Spartan (программа для химии) - Spartan (chemistry software)

Эта статья о программном обеспечении для химии. Для другого программного обеспечения см. Спартанский (значения).
Спартанский
Логотип программы Spartan'18
Спартанский графический интерфейс пользователя
Спартанский графический интерфейс пользователя
Разработчики)Wavefunction, Inc.[1] & Q-Chem
изначальный выпуск1991; 29 лет назад (1991)
Стабильный выпуск
Spartan'18 v.1.4.4 / 2019; 1 год назад (2019)
Написано вC, C ++, Фортран, Qt
Операционная системаWindows, Mac OS X, Linux
Платформаx86-64
Доступно ванглийский
ТипМолекулярное моделирование, вычислительная химия
ЛицензияПроприетарный коммерческое программное обеспечение
Интернет сайтwww.wavefun.com

Спартанский это молекулярное моделирование и вычислительная химия приложение от Wavefunction.[2] Он содержит код для молекулярная механика, полуэмпирические методы, ab initio модели,[3] функциональные модели плотности,[4] пост-Хартри – Фока модели[5] и термохимические рецепты в том числе G3 (MP2)[6] и Т1.[7] Расчеты квантовой химии в Spartan основаны на Q-Chem.[8]

Основные функции - предоставление информации о структурах, относительной стабильности и других свойствах изолированных молекул. Молекулярная механика расчеты сложных молекул распространены в химическом сообществе. Квантово-химические расчеты, в том числе Метод Хартри – Фока расчеты молекулярных орбиталей, но особенно расчеты, которые включают электронная корреляция, по сравнению с этим занимают больше времени.

Квантово-химические расчеты также призваны предоставить информацию о механизмах и распределении продуктов химических реакций либо непосредственно путем расчетов на переходные состояния, или на основе Постулат Хаммонда,[9] путем моделирования стерических и электронных требований реагентов. Количественные расчеты, ведущие непосредственно к информации о геометрии переходные состояния, и о механизмы реакции в целом, становятся все более распространенными, в то время как качественные модели по-прежнему необходимы для систем, которые слишком велики, чтобы подвергаться более строгой обработке. Квантово-химические расчеты могут предоставить информацию, чтобы дополнить существующие экспериментальные данные или полностью заменить их, например, атомные заряды за количественная взаимосвязь структура-активность (QSAR)[10] анализов, и межмолекулярные потенциалы для молекулярная механика и молекулярная динамика расчеты.

Spartan применяет методы вычислительной химии (теоретические модели) ко многим стандартным задачам, которые предоставляют расчетные данные, применимые для определения формы молекул. конформация, структура (геометрия равновесия и переходного состояния), ЯМР, ИК, Рамановское и УФ-видимое спектры, молекулярные (и атомные) свойства, реакционная способность и селективность.

Вычислительные возможности

Это программное обеспечение предоставляет молекулярная механика, Молекулярное силовое поле Merck (MMFF),[11] (для набора проверочных тестов), MMFF с расширениями и SYBYL,[12] силовые поля расчет Полуэмпирические расчеты, MNDO / MNDO (D),[13] Остин Модель 1 (AM1),[14] PM3,[15][16][17][18] Ресифи Модель 1 (RM1)[19] PM6.[20]

Расчетный T1[7] теплота образования (ось y) относительно экспериментальной теплоты образования (ось x) для набора> 1800 различных органических молекул из термохимической базы данных NIST[30] со средней абсолютной ошибкой и среднеквадратичной ошибкой 8,5 и 11,5 кДж / моль соответственно.

Выполненные задачи

Доступные вычислительные модели обеспечивают молекулярные, термодинамические, QSAR, атомные, графические и спектральные свойства. Диалог расчета предоставляет доступ к следующим вычислительным задачам:

  • Энергия[71] - Для заданной геометрии предоставляет энергию и связанные с ней свойства молекулы или системы. Если использовать квантово-химические модели, волновая функция рассчитывается.
  • Равновесие молекулярная геометрия[72] - Находит ближайший локальный минимум и предоставляет энергию и связанные с ней свойства.
  • Переходное состояние геометрия[72] - Находит ближайшую седловую точку первого порядка (максимум в одном измерении и минимум во всех остальных) и обеспечивает энергию и связанные с ней свойства.
  • Конформер равновесия[72] - Находит конформацию с наименьшей энергией. Часто выполняется перед расчетом структура используя квантово-химическую модель.
  • Конформер распределения[71] - Получает набор низкоэнергетических конформеров. Обычно используется для определения формы, которую может принять конкретная молекула, и для определения Распределение Больцмана для расчета средних молекулярных свойств.
  • Библиотека конформеров[71] - Обнаруживает конформер с наименьшей энергией и связывает его с набором конформеров, охватывающих все формы, доступные для молекулы, без учета энергии. Используется для создания библиотек для анализа сходства.
  • Энергетический профиль[71] - Выполняет шаги молекулы или системы через определенный пользователем набор координат, обеспечивая равновесную геометрию для каждого шага (с учетом ограничений, заданных пользователем).
  • Сходство анализ[71] - количественно оценивает сходство молекул (и, возможно, их конформеров) на основе структуры или химической функции (Водородная связь акцепторы-доноры, положительно-отрицательные ионизируемые вещества, гидрофобы, ароматика ). Определяет сходство молекулы (и, возможно, ее конформеров) с фармакофор.

Графический пользовательский интерфейс

Программное обеспечение содержит интегрированный графический интерфейс пользователя. Операции с сенсорным экраном поддерживаются для Windows 7 и 8 устройств. Построение молекул в 3D облегчается с помощью строителей молекул (включая органические, неорганические, пептидные, нуклеотидные и заместители). 2D-построение поддерживается для органических молекул с помощью палитры 2D-эскизов. В Windows версия интерфейса может получить доступ ChemDraw; какие версии 9.0 или более поздние также могут использоваться для построения молекул в 2D. Диалог расчетов используется для уточнения задачи и метода расчета. Данные расчетов отображаются в диалогах или в виде текста. Дополнительный анализ данных, в том числе линейная регрессия, возможно из внутренней таблицы.[71]

Графические модели

Частичный вид на карта электростатического потенциала из фуллерен (C60), синяя область внутри молекулы - это область положительного заряда (относительно надстройки, что дает наглядное объяснение способности фуллерена инкапсулировать отрицательно заряженные частицы).

Графические модели, особенно молекулярные орбитали, карты электронной плотности и электростатического потенциала, являются обычным средством молекулярной визуализации в химическом образовании.[73][74][75][76][77]

  • Поверхности:
    • Молекулярные орбитали (самый высокий уровень занятости, самый низкий уровень незанятости и другие)
    • Электронная плотность - Плотность, ρ (р), является функцией координат р, определенный таким образом, что ρ (р) dр - количество электронов внутри малого объема dр. Это то, что измеряется в дифракция рентгеновских лучей эксперимент. Плотность может быть изображена в виде изоповерхности (поверхности изоплотности), при этом размер и форма поверхности задаются значением (или процентом вложения) электронной плотности.
    • Плотность отжима - Плотность, ρвращение(р), определяется как разность электронной плотности, образованной электронами со спином α, ρα (р), а электронная плотность, образованная электронами β-спина, ρβ (р). Для молекул с закрытой оболочкой (в которых все электроны спарены) спиновая плотность везде равна нулю. Для молекул с открытой оболочкой (в которых один или несколько электронов неспарены) спиновая плотность указывает на распределение неспаренных электронов. Плотность спина - показатель реакционной способности радикалов.[72]
    • Радиус Ван-дер-Ваальса (поверхность)
    • Растворитель доступная площадь поверхности
    • Электростатический потенциал - потенциал, εп, определяется как энергия взаимодействия точечного положительного заряда, расположенного в точке p, с ядрами и электронами молекулы. Поверхность, для которой электростатический потенциал отрицательный (поверхность с отрицательным потенциалом), очерчивает области в молекуле, которые подвергаются электрофильной атаке.
  • Составные поверхности (карты):
    • Карта электростатического потенциала (электрофильный индикатор). Наиболее часто используемой картой свойств является карта электростатического потенциала. Это дает потенциал в местах на определенной поверхности, чаще всего на поверхности с электронной плотностью, соответствующей общему размеру молекулы.[71]
    • Карта локального ионизационного потенциала - определяется как сумма орбитальных электронных плотностей, ρi (р), умноженные на абсолютные орбитальные энергии, ∈i, и деленные на полную плотность электронов, ρ (р). Потенциал локальной ионизации отражает относительную легкость удаления электронов («ионизации») в любом месте вокруг молекулы. Например, поверхность с "низким" локальным потенциалом ионизации для тетрафторида серы размечает области, которые легче всего ионизируются.
    • Карта LUMO (нуклеофильный индикатор) - Карты молекулярных орбиталей также могут приводить к графическим индикаторам. Например, Карта LUMO, где (абсолютное значение) самой низкой незанятой молекулярной орбитали (НСМО) отображается на размерную поверхность (опять же, чаще всего электрон плотность), что указывает на нуклеофильную реактивность.

Спектральные расчеты

Рассчитанные (DFT / EDF2 / 6-31G *) ИК-спектры (красный), масштабированные и оптимизированные для экспериментальных ИК-Фурье спектров (синий) фенил 9-акридинкарбоксилата (ниже).
2D рендеринг
3D рендеринг
Молекула фенил-9-акридинкарбоксилата.

Доступные спектральные данные и графики для:

Экспериментальные спектры можно импортировать для сравнения с рассчитанными спектрами: ИК- и УФ / видимые спектры в Объединенный комитет по атомным и молекулярно-физическим данным (JCAMP)[86] (.dx) и спектры ЯМР в формате Язык химической разметки (.cml) формат. Доступ к всеобщее достояние Спектральные базы данных доступны для ИК, ЯМР и УФ / видимых спектров.

Базы данных

Spartan обращается к нескольким внешним базам данных.

  • Базы данных квантово-химических расчетов:
  • Экспериментальные базы данных:
    • NMRShiftDB[88] - база данных экспериментальных 1Рука 13C химические сдвиги.
    • Кембриджская структурная база данных (CSD)[89] - большое хранилище небольших молекул органических и неорганических экспериментальных кристаллических структур, насчитывающее около 600 000 записей.
    • База данных NIST[30] экспериментальных ИК- и УФ / видимых спектров.

История основных выпусков

  • 1991 Спартанская версия 1 Unix
  • 1993 Спартанская версия 2 Unix
  • Мак Спартанец (1994) Mac Spartan Macintosh
  • 1995 Спартанская версия 3 Unix
  • 1995 ПК Спартанец Windows
  • Mac Spartan Plus Macintosh 1996 года выпуска
  • 1997 Spartan версии 4 Unix
  • 1997 ПК Spartan Plus Windows
  • 1999 Спартанская версия 5 Unix
  • 1999 ПК Spartan Pro Windows
  • 2000 Mac Spartan Pro Macintosh
  • 2002 Spartan'02 Unix, Linux, Windows, Mac

Версии для Windows, Macintosh, Linux

  • 2004 Спартанец'04
  • 2006 Спартанец'06
  • 2008 Спартанец'08
  • 2010 Спартанец'10
  • 2013 Спартанец'14
  • 2016 Спартанец'16
  • 2018 Спартанец'18

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Wavefunction, Inc.
  2. ^ Вычислительная химия, Дэвид Янг, Wiley-Interscience, 2001. Приложение A. A.1.6 с. 330, Spartan
  3. ^ Hehre, Warren J .; Лев Радом; Пол против Р. Шлейер; Джон А. Попл (1986). Ab initio теория молекулярных орбиталей. Джон Вили и сыновья. ISBN  0-471-81241-2.
  4. ^ Хоэнберг, Пьер; Уолтер Кон (1964). «Неоднородный электронный газ». Физический обзор. 136 (3B): B864 – B871. Bibcode:1964ПхРв..136..864Х. Дои:10.1103 / PhysRev.136.B864.
  5. ^ Крамер, Кристофер Дж. (2002). Основы вычислительной химии. Джон Вили и сыновья. ISBN  978-0-470-09182-1.
  6. ^ а б c Ларри А. Кертисс; Пол С. Редферн; Кришнан Рагхавачари; Виталий Рассолов и Джон А. Попл (23 ноября 1998 г.). «Теория Гаусса-3 с использованием приведенного порядка Меллера-Плессета». Журнал химической физики. Американский институт физики. 110 (10): 4703–4710. Bibcode:1999ЖЧФ.110.4703С. Дои:10.1063/1.478385.
  7. ^ а б c d Ohlinger, William S .; Филип Э. Клунзингер; Бернар Дж. Деппмайер; Уоррен Дж. Хере (январь 2009 г.). «Эффективный расчет теплоты пласта». Журнал физической химии A. Публикации ACS. 113 (10): 2165–2175. Bibcode:2009JPCA..113.2165O. Дои:10.1021 / jp810144q. PMID  19222177.
  8. ^ Крылов, Анна I .; Гилл, Питер М.В. (май 2013 г.). «Q-Chem: двигатель инноваций». Междисциплинарные обзоры Wiley: вычислительная молекулярная наука. 3 (3): 317–326. Дои:10.1002 / wcms.1122.
  9. ^ Хаммонд, Г. С. (1955). «Соотношение скоростей реакции». Журнал Американского химического общества. Публикации ACS. 77 (2): 334–338. Дои:10.1021 / ja01607a027.
  10. ^ Лич, Эндрю Р. (2001). Молекулярное моделирование: принципы и приложения. Энглвуд Клиффс, Нью-Джерси: Prentice Hall. ISBN  0-582-38210-6.
  11. ^ Томас А. Халгрен (1996). «Молекулярное силовое поле Merck. I. Основа, форма, объем, параметризация и характеристики MMFF94». Журнал вычислительной химии. Wiley InterScience. 17 (5–6): 490–519. Дои:10.1002 / (SICI) 1096-987X (199604) 17: 5/6 <490 :: AID-JCC1> 3.0.CO; 2-P.
  12. ^ Мэтью Кларк; Ричард Д. Крамер III и Николь Ван Опденбош (1989). «Валидация силового поля tripos 5.2 общего назначения». Журнал вычислительной химии. Wiley InterScience. 10 (8): 982–1012. Дои:10.1002 / jcc.540100804.
  13. ^ Майкл Дж. С. Дьюар и Уолтер Тиль (1977). «Основные состояния молекул. 38. Метод MNDO. Приближения и параметры». Журнал Американского химического общества. Публикации ACS. 99 (15): 4899–4907. Дои:10.1021 / ja00457a004.
  14. ^ Майкл Дж. С. Дьюар; Ева Г. Зоебиш; Имонн Ф. Хили; Джеймс Дж. П. Стюарт (1985). «Разработка и использование квантовых молекулярных моделей. 75. Сравнительные испытания теоретических методик изучения химических реакций». Журнал Американского химического общества. Публикации ACS. 107 (13): 3902–3909. Дои:10.1021 / ja00299a024.
  15. ^ Джеймс Дж. П. Стюарт (1989). «Оптимизация параметров полуэмпирических методов I. Метод». Журнал вычислительной химии. Wiley InterScience. 10 (2): 209–220. Дои:10.1002 / jcc.540100208.
  16. ^ Джеймс Дж. П. Стюарт (1989). «Оптимизация параметров полуэмпирических методов II. Приложения». Журнал вычислительной химии. Wiley InterScience. 10 (2): 221–264. Дои:10.1002 / jcc.540100209.
  17. ^ Джеймс Дж. П. Стюарт (1991). «Оптимизация параметров для полуэмпирических методов. III Расширение PM3 на Be, Mg, Zn, Ga, Ge, As, Se, Cd, In, Sn, Sb, Te, Hg, Tl, Pb и Bi». Журнал вычислительной химии. Wiley InterScience. 12 (3): 320–341. Дои:10.1002 / jcc.540120306.
  18. ^ Джеймс Дж. П. Стюарт (2004). «Оптимизация параметров полуэмпирических методов IV: расширение MNDO, AM1 и PM3 на более крупные элементы группы». Журнал молекулярного моделирования. Springer Берлин-Гейдельберг. 10 (2): 155–164. Дои:10.1007 / s00894-004-0183-z. PMID  14997367. S2CID  11617476.
  19. ^ Герд Б. Роча; Рикардо О. Фрейре; Альфредо М. Симас; Джеймс Дж. П. Стюарт (2006). «RM1: изменение параметров AM1 для H, C, N, O, P, S, F, Cl, Br и I». Журнал вычислительной химии. Wiley InterScience. 27 (10): 1101–1111. Дои:10.1002 / jcc.20425. PMID  16691568.
  20. ^ >Джеймс Дж. П. Стюарт (2007). «Оптимизация параметров для полуэмпирических методов V: модификация аппроксимаций NDDO и применение к 70 элементам». Журнал молекулярного моделирования. Springer. 13 (12): 1173–1213. Дои:10.1007 / s00894-007-0233-4. ЧВК  2039871. PMID  17828561.
  21. ^ а б Александр В. Маренич; Райан М. Олсон; Кейси П. Келли; Кристофер Дж. Крамер И Дональд Г. Трухлар (2007). «Модель самосогласованного реакционного поля для водных и неводных растворов на основе точных поляризованных частичных зарядов». Журнал химической теории и вычислений. Публикации ACS. 3 (6): 2011–2033. Дои:10.1021 / ct7001418. PMID  26636198.
  22. ^ а б c d А. Д. Беке (сентябрь 1988 г.). «Приближение функционала плотности обменной энергии с правильной асимптотикой». Физический обзор A. Американское физическое общество. 38 (6): 3098–3100. Bibcode:1988ПхРвА..38.3098Б. Дои:10.1103 / PhysRevA.38.3098. PMID  9900728.
  23. ^ Джон П. Пердью (1986). «Приближение функционала плотности для корреляционной энергии неоднородного электронного газа». Физический обзор B. Американское физическое общество. 33 (12): 8822–8824. Bibcode:1986ПхРвБ..33.8822П. Дои:10.1103 / PhysRevB.33.8822. PMID  9938299.
  24. ^ а б c Ли, Ченгет; Вэйтао Ян; Роберт Г. Парр (15 января 1988 г.). «Развитие формулы корреляционной энергии Колле-Сальветти в функционал электронной плотности». Физический обзор B. Американское физическое общество. 37 (2): 785–789. Bibcode:1988ПхРвБ..37..785Л. Дои:10.1103 / PhysRevB.37.785. PMID  9944570.
  25. ^ а б c П. Дж. Стивенс; Ф. Дж. Девлин; К. Ф. Чабаловски; М. Дж. Фриш (1994). «Ab Initio Расчет спектров вибрационного поглощения и кругового дихроизма с использованием функциональных силовых полей плотности». Журнал физической химии. Публикации ACS. 98 (45): 11623–11627. Дои:10.1021 / j100096a001.
  26. ^ а б c Росс Д. Адамсона, Питер М. В. Гилл и Джон А. Попл (1998). «Эмпирические функционалы плотности». Письма по химической физике. Эльзевир. 284 (5–6): 6–11. Bibcode:1998CPL ... 284 .... 6A. Дои:10.1016 / S0009-2614 (97) 01282-7.
  27. ^ а б c Питер М. В. Гилл, Йе Лин Чинг и Майкл У. Джордж (2004). «EDF2: функционал плотности для предсказания частот колебаний молекул». Австралийский химический журнал. Организация Содружества научных и промышленных исследований. 57 (4): 365–370. Дои:10.1071 / CH03263.
  28. ^ а б c Ян Чжао и Дональд Г. Трухлар (2008). «Набор функционалов плотности M06 для термохимии основной группы, термохимической кинетики, нековалентных взаимодействий, возбужденных состояний и переходных элементов: два новых функционала и систематическое тестирование четырех функционалов класса M06 и 12 других функционалов». Счета теоретической химии. Springer Berlin / Heidelberg. 120 (1–3): 215–241. Дои:10.1007 / s00214-007-0310-х.
  29. ^ а б Дж. Д. Чай и Мартин Хед-Гордон (2008). «Скорректированные на большие расстояния гибридные функционалы плотности с поправками на затухающую атомно-атомную дисперсию». Физическая химия Химическая физика. Издательство РСК. 10 (44): 6615–66120. Bibcode:2008PCCP ... 10.6615C. Дои:10.1039 / b810189b. PMID  18989472.
  30. ^ а б [1] Интернет-книга NIST по химии
  31. ^ P.A.M. Дирак (июль 1930 г.). «Заметка об обменных явлениях в атоме Томаса». Математические труды Кембриджского философского общества. Кембриджские журналы. 26 (3): 376–385. Bibcode:1930PCPS ... 26..376D. Дои:10.1017 / S0305004100016108.
  32. ^ Питер М. В. Гилл (октябрь 1996 г.). «Новый функционал обмена с градиентной коррекцией». Молекулярная физика. Тейлор и Фрэнсис. 89 (2): 433–445. Bibcode:1996МолФ..89..433Г. Дои:10.1080/00268979609482484.
  33. ^ A.T.B. Gilbert & P.M.W. Гилл (1999). «Разложение обменно-корреляционных энергий». Письма по химической физике. Эльзевир. 312 (5–6): 511–521. Bibcode:1999CPL ... 312..511G. Дои:10.1016 / S0009-2614 (99) 00836-2.
  34. ^ Джон П. Пердью и Юэ Ван (1992). «Точное и простое аналитическое представление энергии корреляции электронного газа». Физический обзор B. Американское физическое общество. 45 (23): 13244–13249. Bibcode:1992ПхРвБ..4513244П. Дои:10.1103 / PhysRevB.45.13244. PMID  10001404.
  35. ^ Vosko, S.H .; Wilk, L .; Нусаир М. (1 августа 1980 г.). «Точные спин-зависимые корреляционные энергии электронной жидкости для расчета локальной спиновой плотности: критический анализ» (PDF). Канадский журнал физики. NRC Research Press. 58 (8): 1200–1211. Bibcode:1980CaJPh..58.1200V. Дои:10.1139 / p80-159.
  36. ^ Джон П. Пердью и Юэ Ван (июнь 1992 г.). «Точное и простое аналитическое представление энергии корреляции электронного газа». Физический обзор B. Американское физическое общество. 45 (23): 13244–13249. Bibcode:1992ПхРвБ..4513244П. Дои:10.1103 / PhysRevB.45.13244. PMID  10001404.
  37. ^ Дж. П. Пердью (1981). «Приближение функционала плотности для корреляционной энергии неоднородного электронного газа». Физический обзор B. Американское физическое общество. 23 (10): 5048–5079. Bibcode:1981ПхРвБ..23.5048П. Дои:10.1103 / PhysRevB.23.5048.
  38. ^ Дж. П. Пердью и А. Зунгер (1986). «Поправка к самовоздействию в приближении функционала плотности для многоэлектронных систем». Физический обзор B. Американское физическое общество. 33 (12): 8822–8824. Bibcode:1986ПхРвБ..33.8822П. Дои:10.1103 / PhysRevB.33.8822. PMID  9938299.
  39. ^ Джон П. Пердью; Кирон Берк и Маттиас Эрнцерхоф (октябрь 1996 г.). «Обобщенное приближение градиента стало проще». Письма с физическими проверками. Американское физическое общество. 77 (18): 3865–3868. Bibcode:1996ПхРвЛ..77.3865П. Дои:10.1103 / PhysRevLett.77.3865. PMID  10062328.
  40. ^ А. Д. Беке и М. Р. Руссель (1989). «Обменные дыры в неоднородных системах: координатно-пространственная модель». Физический обзор A. Американское физическое общество. 39 (8): 3761–3767. Bibcode:1989ПхРвА..39.3761Б. Дои:10.1103 / PhysRevA.39.3761. PMID  9901696.
  41. ^ А. Даниэль Боуз и Ян М. Л. Мартин (2004 г.). «Разработка функционалов плотности для термохимической кинетики». Журнал химической физики. 121 (8): 3405–3417. arXiv:физика / 0405158. Bibcode:2004ЖЧФ.121.3405Б. Дои:10.1063/1.1774975. PMID  15303903. S2CID  29764068.
  42. ^ Truhlar Group
  43. ^ а б Ян Чжао; Натан Э. Шульц и Дональд Г. Трухлар (2006). "Дизайн функционалов плотности путем комбинирования метода ограничения ограничений с параметризацией для термохимии, термохимической кинетики и нековалентных взаимодействий". Журнал химической теории и вычислений. Публикации ACS. 2 (2): 364–382. Дои:10.1021 / ct0502763. PMID  26626525.
  44. ^ Ян Чжао и Дональд Г. Трухлар (2008). «Новый функционал локальной плотности для термохимии основных групп, связывания переходных металлов, термохимической кинетики и нековалентных взаимодействий». Журнал химической физики. Американский институт физики. 125 (19): 194101–194119. Bibcode:2006ЖЧФ.125с4101З. Дои:10.1063/1.2370993. PMID  17129083.
  45. ^ Ян Чжао и Дональд Г. Трухлар (2008). «Функционал плотности для спектроскопии: отсутствие ошибки дальнодействующего самовзаимодействия, хорошая производительность для состояний Ридберга и передачи заряда, и лучшая производительность в среднем, чем у B3LYP для основных состояний». Журнал физической химии A. Публикации ACS. 110 (49): 13126–13130. Bibcode:2006JPCA..11013126Z. Дои:10.1021 / jp066479k. PMID  17149824.
  46. ^ Head-Gordon Group
  47. ^ а б Дженг-Да Чай и Мартин Хед-Гордон (2006). «Систематическая оптимизация дальнодействующих скорректированных гибридных функционалов плотности». Журнал химической физики. Американский институт физики. 128 (8): 084106–084121. Bibcode:2008ЖЧФ.128х4106С. Дои:10.1063/1.2834918. PMID  18315032.
  48. ^ Джордж Д. Первис и Родни Дж. Бартлетт (1982). «Полная модель связанных кластеров одиночных и парных разрядов: включение разъединенных троек». Журнал химической физики. Американский институт физики. 76 (4): 1910–1919. Bibcode:1982ЖЧФ..76.1910П. Дои:10.1063/1.443164.
  49. ^ Кришнан Рагхавачари; Гэри В. Тракс; Джон А. Попл и; Мартин Хед-Гордон (24 марта 1989 г.). "Сравнение возмущений пятого порядка электронных корреляционных теорий". Письма по химической физике. Elsevier Science. 157 (6): 479–483. Bibcode:1989CPL ... 157..479R. Дои:10.1016 / S0009-2614 (89) 87395-6.
  50. ^ Трой Ван Вурхис и Мартин Хед-Гордон (19 июня 2001 г.). «Двухчастные расширения кластера». Журнал химической физики. Американский институт физики. 115 (11): 5033–5041. Bibcode:2001ЖЧФ.115.5033В. Дои:10.1063/1.1390516.
  51. ^ К. Дэвид Шерилл; Крылова Анна Ивановна; Эдвард Ф. С. Берд и Мартин Хед-Гордон (11 июня 1998 г.). «Энергии и аналитические градиенты для модели двойников связанных кластеров с использованием вариационных орбиталей Брюкнера: приложение к нарушению симметрии в O4 +». Журнал химической физики. Американский институт физики. 109 (11): 4171–4182. Bibcode:1998ЖЧФ.109.4171С. Дои:10.1063/1.477023.
  52. ^ Стивен Р. Гвалтни и Мартин Хед-Гордон (9 июня 2000 г.). «Поправка второго порядка к одиночным и двойным методам связанных кластеров, основанная на пертурбативном разложении гамильтониана с преобразованием подобия». Письма по химической физике. Эльзевир. 323 (1–2): 21–28. Bibcode:2000CPL ... 323 ... 21G. Дои:10.1016 / S0009-2614 (00) 00423-1.
  53. ^ Трой Ван Вурхис и Мартин Хед-Гордон (17 ноября 2000 г.). "Квадратичная модель связанных кластеров двойников". Письма по химической физике. Эльзевир. 330 (5–6): 585–594. Bibcode:2000CPL ... 330..585В. Дои:10.1016 / S0009-2614 (00) 01137-4.
  54. ^ а б c Крылова Анна Ивановна; К. Дэвид Шерилл; Эдвард Ф. С. Берд и Мартин Хед-Гордон (15 сентября 1998 г.). "Согласованные по размеру волновые функции для нединамической корреляционной энергии: оптимизированная для валентного активного пространства модель орбитальных связанных кластеров двойников". Журнал химической физики. Американский институт физики. 109 (24): 10669–10678. Bibcode:1998ЖЧФ.10910669К. Дои:10.1063/1.477764.
  55. ^ а б Chr. Мёллер и М. С. Плессет (октябрь 1934 г.). «Примечание к приближенной трактовке многоэлектронных систем» (PDF). Физический обзор. Американское физическое общество. 46 (7): 618–622. Bibcode:1934ПхРв ... 46..618М. Дои:10.1103 / PhysRev.46.618.
  56. ^ Хед-Гордон, Мартин; Pople, John A .; Фриш, Майкл Дж. (1988). «Энергетическая оценка MP2 прямыми методами». Письма по химической физике. 153 (6): 503–506. Bibcode:1988CPL ... 153..503H. Дои:10.1016/0009-2614(88)85250-3.
  57. ^ Pople, J. A .; Seeger, R .; Кришнан, Р. (1977). «Методы взаимодействия вариационных конфигураций и сравнение с теорией возмущений». Международный журнал квантовой химии. 12 (S11): 149–163. Дои:10.1002 / qua.560120820. Архивировано из оригинал (Абстрактные) на 2013-01-05.
  58. ^ Pople, John A .; Бинкли, Дж. Стивен; Сигер, Рольф (1976). «Теоретические модели, учитывающие электронную корреляцию». Международный журнал квантовой химии. 10 (S10): 1–19. Дои:10.1002 / qua.560100802. Архивировано из оригинал (Абстрактные) на 2012-10-20.
  59. ^ Кришнан Рагхавачари и Джон А. Попл (22 февраля 1978 г.). «Приближенная теория возмущений четвертого порядка корреляционной энергии электронов». Международный журнал квантовой химии. Wiley InterScience. 14 (1): 91–100. Дои:10.1002 / qua.560140109.
  60. ^ Мартин Фейерейзена, Джордж Фицджеральда и Эндрю Коморникиб (10 мая 1993 г.). "Масштабированные поправки к возмущениям второго порядка для одиночных конфигураций взаимодействия: эффективные и надежные методы энергии возбуждения". Письма по химической физике. Эльзевир. 208 (5–6): 359–363. Bibcode:1993CPL ... 208..359F. Дои:10.1016 / 0009-2614 (93) 87156-В.
  61. ^ Флориан Вейгенд и Марко Хэзер (13 октября 1997 г.). «РИ-МП2: первые производные и глобальная согласованность». Счета теоретической химии. Springer Berlin / Heidelberg. 97 (1–4): 331–340. Дои:10.1007 / s002140050269. S2CID  97649855.
  62. ^ Роберт А. Дистасио младший; Райан П. Стил; Ён Мин Ри; Ихан Шао и Мартин Хед-Гордон (15 апреля 2007 г.). «Усовершенствованный алгоритм для аналитической оценки градиента в теории возмущений второго порядка Меллера-Плессета с разрешением идентичности: приложение к конформационному анализу тетрапептида аланина». Журнал вычислительной химии. Wiley InterScience. 28 (5): 839–856. Дои:10.1002 / jcc.20604. PMID  17219361.
  63. ^ а б Эрих Рунге и Э. К. У. Гросс (октябрь 1984 г.). "Теория функций плотности для систем, зависящих от времени". Письма с физическими проверками. Американское физическое общество. 52 (12): 997–1000. Bibcode:1984ПхРвЛ..52..997Р. Дои:10.1103 / PhysRevLett.52.997.
  64. ^ а б Итак, Хирата и Мартин Хед-Гордон (1999). «Зависящая от времени теория функционала плотности для радикалов: улучшенное описание возбужденных состояний с характером двойного возбуждения». Письма по химической физике. Эльзевир. 302 (5–6): 375–382. Bibcode:1999CPL ... 302..375H. Дои:10.1016 / S0009-2614 (99) 00137-2.
  65. ^ а б Дэвид Морис и Мартин Хед-Гордон (10 мая 1999 г.). «Аналитические вторые производные для возбужденных электронных состояний с использованием метода взаимодействия конфигурации одиночного возбуждения: теория и приложение к бензо [a] пирену и халкону». Молекулярная физика. Тейлор и Фрэнсис. 96 (10): 1533–1541. Bibcode:1999МолФ..96.1533М. Дои:10.1080/00268979909483096.
  66. ^ а б Мартин Хед-Гордон; Рудольф Дж. Рико; Манабу Оуми и Тимоти Дж. Ли (1994). «Двойная поправка к электронным возбужденным состояниям от конфигурационного взаимодействия в пространстве одиночных замещений». Письма по химической физике. Эльзевир. 219 (1–2): 21–29. Bibcode:1994CPL ... 219 ... 21H. Дои:10.1016/0009-2614(94)00070-0.
  67. ^ а б Джон А. Попл; Мартин Хед-Гордон и Кришнан Рагхавачари (1987). «Квадратичная конфигурация взаимодействия. Общий метод определения энергии корреляции электронов». Журнал химической физики. Американский институт физики. 87 (10): 5968–35975. Bibcode:1987ЖЧФ..87.5968П. Дои:10.1063/1.453520.
  68. ^ а б Ри, Ён Мин; Мартин Хед-Гордон (4 мая 2007 г.). "Масштабируемые поправки к возмущениям второго порядка для одиночных взаимодействий конфигураций: эффективные и надежные методы энергии возбуждения". Журнал физической химии A. Публикации ACS. 111 (24): 5314–5326. Bibcode:2007JPCA..111.5314R. Дои:10.1021 / jp068409j. PMID  17521172.
  69. ^ Ларри А. Кертисс; Кришнан Рагхавачари; Гэри В. Тракс и Джон А. Попл (15 февраля 1991 г.). «Теория Гаусса-2 для молекулярных энергий соединений первого и второго ряда». Журнал химической физики. Американский институт физики. 94 (11): 7221–7231. Bibcode:1991ЖЧФ..94.7221С. Дои:10.1063/1.460205.
  70. ^ Ларри А. Кертисс; Кришнан Рагхавачари; Пол С. Редферн; Виталий Рассолов и Джон А. Попл (22 июля 1998 г.). «Теория Гаусса-3 (G3) для молекул, содержащих атомы первого и второго ряда». Журнал химической физики. Американский институт физики. 109 (18): 7764–7776. Bibcode:1998ЖЧФ.109.7764С. Дои:10.1063/1.477422.
  71. ^ а б c d е ж грамм Spartan Учебное пособие и Руководство пользователя Hehre, Warren J .; Олингер, Уильям С. (2013). Spartan'14 Учебное пособие и руководство пользователя. Ирвин, Калифорния: Wavefunction, Inc.
  72. ^ а б c d [2] Доступна оценка большинства вычислительных моделей. Хере, Уоррен Дж. (2003). Руководство по молекулярной механике и квантово-химическим расчетам. Ирвин, Калифорния: Wavefunction, Inc. ISBN  1-890661-06-6.
  73. ^ Алан Дж. Шустерман и Гвендолин П. Шустерман (1997). «Преподавание химии с использованием моделей электронной плотности». Журнал химического образования. Публикации ACS. 74 (7): 771–775. Bibcode:1997JChEd..74..771S. Дои:10.1021 / ed074p771.
  74. ^ Hehre, Warren J .; Алан Шустерман; Джанет Нельсон (1998). Рабочая тетрадь молекулярного моделирования для органической химии. Wavefunction, Inc. ISBN  1-890661-06-6.
  75. ^ Смит, Майкл Б. (2010). Органический синтез, 3-е издание. Wavefunction, Inc., стр. Проблемы моделирования CH.2 и CH.11. ISBN  978-1-890661-40-3.
  76. ^ Кимберли Дж. Линенбергер; Рене С. Коул и Сомнатх Саркар (2011). «Взгляд за пределы структур Льюиса: эксперимент по моделированию общей химии с упором на физические свойства и геометрию». Журнал химического образования. Публикации ACS. 88 (7): 962–965. Bibcode:2011JChEd..88..962L. Дои:10.1021 / ed100727r.
  77. ^ Хёсуб Ким; Сегун Сулаймон; Сандра Менезес; Энн Сон и Уоррен Дж. К. Менезес (2011). «Сравнительное исследование успешных лекарств центральной нервной системы с использованием молекулярного моделирования». Журнал химического образования. Публикации ACS. 88 (10): 1389–1393. Bibcode:2011JChEd..88.1389K. Дои:10.1021 / ed100824u.
  78. ^ Энтони П. Скотт и Лео Радом (1996). "Частоты гармонических колебаний: оценка Хартри-Фока, Мёллера-Плессета, квадратичного взаимодействия конфигурации, функциональной теории плотности и полуэмпирических масштабных факторов". Журнал физической химии. Публикации ACS. 100 (41): 16502–16513. Дои:10.1021 / jp960976r.
  79. ^ Бенни Дж. Джонсон и Ян Флориан (1995). «Предсказание рамановских спектров по теории функционала плотности. Предварительные выводы». Письма по химической физике. Эльзевир. 47 (1–2): 120–125. Bibcode:1995CPL ... 247..120J. Дои:10.1016/0009-2614(95)01186-9.
  80. ^ а б Йорг Куссман и Кристиан Оксенфельд (2007). «Метод линейного масштабирования для расчета химических сдвигов ядерного магнитного резонанса с использованием калибровочных атомных орбиталей в рамках Хартри-Фока и теории функционала плотности». Журнал химической физики. Американский институт физики. 127 (5): 054103. Bibcode:2007ЖЧФ.127э4103К. Дои:10.1063/1.2749509. PMID  17688330.
  81. ^ а б Кшиштоф Волински; Джеймс Ф. Хинтон; Питер Пулай (1990). «Эффективная реализация калибровочно-независимого метода атомных орбиталей для расчета химического сдвига ЯМР». Журнал Американского химического общества. Публикации ACS. 112 (23): 8251–8260. Дои:10.1021 / ja00179a005.
  82. ^ Сильверштейн, Роберт М .; Фрэнсис X. Вебстер; Дэвид Дж. Кимле (2005). Спектроскопическая идентификация органических соединений. John Wiley & Sons, Inc., стр. 250–254, 259, 267. ISBN  978-0-471-39362-7.
  83. ^ Киллер, Джеймс (2010). Понимание ЯМР-спектроскопии. John Wiley & Sons, Inc., стр. 209–215. ISBN  978-0-470-74608-0.
  84. ^ Сильверштейн, Роберт М .; Фрэнсис X. Вебстер; Дэвид Дж. Кимле (2005). Спектроскопическая идентификация органических соединений. John Wiley & Sons, Inc., стр. 254–263. ISBN  978-0-471-39362-7.
  85. ^ QCI>Джон А. Попл; Мартин Хед-Гордон и Кришнан Рагхавачари (1987). «Квадратичная конфигурация взаимодействия. Общий метод определения энергии корреляции электронов». Журнал химической физики. Американский институт физики. 87 (10): 5968–35975. Bibcode:1987ЖЧФ..87.5968П. Дои:10.1063/1.453520.
  86. ^ McDonald, R. S .; Пол А. Уилкс (январь 1988 г.). «JCAMP-DX: Стандартная форма для обмена инфракрасными спектрами в компьютерно-читаемой форме». Прикладная спектроскопия. Общество прикладной спектроскопии. 42 (1): 151–162. Bibcode:1988ApSpe..42..151M. Дои:10.1366/0003702884428734. S2CID  97461751.
  87. ^ а б Дитчфилд, Р. Hehre, W.J; Попл, Дж. А. (1971). "Самосогласованные молекулярно-орбитальные методы. IX. Расширенная основа гауссова типа для молекулярно-орбитальных исследований органических молекул". J. Chem. Phys. 54 (2): 724–728. Bibcode:1971ЖЧФ..54..724Д. Дои:10.1063/1.1674902.
  88. ^ [3] NMRShiftDB.
  89. ^ Аллен, Фрэнк (2002). «Кембриджская база данных структур: четверть миллиона кристаллических структур и рост». Acta Crystallogr. B. 58 (3): 380–388. Дои:10.1107 / S0108768102003890. PMID  12037359.

внешняя ссылка