Киноме - Kinome

Эта статья о термине в молекулярной биологии. Для растений и продуктов питания см. Zanthoxylum piperitum.

В молекулярная биология, биохимия и клеточная сигнализация то киноме организма - это полный набор протеинкиназы закодировано в его геном. Киназы обычно ферменты которые катализируют фосфорилирование реакции (аминокислот) и делятся на несколько групп и семейств, например, те, которые фосфорилируют аминокислоты серин и треонин, те, которые фосфорилируют тирозин и некоторые, которые могут фосфорилировать оба, такие как семейства MAP2K и GSK. Термин был впервые использован в 2002 году Джерардом Маннингом и его коллегами в двух статьях, посвященных анализу 518 протеинкиназ человека, и относится как к протеинкиназам, так и к протеинам. псевдокиназы [1] и их эволюция протеинкиназ у эукариот.[2] Другие киномы были определены для риса,[3] несколько грибов, нематод и насекомых, морские ежи,[4] Dictyostelium discoideum,[5] и процесс заражения Микобактерии туберкулеза.[6] Хотя первичная последовательность протеинкиназ демонстрирует существенное расхождение между неродственными эукариотами, а аминокислотные различия в каталитических мотивах позволили разделить их киномы на канонические и псевдокиназа подтипы,[7] вариации, обнаруженные в аминокислотных мотивах, прилегающих к сайту фактического фосфорилирования субстратов эукариотическими киназами, намного меньше.[8]

Поскольку киназы являются основной мишенью для лекарств и главной контрольной точкой в ​​поведении клеток, кином также был целью крупномасштабной функциональной геномики с РНКи-скринами и усилий по открытию лекарств, особенно в терапии рака.[9]

У животных кином включает киназы, которые фосфорилируют только тирозин (тирозинкиназы), те, которые действуют на серин или треонин, а также несколько классов, таких как GSK3 и MAP2K которые могут действовать на обоих.[нужна цитата ] Исследования показали, что существуют специализированные белковые домены, которые связываются с фосфорилированными остатками серина и треонина, такие как BRCA и FHA домены.[нужна цитата ]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Мэннинг Дж., Уайт Д. Б., Мартинес Р., Хантер Т., Сударсанам С. (декабрь 2002 г.). «Комплемент протеинкиназы генома человека». Наука. 298 (5600): 1912–34. Дои:10.1126 / science.1075762. PMID  12471243.
  2. ^ Мэннинг Дж., Пахарь Г. Д., Хантер Т., Сударсанам С. (октябрь 2002 г.). «Эволюция передачи сигналов протеинкиназы от дрожжей к человеку». Trends Biochem. Наука. 27 (10): 514–20. Дои:10.1016 / S0968-0004 (02) 02179-5. PMID  12368087.
  3. ^ Дардик С., Чен Дж., Рихтер Т., Оуян С., Рональд П. (февраль 2007 г.). "База данных киназ риса. Филогеномная база данных для кинома риса". Физиология растений. 143 (2): 579–86. Дои:10.1104 / стр. 106.087270. ЧВК  1803753. PMID  17172291.
  4. ^ Брэдхэм К.А., Фольц К.Р., Бин В.С. и др. (Декабрь 2006 г.). «Киномэ морского ежа: первый взгляд». Dev. Биол. 300 (1): 180–93. Дои:10.1016 / j.ydbio.2006.08.074. PMID  17027740.
  5. ^ Голдберг Дж. М., Мэннинг Дж., Лю А. и др. (Март 2006 г.). «Кином Dictyostelium - анализ протеинкиназ простого модельного организма». PLoS Genet. 2 (3): e38. Дои:10.1371 / journal.pgen.0020038. ЧВК  1420674. PMID  16596165.
  6. ^ Hestvik AL, Hmama Z, Av-Gay Y (октябрь 2003 г.). «Киномический анализ ответа хозяина на микобактериальную инфекцию: новый метод протеомики». Заразить. Иммунная. 71 (10): 5514–22. Дои:10.1128 / IAI.71.10.5514-5522.2003. ЧВК  201077. PMID  14500469.
  7. ^ Рейтерер В., Эйерс ПА, Фархан Х (2014). «День мертвых: псевдокиназы и псевдофосфатазы в физиологии и болезнях». Тенденции в клеточной биологии. 24 (9): 489–505. Дои:10.1016 / j.tcb.2014.03.008. PMID  24818526.
  8. ^ Дикс С.Х., Парих К., ван дер Сийде М., Джур Дж., Ритсема Т., Пеппеленбош МП (2007). Insall R (ред.). "Доказательства минимального эукариотического фосфопротеома?". PLoS ONE. 2 (1): 777. Дои:10.1371 / journal.pone.0000777. ЧВК  1945084. PMID  17712425.
  9. ^ Уоркман П. (2005). «Введение лекарств в кином рака: прогресс и проблемы в разработке персонализированных молекулярных методов лечения рака». Холодная весна Харб. Symp. Quant. Биол. 70: 499–515. Дои:10.1101 / sqb.2005.70.020. PMID  16869789.

внешняя ссылка