МОДЕЛЛЕР - MODELLER

Моделист
Оригинальный автор (ы)Андрей Сали
Разработчики)Калифорнийский университет в Сан-Франциско, Accelrys
изначальный выпуск1989; 31 год назад (1989)
Стабильный выпуск
9.25 / 9 сентября 2020 г.; 2 месяца назад (2020-09-09)
Операционная системаUnix, Linux, macOS, Windows
Платформаx86, x86-64
Доступно ванглийский
Типмоделирование гомологии из белки
ЛицензияПроприетарный: академическая некоммерческая организация бесплатное ПО, коммерческое программное обеспечение
Интернет сайтсалилаб.org/ модельер

Моделист, часто стилизованный под МОДЕЛЛЕР, это компьютерная программа используется для моделирование гомологии производить модели белок третичные структуры и четвертичные структуры (реже).[1][2] Он реализует метод, вдохновленный ядерно-магнитно-резонансная спектроскопия белков (ЯМР белка), называемый удовлетворение пространственных ограничений, по которому набор геометрических критериев используется для создания функция плотности вероятности для расположения каждого атом в белке. Метод полагается на ввод выравнивание последовательностей между целью аминокислота моделируемая последовательность и матричный белок, структура которого решена.

Программа также включает ограниченные функции для ab initio предсказание структуры из петля участки белков, которые часто сильно варьируются даже среди гомологичный белки, и поэтому их трудно предсказать с помощью моделирования гомологии.

Modeller изначально был написан и в настоящее время поддерживается Андрей Сали на Калифорнийский университет в Сан-Франциско.[3] Работает в операционных системах Unix, Linux, macOS, и Windows. это бесплатное ПО для академического использования. Графические пользовательские интерфейсы (GUI) и коммерческий версии распространяются Accelrys. Веб-сервер для сравнительного моделирования структуры белков ModWeb основан на Modeller и других инструментах для автоматического моделирования структуры белков с возможностью размещения полученных моделей в ModBase. Из-за популярности Modeller доступно несколько сторонних графических интерфейсов для MODELLER:

  • EasyModeller является бесплатным программным обеспечением и является одним из первых графических интерфейсов сторонних разработчиков для Modeller.[4] Последняя версия (EasyModeller 4.0) поддерживает Linux и Windows Операционная система.
  • UCSF Химера имеет простой интерфейс для Modeller.
  • PyMod - это бесплатно и с открытым исходным кодом плагин для PyMOL и имеет комплексный интерфейс для Modeller.[5][6] Он поддерживает Linux, Windows и macOS.
  • MaxMod - это автономный графический интерфейс для MODELLER на Windows.[7]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Фисер А., Сали А. (2003). Modeller: создание и уточнение моделей структуры белков на основе гомологии. Meth. Энзимол. Методы в энзимологии. 374. С. 461–91. Дои:10.1016 / S0076-6879 (03) 74020-8. ISBN  9780121827779. PMID  14696385.
  2. ^ Марти-Реном М.А., Стюарт А.С., Фисер А., Санчес Р., Мело Ф, Сали А. (2000). «Сравнительное моделирование структуры белков генов и геномов». Annu Rev Biophys Biomol Struct. 29: 291–325. Дои:10.1146 / annurev.biophys.29.1.291. PMID  10940251.
  3. ^ Сали А., Бланделл Т.Л. (декабрь 1993 г.). «Сравнительное моделирование белков путем удовлетворения пространственных ограничений». J. Mol. Биол. 234 (3): 779–815. Дои:10.1006 / jmbi.1993.1626. PMID  8254673.
  4. ^ Кунтал, Б.К., Апарой, П., и Редданна, П. (2010). EasyModeller: графический интерфейс для MODELLER. Примечания к исследованию BMC, 3 (1), 1.
  5. ^ Янсон Г., Чжан С., Прадо М.Г., Пайардини А. (2017). «PyMod 2.0: улучшения в анализе структуры последовательностей белков и моделировании гомологии в PyMOL». Биоинформатика. 33 (3): 444–446. Дои:10.1093 / биоинформатика / btw638. PMID  28158668.
  6. ^ Брамуччи Э, Пайардини А, Босса Ф, Паскарелла С (2012). «PyMod: поиск сходства последовательностей, множественное выравнивание структуры последовательности и моделирование гомологии в PyMOL». BMC Bioinformatics. 13 Дополнение 4: S2. Дои:10.1186 / 1471-2105-13-S4-S2. ЧВК  3303726. PMID  22536966.
  7. ^ Парида Б.К., Панда ПК, Мисра Н., Мишра Б.К. (2015). «MaxMod: новый интерфейс к MODELLER, основанный на скрытой марковской модели, для улучшенного прогнозирования трехмерных моделей белков». Журнал молекулярного моделирования. 21 (2): 1–10. Дои:10.1007 / s00894-014-2563-3. PMID  25636267.

внешняя ссылка