Список сайтов разрезания рестрикционных ферментов - List of restriction enzyme cutting sites

А рестрикционный фермент или ограничение эндонуклеаза особый вид биологических макромолекула который функционирует как часть "иммунная система " в бактерии. Одним из особых видов рестрикционных ферментов является класс "самонаводящиеся эндонуклеазы ", они присутствуют во всех три домена жизни, хотя их функции, кажется, сильно различаются от одной области к другой.

Классические рестрикционные ферменты разделяют и, следовательно, обезвреживают все неизвестные (несотовый ) ДНК попадает в бактериальную клетку в результате вирусная инфекция. Они распознают определенную последовательность ДНК, обычно короткую (от 3 до 8 бп ) и обрежьте его, получив тупые или выступающие концы, либо на, либо рядом с ним. сайт признания.

Ферменты рестрикции весьма разнообразны в распознаваемых ими коротких последовательностях ДНК. В организме часто есть несколько разных ферментов, каждый из которых специфичен для определенной короткой последовательности ДНК.[1]

См. Основную статью о рестрикционный фермент.
Дальнейшее чтение: Самонаводящаяся эндонуклеаза.

Каталог рестрикционных ферментов

В список включены некоторые из наиболее изученных примеров эндонуклеазы рестрикции. Приведена следующая информация:

  • Фермент: Принятое название молекула, согласно международно принятой номенклатура[2][3], и библиографические ссылки. (Дальнейшее чтение: см. Раздел "Номенклатура "в статье"Фермент рестрикции ".)
  • Код PDB: Код, используемый для определения структуры белка в PDB база данных белковых структур. Трехмерная атомная структура белка дает очень ценную информацию для понимания внутренних деталей механизма его действия.[4][5].
  • Источник: Организм, который естественным образом производит фермент.
  • Последовательность распознавания: Последовательность ДНК, распознаваемая ферментом и с которой он специфически связывается.
  • Резать: Участок разреза и продукты ДНК разреза. В последовательность распознавания и место разрезания обычно совпадают, но иногда сайт разреза может находиться на расстоянии нескольких десятков нуклеотидов от сайта распознавания[6][7].
  • Изошизомеры и неошизомеры: An изошизомер является фермент который распознает ту же последовательность, что и другой. А неошизомер представляет собой особый тип изошизомера, который распознает одну и ту же последовательность, но разрезает другим способом. Для каждого фермента указано не более 8-10 наиболее распространенных изошизомеров, но их может быть намного больше. Неошизомеры выделены жирным шрифтом зеленого цвета (например: BamHI). Когда "Нет на Дата", это означает, что на эту дату в базах данных не было зарегистрированных изошизомеров с четко определенным участком разрезания. Изошизомеры, указанные белым шрифтом и серым фоном, соответствуют ферментам, не указанным в текущих списках:
как в этом не перечисленном ферменте: EcoR70I 


Весь список содержит более 1200 ферментов, но в базах данных зарегистрировано около 4000.[8]

Чтобы сделать список доступным для навигации, этот список разделен на разные страницы. Каждая страница содержит от 120 до 150 записей. Выберите букву, чтобы перейти к определенной части списка:

Примечания и ссылки

  1. ^ Робертс Р.Дж. (январь 1980 г.). «Ферменты рестрикции и модификации и их последовательности распознавания». Нуклеиновые кислоты Res. 8 (1): r63 – r80. Дои:10.1093 / nar / 8.1.197-д. ЧВК  327257. PMID  6243774.
  2. ^ Смит Х.О., Натанс Д. (декабрь 1973 г.). «Письмо: Предлагаемая номенклатура для бактериальных систем модификации и рестрикции и их ферментов». J. Mol. Биол. 81 (3): 419–23. Дои:10.1016/0022-2836(73)90152-6. PMID  4588280.
  3. ^ Робертс Р.Дж., Белфорт М., Бестор Т., Бхагват А.С., Бикл Т.А., Битинаит Дж., Блюменталь Р.М., Дегтярев С.К., Драйден Д.Т., Дибвиг К., Фирман К., Громова Е.С., Гампорт Р.И., Халфорд С.Е., Хаттман С., Хейтман Дж., Хорнби Д.П. , Janulaitis A, Jeltsch A, Josephsen J, Kiss A, Klaenhammer TR, Kobayashi I, Kong H, Krüger DH, Lacks S, Marinus MG, Miyahara M, Morgan RD, Murray NE, Nagaraja V, Piekarowicz A, Pingoud A, Raleigh Э, Рао Д. Н., Райх Н., Репин В. Е., Селкер ЕС, Шоу П. К., Штейн Д. К., Стоддард Б. Л., Шибальский В., Траутнер Т. А., Ван Эттен Д. Л., Витор Д. М., Уилсон Г. Г., Сюй С.Ю. (апрель 2003 г.) «Номенклатура рестрикционных ферментов, ДНК-метилтрансфераз, самонаводящихся эндонуклеаз и их генов». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (7): 1805–12. Дои:10.1093 / nar / gkg274. ЧВК  152790. PMID  12654995.
  4. ^ Джереми МБ, Джон LT, Люберт S (2002). «3. Структура и функции белка». Биохимия. Сан-Франциско: В. Х. Фриман. ISBN  0-7167-4684-0.
  5. ^ Анфинсен К. Б. (1973). «Принципы, которые управляют сворачиванием белковых цепей». Наука. 181 (4096): 223–30. Дои:10.1126 / science.181.4096.223. PMID  4124164.
  6. ^ Кесслер C, Манта V (август 1990 г.). «Специфичность рестрикционных эндонуклеаз и модификаций ДНК метилтрансфераз - обзор (издание 3)». Ген. 92 (1–2): 1–248. Дои:10.1016 / 0378-1119 (90) 90486-Б. PMID  2172084.
  7. ^ Pingoud A, Jeltsch A (сентябрь 2001 г.). «Структура и функция эндонуклеаз рестрикции II типа». Нуклеиновые кислоты Res. 29 (18): 3705–27. Дои:10.1093 / nar / 29.18.3705. ЧВК  55916. PMID  11557805.
  8. ^ Робертс Р.Дж., Винце Т., Посфаи Дж., Маселис Д. "REBASE". Получено 2010-05-23. База данных рестрикционных ферментов.

Смотрите также

внешняя ссылка

Базы данных и списки рестрикционных ферментов:

  • Очень обширная база данных рестрикционных ферментов, поддерживаемая New England Biolabs ©. Он включает в себя всю биологическую, структурную, кинетическую и коммерческую информацию о тысячах ферментов. Также включает соответствующую литературу по каждой молекуле: Робертс Р.Дж., Винце Т., Посфаи Дж., Маселис Д. "REBASE". Получено 2010-05-23. База данных рестрикционных ферментов.
  • Подробная информация для биохимических экспериментов: «Поиск ферментов». Архивировано из оригинал на 2010-01-08. Получено 2010-01-07. New England Biolabs © средство поиска ферментов.
  • Алфавитный список ферментов и сайтов их рестрикции: «Веб-страница GenScript © Restriction Enzyme». Архивировано из оригинал на 2009-07-04. Получено 2010-01-07.
  • Общая информация о сайтах рестрикции и биохимических условиях рестрикционных реакций: «Ресурс рестрикционных ферментов». Архивировано из оригинал на 2002-02-03. Получено 2010-01-07. Веб-страница рестрикционных ферментов Promega ©.

Базы данных белков:

  • База данных структур белков, решенная с атомным разрешением: «PDB». Получено 2010-01-25. Всемирный банк данных по белкам.
  • Базы данных белков: Швейцарский институт биоинформатики (SIB) & Европейский институт биоинформатики (EBI). "UniProtKB / Swiss-Prot & TrEMBL". Получено 2010-01-25. Swiss-Prot - это тщательно подобранная база данных последовательностей белков, которая стремится обеспечить высокий уровень аннотации (например, описание функции белка, его доменной структуры, посттрансляционные модификации, варианты и т. д.), минимальный уровень избыточности и высокий уровень интеграции с другими базами данных. TrEMBL - это компьютерно-аннотированное приложение Swiss-Prot, которое содержит все переводы EMBL записи нуклеотидных последовательностей еще не интегрированы в Swiss-Prot.