CheShift - CheShift
 | |
| Стабильный выпуск | 3.0 / 1 сентября 2013 |
|---|---|
| Репозиторий |  |
| Написано в | Python, HTML |
| Операционная система | Кроссплатформенность |
| Доступно в | английский |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Бесплатно для академического использования |
| Интернет сайт | Cheshift |
ЧеShift-2 (произносится как / tʃeʃɪft /) - это приложение, созданное для вычисления 13Cα и 13Cβ химические сдвиги белков и подтверждать белковые структуры. Он основан на квантово-механических расчетах 13Cα и 13Cβхимический сдвиг как функция торсионных углов (φ, ψ, ω и χ1, χ2) из 20 аминокислоты.
ЧеShift-2 может возвращать список теоретических значений химического сдвига из PDB файл. Он также может отображать трехмерную модель белка на основе загруженного файла PDB и значений химического сдвига. Трехмерная модель белка окрашена с использованием пятицветного кода, указывающего на разницу теоретических и наблюдаемых значений химических сдвигов. Различия между наблюдаемым и прогнозируемым 13Cα и 13Cβ химические сдвиги можно использовать в качестве чувствительного зонда для обнаружения возможных локальных дефектов в белковых структурах.[1] Если оба 13Cα и 13Cβ приведены наблюдаемые химические сдвиги ЧеShift-2 попытается предоставить список альтернативных углов скручивания боковой цепи χ1 и χ2, которые уменьшат различия между наблюдаемыми и вычисленными химическими сдвигами, эти значения могут быть использованы для исправления недостатков в белковых структурах.[2]
ЧеShift-2 можно получить в Интернете по адресу http://www.cheshift.com, или через PyMOL плагин.
Смотрите также
Связанное программное обеспечение
внешняя ссылка
Рекомендации
- ^ Мартин, О. А., Вила, Дж. А. и Шерага, Х. А. (2012). «CheShift-2: графическая проверка белковых структур». Биоинформатика. 28: 1538–1539. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts179. ЧВК 3356844. PMID 22495749.CS1 maint: несколько имен: список авторов (ссылка на сайт)
- ^ Мартин О.А. Арнаутова Ю.А. Иказатти А.А. Шерага Х.А. и Вила Дж. А. (2013). «Основанный на физике метод проверки и исправления недостатков в белковых структурах». PNAS. 110: 16826–16831. Дои:10.1073 / pnas.1315525110. ЧВК 3801053. PMID 24082119.