Рибосомный белок SA - Ribosomal protein SA

RPSA
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыRPSA, 37LRP, 67LR, ICAS, LAMBR, LAMR1, LBP, LBP / p40, LRP, LRP / LR, NEM / 1CHD4, SA, lamR, p40, рибосомный белок SA
Внешние идентификаторыOMIM: 150370 MGI: 105381 ГомолоГен: 68249 Генные карты: RPSA
Расположение гена (человек)
Хромосома 3 (человек)
Chr.Хромосома 3 (человек)[1]
Хромосома 3 (человек)
Геномное местоположение для RPSA
Геномное местоположение для RPSA
Группа3п22.1Начните39,406,716 бп[1]
Конец39,412,542 бп[1]
Ортологи
ВидыЧеловекМышь
Entrez

3921

16785

Ансамбль

ENSG00000168028

ENSMUSG00000032518

UniProt

P08865

P14206

RefSeq (мРНК)

NM_002295
NM_001304288

NM_011029

RefSeq (белок)

NP_001291217
NP_002286

NP_035159

Расположение (UCSC)Chr 3: 39.41 - 39.41 МбChr 9: 120,13 - 120,13 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

Рибосомный белок 40S SA это рибосомальный белок что у людей кодируется RPSA ген.[5][6] Он также действует как рецептор клеточной поверхности, в частности для ламинин, и участвует в нескольких патогенных процессах.

Функция

Ламинины, семья внеклеточный матрикс гликопротеины, являются основными неколлагеновый составляющая подвальные мембраны. Они были вовлечены в широкий спектр биологических процессов, включая клеточная адгезия, дифференциация, миграция, сигнализация, нейрит нарост и метастаз. Многие эффекты ламинина опосредованы взаимодействия с участием рецепторы клеточной поверхности. Эти рецепторы включают членов интегрин семейства, а также неинтегриновые ламинин-связывающие белки. Ген RPSA кодирует многофункциональный белок, который является одновременно рибосомным белком и высокоаффинным неинтегриновым рецептором ламинина. Этот белок по-разному называют рибосомным белком SA; RPSA; LamR; LamR1; Предшественник рецептора ламинина 37 кДа; 37LRP; Рецептор ламинина 67 кДа; 67LR; Рецептор ламинина 37/67 кДа; LRP / LR; LBP / p40; и белок, связанный с рибосомами p40. Рибосомный белок SA и RPSA являются утвержденным названием и символом. В аминокислота последовательность RPSA высоко сохраняется благодаря эволюция, предлагая ключ биологическая функция. Было замечено, что уровень RPSA стенограмма выше в двоеточие карцинома ткань и клеточные линии рака легких, чем их нормальные аналоги. Также существует корреляция между усиление регулирования этого полипептид в раковых клетках и их инвазивных и метастатических фенотип. Существует множество копий гена RPSA; однако большинство из них псевдогены считается, что возник из ретропозиционный События. Два альтернативно сращенный Для этого гена были обнаружены варианты транскриптов, кодирующие тот же белок.[7]

Структура и стабильность

Комплементарная ДНК (кДНК) гена RPSA образована сборкой семи экзонов, шесть из которых соответствуют кодирующей последовательности.[6] Аминокислотная последовательность RPSA, выведенная из последовательности его кДНК, включает 295 остатков. RPSA можно подразделить на два основных домена: N-домен (остатки 1-209), который соответствует экзонам 2-5 гена, и C-домен (остатки 210-295), который соответствует экзонам 6. -7. N-домен RPSA гомологичен рибосомному белку S2 (RPS2) прокариот. Он содержит палиндромную последовательность 173LMWWML178, которая сохраняется у всех многоклеточных животных. Его C-домен высоко консервативен у позвоночных. Аминокислотная последовательность RPSA идентична на 98% у всех млекопитающих. RPSA - это рибосомный белок, который в процессе эволюции приобрел функцию рецептора ламинина.[8][9] Структура N-домена RPSA аналогична прокариотическому RPS2.[10] С-домен по своей природе неупорядочен в растворе. N-домен является мономерным в растворе и разворачивается в соответствии с трехуровневым равновесием. Промежуточный продукт складчатости преобладает при 37 ° C.[11]

Взаимодействия

Некоторые взаимодействия RPSA, которые первоначально были обнаружены методами клеточной биологии, впоследствии были подтверждены с помощью рекомбинантных производных и экспериментов in vitro. Последние показали, что свернутый N-домен и неупорядоченный C-домен RPSA имеют как общие, так и специфические функции.[12]

  • RPSA связывается с белками, которые участвуют в трансляции генетического кода. (i) Двухгибридный скрининг дрожжей показал, что RPSA связывается с рибосомным белком S21 малой рибосомной субъединицы 40S.[13][14] (ii) Последовательные делеции RPSA показали, что сегмент остатков 236-262, включенный в C-домен, участвует во взаимодействии между RPSA и 40S субъединицей рибосомы.[15] (iii) Исследования, основанные на спектроскопии ядерного магнитного резонанса (ЯМР), показали, что антикодон-связывающий домен Lysyl-tRNA синтетазы связывается непосредственно с C-доменом RPSA.[16]
  • Первоначально RPSA был идентифицирован как белок, связывающий ламинин.[17][18] И рекомбинантный N-домен, и C-домен RPSA связывают ламинин in vitro, и они связываются с аналогичными константами диссоциации (300 нМ).[10][12]
  • И RPSA, и ламинин принадлежат к взаимодействию гепарин / гепарансульфат.[19] Гепарин связывается in vitro с N-доменом RPSA, но не с его C-доменом. Более того, C-домен RPSA и гепарин конкурируют за связывание с ламинином, что показывает, что сильно кислый C-домен RPSA имитирует гепарин (и, возможно, гепарансульфаты) за связывание с ламинином.[12]
  • RPSA является потенциальным клеточным рецептором для нескольких патогенных Флавивирусы, включая вирус денге (DENV),[20][21] и Альфавирусы, в том числе вирус Синдбис (SINV).[22] N-домен RPSA включает сайт связывания для SINV in vitro.[10] N-домен также включает слабые сайты связывания рекомбинантного домена 3 (ED3, остатки 296-400) из белков оболочки двух Флавивирусы, Вирус Западного Нила и серотип 2 DENV. C-домен включает сайты слабого связывания для домена 3 вируса желтой лихорадки (YFV) и серотипов 1 и 2 DENV. Напротив, домен 3 вируса японского энцефалита, по-видимому, не связывает RPSA in vitro.[12]
  • RPSA также является рецептором для небольших молекул. (i) RPSA связывает афлатоксин B1 как in vivo, так и in vitro.[23] (ii) RPSA представляет собой рецептор эпигаллокатехин-галлата (EGCG), который является основным компонентом зеленого чая и имеет множество эффектов, связанных со здоровьем.[24][25] EGCG связывается только с N-доменом RPSA in vitro с константой диссоциации 100 нМ, но не с его C-доменом.[12]

использованная литература

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000168028 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000032518 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ Сато К., Наруми К., Сакаи Т., Абе Т., Кикучи Т., Мацусима К., Синдо С., Мотомия М. (июль 1992 г.). «Клонирование кДНК рецептора ламинина 67 кДа и экспрессия гена в линиях нормальных и злокачественных клеток легкого человека». Рак Lett. 62 (3): 199–203. Дои:10.1016 / 0304-3835 (92) 90096-Е. PMID  1534510.
  6. ^ а б Jackers P, Minoletti F, Belotti D, Clausse N, Sozzi G, Sobel ME, Castronovo V (сентябрь 1996 г.). «Выделение из мультигенного семейства активного человеческого гена многофункционального белка 37LRP / p40, ассоциированного с метастазами, на хромосоме 3p21.3». Онкоген. 13 (3): 495–503. PMID  8760291.
  7. ^ ДиДжакомо, Винсент; Меруэло, Даниэль (май 2016 г.). «Изучение рецептора ламинина: критическое обсуждение неинтегринового рецептора ламинина 37/67 кДа / белка RPSA». Биологические обзоры. 91 (2): 288–310. Дои:10.1111 / brv.12170. ЧВК  5249262. PMID  25630983.
  8. ^ Ардини Э, Пезоле Г, Тальябу Э, Магнифико А, Кастроново В., Собель М. Е., Колнаги М. И., Менар С. (август 1998 г.). «Рецептор ламинина 67 кДа произошел от рибосомного белка, который в процессе эволюции приобрел двойную функцию». Молекулярная биология и эволюция. 15 (8): 1017–25. Дои:10.1093 / oxfordjournals.molbev.a026000. PMID  9718729.
  9. ^ Нельсон Дж., Макферран Н.В., Пивато Дж., Чемберс Е., Доэрти С., Стил Д., Тимсон Д. Д. (февраль 2008 г.). «Рецептор ламинина 67 кДа: структура, функция и роль в заболевании». Отчеты по бионауке. 28 (1): 33–48. Дои:10.1042 / BSR20070004. PMID  18269348.
  10. ^ а б c Джеймисон К.В., Ву Дж., Хаббард С.Р., Меруело Д. (февраль 2008 г.). «Кристаллическая структура предшественника рецептора ламинина человека». Журнал биологической химии. 283 (6): 3002–5. Дои:10.1074 / jbc.C700206200. PMID  18063583.
  11. ^ Ульд-Абей, МБ; Пети-Топен, I; Зидан, Н; Барон, B; Бедуель, Юг (июнь 2012 г.). «Множественные состояния сворачивания и нарушение рибосомного белка SA, мембранного рецептора ламинина, антиканцерогенов и патогенов». Биохимия. 51 (24): 4807–4821. Дои:10.1021 / bi300335r. PMID  22640394.
  12. ^ а б c d е Зидан, Н; Ульд-Абей, МБ; Пети-Топен, I; Бедуель, H (2012). «Сложенные и неупорядоченные домены человеческого рибосомного белка SA имеют как идиосинкразические, так и общие функции в качестве мембранных рецепторов». Biosci. Представитель. 33 (1): 113–124. Дои:10.1042 / BSR20120103. ЧВК  4098866. PMID  23137297.
  13. ^ Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–968. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.
  14. ^ Сато М., Саэки Й., Танака К., Канеда Й. (март 1999 г.). «Связанный с рибосомой белок LBP / p40 связывается с белком S21 рибосомы 40S: анализ с использованием дрожжевой двухгибридной системы». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 256 (2): 385–390. Дои:10.1006 / bbrc.1999.0343. PMID  10079194.
  15. ^ Малыгин А.А. Бабайлова Е.С.; Локтев В.Б .; Карпова, Г.Г. (2011). «Область в С-концевом домене рибосомного белка SA, необходимая для связывания SA с 40S субъединицей рибосомы человека». Биохимия. 93 (3): 612–617. Дои:10.1016 / j.biochi.2010.12.005. PMID  21167900.
  16. ^ Чо, привет; Ul Mushtaq, A; Ли, JY; Kim, DG; Seok, MS; Jang, M; Хан, BW; Ким, S; Jeon, YH (2014). «Характеристика взаимодействия между лизил-тРНК синтетазой и рецептором ламинина с помощью ЯМР». FEBS Lett. 588 (17): 2851–2858. Дои:10.1016 / j.febslet.2014.06.048. PMID  24983501. S2CID  36128866.
  17. ^ Рао, Северная Каролина; Барский, Ш; Терранова, В.П .; Лиотта, Л.А. (1983). «Выделение рецептора ламинина опухолевой клетки». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 111 (3): 804–808. Дои:10.1016 / 0006-291X (83) 91370-0. PMID  6301485.
  18. ^ Лесот, H; Kühl, U; Марк, К. (1983). «Выделение ламинин-связывающего белка из мембран мышечных клеток». EMBO J. 2 (6): 861–865. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1983.tb01514.x. ЧВК  555201. PMID  16453457.
  19. ^ Ори, А; Wilkinson, MC; Ферниг, Д.Г. (2011). «Системно-биологический подход к исследованию взаимодействия гепарина / гепарансульфата». J. Biol. Chem. 286 (22): 19892–19904. Дои:10.1074 / jbc.M111.228114. ЧВК  3103365. PMID  21454685.
  20. ^ Thepparit, C; Смит, Д.Р. (2004). «Серотип-специфическое проникновение вируса денге в клетки печени: идентификация высокоаффинного рецептора ламинина 37 килодальтон / 67 килодальтон в качестве рецептора серотипа 1 вируса денге». Дж. Вирол. 78 (22): 12647–12656. Дои:10.1128 / jvi.78.22.12647-12656.2004. ЧВК  525075. PMID  15507651.
  21. ^ Тио, PH; Jong, WW; Кардоса, MJ (2005). «Двумерный VOPBA показывает взаимодействие рецептора ламинина (LAMR1) с серотипами вируса денге 1, 2 и 3». Virol. J. 2: 25. Дои:10.1186 / 1743-422X-2-25. ЧВК  1079963. PMID  15790424.
  22. ^ Wang, KS; Kuhn, RJ; Штраус, EG; Ou, S; Штраус, JH (1992). «Высокоаффинный рецептор ламинина является рецептором вируса Синдбис в клетках млекопитающих». Дж. Вирол. 66 (8): 4992–5001. Дои:10.1128 / JVI.66.8.4992-5001.1992. ЧВК  241351. PMID  1385835.
  23. ^ Zhuang, Z; Хуанг, Y; Ян, Y; Ван, С (2016). «Идентификация белков, взаимодействующих с AFB1, и взаимодействия между RPSA и AFB1». J. Hazard. Матер. 301: 297–303. Дои:10.1016 / j.jhazmat.2015.08.053. PMID  26372695.
  24. ^ Тачибана, H; Кога, К; Fujimura, Y; Ямада, К. (2004). «Рецептор полифенолов зеленого чая EGCG». Nat. Struct. Мол. Биол. 11 (4): 380–381. Дои:10.1038 / nsmb743. PMID  15024383. S2CID  27868813.
  25. ^ Татибана, Х (2011). «Чувство полифенолов зеленого чая». Proc. Jpn. Акад. Сер. B Phys. Биол. Наука. 87 (3): 66–80. Bibcode:2011PJAB ... 87 ... 66 т. Дои:10.2183 / pjab.87.66. ЧВК  3066547. PMID  21422740.

дальнейшее чтение