OPLS - Википедия - OPLS

В OPLS (Оптимизированные возможности для моделирования жидкостей) силовое поле был разработан проф. Уильям Л. Йоргенсен в Университет Пердью а позже в Йельский университет.

Функциональная форма

Функциональная форма силового поля OPLS очень похожа на форму ЯНТАРЬ:

с правилами комбинирования и .

Внутримолекулярные несвязанные взаимодействия учитываются только для атомов, разделенных тремя или более связями; 1,4 взаимодействия уменьшены "фактором выдумки" , иначе . Все центры взаимодействия сосредоточены на атомах; не бывает «одиноких пар».

Параметризация

Было опубликовано несколько наборов параметров OPLS. Существует OPLS-ua (объединенный атом), который включает атомы водорода рядом с углеродом неявно в параметрах углерода и может использоваться для экономии времени моделирования. OPLS-aa (весь атом) явно включает каждый атом. Более поздние публикации включают параметры для других конкретных функциональных групп и типов молекул, таких как углеводы. При моделировании OPLS в водном растворе обычно используются TIP4P или TIP3P. водная модель.

Отличительной особенностью параметров OPLS является то, что они были оптимизированы для соответствия экспериментальным свойствам жидкостей, таким как плотность и теплота испарения, в дополнение к подгонке профилей кручения в газовой фазе.

Выполнение

Эталонными реализациями силового поля OPLS являются БОСС и MCPRO программы, разработанные Йоргенсеном. Другие пакеты, такие как ТИНКЕР, GROMACS, PCMODEL, Морское ушко, Hyperchem, ЛАМПЫ, Десмонд и NAMD также реализовать силовые поля OPLS.

Рекомендации

  • Йоргенсен В.Л., Тирадо-Ривес Дж. (1988). «Силовое поле OPLS для белков. Минимизация энергии для кристаллов циклических пептидов и крамбина». Варенье. Chem. Soc. 110 (6): 1657–1666. Дои:10.1021 / ja00214a001. PMID  27557051.
  • Йоргенсен В.Л., Максвелл Д.С., Тирадо-Ривес Дж. (1996). «Разработка и испытание полностью атомного силового поля OPLS по конформационной энергии и свойствам органических жидкостей». Варенье. Chem. Soc. 118 (45): 11225–11236. CiteSeerX  10.1.1.334.2959. Дои:10.1021 / ja9621760.