Мотив РНК MAEB - MAEB RNA motif

В Мотив РНК MAEB (Связанный с метаболизмом элемент в Burkholderia Мотив РНК) является сохраняющимся стебель-петля РНК структура присутствует у многих видов рода Burkholderia.[1] Стебли-петли MAEB обычно встречаются в блоках повторов, обычно с 2-6 последовательными экземплярами стержневых петель MAEB, разделенных короткой и консервативной линкерной последовательностью. В одном блоке наблюдали до 12 последовательных стебл-петель MAEB.

Большинство блоков MAEB расположены в предполагаемом 5 'UTR нижестоящих генов. Из 141 блока последовательных стволовых петель MAEB 132 расположены в возможной 5 'UTR. Следовательно, стволовые петли MAEB, скорее всего, будут соответствовать цис-регуляторный элемент. Было замечено, что гены очевидно регулируемые MAEB, как правило, играют роль в первичных метаболизм, т.е. синтез, катаболизм или перенос малых молекул; несколько генов, связанных с MAEB, участвуют в других функциях, таких как преобразование сигнала, подвижность или же репликация. Таким образом, мотив связан с метаболической ролью и действительно имеет слабую связь с система расщепления глицином наблюдалось.

Были рассмотрены три гипотезы биологической роли MAEB. Во-первых, стержневая петля MAEB действительно ДНК -связывающий домен димера белок и что две субъединицы этого белка связываются с противоположными цепями дуплексной ДНК. Однако два нуклеотиды в дополнительных позициях на стороне 5 'и 3' стержня почти всегда пурины. Если мотив MAEB действительно представляет собой короткий ДНК-связывающий домен и его обратный комплемент, тогда 3'-часть видимой основы РНК в этом положении должна содержать комплементарный пиримидин, а также не быть пурином. Поэтому вряд ли эта гипотеза верна.

Вторая рассматриваемая гипотеза заключается в том, что MAEB является повторяющаяся ДНК последовательность. Хотя повторяющаяся природа стволовых петель MAEB поддерживает эту роль, ассоциация MAEB с метаболическими генами несовместима с известными повторяющимися элементами, которые обычно являются результатом эгоистичной репликации или ошибок в репликации. Скорее, повторяющаяся природа стволовых петель MAEB, вероятно, играет функциональную роль для клетка.

Третья выдвинутая гипотеза состоит в том, что стволовые петли MAEB связывают белок, а множественные вхождения стволовых петель MAEB в одной молекуле РНК позволяют связывать большее количество белков на одну молекулу РНК. Такое расположение похоже на CsrB РНК, которая содержит примерно 18 шпилек, каждая из которых связывает одну CsrA белковая субъединица. Истинная функция стержневых петель MAEB остается неизвестной.

Рекомендации

  1. ^ Вайнберг З., Баррик Дж. Э., Яо З. и др. (2007). «Идентификация 22 кандидатных структурированных РНК в бактериях с использованием системы сравнительной геномики CMfinder». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (14): 4809–4819. Дои:10.1093 / нар / гкм487. ЧВК  1950547. PMID  17621584.