Нидовиралес - Nidovirales

Нидовиралес
Электронная микрофотография отрицательно окрашенных частиц вируса Нам Динь
Жизненный цикл нидовирусов
Классификация вирусов е
(без рейтинга):Вирус
Область:Рибовирия
Королевство:Орторнавиры
Тип:Писувирикота
Класс:Pisoniviricetes
Заказ:Нидовиралес

Нидовиралес это приказ окутанный, вирусы с положительной цепью РНК которые заражают позвоночные и беспозвоночные. Организмы-хозяева включают: млекопитающие, птицы, рептилии, амфибии, рыбы, членистоногие, моллюски, и гельминты.[1] В заказ входят семьи Coronaviridae, Arteriviridae, Roniviridae, и Mesoniviridae.[2]

Член вирусы иметь вирусный конверт и положительный смысл, одноцепочечный Геном РНК который закрытый и полиаденилированный.[3] Нидовирусы названы в честь латинского очаг, что означает гнездо, так как все вирусы в этом порядке производят 3 'ко-терминальный вложенный набор субгеномные мРНК во время заражения.[4]

Вирусология

Сравнение геномы и протеомы разных семейств нидовирусов

Приказ Нидовиралес состоит из вирусов, которые имеют положительный смысл, геномы одноцепочечных РНК. Вирусы относятся к IV группе Балтиморская система классификации. В качестве геномов с положительным смыслом вирусы могут использовать некоторые белки клетки-хозяина во время репликации и экспрессии генов, которые происходят в цитоплазме клетки-хозяина.

Эта группа вирусов экспрессирует структурные белки отдельно от неструктурных. Структурные белки кодируются в 3 ’области геном и выражаются из набора субгеномные мРНК. Эти вирусы кодируют одну главную протеиназа и от одной до трех дополнительных протеиназ, которые в основном участвуют в экспрессии репликаза ген. Эти протеиназы также отвечают за активацию или инактивацию определенных белков в нужное время в жизненном цикле вируса, гарантируя, что репликация происходит в нужное время.

Многие белки были идентифицированы в геномах Нидовиралес, но их функция еще не определена. Другие ферменты, которые могут присутствовать в геноме, включают: папаин -подобные протеазы, связывание АДФ-рибозы / поли (АДФ-рибозы) или АДФ-рибоза 1 '' - фосфатфосфатаза деятельность и циклическая нуклеотидфосфодиэстераза.

Большинство, но не все субгеномные РНК нидовирусов содержат 5'-лидерную последовательность, происходящую от 5'-конца геномной РНК.

Сдвиг рамки, который порождает ORF 1b сдвиг кадра происходит при Гептануклеотидная «скользкая» последовательность UUUAAAC расположен выше стоп-кодона ORF1a и предполагаемой РНК псевдоузел структура.

Геном

Вирусы этого порядка можно отличить от других РНК-вирусов по совокупности семи консервативных доменов - 5'-TM2-3CLpro-TM3-RdRp-Zm-HEL1-NendoU-3 ', причем первые три кодируются в ORF1a, а остальные четыре в ORF1b. TM2 и TM3 и трансмембранные домены; RdRp - РНК-полимераза; Zm представляет собой домен связывания Zn-кластера, слитый с геликазой (HEL1); 3CLpro - это 3C-подобная протеаза; а NendoU - это уридилат -специфическая эндонуклеаза. 3CLpro имеет каталитический Его -Cys диада, также известная как Основная протеиназа коронавируса SARS (Мпро).

Таксономия

Дерево таксономии порядка Нидовиралес

Приказ Нидовиралес можно разделить на два клады в зависимости от размера генома: с большими геномами (26,3–31,7 килобаз), которые включали Coronaviridae и Roniviridae (большие нидовирусы) и вирусы с маленькими геномами (малые нидовирусы) - кладу, которая включает отдаленно родственные Arteriviridae (12,7–15,7 кб). Большие нидовирусы кодируют как 2'-O-метилтрансфераза и 3'– 5 ' экзорибонуклеаза (ExoN) - последнее очень необычно для РНК-вируса. Они также кодируют суперсемейство 1 геликаза, уридилат-специфическая эндонуклеаза (фермент, уникальный для нидовирусов) и несколько протеаз.

Различаются следующие подотряды и семейства (-virineae обозначает подзаказы и -viridae обозначает семьи):[5]

Дополнения

Вирус, имеющий самый большой из известных несегментированных РНК геном 41,1kb, нидовирус секреторных клеток планарии (PSCNV), имеет порядок Nidovirales.[6] Его хозяином является планарий плоский червь.[7]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Огандо, Наташа С .; Феррон, Франсуа; Декроли, Этьен; Канард, Бруно; Posthuma, Clara C .; Снайдер, Эрик Дж. (2019). «Любопытный случай экзорибонуклеазы нидовируса: ее роль в синтезе РНК и достоверности репликации». Границы микробиологии. 10: 1813. Дои:10.3389 / fmicb.2019.01813. ISSN  1664-302X. ЧВК  6693484. PMID  31440227.
  2. ^ «Международный комитет по таксономии вирусов (ICTV)». talk.ictvonline.org. Получено 2020-06-08.
  3. ^ Кинг, Эндрю М. К .; Адамс, Майкл Дж .; Карстенс, Эрик Б .; Лефковиц, Эллиот Дж., Ред. (2012-01-01), «Орден - Нидовиралес», Таксономия вирусов, Elsevier, стр. 784–794, ISBN  978-0-12-384684-6, получено 2020-06-08
  4. ^ Антуан А.Ф. де Фриз, Мариан К. Хорзинек, Питер Дж. М. Роттье, Рауль Дж. Де Гроот (1997). "Организация генома Nidovirales: сходства и различия между артери-, торо- и коронавирусами". Семинары по вирусологии. 8 (1): 33–47. CiteSeerX  10.1.1.462.1825. Дои:10.1006 / smvy.1997.0104. S2CID  85383257.CS1 maint: использует параметр авторов (ссылка на сайт)
  5. ^ «Таксономия вирусов: выпуск 2019 г.». talk.ictvonline.org. Международный комитет по таксономии вирусов. Получено 30 апреля 2020.
  6. ^ «Браузер таксономии (Planidovirus 1)». www.ncbi.nlm.nih.gov. Получено 2020-06-08.
  7. ^ Сабери, Амир; Гуляева Анастасия А .; Брубахер, Джон Л .; Newmark, Phillip A .; Горбаленя, Александр Евгеньевич (01.11.2018). «Планарийный нидовирус расширяет пределы размера генома РНК». Патогены PLOS. 14 (11): e1007314. Дои:10.1371 / journal.ppat.1007314. ISSN  1553-7374. ЧВК  6211748. PMID  30383829.

внешняя ссылка