DDX5 - DDX5
Вероятная АТФ-зависимая РНК-геликаза DDX5 также известен как Мертвый бокс протеин 5 или РНК геликаза p68 является фермент что у людей кодируется DDX5 ген.[5]
Функция
МЕРТВАЯ коробка белки, характеризующиеся консервативным мотивом Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), предположительно РНК-геликазы. Они участвуют в ряде клеточных процессов, включающих изменение вторичной структуры РНК, таких как инициация трансляции, ядерный и митохондриальный сплайсинг, а также сборка рибосом и сплайсосом. Основываясь на паттернах распределения, некоторые члены этого семейства, как полагают, участвуют в эмбриогенезе, сперматогенезе,[6] рост и деление клеток. Этот ген кодирует DEAD-бокс-белок, который представляет собой РНК-зависимую АТФазу, а также связанный с пролиферацией ядерный антиген, специфически реагирующий с опухолевым антигеном вируса обезьяны 40. Этот ген состоит из 13 экзонов, и были обнаружены альтернативно сплайсированные транскрипты, содержащие несколько последовательностей интронов, но не были идентифицированы изоформы, кодируемые этими транскриптами.[5]
Взаимодействия
DDX5 был показан взаимодействовать с участием:
- AKAP8,[7]
- DDX17 (стр.72),[8]
- DHX9 (РНК геликаза А),[9]
- Рецептор эстрогена альфа,[10][11]
- Фибрилларин,[12]
- HDAC1,[13]
- Коактиватор ядерного рецептора 1,[14]
- Коактиватор ядерных рецепторов 2,[14]
- Коактиватор ядерных рецепторов 3,[14]
- p53,[15]
- CTCF.[16]
использованная литература
- ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000108654 - Ансамбль, Май 2017
- ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000020719 - Ансамбль, Май 2017
- ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
- ^ а б "Ген Entrez: DDX5 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) бокс-полипептид 5".
- ^ Legrand, JMD; Чан, АЛ; La, HM; Росселло, Ф.Дж.; Änkö, ML; Фуллер-Пейс, ФВ; Хоббс, РМ (23 мая 2019 г.). «DDX5 играет важную транскрипционную и посттранскрипционную роль в поддержании и функционировании сперматогоний». Связь с природой. 10 (1): 2278. Дои:10.1038 / s41467-019-09972-7. PMID 31123254.
- ^ Акилесваран Л., Тараска Дж. В., Сайер Дж. А., Геттеми Дж. М., Коглан В. М. (май 2001 г.). «Заякоренный белок А-киназы AKAP95 нацелен на ядерный матрикс и ассоциируется с РНК-геликазой p68». J. Biol. Chem. 276 (20): 17448–54. Дои:10.1074 / jbc.M101171200. PMID 11279182.
- ^ Огилви В.К., Уилсон Б.Дж., Николь С.М., Моррис Н.А., Сондерс Л.Р., Барбер Г.Н., Фуллер-Пейс Ф.В. (март 2003 г.). «Родственные DEAD-бокс-РНК-геликазы p68 и p72 существуют в клетках как гетеродимеры». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (5): 1470–80. Дои:10.1093 / нар / gkg236. ЧВК 149829. PMID 12595555.
- ^ Уилсон BJ, Giguère V (2007). «Идентификация новых партнеров пути геликаз РНК p68 и p72 с помощью метаанализа Oncomine». BMC Genomics. 8: 419. Дои:10.1186/1471-2164-8-419. ЧВК 3225811. PMID 18005418.
- ^ Эндох Х., Маруяма К., Масухиро Й., Кобаяси Й., Гото М., Тай Х., Янагисава Дж., Мецгер Д., Хашимото С., Като С. (август 1999 г.). «Очистка и идентификация РНК-геликазы p68, действующей как транскрипционный коактиватор, специфичный для функции активации 1 рецептора эстрогена человека α». Мол. Cell. Биол. 19 (8): 5363–72. Дои:10.1128 / MCB.19.8.5363. ЧВК 84379. PMID 10409727.
- ^ Россоу К.Л., Янкнехт Р. (январь 2003 г.). «Синергизм между РНК-геликазой p68 и коактиваторами транскрипции CBP и p300». Онкоген. 22 (1): 151–6. Дои:10.1038 / sj.onc.1206067. PMID 12527917.
- ^ Николь С.М., Каушевич М., Прескотт А.Р., Фуллер-Пейс Ф.В. (июнь 2000 г.). «Ядерная DEAD-бокс-РНК геликаза p68 взаимодействует с ядрышковым белком фибрилларином и специфически колокализуется в формирующихся ядрышках во время телофазы». Exp. Cell Res. 257 (2): 272–80. Дои:10.1006 / excr.2000.4886. PMID 10837141.
- ^ Уилсон Б.Дж., Бейтс Г.Дж., Никол С.М., Грегори Д.Д., Перкинс Н.Д., Фуллер-Пейс Ф.В. (август 2004 г.). «РНК-геликазы DEAD-бокса p68 и p72 взаимодействуют с HDAC1 и подавляют транскрипцию промотор-специфическим образом». BMC Mol. Биол. 5: 11. Дои:10.1186/1471-2199-5-11. ЧВК 514542. PMID 15298701.
- ^ а б c Ватанабэ М., Янагисава Дж., Китагава Х., Такэяма К., Огава С., Арао Й., Сузава М., Кобаяси Й., Яно Т., Йошикава Х., Масухиро И, Като С. (март 2001 г.). «Подсемейство РНК-связывающих белков DEAD-бокса действует как коактиватор рецептора эстрогена α через N-концевой домен активации (AF-1) с коактиватором РНК, SRA». EMBO J. 20 (6): 1341–52. Дои:10.1093 / emboj / 20.6.1341. ЧВК 145523. PMID 11250900.
- ^ Bates GJ, Nicol SM, Wilson BJ, Jacobs AM, Bourdon JC, Wardrop J, Gregory DJ, Lane DP, Perkins ND, Fuller-Pace FV (февраль 2005 г.). «DEAD-бокс-белок p68: новый коактиватор транскрипции супрессора опухоли p53». EMBO J. 24 (3): 543–53. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600550. ЧВК 548656. PMID 15660129.
- ^ Яо Х, Брик К., Эврард Й, Сяо Т., Камерини-Отеро Р. Д., Фельзенфельд Г. (2010). «Посредничество транскрипционной изоляции CTCF с помощью DEAD-бокса РНК-связывающего белка p68 и активатора РНК стероидного рецептора SRA». Genes Dev. 24 (22): 2543–2555. Дои:10.1101 / gad.1967810. ЧВК 2975930. PMID 20966046.
дальнейшее чтение
- Игго Р.Д., Джеймисон Д.Д., Макнил С.А. и др. (1991). «РНК-хеликаза p68: идентификация ядрышковой формы и клонирование родственных генов, содержащих консервативный интрон в дрожжах». Мол. Cell. Биол. 11 (3): 1326–33. Дои:10.1128 / MCB.11.3.1326. ЧВК 369403. PMID 1996094.
- Хлох П., Шиднер Г, Шталь Х (1990). «Полная последовательность кДНК человеческого белка p68». Нуклеиновые кислоты Res. 18 (10): 3045. Дои:10.1093 / nar / 18.10.3045. ЧВК 330836. PMID 2349099.
- Форд MJ, Антон И.А., Lane DP (1988). «Ядерный белок с гомологией последовательности фактору инициации трансляции eIF-4A». Природа. 332 (6166): 736–8. Дои:10.1038 / 332736a0. PMID 2451786. S2CID 4351448.
- Игго Р., Гоф А., Сюй В. и др. (1989). «Картирование хромосомы гена человека, кодирующего ядерный антиген массой 68 кДа (p68), с использованием полимеразной цепной реакции». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 86 (16): 6211–4. Дои:10.1073 / пнас.86.16.6211. ЧВК 297807. PMID 2762324.
- Buelt MK, Glidden BJ, Storm DR (1994). «Регулирование хеликазы РНК p68 кальмодулином и протеинкиназой C». J. Biol. Chem. 269 (47): 29367–70. PMID 7525583.
- Brody LC, Abel KJ, Castilla LH и др. (1995). «Создание карты транскрипции, окружающей локус BRCA1 хромосомы 17 человека». Геномика. 25 (1): 238–47. Дои:10.1016/0888-7543(95)80131-5. PMID 7774924.
- Эндох Х., Маруяма К., Масухиро Й. и др. (1999). «Очистка и идентификация РНК-геликазы p68, действующей как транскрипционный коактиватор, специфичный для функции активации 1 рецептора эстрогена человека α». Мол. Cell. Биол. 19 (8): 5363–72. Дои:10.1128 / MCB.19.8.5363. ЧВК 84379. PMID 10409727.
- Рёсслер О.Г., Хлох П., Шютц Н. и др. (2000). «Структура и экспрессия гена геликазы РНК p68 человека». Нуклеиновые кислоты Res. 28 (4): 932–9. Дои:10.1093 / nar / 28.4.932. ЧВК 102575. PMID 10648785.
- Николь С.М., Каушевич М., Прескотт А.Р., Фуллер-Пейс Ф.В. (2000). «Ядерная DEAD-бокс-РНК геликаза р68 взаимодействует с ядрышковым белком фибрилларином и специфически колокализуется в формирующихся ядрышках во время телофазы». Exp. Cell Res. 257 (2): 272–80. Дои:10.1006 / excr.2000.4886. PMID 10837141.
- Ватанабе М., Янагисава Дж., Китагава Х. и др. (2001). «Подсемейство РНК-связывающих белков DEAD-бокса действует как коактиватор рецептора эстрогена α через N-концевой домен активации (AF-1) с коактиватором РНК, SRA». EMBO J. 20 (6): 1341–52. Дои:10.1093 / emboj / 20.6.1341. ЧВК 145523. PMID 11250900.
- Акилесваран Л., Тараска Дж. В., Сайер Дж. А. и др. (2001). «Заякоренный белок А-киназы AKAP95 нацелен на ядерный матрикс и связывается с РНК-геликазой p68». J. Biol. Chem. 276 (20): 17448–54. Дои:10.1074 / jbc.M101171200. PMID 11279182.
- Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х. и др. (2002). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Curr. Биол. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID 11790298. S2CID 14132033.
- Юрица М.С., Ликлидер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, пригодных для трехмерного структурного анализа». РНК. 8 (4): 426–39. Дои:10.1017 / S1355838202021088. ЧВК 1370266. PMID 11991638.
- Лю З.Р. (2002). «РНК-геликаза p68 является важным фактором сплайсинга человека, который действует на дуплекс сайта сплайсинга U1 snRNA-5 '». Мол. Cell. Биол. 22 (15): 5443–50. Дои:10.1128 / MCB.22.15.5443-5450.2002. ЧВК 133941. PMID 12101238.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
- Россов К.Л., Янкнехт Р. (2003). «Синергизм между РНК-геликазой p68 и коактиваторами транскрипции CBP и p300». Онкоген. 22 (1): 151–6. Дои:10.1038 / sj.onc.1206067. PMID 12527917.
- Гил С., Гаттони Р., Карраскал М. и др. (2003). «Роль hnRNP A1, белков SR и геликазы p68 в регуляции альтернативного сплайсинга c-H-ras». Мол. Cell. Биол. 23 (8): 2927–41. Дои:10.1128 / MCB.23.8.2927-2941.2003. ЧВК 152554. PMID 12665590.
- Фудзита Т., Кобаяши Ю., Вада О. и др. (2003). «Полная активация функции активации рецептора эстрогена альфа-1 вызывает пролиферацию клеток рака груди». J. Biol. Chem. 278 (29): 26704–14. Дои:10.1074 / jbc.M301031200. PMID 12738788.
- Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID 14702039.
