МОЛКАС - MOLCAS

МОЛКАС
Molcas logo300.jpg
Разработчики)Сообщество разработчиков Molcas, поддерживаемое Лундский университет
Стабильный выпуск
8.4 / июнь 2019
Операционная системаLinux, Unix, Майкрософт Виндоус, Mac OS X
ТипВычислительная химия
Лицензияакадемический
Интернет сайтwww.molcas.org

МОЛКАС является ab initio вычислительная химия программа, разработанная как совместный проект ряда международных институтов. MOLCAS разработан учеными для использования учеными. Это не коммерческий продукт, и он не продается для того, чтобы заработать состояние для своего владельца ( Лундский университет ).

Основное внимание в программе уделяется методам расчета общих электронных структур как в основном, так и в возбужденном состоянии. MOLCAS содержит коды для общих и эффективных вычислений многоконфигурационных SCF на уровне полного активного пространства (CASSCF), но также использует более ограниченные волновые функции MCSCF (RASSCF). На этом уровне теории также возможно оптимизировать геометрию для состояний равновесия и переходных состояний, используя градиентные методы, и вычислить силовые поля и колебательные энергии. MOLCAS также содержит коды теории возмущений второго порядка CASPT2 и RASPT2.

История

Код MOLCAS был создан в конце 1980-х годов группой проф. Бьорн О. Роос в Лундский университет. Название программы представляет собой комбинацию Molecule (интегральный код по Ян Альмлёф ) и CAS (программа Complete Active Space, разработанная Бьёрном О. Роосом).

MOLCAS 2 был выпущен в 1992 году. Он был распространен на магнитной ленте для IBM VM / XA. Он содержит новые конфигурационное взаимодействие код (написанный Джеппе Олсеном), новый интегральный код (написанный Роландом Линдом) и связанный кластер код (написано на Коменский университет ). MOLCAS 4 (1999) был первым выпуском, который работает в любой операционной системе Unix или Linux. В 2001 году был выпущен MOLCAS 5 с распределенной моделью разработки кода.[1].

В сентябре 2017 года основная часть кода MOLCAS была разветвлена ​​как открытый исходный код (лицензия LGPL 2.1) под названием OpenMolcas[2].

Основные особенности

Основные характеристики MOLCAS можно найти на Инструкция по эксплуатации Molcas, Сборник уроков по Molcas и публикации о различных версиях MOLCAS: МОЛКАС 6, МОЛКАС 7 и МОЛКАС 8.MOLCAS 7.2 прошел независимую проверку на обзорах компьютерного программного обеспечения JACS.[3].

  • Ab initio Хартри – Фок (ВЧ), Функциональная теория плотности (ДПФ), второй порядок Теория возмущений Меллера – Плессе., MCSCF, MRCI, CC, Многоконфигурационная справочная теория возмущений 2-го порядка CASPT2 (включая MS и XMS) и волновые функции и энергии RASPT2[4]
  • Оптимизация аналитической градиентной геометрии на основе волновых функций HF, DFT, CASSCF и RASSCF
  • Разложение Холецкого (CD) и Разрешение личности (RI) для HF, DFT, CASSCF, CC, MBPT2 и CASPT2.
  • Аналитические градиенты и векторы неадиабатической связи.
  • Техника вспомогательных базисных функций «на лету», атомарный компакт-диск и атомарный компакт-диск.
  • Градиенты CD / RI для функционалов DFT.
  • Оптимизация числовой градиентной геометрии на основе волновых функций CASPT2.
  • Энергии возбужденного состояния для всех волновых функций и возбужденные оптимизированные геометрии из усредненных по состоянию волновых функций CASSCF.
  • Переходные свойства в возбужденных состояниях рассчитываются на уровне CASSCF / RASSCF с использованием уникального метода взаимодействия состояний RASSCF.
  • Эффекты растворителя можно рассматривать с помощью модели сферической полости Онзагера или Модель поляризуемого континуума (PCM).
  • Комбинированный QM и молекулярная механика расчеты для таких систем, как белки и молекулярные кластеры.
  • Процедура NEMO для создания межмолекулярных силовых полей для моделирования MC / MD; эти силовые поля включают в себя параметры электростатики, индукции, дисперсии и обменно-отталкивания и основаны на расчетах для отдельных молекул.
  • Молекулярная динамика Талли с прыжковой поверхностью
  • Метод определения местоположения и характеристики конических пересечений и швов
  • MOLCAS имеет интерфейс с несколькими вычислительными кодами, включая коды DMRG (QCMaquis, Блокировать, CheM2PS), код MRCI КОЛУМБУС, код молекулярной динамики SHARC
  • Для MOLCAS существует несколько кодов графического интерфейса пользователя: LUSCUS, GV и МолГУИ.

Рекомендации

  1. ^ Верязов, Валера; Видмарк, Пер-Олоф; Серрано-Андрес, Луис; Линд, Роланд; Роос, Бьорн О. (2004). «2MOLCAS как платформа для разработки программного обеспечения для квантовой химии». Международный журнал квантовой химии. 100 (4): 626–635. Дои:10.1002 / qua.20166.
  2. ^ "OpenMolcas / Объявления / Форум Молкас".
  3. ^ Дункан, Джеймс А. (2009). «МОЛКАС 7.2». JACS. 131 (6): 2416. Дои:10.1021 / ja900300h. PMID  19173643.
  4. ^ Аквиланте, Франческо; Autschbach, Jochen; Карлсон, Ребекка К .; Чиботару, Ливиу Ф .; Delcey, Mickaël G .; Де Вико, Лука; Фдез. Гальван, Игнасио; Ферре, Николя; Фрутос, Луис Мануэль; Гальярди, Лаура; Гаравелли, Марко; Джуссани, Анджело; Hoyer, Chad E .; Ли Манни, Джованни; Лишка, Ганс; Ма, Дунся; Мальмквист, Пер Аке; Мюллер, Томас; Ненов, Артур; Оливуччи, Массимо; Педерсен, Томас Бондо; Пэн, Даолин; Плассер, Феликс; Причард, Бен; Рейхер, Маркус; Ривальта, Иван; Шапиро, Игорь; Сегарра-Марти, Хавьер; Стенруп, Майкл; и другие. (2016), «Молкас 8: Новые возможности для многоконфигурационных квантово-химических расчетов в периодической таблице» (PDF), Журнал вычислительной химии, 37 (5): 506–541, Дои:10.1002 / jcc.24221, PMID  26561362

внешняя ссылка