Портал химических зондов - Chemical Probes Portal

Портал химических зондов
Chemical-probes-logo.png
Формирование2015; 5 лет назад (2015)
ТипНаучное общество
Легальное положение501 (с) (3) некоммерческая организация
ЦельПовышение качества и воспроизводимости биомедицинских исследований с помощью химических зондов.
Штаб-квартираСаттон, Лондон
Место расположения
Совет директоров
Марк Баннаж, Элед Эдвардс, Юнг Ли, Герберт Вальдманн, Тим Уилсон, Пол Уоркман
Ключевые люди
Биссан Аль-Лазикани, Сюзанна Мюллер-Кнапп, Альберт А. Антолин, Доменико Санфеличе
Интернет сайтwww.chemicalprobes.org

В Портал химических зондов это открытый онлайн-ресурс, цель которого - выявить и сделать доступными высококачественные химические зонды для использования в биологические исследования и открытие лекарств. Хотя химические зонды могут быть ценными инструментами для выяснения преобразование сигнала пути и проверить новые мишени для наркотиков многие из используемых датчиков не являются селективными и поэтому могут давать очень вводящие в заблуждение результаты.[1]

Портал рекомендует химические зонды на основе оценок, предоставленных его Научно-консультативным советом (SAB), группой экспертов в области химическая биология, медицинская химия, и фармакология, которые (1) определяют, какие химические зонды являются лучшими из имеющихся, и (2) устанавливают правила их использования.

История

После нескольких лет публикации руководящих принципов по выбору и использованию химических зондов,[2][3][4][5] многие специалисты на местах согласились с тем, что публикаций недостаточно для распространения такого рода информации. В июле 2015 года эти эксперты во главе с Консорциум структурной геномики (SGC) совместно опубликовали обзор неправильного использования химических зондов и влияния, которое неправильное использование оказывает на надежность исследований.[6] SGC запустил прототип веб-сайта вместе с публикацией.

Эта публикация и портал были запущены в то же самое время, когда биомедицинское исследовательское сообщество стало осознавать проблемы воспроизводимости большей части научной литературы. Согласно исследованию экономического воздействия, только в США на невоспроизводимые биомедицинские исследования тратится 28 миллиардов долларов в год. Наиболее частые причины, по которым исследования оказываются невоспроизводимыми, включают проблемы с выбором реагентов и стандартных образцов (36%), дизайном исследования (28%), анализом данных и отчетностью (25%) и лабораторными протоколами (11%).[7] Ошибки при выборе и применении химических зондов могут способствовать образованию отходов в каждой из этих категорий. Учитывая контекст и необходимость, прототип портала был в основном хорошо принят научным сообществом.[8][9][10][11][12] хотя было отмечено, что прототип портала был запущен с очень небольшим количеством (точнее, семью) зондами.[13]

В 2016 году SGC наняла сотрудников, которые возглавили портал, сделали его независимой организацией и сделали из него авторитетный источник информации о химических пробах. Эта новая организация была поддержана за счет средств, предоставленных Wellcome Trust и SGC. К концу первого квартала новое руководство портала включило организацию из Северной Каролины, США, учредило совет директоров и разработало план по развитию портала с помощью процесса курирования со стороны сообщества и экспертов. Портал был перезапущен 30 июня 2016 года, и этот план операций был интегрирован в сайт, дополнительные данные о существующих зондах (~ 100) на портале, рекомендации по использованию этих зондов.

Совет директоров

В июне 2016 года портал объявил о своем учредительном совете директоров.[14] включая Марка Баннажа (Vertex), Аледа Эдвардса (SGC), Юнга Ли (Фонд исследования рака Деймона Руньона), Герберта Вальдмана (Институт молекулярной физиологии Макса Планка), Тима Уилсона (SGC UNC) и Пола Уоркмана (ICR).

Научно-консультативный совет

САБ,[15] Для обеспечения портала экспертными советами был создан международный сборник экспертов в области медицинской химии, фармакологии и химической биологии. SAB рассматривает представленные химические зонды и дает рекомендации по их использованию. Помимо рассмотрения химических зондов, члены SAB также предоставляют стратегические и научные рекомендации персоналу портала, чтобы гарантировать, что портал остается в гармонии с научным сообществом и его потребностями. Портал обратился с призывом к новым членам SAB присоединиться к усилиям в мае 2016 года, которые будут оставаться открытыми до тех пор, пока SAB не достигнет целевого числа членов.

Процедуры

Портал выбрал процесс экспертной оценки[16] для проверки и оценки химических зондов. Ключом к этому процессу являются SAB портала, которые представляют глобальное сообщество и множество профессиональных сред (например, фармацевтика, биотехнологии, клинические центры или академии). Эти эксперты привносят в Портал разнообразный опыт и знания, чтобы помочь ему предоставить сбалансированные советы ученым, которые хотят использовать химические зонды в своих экспериментах, не становясь экспертами по химическим зондам.

Процесс обзора портала включает три основных этапа: 1) отправка запроса, 2) сортировка, 3) проверка и публикация. На первом этапе ученые, которые создали и опубликовали химические зонды, могут представить свои зонды на рассмотрение. Первоначально портал может принимать только те материалы, которые были опубликованы.

Персонал портала рассматривает заполненные материалы проверки, чтобы определить, подходят ли они для проверки. Представленные материалы должны соответствовать трем критериям, чтобы заслужить рассмотрение SAB: 1) исследование опубликовано, 2) оно было помещено в общедоступную базу данных, такую ​​как PubChem (Портал теперь может отправлять отправленные зонды в PubChem от имени своих пользователей), и 3) есть данные, подтверждающие его проверку в сотовой сети и / или in vivo модельная система. Зонды, не соответствующие этим критериям, не отправляются в SAB для проверки, а сохраняются в базе данных. Проверяются зонды, соответствующие всем трем критериям.

Члены SAB просматривают каждое отправленное сообщение о пробе, включая публикацию о пробе, и оценивают пробу на предмет ее использования в клетках и / или in vivo модельные системы (например, мышей). Зонды оцениваются на предмет использования в этих двух типах систем независимо, что означает, что нет необходимости проверять зонд для использования в модельных организмах, чтобы он был рассмотрен и одобрен порталом. У портала нет строго определенных критериев, которые означают его одобрение. Скорее, портал полагается на своих экспертов, их опыт и знания о конкретных белковых мишенях для оценки качества зонда. Члены SAB могут комментировать каждую пробу, предоставляя пользователям рекомендации, чтобы убедиться, что они понимают сильные и слабые стороны пробника, прежде чем использовать его.

Зонды публикуются на портале вместе с основными данными валидации, и для появления рейтингов SAB (отмеченных от 0 до 4 звездочек) требуется несколько недель. Страницы зондов также содержат комментарии SAB и ссылки на соответствующие базы данных или источники (например, журналы), где можно найти дополнительную информацию. Зонды должны получить в среднем 3 звезды, чтобы получить одобрение от портала.

Рекомендации

  1. ^ Эроусмит С.Х., Аудия Дж. Э., Остин К., Баелл Дж., Беннет Дж., Благг Дж. И др. (Август 2015 г.). «Обещание и опасность химических зондов». Природа Химическая Биология. 11 (8): 536–41. Дои:10.1038 / nchembio.1867. ЧВК  4706458. PMID  26196764.
  2. ^ Фрай С.В. (март 2010 г.). «Искусство химического зонда». Природа Химическая Биология. 6 (3): 159–161. Дои:10.1038 / nchembio.296. PMID  20154659.
  3. ^ Уоркман П., Коллинз I (июнь 2010 г.). «Исследование зондов: факторы пригодности для инструментов с небольшими молекулами». Химия и биология. 17 (6): 561–77. Дои:10.1016 / j.chembiol.2010.05.013. ЧВК  2905514. PMID  20609406.
  4. ^ Bunnage ME, Chekler EL, Jones LH (апрель 2013 г.). «Проверка целей с помощью химических зондов». Природа Химическая Биология. 9 (4): 195–9. Дои:10.1038 / nchembio.1197. PMID  23508172.
  5. ^ Клейман Р.Дж., Элерс М.Д. (январь 2016 г.). «Пробелы в данных ограничивают трансляционный потенциал доклинических исследований». Научная трансляционная медицина. 8 (320): 320ps1. Дои:10.1126 / scitranslmed.aac9888. PMID  26738793.
  6. ^ Эроусмит С.Х., Аудиа Дж. Э., Остин С., Баелл Дж., Беннет Дж., Благг Дж. И др. (2015). «Обещание и опасность химических зондов». Природа Химическая Биология. 11 (8): 536–41. Дои:10.1038 / nchembio.1867. ЧВК  4706458. PMID  26196764.
  7. ^ Фридман Л.П., Кокберн И.М., Симко Т.С. (июнь 2015 г.). «Экономика воспроизводимости в доклинических исследованиях». PLoS Биология. 13 (6): e1002165. Дои:10.1371 / journal.pbio.1002165. ЧВК  4461318. PMID  26057340.
  8. ^ Скотт А.Р. (май 2016 г.). «Химические зонды: общий набор инструментов». Природа. 533 (7602): S60-1. Дои:10.1038 / 533S60a. PMID  27167393.
  9. ^ Steinmark IE. «Экспертная вики по выявлению некачественных химических зондов». Мир химии. Получено 28 июня, 2016.
  10. ^ Эрлансон Д. "Знакомство с порталом химических зондов". Практические фрагменты. Получено 28 июня, 2016.
  11. ^ «Портал химических зондов». Новости лаборатории. Август 2015 г.
  12. ^ Уоркман П. «Обеспечение биомедицинских исследований является золотым стандартом - за счет более эффективного использования химических зондов». Блог исследователя наркотиков. Получено 28 июня, 2016.
  13. ^ «Wiki, Wiki, Wiki - для химических проб». Совместная химия. Получено 28 июня, 2016.
  14. ^ «Портал химических зондов объявляет о своем совете директоров - химические зонды».
  15. ^ «Научно-консультативный совет - химические зонды».
  16. ^ «Подтверждение портала получения дохода - химические исследования».

внешняя ссылка