Липидомика - Lipidomics

Общая схема, показывающая отношения липидома к геном, транскриптом, протеом и метаболом. Липиды также регулируют функцию белков и транскрипцию генов как часть динамического «интерактома» внутри клетки.

Липидомика - масштабное исследование путей и сетей сотовой связи. липиды в биологических системах[1][2][3] Слово "липидом "используется для описания полного липидного профиля в клетке, ткани, организме или экосистеме и является подмножеством"метаболом "который также включает три других основных класса биологических молекул: белки / аминокислоты, сахара и нуклеиновые кислоты. Липидомика - это относительно недавняя область исследований, в основе которой лежит быстрое развитие таких технологий, как масс-спектрометрии (РС), ядерный магнитный резонанс (ЯМР) спектроскопия, флуоресцентная спектроскопия, двойная поляризационная интерферометрия и вычислительные методы в сочетании с признанием роли липидов во многих метаболические заболевания Такие как ожирение, атеросклероз, Инсульт, гипертония и сахарный диабет. Это быстро расширяющееся поле[4] дополняет огромный прогресс, достигнутый в геномике и протеомике, которые составляют семейство системная биология.

Липидомические исследования включают идентификацию и количественную оценку тысяч молекулярных видов клеточных липидов и их взаимодействия с другими липидами, белками и другими веществами. метаболиты. Исследователи в области липидомики изучают структуры, функции, взаимодействия и динамику клеточных липидов, а также изменения, которые происходят во время нарушения работы системы.

Хан и Гросс[5] впервые определила область липидомики посредством интеграции конкретных химических свойств, присущих липидным молекулярным видам, с комплексным масс-спектрометрическим подходом. Хотя липидомика находится под зонтиком более общей области "метаболомика «липидомика сама по себе является отдельной дисциплиной из-за уникальности и функциональной специфичности липидов по сравнению с другими метаболитами.

В липидомных исследованиях огромное количество информации, количественно описывающей пространственные и временные изменения в содержании и составе различных липидных молекулярных видов, накапливается после возмущения клетки через изменения ее физиологического или патологического состояния. Информация, полученная в результате этих исследований, помогает понять механизмы изменения клеточной функции. Таким образом, липидомные исследования играют важную роль в определении биохимических механизмов связанных с липидами процессов заболевания посредством выявления изменений клеточного липидного метаболизма, транспорта и гомеостаза. Растущее внимание к исследованиям липидов также видно из инициатив, реализуемых в рамках стратегии LIPID Metabolites And Pathways (ЛИПИДНЫЕ КАРТЫ Консорциум).[6] и Европейская липидомическая инициатива (ELIfe).[7]

Примеры некоторых липидов из разных категорий.

Структурное разнообразие липидов

Липиды представляют собой разнообразную и повсеместную группу соединений, которые выполняют множество ключевых биологических функций, например действуют как структурные компоненты клеточные мембраны, служащие источниками хранения энергии и участвующие в сигнальных путях. Липиды в широком смысле можно определить как гидрофобный или же амфипатический небольшие молекулы, которые полностью или частично происходят из двух различных типов биохимических субъединиц или «строительных блоков»: кетоацил и изопрен группы.[8] Огромное структурное разнообразие липидов обусловлено биосинтез различных комбинаций этих строительных блоков. Например, глицерофосфолипиды состоят из глицерин позвоночник связан с одной из примерно 10 возможных головных групп, а также с 2 жирными ацил /алкил цепочки, которые, в свою очередь, могут иметь 30 или более различных молекулярных структур. На практике не все возможные перестановки обнаруживаются экспериментально из-за предпочтений цепей в зависимости от типа клеток, а также от пределов обнаружения - тем не менее, несколько сотен различных видов молекул глицерофосфолипидов были обнаружены в млекопитающее клетки.

Растение тилакоид хлоропласта мембраны, однако, имеют уникальный липидный состав поскольку они испытывают дефицит фосфолипидов. Кроме того, их самая большая составляющая, моногалактозил диглицерид или MGDG, не образует водных бислоев. Тем не менее, динамические исследования показывают нормальную организацию липидного бислоя в мембранах тилакоидов.[9]

Экспериментальные техники

Липидная экстракция

Большинство методов экстракции липидов и выделения из биологических образцов используют высокую растворимость углеводородные цепи в органические растворители. Учитывая разнообразие классов липидов, невозможно объединить все классы с помощью единого метода экстракции. Традиционная процедура Блая / Дайера [10]использует хлороформ /метанол протоколы, включающие разделение фаз на органический слой. Эти протоколы относительно хорошо работают для широкого спектра физиологически релевантных липидов, но они должны быть адаптированы для сложных липидных химикатов, а также для липидов с низким содержанием и лабильных липидов. метаболиты.[11][12][13][14][15][16]Когда использовалась органическая почва, цитрат буфер в экстракционной смеси дал большее количество липидов фосфат чем ацетат буфер Трис, ЧАС2О или фосфатный буфер.[17]

Разделение липидов

Самый простой метод разделения липидов - это использование тонкослойная хроматография (ТСХ). Хотя он не такой чувствительный, как другие методы определения липидов, он предлагает быстрый и всесторонний инструмент для скрининга перед более чувствительными и сложными методами. Хроматография твердофазной экстракции (ТФЭ) полезна для быстрого препаративного разделения сырых липидных смесей на разные классы липидов. . Это предполагает использование предварительно упакованных столбцов, содержащих кремнезем или другие стационарные фазы для разделения глицерофосфолипиды, жирные кислоты, эфиры холестерина, глицеролипиды, и стеролы из сырых липидных смесей.[18]Высокоэффективная жидкостная хроматография (ВЭЖХ или ЖХ) широко используется в липидомном анализе для разделения липидов перед массовым анализом. Разделение может быть достигнуто с помощью ВЭЖХ с нормальной фазой (NP) или ВЭЖХ с обращенной фазой (RP). Например, NP-HPLC эффективно разделяет глицерофосфолипиды на основе полярности головной группы,[19] тогда как RP-HPLC эффективно разделяет жирные кислоты, такие как эйкозаноиды, на основе длины цепи, степени ненасыщенности и замещения.[20] Для глобальных нецелевых липидомных исследований обычно используют колонки с RP и NP или с жидкостной хроматографией гидрофильного взаимодействия (HILC) для увеличения липидомного покрытия. Таким образом, применение нанопоточной жидкостной хроматографии (НЖК) оказалось наиболее эффективным для повышения как общей чувствительности измерения, так и покрытия липидомом для глобального липидомного подхода.[21] Хроматографическое (ВЭЖХ / УВЭЖХ) разделение липидов может выполняться в автономном или интерактивном режиме, когда элюат объединяется с источником ионизации масс-спектрометра.

Обнаружение липидов

Прогресс современной липидомики был значительно ускорен развитием спектрометрических методов в целом и методов мягкой ионизации для масс-спектрометрии такие как ионизация электрораспылением (ESI),[5] десорбция ионизация электрораспылением (DESI),[22] и матричная лазерная десорбция / ионизация (МАЛДИ)[23] особенно. «Мягкая» ионизация не вызывает обширной фрагментации, так что всестороннее обнаружение всего диапазона липидов в сложной смеси можно соотнести с экспериментальными условиями или болезненным состоянием. Кроме того, метод химической ионизации при атмосферном давлении (APCI) становится все более популярным для анализа неполярных липидов.[24]

Схема, показывающая обнаружение жирной кислоты с помощью ЖХ-МС / МС с использованием прибора с линейной ионной ловушкой и источника ионов с электрораспылением (ESI).

ESI MS

ESI-MS был первоначально разработан Фенном и его коллегами для анализа биомолекул.[25] Это зависит от образования газообразных ионов из полярных, термически лабильных и в основном нелетучих молекул и, таким образом, полностью подходит для множества липидов. Это метод мягкой ионизации, который редко нарушает химическую природу анализируемого вещества перед масс-анализом. Различные методы ESI-MS были разработаны для анализа различных классов, подклассов и отдельных видов липидов из биологических экстрактов. Недавно были опубликованы подробные обзоры методов и их применения.[26] Основными преимуществами ESI-MS являются высокая точность, чувствительность, воспроизводимость и применимость метода к комплексным решениям без предварительной дериватизации. Хан и его коллеги разработали метод, известный как «липидомика дробовика», который включает прямую инфузию сырого липидного экстракта в источник ESI, оптимизированный для разделения липидов внутри источника на основе их внутренних электрических свойств.[27]

DESI MS

Масс-спектрометрия DESI - это метод ионизации окружающей среды, разработанный профессором Золтаном Такатсом и др. В группе профессора Грэма Кука из Университета Пердью.[22] Он сочетает в себе методы ESI и десорбционной ионизации, направляя электрически заряженный туман на поверхность образца, которая находится на расстоянии нескольких миллиметров.[28] Этот метод был успешно применен в липидомике как инструмент визуализации для картирования распределения липидов в образцах тканей.[29] Одно из преимуществ DESI MS заключается в том, что для подготовки ткани не требуется матрица, что позволяет проводить несколько последовательных измерений на одном и том же образце ткани.

МАЛДИ МС

MALDI-масс-спектрометрия - это метод мягкой ионизации на основе лазера, который часто используется для анализа больших белков, но успешно применяется для липидов. Липид смешивают с матрицей, такой как 2,5-дигидроксибензойная кислота, и наносят на держатель образца в виде небольшого пятна. В пятно попадает лазер, и матрица поглощает энергию, которая затем передается аналиту, что приводит к ионизации молекулы. MALDI-Time-of-Flight (MALDI-TOF) MS стал очень многообещающим подходом для липидомических исследований, особенно для визуализации липидов с тканевых слайдов.[30]

APCI MS

Источник APCI аналогичен ESI, за исключением того, что ионы образуются в результате взаимодействия нагретого аналита-растворителя с иглой коронного разряда, установленной на высокий электрический потенциал. Первичные ионы образуются непосредственно вокруг иглы, и они взаимодействуют с растворителем, образуя вторичные ионы, которые в конечном итоге ионизируют образец. APCI особенно полезен для анализа неполярных липидов, таких как триацилглицерины, стерины и сложные эфиры жирных кислот.[31]

Методы визуализации

Высокая чувствительность DESI в диапазоне липидов делает его мощным методом обнаружения и картирования содержания липидов в образцах тканей.[32] Недавние разработки в методах MALDI сделали возможным прямое обнаружение липидов на месте. Изобилие связанных с липидами ионов образуется в результате прямого анализа тонких срезов ткани, когда последовательные спектры снимаются через поверхность ткани, покрытую матрицей MALDI. Активация столкновением молекулярных ионов может использоваться для определения семейства липидов и часто структурно определять молекулярные разновидности. Эти методы позволяют обнаруживать фосфолипиды, сфинголипиды и глицеролипиды в таких тканях, как сердце, почки и мозг. Кроме того, распределение многих различных видов молекул липидов часто определяет анатомические области в этих тканях.[33][34]

Липидомное профилирование

Количественные липидные профили (липидомы) дрожжи Saccharomyces cerevisiae выращены при разных температурах[35]

Профилирование липидов - это целевая платформа метаболомики, которая обеспечивает всесторонний анализ видов липидов в клетке или ткани. Профилирование на основе тандемной масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением (ESI-MS / MS) способно предоставить количественные данные и может быть адаптировано для высокопроизводительных анализов.[36] Мощный подход трансгенов, а именно делеция и / или сверхэкспрессия продукта гена в сочетании с липидомикой, может дать ценную информацию о роли биохимических путей.[37] К растениям также применялись методы определения липидного профиля.[38] и микроорганизмы, такие как дрожжи.[35][39][40]Комбинация количественных липидомных данных в сочетании с соответствующими транскрипционными данными (с использованием методов генного массива) и протеомными данными (с использованием тандемного МС) позволяет подходу системной биологии к более глубокому пониманию представляющих интерес метаболических или сигнальных путей.

Информатика

Основная проблема для липидомики, в частности для подходов на основе МС, заключается в вычислительных и биоинформатических требованиях обработки большого количества данных, которые возникают на различных этапах цепочки сбора и обработки информации.[41][42] Сбор хроматографических и масс-спектрометрических данных требует значительных усилий по выравниванию спектров и статистической оценке флуктуаций интенсивности сигналов. Такие вариации имеют множество причин, включая биологические вариации, обработку образцов и аналитическую точность. Как следствие, обычно требуется несколько повторов для надежного определения уровней липидов в сложных смесях. В течение последних нескольких лет различные компании и исследовательские группы разработали ряд программных пакетов для анализа данных, полученных в результате профилирования метаболитов, включая липиды, с помощью рассеянного склероза. Обработка данных для дифференциального профилирования обычно проходит в несколько этапов, включая манипулирование входным файлом, спектральную фильтрацию, обнаружение пиков, хроматографическое выравнивание, нормализацию, визуализацию и экспорт данных. Примером программного обеспечения для метаболического профилирования является бесплатное приложение Mzmine на основе Java.[43] Недавно MS-DIAL 4 Программное обеспечение было интегрировано с всеобъемлющим атласом липидомов с информацией о времени удерживания, сечении столкновения и тандемной масс-спектрометрии для 117 подклассов липидов и 8051 липидов.[44] Некоторые программные пакеты, такие как Markerview[45] включают многомерный статистический анализ (например, анализ главных компонентов), и он будет полезен для выявления корреляций в липидных метаболитах, связанных с физиологическим фенотипом, в частности, для разработки липидных биомаркеров. Другая цель информационных технологий. сторона липидомики включает построение метаболических карт на основе данных о липидных структурах и липид-связанных белках и генах. Некоторые из этих липидных путей[46] являются чрезвычайно сложными, например гликосфинголипидный путь млекопитающих.[47] Создание доступных для поиска и интерактивных баз данных[48][49] липидов и связанных с липидами генов / белков также является чрезвычайно важным источником в качестве справочного материала для сообщества липидомиков. Интеграция этих баз данных с МС и другими экспериментальными данными, а также с метаболическими сетями.[50] дает возможность разработать терапевтические стратегии для предотвращения или обращения вспять этих патологических состояний, связанных с дисфункцией процессов, связанных с липидами.

Рекомендации

  1. ^ Венк MR (июль 2005 г.). «Новое направление липидомики». Nat Rev Drug Discov. 4 (7): 594–610. Дои:10.1038 / nrd1776. PMID  16052242. S2CID  83931214.
  2. ^ Watson AD (октябрь 2006 г.). «Серия тематических обзоров: подходы системной биологии к метаболическим и сердечно-сосудистым нарушениям. Липидомика: глобальный подход к анализу липидов в биологических системах». J. Lipid Res. 47 (10): 2101–11. Дои:10.1194 / мл. R600022-JLR200. PMID  16902246.
  3. ^ «Липидомика». Липидные хроники. 2011-12-15. Получено 2012-01-08.
  4. ^ Хан X (2007). «Нейролипидомика: проблемы и разработки». Передний. Biosci. 12: 2601–15. Дои:10.2741/2258. ЧВК  2141543. PMID  17127266.
  5. ^ а б Han X, Gross RW; Гросс (июнь 2003 г.). «Глобальный анализ клеточных липидомов непосредственно из сырых экстрактов биологических образцов с помощью масс-спектрометрии ESI: мост к липидомике». J. Lipid Res. 44 (6): 1071–9. Дои:10.1194 / мл. R300004-JLR200. PMID  12671038.
  6. ^ Консорциум LIPID MAPS
  7. ^ Европейская липидомическая инициатива
  8. ^ Фахи Э., Субраманиам С., Браун Х.А. и др. (2005). «Комплексная система классификации липидов». J. Lipid Res. 46 (5): 839–61. Дои:10.1194 / мл. E400004-JLR200. PMID  15722563.
  9. ^ Яшрой Р.С. (1990) Магнитно-резонансные исследования динамической организации липидов в мембранах хлоропластов. Журнал биологических наук, т. 15 (4), стр. 281-288.https://www.researchgate.net/publication/225688482_Mintage_resonance_studies_of_dynamic_organisation_of_lipids_in_chloroplast_membranes?ev=prf_pub
  10. ^ Блай Э. Г., Дайер В. Дж.; Дайер (август 1959). «Экспресс-метод экстракции и очистки общих липидов». Может J Biochem Physiol. 37 (8): 911–7. Дои:10.1139 / o59-099. PMID  13671378. S2CID  7311923.
  11. ^ Кранк Дж., Мерфи Р.К., Баркли Р.М., Духослав Э., Макэной А. Мерфи; Баркли; Духослав; Макэной (2007). Качественный анализ и количественная оценка изменений молекулярных видов липидов нейтрального глицерина в клетках. Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 432. С. 1–20. Дои:10.1016 / S0076-6879 (07) 32001-6. ISBN  978-0-12-373895-0. PMID  17954211.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  12. ^ Иванова П.Т., Милн С.Б., Бирн МО, Сян Ю., Браун Х.А.; Милн; Бирн; Сян; Браун (2007). Идентификация и количественное определение глицерофосфолипидов с помощью масс-спектрометрии с ионизацией электрораспылением. Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 432. С. 21–57. Дои:10.1016 / S0076-6879 (07) 32002-8. ISBN  978-0-12-373895-0. PMID  17954212.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  13. ^ Димс Р., Бучински М.В., Бауэрс-Джентри Р., Харкевич Р., Деннис Э.А.; Бучинский; Bowers-Gentry; Харкевич; Деннис (2007). Обнаружение и количественное определение эйкозаноидов с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии, электрораспылительной ионизации и масс-спектрометрии. Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 432. С. 59–82. Дои:10.1016 / S0076-6879 (07) 32003-X. ISBN  978-0-12-373895-0. PMID  17954213.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  14. ^ Макдональд Дж. Г., Томпсон Б. М., МакКрам ЕС, Рассел Д. В.; Томпсон; МакКрам; Рассел (2007). Экстракция и анализ стеринов в биологических матрицах с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии, электрораспылительной ионизационной масс-спектрометрии. Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 432. С. 145–70. Дои:10.1016 / S0076-6879 (07) 32006-5. ISBN  978-0-12-373895-0. PMID  17954216.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  15. ^ Гаррет Т.А., Гуан З., Раец К.Р.; Гуань; Раец (2007). Анализ убихинонов, долихолов и долихолдифосфат-олигосахаридов с помощью жидкостной хроматографии, электрораспылительной ионизации и масс-спектрометрии. Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 432. С. 117–43. Дои:10.1016 / S0076-6879 (07) 32005-3. ISBN  978-0-12-373895-0. PMID  17954215.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  16. ^ Саллардс М.С., Аллегуд Джей Си, Келли С., Ван Э., Хейнс, Калифорния, Парк Х, Чен Й, Меррилл А. Х .; Аллегуд; Келли; Ванга; Хейнс; Парк; Чен; Меррилл-младший (2007). Структурно-специфические количественные методы анализа сфинголипидов методом жидкостной хроматографии и тандемной масс-спектрометрии: сфинголипидомика «наизнанку». Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 432. С. 83–115. Дои:10.1016 / S0076-6879 (07) 32004-1. ISBN  978-0-12-373895-0. PMID  17954214.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  17. ^ Å. Фростегард, А. Тунлид и Э. Боат (август 1991 г.). «Микробная биомасса, измеренная как общий липидный фосфат в почвах с различным содержанием органических веществ». Журнал микробиологических методов. 14 (3): 151–163. Дои:10.1016 / 0167-7012 (91) 90018-Л.
  18. ^ Калузный М.А., Дункан Л.А., Мерритт М.В., Эппс Д.Е.; Дункан; Мерритт; Эппс (январь 1985 г.). «Быстрое разделение классов липидов с высоким выходом и чистотой с использованием колонок со связанной фазой». J. Lipid Res. 26 (1): 135–40. PMID  3973509.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  19. ^ Малаволта М., Боччи Ф., Боселли Э., Фрега Н.Г.; Боччи; Боселли; Фрега (октябрь 2004 г.). "Нормально-фазовый тандемный масс-спектрометрический анализ жидкостной хроматографии и электрораспылительной ионизации молекулярных форм фосфолипидов в мононуклеарных клетках крови: применение к муковисцидозу". J. Chromatogr. B. 810 (2): 173–86. Дои:10.1016 / j.jchromb.2004.07.001. PMID  15380713.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  20. ^ Накамура Т., Браттон Д.Л., Мерфи Р.С. Браттон; Мерфи (август 1997 г.). «Анализ эпоксиэйкозатриеновой и моногидроксиэйкозатетраеновой кислот, этерифицированных до фосфолипидов в красных кровяных тельцах человека, методом тандемной масс-спектрометрии с электрораспылением». J Масс-спектр. 32 (8): 888–96. Bibcode:1997JMSp ... 32..888N. Дои:10.1002 / (SICI) 1096-9888 (199708) 32: 8 <888 :: AID-JMS548> 3.0.CO; 2-W. PMID  9269087.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  21. ^ Данне-Раше, Никлас; Коман, Кристина; Арендс, Роберт (2018). «Nano-LC / NSI MS уточняет липидомику за счет увеличения липидного покрытия, чувствительности измерения и линейного динамического диапазона». Аналитическая химия. 90 (13): 8093–8101. Дои:10.1021 / acs.analchem.8b01275. ISSN  1520-6882. PMID  29792796.
  22. ^ а б З. Такатс; Дж. М. Уайзман; Б. Гологан; R.G. Повара (2004). «Масс-спектрометрический отбор проб в условиях окружающей среды с десорбционной ионизацией электрораспылением». Наука. 306 (5695): 471–473. Bibcode:2004Наука ... 306..471Т. Дои:10.1126 / science.1104404. PMID  15486296. S2CID  22994482.
  23. ^ Fuchs B, Schiller J; Шиллер (2008). MALDI-TOF MS анализ липидов из клеток, тканей и биологических жидкостей. Подъячейка. Биохим. Субклеточная биохимия. 49. С. 541–65. Дои:10.1007/978-1-4020-8831-5_21. ISBN  978-1-4020-8830-8. PMID  18751926.
  24. ^ Бердвелл WC (апрель 2001 г.). «Химическая ионизационная масс-спектрометрия атмосферного давления для анализа липидов». Липиды. 36 (4): 327–46. Дои:10.1007 / s11745-001-0725-5. PMID  11383683. S2CID  4017177.
  25. ^ Фенн Дж. Б., Манн М., Мэн С. К., Вонг С. Ф., Уайтхаус К. М.; Манн; Менг; Вонг; Белый дом (октябрь 1989 г.). «Ионизация электрораспылением для масс-спектрометрии больших биомолекул». Наука. 246 (4926): 64–71. Bibcode:1989 Наука ... 246 ... 64F. CiteSeerX  10.1.1.522.9458. Дои:10.1126 / science.2675315. PMID  2675315.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  26. ^ Мерфи Р.К., Фидлер Дж., Хевко Дж.; Фидлер; Хевко (февраль 2001 г.). «Анализ нелетучих липидов методом масс-спектрометрии». Chem. Rev. 101 (2): 479–526. Дои:10.1021 / cr9900883. PMID  11712255.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  27. ^ Брутто RW, Han X; Хан (2007). Липидомия при диабете и метаболическом синдроме. Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 433. С. 73–90. Дои:10.1016 / S0076-6879 (07) 33004-8. ISBN  978-0-12-373966-7. PMID  17954229.
  28. ^ Takáts Z, Wiseman JM, Cooks RG (2005). «Масс-спектрометрия окружающей среды с использованием десорбционной ионизации электрораспылением (DESI): приборы, механизмы и приложения в судебной медицине, химии и биологии». Журнал масс-спектрометрии. 40 (10): 1261–75. Bibcode:2005JMSp ... 40.1261T. Дои:10.1002 / jms.922. PMID  16237663.
  29. ^ Ifa, Demian R .; Ву, Чуньпин; Оуян, Чжэн; Повара, Р. Грэм (22 марта 2010 г.). «Десорбционная ионизация электрораспылением и другие методы ионизации окружающей среды: текущий прогресс и предварительный просмотр». Аналитик. 135 (4): 669–81. Bibcode:2010Ана ... 135..669I. Дои:10.1039 / b925257f. ISSN  1364-5528. PMID  20309441.
  30. ^ Шиллер Дж., Сусс Р., Фукс Б., Мюллер М., Жорниг О., Арнольд К.; Сусс; Fuchs; Мюллер; Zschornig; Арнольд (2007). «MALDI-TOF MS в липидомике». Передний. Biosci. 12: 2568–79. Дои:10.2741/2255. PMID  17127263.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  31. ^ Бердвелл WC (2008). «Двойная параллельная жидкостная хроматография с двойной масс-спектрометрией (LC2 / MS2) для анализа общих липидов». Передний. Biosci. 13 (13): 100–20. Дои:10.2741/2663. PMID  17981531.
  32. ^ Wiseman, Джастин М .; Puolitaival, Satu M .; Такатс, Золтан; Повара, Р. Грэм; Каприоли, Ричард М. (2005-11-04). «Масс-спектрометрическое профилирование интактной биологической ткани с использованием десорбционной ионизации электрораспылением». Angewandte Chemie. 117 (43): 7256–7259. Дои:10.1002 / ange.200502362. ISSN  1521-3757.
  33. ^ Каллигарис, Дэвид; Карагачану, Диана; Лю, Сяохуэй; Нортон, Исайя; Томпсон, Кристофер Дж .; Richardson, Andrea L .; Гольшан, Мехра; Истерлинг, Майкл Л .; Сантагата, Сандро (21.10.2014). «Применение масс-спектрометрии с десорбционной электрораспылением и ионизацией в анализе границ рака груди». Труды Национальной академии наук. 111 (42): 15184–15189. Bibcode:2014PNAS..11115184C. Дои:10.1073 / pnas.1408129111. ISSN  0027-8424. ЧВК  4210338. PMID  25246570.
  34. ^ Мерфи Р. К., Ханкин Дж. А., Баркли Р. М.; Ханкин; Баркли (декабрь 2008 г.). «Визуализация липидов с помощью масс-спектрометрии MALDI». J. Lipid Res. 50 Suppl (Дополнение): S317–22. Дои:10.1194 / мл. R800051-JLR200. ЧВК  2674737. PMID  19050313.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  35. ^ а б Клозе, С; Сурма, Массачусетс .; Герл, MJ .; Meyenhofer, F; Шевченко, А; Саймонс, К. (апрель 2012 г.). «Гибкость эукариотического липидома - выводы из липидомики дрожжей». PLOS ONE. 7 (4): e35063. Bibcode:2012PLoSO ... 7E5063K. Дои:10.1371 / journal.pone.0035063. ЧВК  3329542. PMID  22529973.
  36. ^ Липидный профиль линии клеток макрофагов мыши (LIPID MAPS)
  37. ^ Серхан К.Н., Джайн А., Марло С., Клиш С., Кантарси А., Бехбехани Б., Колган С.П., Шталь Г.Л., Мерчед А., Петасис Н.А., Чан Л., Ван Дайк Т.Э .; Джайн; Марло; Clish; Кантарчи; Бехбехани; Колган; Шталь; Merched; Петазис; Чан; Ван Дайк (декабрь 2003 г.). «Уменьшение воспаления и повреждения тканей у трансгенных кроликов, сверхэкспрессирующих 15-липоксигеназу и эндогенные противовоспалительные липидные медиаторы». J. Immunol. 171 (12): 6856–65. Дои:10.4049 / jimmunol.171.12.6856. PMID  14662892.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  38. ^ Дэвайя С.П., Рот М.Р., Баумэн Э., Ли М., Тамура П., Жаннотта Р., Велти Р., Ван X; Рот; Боумэн; Ли; Тамура; Жаннотта; Велти; Ван (сентябрь 2006 г.). «Количественное профилирование полярных видов глицеролипидов из органов арабидопсиса дикого типа и нокаут-мутанта фосфолипазы Dalpha1». Фитохимия. 67 (17): 1907–24. Дои:10.1016 / j.phytochem.2006.06.005. PMID  16843506.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  39. ^ Эйсинг К.С., Меринг Т., Бахр У, Духослав Э., Карас М., Симонс К., Шевченко А.; Меринг; Bahr; Духослав; Карась; Саймонс; Шевченко (март 2006 г.). «Индуцированные столкновением пути диссоциации сфинголипидов дрожжей и их молекулярный профиль в общих экстрактах липидов: исследование квадрупольной TOF и масс-спектрометрии с линейной ионной ловушкой и орбитальной ловушкой». J Масс-спектр. 41 (3): 372–89. Bibcode:2006JMSp ... 41..372E. Дои:10.1002 / jms.997. PMID  16498600.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  40. ^ Данне-Раше, Никлас; Коман, Кристина; Арендс, Роберт (2018). «Nano-LC / NSI MS уточняет липидомику за счет увеличения липидного покрытия, чувствительности измерения и линейного динамического диапазона». Аналитическая химия. 90 (13): 8093–8101. Дои:10.1021 / acs.analchem.8b01275. ISSN  1520-6882. PMID  29792796.
  41. ^ Subramaniam S; Fahy E; Gupta S; Sud M; Бирнс RW; Коттер D; Динасарапу АР; Маурья MR (2011). «Биоинформатика и системная биология липидома». Химические обзоры. 111 (10): 6452–6490. Дои:10.1021 / cr200295k. ЧВК  3383319. PMID  21939287.
  42. ^ Йетукури Л., Катаямаа М., Медина-Гомес Дж., Сеппянен-Лааксо Т., Видал-Пуиг А., Оресич М.; Катаджамаа; Медина-Гомес; Сеппянен-Лааксо; Видаль-Пуиг; Оресич (2007). «Биоинформатические стратегии для липидомического анализа: характеристика стеатоза печени, связанного с ожирением». BMC Syst Biol. 1: 12. Дои:10.1186/1752-0509-1-12. ЧВК  1839890. PMID  17408502.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  43. ^ Katajamaa M, Miettinen J, Oresic M; Миеттинен; Орешич (март 2006 г.). «MZmine: набор инструментов для обработки и визуализации данных молекулярного профиля на основе масс-спектрометрии». Биоинформатика. 22 (5): 634–6. Дои:10.1093 / биоинформатика / btk039. PMID  16403790.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  44. ^ Цугава, Хироши; Икеда, Казутака; Такахаши, Микико; Сато, Айя; Мори, Йошифуми; Учино, Харуки; Окахаши, Нобуюки; Ямада, Ютака; Тада, Иппута; Бонини, Паоло; Хигаси, Ясухиро (15.06.2020). «Атлас липидома в MS-DIAL 4». Природа Биотехнологии. 38 (10): 1159–1163. Дои:10.1038 / s41587-020-0531-2. ISSN  1546-1696. PMID  32541957. S2CID  219691426.
  45. ^ Лутц У., Лутц Р. В., Лутц В. К.; Лутц; Лутц (июль 2006 г.). «Метаболическое профилирование глюкуронидов в моче человека с помощью LC-MS / MS и частичного дискриминантного анализа наименьших квадратов для классификации и предсказания пола». Анальный. Chem. 78 (13): 4564–71. Дои:10.1021 / ac0522299. PMID  16808466.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  46. ^ Окуда С., Ямада Т., Хамадзима М., Ито М., Катаяма Т., Борк П., Гото С., Канехиса М.; Ямада; Хамадзима; Ито; Катаяма; Борк; Идти к; Канехиса (июль 2008 г.). «Картографирование KEGG Atlas для глобального анализа метаболических путей». Нуклеиновые кислоты Res. 36 (Выпуск веб-сервера): W423–6. Дои:10.1093 / nar / gkn282. ЧВК  2447737. PMID  18477636.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  47. ^ СфингоКарта
  48. ^ Sud M, Fahy E, Cotter D, Brown A, Dennis EA, Glass CK, Merrill AH, Murphy RC, Raetz CR, Russell DW, Subramaniam S; Фахи; Шплинт; Коричневый; Деннис; Стекло; Merrill Jr; Мерфи; Раец; Рассел; Субраманиам (январь 2007 г.). «LMSD: база данных структуры LIPID MAPS». Нуклеиновые кислоты Res. 35 (Выпуск базы данных): D527–32. Дои:10.1093 / нар / gkl838. ЧВК  1669719. PMID  17098933.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  49. ^ Коттер Д., Маер А., Гуда С., Сондерс Б., Субраманиам С. Маер; Гуда; Сондерс; Субраманиам (январь 2006 г.). "LMPD: база данных протеома LIPID MAPS". Нуклеиновые кислоты Res. 34 (Выпуск базы данных): D507–10. Дои:10.1093 / nar / gkj122. ЧВК  1347484. PMID  16381922.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  50. ^ Йетукури Л., Экроос К., Видал-Пуч А., Оресик М.; Экроос; Видаль-Пуиг; Орешич (февраль 2008 г.). «Информатика и вычислительные стратегии для изучения липидов». Мол Биосист. 4 (2): 121–7. Дои:10.1039 / b715468b. PMID  18213405.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)

внешняя ссылка