Комплект для разработки химии - Chemistry Development Kit

Комплект для разработки химии
Бордовый шар и диаграмма псевдомолекулы палки, на которой написаны три буквы C, D и K.
Оригинальный автор (ы)Кристоф Стейнбек, Эгон Виллигхаген, Дэн Гезельтер
Разработчики)Проект CDK
изначальный выпуск11 мая 2001 г.; 19 лет назад (2001-05-11)[1]
Стабильный выпуск2.3[2] (9 августа 2019 г.; 15 месяцев назад (2019-08-09)) [±]
Предварительный выпуск1.5.14 (9 октября 2016 г.; 4 года назад (2016-10-09)) [±]
Репозиторийgithub.com/ cdk/ cdk
Написано вЯва
Операционная системаWindows, Linux, Unix, macOS
ПлатформаIA-32, x86-64
Доступно ванглийский
ТипХемоинформатика, молекулярное моделирование, биоинформатика
ЛицензияLGPL 2.0
Интернет сайтcdk.github.io

В Комплект для разработки химии (CDK) компьютер программного обеспечения, а библиотека на языке программирования Ява, за химиоинформатика и биоинформатика.[3][4] Это доступно для Windows, Linux, Unix, и macOS. это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом распространяется в рамках Стандартная общественная лицензия ограниченного применения GNU (LGPL) 2.0.

История

CDK был создан Кристоф Стейнбек, Эгон Виллигхаген и Дэн Гезельтер, разработчики Jmol и JChemPaint, чтобы обеспечить общую кодовую базу, 27–29 сентября 2000 г. Университет Нотр-Дам. Первый выпуск исходного кода был выпущен 11 мая 2011 года.[5] С тех пор более 100 человек внесли свой вклад в проект,[6] что приводит к богатому набору функций, как указано ниже. Между 2004 и 2007 гг. CDK Новости был информационным бюллетенем проекта, все статьи которого доступны из публичного архива.[7] Из-за неустойчивой ставки взносов выпуск информационного бюллетеня был приостановлен.

CDK Новости  
Языканглийский
Отредактировано кЭгон Виллигхаген, Кристоф Стейнбек
Детали публикации
История2004-2007
Стандартные сокращения
ISO 4CDK Новости
Индексирование
ISSN1614-7553

Позже модульное тестирование, проверка качества кода и Javadoc введена валидация. Раджарши Гуха разработал систему ночной сборки под названием Nightly, которая до сих пор работает в Уппсальский университет.[8] В 2012 году проект стал поддержкой ИнЧИ Траст, чтобы стимулировать дальнейшее развитие. В библиотеке используется JNI-InChI[9] чтобы генерировать Международные химические идентификаторы (ИнЧИС).[10]В апреле 2013 года Джон Мэйфилд (урожденный Мэй) пополнил ряды релиз-менеджеров CDK и возглавил ветвь разработки.[11]

Библиотека

CDK - это библиотека, а не пользовательская программа. Однако он был интегрирован в различные среды, чтобы сделать его функции доступными. CDK в настоящее время используется в нескольких приложениях, включая язык программирования р,[12] СДК-Таверна (а Верстак Таверна плагин),[13] Биоклипс, PaDEL,[14] и Cinfony.[15] Также существуют расширения CDK для Konstanz Information Miner (KNIME )[16] и для Excel, называется LICSS ([1] ).[17]

В 2008 году часть кода под лицензией GPL была удалена из библиотеки. Хотя эти фрагменты кода не зависели от основной библиотеки CDK, и авторское лево не использовалось, чтобы уменьшить путаницу среди пользователей, был создан экземпляр проекта ChemoJava.[18]

Основные особенности

Хемоинформатика

Биоинформатика

  • обнаружение активного сайта белка
  • обнаружение родственного лиганда[24]
  • идентификация метаболита[25]
  • базы данных путей
  • 2D и 3D дескрипторы белков[26]

Общее

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ https://sourceforge.net/projects/cdk/files/OldFiles/
  2. ^ «cdk / cdk: CDK 2.3». ZENODO. 2019-08-09. Дои:10.5281 / zenodo.3364510.
  3. ^ Steinbeck, C .; Han, Y. Q .; Kuhn, S .; Horlacher, O .; Luttmann, E .; Виллигэген, Э. Л. (2003). «The Chemistry Development Kit (CDK): библиотека Java с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики». Журнал химической информации и компьютерных наук. 43 (2): 493–500. Дои:10.1021 / ci025584y. ЧВК  4901983. PMID  12653513.
  4. ^ Willighagen, Egon L .; Мэйфилд, Джон В .; Альварссон, Джонатан; Берг, Арвид; Карлссон, Ларс; Елязкова, Нина; Кун, Стефан; Плюскал, Томаш; Рохас-Черто, Микель (06.06.2017). «The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: типирование атомов, описание, молекулярные формулы и поиск субструктур». Журнал химинформатики. 9 (1): 33. Дои:10.1186 / s13321-017-0220-4. ISSN  1758-2946. ЧВК  5461230. PMID  29086040.
  5. ^ http://sourceforge.net/projects/cdk/files/OldFiles/
  6. ^ https://github.com/cdk/cdk/blob/master/AUTHORS.txt
  7. ^ https://sourceforge.net/projects/cdk/files/CDK%20News/
  8. ^ «Архивная копия». Архивировано из оригинал на 2013-05-24. Получено 2013-08-05.CS1 maint: заархивированная копия как заголовок (ссылка на сайт)
  9. ^ http://jni-inchi.sourceforge.net/
  10. ^ Spjuth, O .; Berg, A .; Adams, S .; Виллигэген, Э. Л. (2013). «Применение InChI в хеминформатике с CDK и Bioclipse». Журнал химинформатики. 5 (1): 14. Дои:10.1186/1758-2946-5-14. ЧВК  3674901. PMID  23497723.
  11. ^ http://chem-bla-ics.blogspot.nl/2013/04/john-may-is-now-release-manager-of-cdk.html
  12. ^ Гуха, Р. (2007). «Функциональность химической информатики в R». Журнал статистического программного обеспечения. 18 (5): 1–16. Дои:10.18637 / jss.v018.i05.
  13. ^ Kuhn, T .; Willighagen, E.L .; Зелесный, А .; Стейнбек, К. (2010). «CDK-Taverna: открытая рабочая среда для хеминформатики». BMC Bioinformatics. 11: 159. Дои:10.1186/1471-2105-11-159. ЧВК  2862046. PMID  20346188.
  14. ^ Яп, К. В. (2011). «PaDEL-дескриптор: программное обеспечение с открытым исходным кодом для вычисления молекулярных дескрипторов и отпечатков пальцев». Журнал вычислительной химии. 32 (7): 1466–74. Дои:10.1002 / jcc.21707. PMID  21425294.
  15. ^ О'Бойл, Ноэль М (2008). «Cinfony - объединение наборов инструментов хеминформатики с открытым исходным кодом в общий интерфейс». Центральный журнал химии. 2 (1): 24. Дои:10.1186 / 1752-153X-2-24. ЧВК  2646723. PMID  19055766.
  16. ^ Beisken, S .; Meinl, T .; Wiswedel, B .; Де Фигейредо, Л. Ф .; Бертольд, М .; Стейнбек, К. (2013). "KNIME-CDK: химинформатика, управляемая рабочим процессом". BMC Bioinformatics. 14: 257. Дои:10.1186/1471-2105-14-257. ЧВК  3765822. PMID  24103053.
  17. ^ Lawson, K. R .; Лоусон, Дж. (2012). «LICSS - химическая таблица в Microsoft Excel». Журнал химинформатики. 4 (1): 3. Дои:10.1186/1758-2946-4-3. ЧВК  3310842. PMID  22301088.
  18. ^ ChemoJava
  19. ^ Бергер, Франциска; Фламм, Кристоф; Gleiss, Petra M .; Лейдольд, Йозеф; Стадлер, Питер Ф. (март 2004 г.). «Контрпримеры в восприятии химического кольца». Журнал химической информации и компьютерных наук. 44 (2): 323–331. Дои:10.1021 / ci030405d. PMID  15032507.
  20. ^ Мэй, Джон В; Стейнбек, Кристоф (2014). «Эффективное восприятие кольца для набора для разработки химии». Журнал химинформатики. 6 (1): 3. Дои:10.1186/1758-2946-6-3. ЧВК  3922685. PMID  24479757.
  21. ^ Steinbeck, C .; Hoppe, C .; Kuhn, S .; Флорис, М .; Guha, R .; Виллигэген, Э. Л. (2006). «Последние разработки химического средства разработки (CDK) - java-библиотеки с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики». Curr. Pharm. Des. 12 (17): 2111–20. Дои:10.2174/138161206777585274. HDL:2066/35445. PMID  16796559. Архивировано из оригинал на 2011-07-25.
    Guangli, M .; Юйю, К. (2006). «Прогнозирование проницаемости Caco-2 с использованием машины опорных векторов и набора для разработки химии». J Pharm Pharm Sci. 9 (2): 210–21. PMID  16959190.
  22. ^ Кларк, Алекс М; Саркер, Малабика; Экинс, Шон (2014). «Новые инструменты прогнозирования и визуализации целей, включающие молекулярные отпечатки пальцев с открытым исходным кодом для TB Mobile 2.0». Журнал химинформатики. 6: 38. Дои:10.1186 / s13321-014-0038-2. ЧВК  4190048. PMID  25302078.
  23. ^ Peironcely, J. E .; Рохас-Черто, М .; Fichera, D .; Reijmers, T .; Coulier, L .; Faulon, J. L .; Ханкемайер, Т. (2012). "OMG: Открытый генератор молекул". Журнал химинформатики. 4 (1): 21. Дои:10.1186/1758-2946-4-21. ЧВК  3558358. PMID  22985496.
  24. ^ Bashton, M .; Нобели, I .; Торнтон, Дж. М. (2006). «Сопоставление доменов когнитивного лиганда для ферментов». Журнал молекулярной биологии. 364 (4): 836–52. Дои:10.1016 / j.jmb.2006.09.041. PMID  17034815.
  25. ^ Рохас-Черто, М .; Каспер, П. Т .; Willighagen, E.L .; Vreeken, R.J .; Hankemeier, T .; Реймерс, Т. Х. (2011). «Определение элементного состава на основе MSn». Биоинформатика. 27 (17): 2376–2383. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr409. PMID  21757467.
  26. ^ Руис-Бланко, Яссер Б; Пас, Уолдо; Грин, Джеймс; Марреро-Понсе, Йовани (2015). «ProtDCal: программа для вычисления универсальных числовых дескрипторов для последовательностей и 3D-структур белков». BMC Bioinformatics. 16: 162. Дои:10.1186 / s12859-015-0586-0. ЧВК  4432771. PMID  25982853.

внешняя ссылка