RDock - RDock

rDock
Оригинальный автор (ы)Vernalis R&D
Разработчики)Йоркский университет, Университет Барселоны
изначальный выпуск1998; 22 года назад (1998)
Стабильный выпуск
2013.1 / 13 июня 2014 г.; 6 лет назад (2014-06-13)
РепозиторийSourceforge.сеть/п/ rdock/ код-0/ГОЛОВА/дерево/
Написано вC ++
Операционная системаLinux
ТипДокинг белок-лиганд
ЛицензияGNU LGPL
Интернет сайтRdock.sourceforge.сеть

rDock (ранее РибоДок) является открытым исходным кодом молекулярный док программное обеспечение, которое используется для стыковки малых молекул с белками и нуклеиновыми кислотами. Он в первую очередь предназначен для высокая пропускная способность виртуальный просмотр и прогнозирование режима привязки.

История

Разработка rDock началась в 1998 году в RiboTargets (позже Vernalis (R&D) Ltd ).[1] Программное обеспечение изначально называлось RiboDock.[2] Разработка продолжалась до 2006 года, когда программное обеспечение было лицензировано для Йоркский университет для академического распространения, а также для обслуживания.

Шесть лет спустя, в 2012 году, Верналис и Йоркский университет решили выпустить rDock как программное обеспечение с открытым исходным кодом, чтобы позволить его дальнейшую разработку более широким сообществом. Версия, выпущенная с открытым кодом, разработана и поддерживается Университет Барселоны на SourceForge.[3] Разработка SourceForge застопорилась после июня 2014 года.[4] А вилка named RxDock продолжает разработку rDock с апреля 2019 г. GitLab.[5][6]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ "О компании | rDock". Получено 2019-05-22.
  2. ^ Морли С.Д., Афшар М. (март 2004 г.). «Проверка эмпирической функции оценки РНК-лигандов для быстрой гибкой стыковки с использованием RiboDock (r)». Журнал компьютерного молекулярного дизайна. 18 (3): 189–208. Bibcode:2004JCAMD..18..189M. Дои:10.1023 / B: JCAM.0000035199.48747.1e. PMID  15368919.
  3. ^ Руис-Кармона С., Альварес-Гарсия Д., Фолоппе Н., Гармендиа-Доваль А.Б., Юхос С., Шмидтке П., Баррил X, Хаббард Р.Э., Морли С.Д. (апрель 2014 г.). Prlic A (ред.). «rDock: быстрая, универсальная программа с открытым исходным кодом для стыковки лигандов с белками и нуклеиновыми кислотами». PLoS вычислительная биология. 10 (4): e1003571. Bibcode:2014PLSCB..10E3571R. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1003571. ЧВК  3983074. PMID  24722481.
  4. ^ "rDock / SVN / Commit [r24]". sourceforge.net. Получено 2019-09-15.
  5. ^ "RxDock". rxdock.org. Получено 2019-09-15.
  6. ^ "RxDock / RxDock". GitLab. Получено 2019-09-15.

внешняя ссылка