Панель управления CompTox Chemicals - CompTox Chemicals Dashboard

Панель управления CompTox Chemicals
Панель управления image.gif
Содержание
ОписаниеБаза данных по химическим веществам ориентирована на науки об окружающей среде и обеспечивает доступ к более чем 875 000 химических соединений, свойств, данных биологических анализов и связанной с ними информации. Поиски
Контакт
Исследовательский центрАгентство по охране окружающей среды
Лаборатория
  • Национальный центр вычислительной токсикологии
Основное цитированиеПанель CompTox Chemistry Dashboard: ресурс сообщества по химии окружающей среды.[1]
Доступ
Интернет сайткомптокс.epa.gov/приборная панель
Скачать URLкомптокс.epa.gov/приборная панель/ загрузки
Разное
ЛицензияВсеобщее достояние
Выпуск данных
частота		Каждые 6 месяцев
Политика курированияКурируется вручную

В Панель управления CompTox Chemicals это свободно доступная онлайн-база данных, созданная и поддерживаемая Агентство по охране окружающей среды США (EPA). База данных обеспечивает доступ к нескольким типам данных, включая физико-химические свойства, экологическая судьба и перенос, воздействие, использование, in vivo токсичность и in vitro биоанализ. Агентство по охране окружающей среды и другие ученые используют данные и модели, содержащиеся на приборной панели, для выявления химических веществ, требующих дальнейшего тестирования, и сокращения использования животных в химических тестах. Панель управления также используется для обеспечения публичного доступа к информации из Планов действий EPA, например вокруг перфторированные алкилированные вещества.,[2][3]

Первоначально называвшаяся Chemistry Dashboard, первая версия была выпущена в 2016 году.[4] Последний выпуск базы данных (версия 3.0.5) содержит вручную отобранные данные для более чем 875 000 химических веществ и включает последние данные, полученные в результате высокопроизводительной программы скрининга прогноза токсичности (ToxCast) Агентства по охране окружающей среды.[5] Панель управления химическими веществами объединяет данные из нескольких предыдущих баз данных EPA в один пакет, включая панель инструментов ToxCast,[6] Панель инструментов Программы скрининга эндокринных нарушений (EDSP)[7] и База данных по химическим веществам и продуктам (CPDat).[8]

Объем и доступ

База данных CompTox Chemicals Dashboard содержит высококачественные химические структуры и информацию, тщательно отобранную и проверенную на качество, которую можно использовать в качестве ресурса для ученых-аналитиков, участвующих в идентификации структуры.[9]

Просмотр данных о биологической активности ToxCast для Бисфенол А

Данные о химической опасности на панели управления поступают как из традиционных исследований на лабораторных животных, так и высокопроизводительный скрининг. Биологические данные высокопроизводительного скрининга генерируются программой EPA ToxCast,[5] Данные ToxCast в базе данных предоставляют информацию об использованных анализах, а также их ответной реакции и эффективности. Эти данные можно найти на вкладке биоактивности.

Доступ к панели управления химическими веществами можно получить через веб-интерфейс, либо наборы данных в ней можно загрузить для использования в автономном режиме. Вкладку «Списки» можно использовать для просмотра и загрузки групп связанных химических веществ в зависимости от их отношения к определенной теме исследования (например, добавки в сигареты или же химические вещества, оказывающие влияние на нервное развитие ) или конкретные конечные точки анализа, которыми они охвачены.

В онлайн-панели инструментов поиск может выполняться по категориям продукта / использования, анализу / гену, систематическому названию, синониму, Количество CAS, DSSTox Substance ID или InChiKey. На вкладке расширенного поиска можно искать химические вещества по их массе или молекулярная формула. Поиск также может выполняться для групп химических веществ на основе химического названия CASRN, InChIKey, DSSTox Substance ID, DSSTox Compound ID, InChIKey Skeleton, MS-Ready Formula, Exact Formula или Monoisotopic Mass с использованием функции поиска партии.

Прочие функции

Модуль абстрактного сифтера

Инструмент автоматического чтения под названием Generalized Read-Across (GenRA) интегрирован в The Chemicals Dashboard. GenRA разработан, чтобы сохранить экспертное мнение, присущее методу сквозного чтения, но автоматизировать процесс выбора химикатов, чтобы помочь предсказать токсичность.[10]

Панель управления также позволяет выполнять поиск в существующих источниках научной литературы, таких как PubMed через веб-версию "Abstract Sifter",[11] Google ученый и отчеты EPA's Provisional Peer Review Values ​​Toxicity Values ​​(PPRTV ) и Интегрированная система информации о рисках EPA (ИРИС ).

В реальном времени QSAR прогноз для нескольких конечных точек физико-химических свойств и токсичности доступен через вкладка прогнозов.

Вспомогательная масс-спектрометрия

MS-Ready отношения

Панель управления поддерживает Масс-спектрометрии обеспечение поиска по химическим данным, содержащимся в базе данных, на основе массы и молекулярная формула. Панель управления была применена для нецелевого анализа поиска "известные неизвестные ".[12] Обе целевая масс-спектрометрия и ненаправленная масс-спектрометрия поддерживаются. При поиске используется поиск, основанный на формах химических соединений "MS-Ready". Индивидуальные химические субстраты превращаются в форму, которая может быть обнаружена с помощью масс-спектрометрии, так что соли обессоливаются и нейтрализуются, а многокомпонентные химические вещества разделяются на их отдельные компоненты.[13]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Уильямс, Энтони Дж.; и другие. (2017-11-18). «Панель инструментов CompTox Chemistry: ресурс данных сообщества по химии окружающей среды». Журнал химинформатики. 9 (1): 61. Дои:10.1186 / s13321-017-0247-6. ЧВК  5705535. PMID  29185060.
  2. ^ Кейт, Брайан; Ли, Томас; Поплавски, Стивен (27 марта 2019 г.). «EPA объявляет о плане действий в отношении пер- и полифторалкильных веществ (PFAS): обзор и следующие шаги». JD Supra. Получено 21 апреля 2019.
  3. ^ Patlewicz, G; и другие. (Янв 2019). «Подход на основе определения приоритетов на основе химических категорий для выбора 75 пер- и полифторалкильных веществ (PFAS) для многоуровневого тестирования токсичности и токсикокинетики». Перспективы гигиены окружающей среды. 127: 014501. Дои:10.1289 / EHP4555. PMID  30632786.
  4. ^ Уильямс, Энтони Дж .; Grulke, Christopher M .; Эдвардс, Джефф; McEachran, Эндрю Д .; Мансури, Камель; Бейкер, Нэнси С .; Патлевич, Грейс; Шах, Имран; Вамбо, Джон Ф. (28 ноября 2017 г.). «Панель инструментов CompTox Chemistry: ресурс данных сообщества по химии окружающей среды». Журнал химинформатики. 9 (1): 61. Дои:10.1186 / s13321-017-0247-6. ISSN  1758-2946. ЧВК  5705535. PMID  29185060.
  5. ^ а б Агентство по охране окружающей среды США, ORD (2015-08-21). «Прогнозирование токсичности». Агентство по охране окружающей среды США. Получено 2019-04-22.
  6. ^ Агентство по охране окружающей среды США, ORD (2017-11-01). «Изучение данных ToxCast». Агентство по охране окружающей среды США. Получено 2019-04-22.
  7. ^ Агентство по охране окружающей среды США, OCSPP (14 августа 2015 г.). «Программа скрининга эндокринных нарушителей (EDSP) в 21 веке». Агентство по охране окружающей среды США. Получено 2019-04-22.
  8. ^ Агентство по охране окружающей среды США, ORD (2016-08-04). «База данных химикатов и продуктов (CPDat)». Агентство по охране окружающей среды США. Получено 2019-04-22.
  9. ^ Агентство по охране окружающей среды США, ORD (30.04.2018). «Определение структуры с использованием панели управления химии CompTox Агентства по охране окружающей среды». Агентство по охране окружающей среды США. Получено 2019-04-23.
  10. ^ Агентство по охране окружающей среды США, ORD (2018-09-25). «Новый модуль GenRA на панели управления CompTox EPA поможет предсказать потенциальную химическую токсичность». Агентство по охране окружающей среды США. Получено 2019-04-23.
  11. ^ Бейкер, N; и другие. (Декабрь 2017 г.). «Abstract Sifter: комплексная интерфейсная система для PubMed». F1000 Исследования. 6: 2164. Дои:10.12688 / f1000research.12865.1. ЧВК  5801564. PMID  29479422.
  12. ^ McEachran, AD; Собус JR C; Уильямс AJ (декабрь 2016 г.). «Выявление известных неизвестных с помощью панели управления химии CompTox Агентства по охране окружающей среды США». Аналитическая и биоаналитическая химия. 409 (7): 1729–1735. Дои:10.1007 / s00216-016-0139-z. PMID  27987027.
  13. ^ McEachran, AD; и другие. (Август 2018 г.). ""MS-Ready «Структуры для нецелевых скрининговых масс-спектрометрических исследований с высоким разрешением». Журнал химинформатики. 10. Дои:10.1186 / s13321-018-0299-2.