов и поддерживаются оба правила Чаргаффа.[17] Организм, такой как φX174, со значительным отклонением от A / T и G / C, равного единице, указывает на одноцепочечную ДНК.

ОрганизмТаксон% А%ГРАММ% C% TВG / C% GC
КукурузаЗеа26.822.823.227.20.990.9846.154.0
ОсьминогОсьминог33.217.617.631.61.051.0035.264.8
КурицаГалл28.022.021.628.40.991.0243.756.4
КрысаРаттус28.621.420.528.41.011.0042.957.0
ЧеловекГомо29.320.720.030.00.981.0440.759.3
КузнечикПрямокрылые29.320.520.729.31.000.9941.258.6
Морской ежEchinoidea32.817.717.332.11.021.0235.064.9
ПшеницаТритикум27.322.722.827.11.011.0045.554.4
ДрожжиСахаромицеты31.318.717.132.90.951.0935.864.4
Кишечная палочкаЭшерихия24.726.025.723.61.051.0151.748.3
φX174PhiX17424.023.321.531.20.771.0844.855.2

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Элсон Д., Чаргафф Э (1952). «О содержании дезоксирибонуклеиновой кислоты в гаметах морского ежа». Experientia. 8 (4): 143–145. Дои:10.1007 / BF02170221. PMID  14945441. S2CID  36803326.
  2. ^ а б Чаргафф Э., Липшиц Р., Грин С. (1952). «Состав дезоксипентозных нуклеиновых кислот четырех родов морских ежей». J Biol Chem. 195 (1): 155–160. PMID  14938364. S2CID  11358561.
  3. ^ а б Руднер, Р; Каркас, JD; Чаргафф, Э (1968). "Разделение Б. Субтилис ДНК в комплементарные цепи. 3. Прямой анализ ». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 60 (3): 921–2. Bibcode:1968ПНАС ... 60..921Р. Дои:10.1073 / pnas.60.3.921. ЧВК  225140. PMID  4970114.
  4. ^ Прабху В.В. (1993). «Наблюдение симметрии в длинных нуклеотидных последовательностях». Исследования нуклеиновых кислот. 21 (12): 2797–2800. Дои:10.1093 / nar / 21.12.2797. PMID  8332488.
  5. ^ Ямагиши MEB (2017). Математическая грамматика биологии. SpringerBriefs по математике. Springer. arXiv:1112.1528. Дои:10.1007/978-3-319-62689-5. ISBN  978-3-319-62688-8. S2CID  16742066.
  6. ^ Ямагиши MEB, Herai RH (2011). «Грамматика биологии» Чаргаффа: новые фрактальные правила. SpringerBriefs по математике. arXiv:1112.1528. Дои:10.1007/978-3-319-62689-5. ISBN  978-3-319-62688-8. S2CID  16742066.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
  7. ^ Митчелл Д., Мост Р. (2006). «Проверка второго правила Чаргаффа». Biochem Biophys Res Commun. 340 (1): 90–94. Дои:10.1016 / j.bbrc.2005.11.160. PMID  16364245.
  8. ^ Шибальский В., Кубинский Н., Шелдрик О. (1966). «Пиримидиновые кластеры на транскрибирующей цепи ДНК и их возможная роль в инициации синтеза РНК». Колд Спринг Харб Симп Квант Биол. 31: 123–127. Дои:10.1101 / SQB.1966.031.01.019. PMID  4966069.
  9. ^ Кристильо А.Д. (1998). Характеристика генов переключения G0 / G1 в культивируемых Т-лимфоцитах. Кандидатская диссертация. Кингстон, Онтарио, Канада: Королевский университет.
  10. ^ Белл SJ, Форсдайк Д.Р. (1999). «Отклонения от второго правила четности Чаргаффа коррелируют с направлением транскрипции». J Теор Биол. 197 (1): 63–76. Дои:10.1006 / jtbi.1998.0858. PMID  10036208.
  11. ^ Лао П.Дж., Форсдайк Д.Р. (2000). «Термофильные бактерии строго подчиняются правилу направления транскрипции Шибальского и вежливо нагружают пурины РНК с аденином и гуанином». Геномные исследования. 10 (2): 228–236. Дои:10.1101 / гр.10.2.228. ЧВК  310832. PMID  10673280.
  12. ^ Николау C, Альмирантис Y (2006). «Отклонения от второго правила четности Чаргаффа в органеллярной ДНК. Понимание эволюции органеллярных геномов». Ген. 381: 34–41. Дои:10.1016 / j.gene.2006.06.010. PMID  16893615.
  13. ^ а б Альбрехт-Бюлер Г (2006). «Асимптотически увеличивающееся соответствие геномов правилам второй четности Чаргаффа посредством инверсий и инвертированных транспозиций». Proc Natl Acad Sci USA. 103 (47): 17828–17833. Bibcode:2006ПНАС..10317828А. Дои:10.1073 / pnas.0605553103. ЧВК  1635160. PMID  17093051.
  14. ^ Перес, Ж.-К. (Сентябрь 2010 г.). «Популяции кодонов в одноцепочечной цельной геномной ДНК человека фрактальны и регулируются золотым сечением 1,618». Междисциплинарные науки: вычислительная наука о жизни. 2 (3): 228–240. Дои:10.1007 / s12539-010-0022-0. PMID  20658335. S2CID  54565279.
  15. ^ Пьеро Фаризель, Кристиан Таччоли, Лука Пагани и Амос Маритан (апрель 2020 г.). "Симметрии последовательности ДНК от случайности: происхождение второго правила четности Чаргаффа". Брифинги по биоинформатике (bbaa04): 1–10. Дои:10.1093 / bib / bbaa041. PMID  32266404.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  16. ^ Бансал М (2003). "Структура ДНК: новый взгляд на двойную спираль Уотсона-Крика" (PDF). Текущая наука. 85 (11): 1556–1563. Архивировано из оригинал (PDF) в 2014-07-26. Получено 2013-07-26.

дальнейшее чтение

внешняя ссылка