Идеовирус - Idaeovirus

Идеовирус
Классификация вирусов
Группа:
IV группа ((+) оцРНК )
Заказ:
Не назначен
Семья:
Не назначен
Род:
Идеовирус
Типовой вид
Вирус кустистой карликовости малины

Идеовирус это род положительно-смысловые ssRNA вирусы который содержит один вид: Вирус кустистой карликовости малины (РБДВ).[1] Хотя род не принадлежит ни к одному семейству или отряду, он был предложен как член семейства. Bromoviridae из-за сходства с членами той семьи.[2] RBDV имеет два хост-зависимых клады: один для малина; другой для виноградная лоза.[3] Инфекции являются серьезным бременем для сельского хозяйства, приводя к снижению урожайности и качества сельскохозяйственных культур.[4] RBDV имеет синергетические отношения с Вирус крапчатости листьев малины, при коинфекции значительно увеличивается концентрация вирионов в инфицированных растениях.[5] Вирус передается через опыление с зараженными RBDV пыльцевыми зернами, которые первыми заражают клеймо до того, как вызвать системную инфекцию.[6]

Таксономия

Группа: оцРНК (+)

[7]

Вирусология

RBDV - это без оболочки с изометрической белковая оболочка диаметром около 33 нанометров.[8] Внутри белковой оболочки находится вирусный геном, который состоит из двух частей. РНК нити обозначаются как РНК-1 и РНК-2. РНК-1 - 5,449 нуклеотиды в длину и содержит один открытая рамка чтения (ORF), который кодирует комбинированный белок, имеющий метилтрансфераза, геликаза, и РНК-зависимая РНК-полимераза домены.[1][2][9] РНК-2 имеет длину 2231 нуклеотид и содержит две ORF, одну на 5'-конце, а другую на 3'-конце.[9][10] Первая ORF кодирует белок движения от клетки к клетке, а вторая ORF выражается как субгеномная РНК прядь.[8][10] Эта цепь, РНК-3, имеет длину 946 нуклеотидов и кодирует белок оболочки.[11] Было показано, что заражение не происходит, если РНК-3 либо отсутствует, либо достаточно повреждена.[8]

РодСтруктураСимметрияКапсидГеномное расположениеГеномная сегментация
ИдеовирусИкосаэдр, ИзометрияБез оболочкиЛинейныйДвудольный

Жизненный цикл

Репликация вируса происходит в цитоплазме. Попадание в хозяйскую клетку достигается за счет проникновения в хозяйскую клетку. Репликация следует модели репликации вируса с положительной цепью РНК. Транскрипция вируса с положительной цепью РНК - это метод транскрипции. Вирус покидает клетку-хозяина за счет движения вируса по канальцам. Растения служат естественным хозяином. Пути передачи связаны с пыльцой.[12]

РодДетали хостаТканевый тропизмДетали входаДетали выпускаСайт репликацииСайт сборкиПередача инфекции
ИдеовирусРастенияНиктоЦитоплазмаЦитоплазмаСвязанный с пыльцой

Диагностика

Один шаг полимеразные цепные реакции с обратной транскрипцией был разработан для обнаружения RBDV.[5][13] Вирусы обогащаются антителами в микролунках для ПЦР, за которыми следуют лизис вирусных частиц, затем обратная транскрипция вирусной РНК.[13] Включая обратная транскриптаза и ДНК-полимераза в целом процедура может быть проведена в один этап.[13] Эти тесты достаточно чувствительны, чтобы определить конкретный штамм вируса.[5]

Уход

RBDV можно искоренить на зараженных растениях с помощью процедуры, которая применяется в первую очередь термотерапия тогда криотерапия к зараженным стреляет.[14][15] Применение тепла к зараженным растениям вызывает вакуоли в инфицированных клетках увеличиваться, причем эти клетки позже погибают во время криотерапии.[15] Добавление Fe-этилендиаминтетрауксусной кислоты или Fe-этилендиаминди (о) гидроксифенилуксусная кислота после криотерапии стимулирует возобновление роста и предотвращает хлороз от развития в побегах растений.[14] При использовании этого метода около 80% побегов выживают после начальной тепловой терапии, а 33% выживают после криотерапии и успешно отрастают.[14]

Рекомендации

  1. ^ а б Зиглер, А; Нацуаки, Т; Mayo, M. A .; Jolly, C.A .; Мурант, А. Ф. (1992). «Нуклеотидная последовательность РНК-1 вируса кустарниковой карликовости малины». Журнал общей вирусологии. 73 (12): 3213–8. Дои:10.1099/0022-1317-73-12-3213. PMID  1469359.
  2. ^ а б Зиглер, А; Mayo, M. A .; Мурант, А. Ф. (1993). «Предлагаемая классификация двудольного геномного вируса кустарниковой карликовой малины и трехчастичного геномного вируса в семействе Bromoviridae». Архив вирусологии. 131 (3–4): 483–8. Дои:10.1007 / bf01378649. PMID  8347087.
  3. ^ Валасевич, Н; Кухарчик, Н; Кварнхеден, А (2011). «Молекулярная характеристика изолятов вируса кустистой карликовости малины из Швеции и Беларуси». Архив вирусологии. 156 (3): 369–74. Дои:10.1007 / s00705-010-0912-9. PMID  21253783.
  4. ^ Malowicki, S.M .; Martin, R; Цянь, М. С. (2008). «Сравнение сахара, кислот и летучих веществ в малиновой трансгенной малине, устойчивой к вирусу кустистых карликов, и малине дикого типа (rubus idaeus L.)». Журнал сельскохозяйственной и пищевой химии. 56 (15): 6648–55. Дои:10.1021 / jf800253e. PMID  18598047.
  5. ^ а б c Кито-Авила, Д. Ф .; Мартин, Р. Р. (2012). «ОТ-ПЦР в реальном времени для обнаружения вируса кустистой карликовости малины, вируса крапчатости листьев малины и характеристики синергетических взаимодействий при смешанных инфекциях». Журнал вирусологических методов. 179 (1): 38–44. Дои:10.1016 / j.jviromet.2011.09.016. PMID  21968094.
  6. ^ Исогай, М; Йошида, Т; Накановатари, К; Йошикава, Н. (2014). «Проникновение пыльцевых трубок с накопленным вирусом кустарниковой карликовости малины в рыльца участвует в начальном инфицировании материнской ткани и горизонтальной передаче». Вирусология. 452-453: 247–53. Дои:10.1016 / j.virol.2014.02.001. PMID  24606702.
  7. ^ ICTV. «Таксономия вирусов: выпуск 2014 г.». Получено 15 июн 2015.
  8. ^ а б c MacFarlane, S.A .; Макгэвин, У. Дж. (2009). «Активация генома белком оболочки вируса кустистой карликовости малины». Журнал общей вирусологии. 90 (Пт 3): 747–53. Дои:10.1099 / vir.0.007195-0. PMID  19218221.
  9. ^ а б Кито-Авила, Д. Ф .; Ибарра, М. А .; Альварес, Р.; Peralta, E.L .; Мартин, Р. Р. (2014). «Изолят вируса кустистой карликовости малины из эквадорского Rubus glaucus содержит дополнительную РНК, которая является реаранжировкой РНК-2». Архив вирусологии. 159 (9): 2519–21. Дои:10.1007 / s00705-014-2069-4. PMID  24719196.
  10. ^ а б Нацуаки, Т; Mayo, M. A .; Jolly, C.A .; Мурант, А. Ф. (1991). «Нуклеотидная последовательность РНК-2 вируса кустистых карликов малины: бицистронный компонент двудольного генома». Журнал общей вирусологии. 72 (9): 2183–9. Дои:10.1099/0022-1317-72-9-2183. PMID  1895055.
  11. ^ Mayo, M. A .; Jolly, C.A .; Murant, A. F .; Рашке, Дж. Х. (1991). «Нуклеотидная последовательность РНК-3 вируса кустистой карликовости малины». Журнал общей вирусологии. 72 (2): 469–72. Дои:10.1099/0022-1317-72-2-469. PMID  1993886.
  12. ^ «Вирусная зона». ExPASy. Получено 15 июн 2015.
  13. ^ а б c Kokko, H.I .; Кивинева, М; Кяренлампи, С. О. (1996). «Одностадийная ОТ-ПЦР с иммунозахватом в обнаружении вируса кустистых карликов малины». Биотехнологии. 20 (5): 842–6. Дои:10.2144 / 96205st03. PMID  8723929.
  14. ^ а б c Ван, Q; Валконен, Дж. П. (2009). «Улучшенное восстановление обработанных криотерапией кончиков побегов после термотерапии выращенных in vitro исходных побегов малины (Rubus idaeus L.)». Крио письма. 30 (3): 170–82. PMID  19750241.
  15. ^ а б Ван, Q; Cuellar, W. J .; Rajamäki, M. L .; Хирата, Й; Валконен, Дж. П. (2008). «Комбинированная термотерапия и криотерапия для эффективного уничтожения вируса: взаимосвязь распространения вируса, внутриклеточных изменений, выживаемости клеток и деградации вирусной РНК в кончиках побегов». Молекулярная патология растений. 9 (2): 237–50. Дои:10.1111 / j.1364-3703.2007.00456.x. ЧВК  6640318. PMID  18705855.

внешняя ссылка