Abalone (молекулярная механика) - Abalone (molecular mechanics)
| Разработчики) | Agile Molecule |
|---|---|
| изначальный выпуск | 2006 |
| Стабильный выпуск | 1.9.0 / 17 мая 2016 г. |
| Операционная система | Windows Опыт, 7 |
| Платформа | x86, Nvidia GPU CUDA |
| Доступно в | английский |
| Тип | Молекулярная динамика, молекулярная графика |
| Лицензия | Проприетарный |
| Интернет сайт | www |
Белковая модель на Abalone
Модель ДНК на Abalone
Морское ушко общего назначения молекулярная динамика и молекулярная графика программа для моделирования биомолекул в периодические граничные условия в явном виде (гибкая модель воды SPC[1]) или в неявная вода модели.[2] В основном предназначен для моделирования сворачивание белка и ДНК -лиганд комплексы в ЯНТАРЬ силовое поле.
Ключевая особенность
- 3D молекулярная графика
- Автоматический генератор силового поля для биоэлементов: H, C, N, O
- Строительство и редактирование химических структур
- Библиотека строительных блоков
- Силовые поля: Вспомогательное построение модели с уточнением энергии (ЯНТАРЬ ) 94, 96, 99сб, 03; Оптимизированные возможности для моделирования жидкостей (OPLS )
- Оптимизация геометрии
- Молекулярная динамика с многошаговым интегратором
- Гибрид Монте-Карло
- Обмен репликами[3]
- Интерфейс с квантовой химией - ORCA, NWChem, Светлячок (ИГРА ПК), CP2K
- Молекулярное моделирование с ускорением на GPU
Смотрите также
Рекомендации
- ^ Тукан К. и Рахман А. (1985). «Молекулярно-динамическое исследование движений атомов в воде». Физический обзор B. 31 (5): 2643–2648. Bibcode:1985ПхРвБ..31.2643Т. Дои:10.1103 / PhysRevB.31.2643.
- ^ Still WC, Tempczyk A, Hawley RC, Hendrickson T (1990). «Полуаналитическая обработка сольватации для молекулярной механики и динамики». J Am Chem Soc. 112 (16): 6127–6129. Дои:10.1021 / ja00172a038.
- ^ Ю. Сугита и Ю. Окамото (1999). "Реплико-обменный молекулярно-динамический метод сворачивания белков". Письма по химической физике. 314: 141–151. Bibcode:1999CPL ... 314..141S. Дои:10.1016 / S0009-2614 (99) 01123-9.