PSI (вычислительная химия) - PSI (computational chemistry)

Пси4
Разработчики)Проект Psi4
Стабильный выпуск
Psi4 1.3 / 28 февраля 2019 г.; 21 месяц назад (2019-02-28)
Написано вC ++, Python
Операционная системаLinux, Майкрософт Виндоус, Mac OS X
ТипВычислительная химия
ЛицензияGPL
Интернет сайтhttp://www.psicode.org

Пси является ab initio вычислительная химия пакет, изначально написанный исследовательской группой Генри Ф. Шефер, III (Университет Джорджии ). Используя Psi, можно выполнить расчет на молекулярный система с различными методами, такими как Хартри-Фок, Пост-Хартри – Фока методы электронной корреляции, и Теория функций плотности.[1][2] Программа может вычислять энергии, оптимизировать геометрию молекул и вычислять частоты колебаний.[1][2] Основная часть программы написана на C ++, пока Python API также доступен, что позволяет пользователям легко выполнять сложные вычисления или автоматизировать задачи.[1][3][4][5]

Пси4 это последняя версия программного пакета - это Открытый исходный код, выпущенный как свободный под GPL через GitHub. Первичное развитие Пси4 в настоящее время выполняется исследовательскими группами Дэвид Шерилл (Технологический институт Джорджии ), Т. Дэниэл Кроуфорд (Технологический институт Вирджинии ), Франческо Евангелиста (Университет Эмори ), и Генри Ф. Шефер, III (Университет Джорджии ) при значительном вкладе Джастина Терни (Университет Джорджии ), Энди Симмонетт (Национальные институты здравоохранения США ) и Роллин Кинг (Вефильский университет ).[1][3][4][5] Пси4 доступен в таких выпусках Linux, как Fedora и Ubuntu.

Функции

Основные возможности Psi сосредоточены вокруг следующих методов[1] из квантовая химия:

Для вычисления возбужденных электронных состояний доступно несколько методов, в том числе конфигурация взаимодействия синглы (СНГ), приближение случайной фазы (RPA), теория функционала плотности, зависящая от времени (TD-DFT) и кластер, связанный по уравнению движения (EOM-CCSD).[1]

Пси4 представила аппроксимацию плотности во многих частях кода, что привело к более быстрым вычислениям и уменьшению требований к вводу-выводу.[1][3][4]

Пси4 является предпочтительной серверной частью квантовой химии для проекта OpenFermion, который стремится выполнять вычисления квантовой химии на квантовых компьютерах.[6]

В Пси4 1.4,[5] программа была адаптирована для облегчения рабочих процессов с высокой пропускной способностью.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж грамм "Psi4: Квантовая химия с открытым исходным кодом". Проект PSI4. Получено 2017-07-06.
  2. ^ а б Пирхади, Сомайех; Сансери, Джоселин; Коэс, Дэвид Райан (2016). «Молекулярное моделирование с открытым исходным кодом». Журнал молекулярной графики и моделирования. 69: 127–143. Дои:10.1016 / j.jmgm.2016.07.008. ISSN  1093-3263. ЧВК  5037051. PMID  27631126.
  3. ^ а б c Терни, Джастин М .; Симмонетт, Эндрю С.; Пэрриш, Роберт М .; Хоэнштайн, Эдвард Г .; Евангелиста, Франческо А .; Ферманн, Джастин Т .; Минц, Бенджамин Дж .; Бернс, Лори А .; Wilke, Jeremiah J .; Abrams, Micah L .; Русс, Николас Дж .; Leininger, Matthew L .; Janssen, Curtis L .; Зейдл, Эдвард Т .; Аллен, Уэсли Д .; Шефер, Генри Ф .; King, Rollin A .; Валеев, Эдвард Ф .; Шерилл, К. Дэвид; Кроуфорд, Т. Дэниэл (2012). «Psi4: программа ab initio с открытым исходным кодом для электронной структуры». Междисциплинарные обзоры Wiley: вычислительная молекулярная наука. 2 (4): 556–565. Дои:10.1002 / wcms.93. ISSN  1759-0876.
  4. ^ а б c Пэрриш, Роберт М .; Бернс, Лори А .; Смит, Дэниел Г. А .; Симмонетт, Эндрю С.; ДеПринс, А. Юджин; Хохенштейн, Эдвард Г .; Бозкая, Угур; Соколов Александр Юрьевич; Ди Ремиджио, Роберто; Ричард, Райан М .; Gonthier, Jérôme F .; Джеймс, Эндрю М .; McAlexander, Harley R .; Кумар, Ашутош; Сайтов, Масааки; Ван, Сяо; Причард, Бенджамин П .; Верма, Пракаш; Шефер, Генри Ф .; Патковски, Конрад; King, Rollin A .; Валеев, Эдвард Ф .; Евангелиста, Франческо А .; Терни, Джастин М .; Кроуфорд, Т. Дэниэл; Шерилл, К. Дэвид (2017). «Psi4 1.1: Программа электронной структуры с открытым исходным кодом с упором на автоматизацию, расширенные библиотеки и функциональную совместимость» (PDF). Журнал химической теории и вычислений. 13 (7): 3185–3197. Дои:10.1021 / acs.jctc.7b00174. ISSN  1549-9618. PMID  28489372.
  5. ^ а б c Смит, Дэниел Г. А .; Бернс, Лори А .; Симмонетт, Эндрю С.; Пэрриш, Роберт М .; Шибер, Мэтью С .; Гальвелис, Раймондас; Краус, Питер; Круз, Хольгер; Ди Ремиджио, Роберто; Аленаизан, Асем; Джеймс, Эндрю М; Лехтола, Суси; Misiewicz, Jonathon P .; Шойер, Максимилиан; Шоу, Роберт А .; Schriber, Jeffrey B .; Се, И; Глик, Захари Л .; Sirianni, Dominic A .; О'Брайен, Джозеф Сенан; Уолдроп, Джонатан М .; Кумар, Ашутош; Хоэнштайн, Эдвард Г .; Причард, Бенджамин П .; Брукс, Бернард Р .; Шефер III, Генри Ф .; Соколов Александр Юрьевич; Патковски, Конрад; ДеПринс, А. Юджин; Бозкая, Угур; King, Rollin A .; Евангелиста, Франческо А .; Терни, Джастин М .; Кроуфорд, Т. Дэниэл; Шерилл, К. Дэвид (2020). «Psi4 1.4: программное обеспечение с открытым исходным кодом для высокопроизводительной квантовой химии». Журнал химической физики. 152: 184108. Дои:10.1063/5.0006002. PMID  32414239.
  6. ^ Кан, Джереми (23 октября 2017 г.). "Google представляет программное обеспечение, открывающее квантовые компьютеры для химиков". Bloomberg Technology. Bloomberg LP. Получено 8 апреля 2018.

внешняя ссылка