Список систем молекулярной графики - List of molecular graphics systems

Это список известных программных систем, которые используются для визуализации макромолекул.[1]

В таблицах ниже указано, какие типы данных можно визуализировать в каждой системе:

Автономные системы

имяДанныеЛицензияТехнологииЦитатыКомментарии
АмираЭМ ММ МРТ Оптический СМИ XRCПроприетарный[2]Windows, Linux, Mac[3]На основе OpenInventor / OpenGL; уделяя особое внимание биомедицинским наукам и биологии.
Аскалаф ДизайнерММ MD QMПроприетарныйC ++[4]Графика, построение моделей, молекулярная механика, квантовая химия.
AvizoЭМ ММ МРТ Оптический СМИ XRCПроприетарный[5]Windows, Linux, Mac[6]Avizo является производным от Amira и ориентирован на материаловедение.
АвогадроММ XRC MDСвободный Открытый исходный код, GPLC ++, Qt, расширяемый через Python модули
Cn3DСвободный Открытый исходный кодАвтономная программа[7]В наборе инструментов NCBI C ++
ГабедитXRC ММСвободный Открытый исходный кодC[8]
JmolСвободный Открытый исходный кодЯва апплет или автономная программа[9]Поддерживает расширенные возможности, такие как загрузка нескольких молекул с независимым движением, поверхностей и молекулярных орбиталей, визуализация полостей, симметрия кристаллов
MDL ChimeПроприетарный, бесплатное использование некоммерческоеC ++ плагин для браузера за Windows Только[10]Создавайте и визуализируйте молекулы и периодические системы (кристаллы, структуры, жидкости ...), оживляйте траектории, визуализируйте молекулярные орбитали, плотность, электростатический потенциал ... визуализируйте графики, такие как ИК, ЯМР, диэлектрические и оптические тензоры.
MoldenММ XRCПроприетарный, бесплатное использование академического[11]
Молекулярная операционная среда (МЧС)HM MD ММ NA QM СМИ XRCПроприетарныйWindows, Linux, OS X; Язык программирования SVLСоздавайте, редактируйте и визуализируйте небольшие молекулы, макромолекулы, комплексы белок-лиганд, кристаллические решетки, поверхности молекул и свойств. Платформа для обширного набора приложений для молекулярного моделирования / открытия лекарств.
МолекельММ XRCСвободный Открытый исходный кодJava 3D апплет или автономная программа
PyMOLXRC СМИ ЭМОткрытый исходный код, PythonPython[12]По словам автора, почти 1/4 всех опубликованных в научной литературе изображений трехмерных структур белка были сделаны с помощью PyMOL.[нужна цитата ]
РасМолСвободный Открытый исходный кодC автономная программа[13][14][15]
САМСОНММ MD СМИСвободныйWindows, Linux, Mac. C ++ (Qt)[16]Вычислительные нанонауки: науки о жизни, материалы и т. Д. Модульная архитектура, модули, названные элементами SAMSON.
СириусСвободный Открытый исходный кодJava 3D апплет или автономная программа
ScigressММ QMПроприетарный[17]Автономная программа[18]Редактируйте, визуализируйте и запускайте моделирование различных молекулярных систем.
СпартанскийММ QMПроприетарный[19]Автономная программа[20]Визуализируйте и редактируйте биомолекулы, извлекайте связанные лиганды из файлов PDB для дальнейшего вычислительного анализа, пакет полной молекулярной механики и квантово-химических расчетов с оптимизированным графическим интерфейсом пользователя.
UCSF ХимераXRC СМИ ЭМ MDПроприетарный, бесплатное использование некоммерческое[21]Python[22][23]Включает в себя средство просмотра одиночных / множественных последовательностей, выравнивание последовательностей на основе структуры, автоматическое перекрестное взаимодействие между последовательностями и структурой для комплексного анализа.[24]
VMDЭМ MD ММПроприетарный, бесплатное использование некоммерческое[25]C ++[26][27]
ЧТО, ЕСЛИHM XRCПроприетарный, условно-бесплатная для ученыхФортран, C, OpenGL, автономный[28]Старомодный интерфейс; очень хорошее программное обеспечение для опытного биоинформатика; около 2000 вариантов, связанных со структурой белка; поставляется с описанием 500 страниц.
ЯСАРАHM ЯМР XRCПроприетарный, ограниченная бесплатная версияC -сборка, Windows, Linux, Mac[29]Полнофункциональная программа молекулярного моделирования и моделирования, включая предсказание структуры и стыковку. Графический или текстовый режим (кластеры), интерфейс Python.

Веб-системы

имяДанныеЛицензияТехнологииЦитатыКомментарии
EzMolММПроприетарный, бесплатное использованиеJavaScript, WebGL, 3Dmol.js[30]Этот инструмент, созданный на основе программы просмотра 3dmol.js, использует интерфейс в стиле мастера.

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ О'Донохью, SI; Goodsell, DS; А.С., Франгакис; F, Жосине; Ласковский, М; Nilges, E; Сайбил, HR; Шафферханс, А; и другие. (2010). «Визуализация макромолекулярных структур». Природные методы. 7 (3 Приложение): S42–55. Дои:10.1038 / nmeth.1427. ЧВК  7097155. PMID  20195256.
  2. ^ Коммерческая лицензия Amira
  3. ^ "Амира для жизни и биомедицинских наук". 2019-02-28. Получено 28 февраля, 2019.[самостоятельно опубликованный источник? ]
  4. ^ «Аскалаф». Получено 24 сентября 2009.[самостоятельно опубликованный источник? ]
  5. ^ Коммерческая лицензия Avizo
  6. ^ «Avizo, программное обеспечение для трехмерной визуализации и анализа научных и промышленных данных». 2018-09-26. Получено 5 августа, 2010.[самостоятельно опубликованный источник? ]
  7. ^ Ван, Y; Geer, LY; Чаппи, К; Kans, JA; Брайант, SH (2000). «Cn3D: последовательность и структура представлений для Entrez». Тенденции в биохимических науках. 25 (6): 300–2. Дои:10.1016 / S0968-0004 (00) 01561-9. PMID  10838572.
  8. ^ "Gabedit Графический пользовательский интерфейс для пакетов вычислительной химии".
  9. ^ "Jmol: программа для просмотра химических структур в 3D с открытым исходным кодом". Получено 24 сентября 2009.[самостоятельно опубликованный источник? ]
  10. ^ "Перезвон Pro". Symx. Получено 24 сентября 2009.[самостоятельно опубликованный источник? ]
  11. ^ «Molden - программа визуализации молекулярной и электронной структуры».
  12. ^ "PyMOL Molecular Viewer". Получено 24 сентября 2009.[самостоятельно опубликованный источник? ]
  13. ^ Сэйл, РА; Милнер-Уайт, EJ (1995). «РАСМОЛ: биомолекулярная графика для всех». Тенденции в биохимических науках. 20 (9): 374–376. Дои:10.1016 / S0968-0004 (00) 89080-5. PMID  7482707.
  14. ^ Бернштейн, HJ (2000). «Последние изменения в RasMol, рекомбинирование вариантов». Тенденции в биохимических науках. 25 (9): 453–5. Дои:10.1016 / S0968-0004 (00) 01606-6. PMID  10973060.
  15. ^ «Домашняя страница РасМол и ОпенРасМол». Получено 24 сентября 2009.[самостоятельно опубликованный источник? ]
  16. ^ SAMSON Connect
  17. ^ Коммерческая лицензия Scigress
  18. ^ "Scigress". fqs.pl. 12 сентября 2014 г.
  19. ^ Спартанская веб-страница
  20. ^ Spartan Учебное пособие и Руководство пользователя ISBN  1-890661-38-4
  21. ^ Лицензия UCSF Chimera
  22. ^ Петтерсен, EF; Годдард, Т. Д.; Хуанг, СС; Диван GS; Гринблатт, DM; Meng, EC; Феррин Т.Э. (2004). «UCSF Chimera - система визуализации для поисковых исследований и анализа». Журнал вычислительной химии. 25 (13): 1605–12. CiteSeerX  10.1.1.456.9442. Дои:10.1002 / jcc.20084. PMID  15264254.
  23. ^ "Химера UCSF". Получено 24 сентября 2009.[самостоятельно опубликованный источник? ]
  24. ^ Meng, EC; Петтерсен, EF; Диван GS; Хуанг, СС; Феррин Т.Э. (2006). «Инструменты для интегрированного анализа структуры последовательностей с UCSF Chimera». BMC Bioinformatics. 7: 339. Дои:10.1186/1471-2105-7-339. ЧВК  1570152. PMID  16836757.
  25. ^ Лицензия Visual Molecular Dynamics
  26. ^ Хамфри, Вт; Далке, А; Шультен, К. (1996). «VMD: визуальная молекулярная динамика». Журнал молекулярной графики. 14 (1): 33–8, 27–8. Дои:10.1016/0263-7855(96)00018-5. PMID  8744570.
  27. ^ "VMD - визуальная молекулярная динамика". Получено 24 сентября 2009.[самостоятельно опубликованный источник? ]
  28. ^ "ЧТО ЕСЛИ домашняя страница". Получено 24 сентября 2009.[самостоятельно опубликованный источник? ]
  29. ^ «YASARA - еще одно научное приложение для искусственной реальности». Получено 24 сентября 2009.[самостоятельно опубликованный источник? ]
  30. ^ Рейнольдс ЧР, Ислам С.А., Штернберг MJ (2018). «EzMol: мастер веб-сервера для быстрой визуализации и создания изображений структур белков и нуклеиновых кислот». Дж Мол Биол. 430 (15): 2244–2248. Дои:10.1016 / j.jmb.2018.01.013. HDL:10044/1/56880. ЧВК  5961936. PMID  29391170.

внешняя ссылка