NWChem - NWChem

NWChem
Разработчики)	Тихоокеанская Северо-Западная национальная лаборатория
Стабильный выпуск	7.0.2 / 13 октября 2020 г.
Репозиторий	https://github.com/nwchemgit/nwchem
Операционная система	Linux, FreeBSD, Unix и любить операционные системы, Майкрософт Виндоус, Mac OS X
Тип	Вычислительная химия
Лицензия	Лицензия образовательного сообщества 2.0
Интернет сайт	https://nwchemgit.github.io/

NWChem является ab initio вычислительная химия программный пакет, который также включает функции квантовой химии и молекулярной динамики.^[1]^[2]^[3]^[4]Он был разработан для работы на высокопроизводительных параллельных суперкомпьютерах, а также на обычных кластерах рабочих станций. Он стремится быть масштабируемым как по способности эффективно решать большие проблемы, так и по использованию доступных параллельных вычислительных ресурсов. NWChem был разработан группой программного обеспечения для молекулярных наук в рамках программы теории, моделирования и моделирования Лаборатория молекулярных наук об окружающей среде (EMSL) в Тихоокеанская Северо-Западная национальная лаборатория (ПННЛ). Раннее внедрение было профинансировано Строительным проектом EMSL.

Возможности

Молекулярная механика
Молекулярная динамика
Хартри – Фок (метод самосогласованного поля)
Функциональная теория плотности
Теория функционала плотности, зависящая от времени
Пост-Хартри – Фока методы, в том числе MP2 в разрешении тождественного приближения (RI-MP2^[5]), теория многоконфигурационного самосогласованного поля (MCSCF), взаимодействие выбранных конфигураций (CI), Теория возмущений Меллера – Плессе. (MP2, MP3, MP4), конфигурационное взаимодействие (CISD, CISDT, CISDTQ) и связанный кластер теория (CCSD, CCSDT, CCSDTQ, EOMCCSD, EOMCCSDT, EOMCCSDTQ). Tensor Contraction Engine, или TCE, предоставляет большую часть функций для коррелированных методов и может использоваться для разработки дополнительных многочастичных методов с использованием интерфейса Python. Полный список приблизительных методов связанных кластеров доступен на сайте.
QM / MM
ОНИОМ

использованная литература

^ Aprà, E .; Bylaska, E.J .; de Jong, W. A .; Govind, N .; Ковальский, К .; Straatsma, T. P .; Валиев, М .; van Dam, H.J.J .; Алексеев, Ю .; Anchell, J .; Анисимов, В. (2020-05-14). «NWChem: прошлое, настоящее и будущее». Журнал химической физики. 152 (18): 184102. arXiv:2004.12023. Дои:10.1063/5.0004997. ISSN 0021-9606.
^ Валиев, М .; Bylaska, E.J .; Govind, N .; Ковальский, К .; Страацма, Т.П .; Van Dam, HJJ; Wang, D .; Nieplocha, J .; Aprà, E .; Windus, T. L .; Де Йонг, В. А. (2010). «NWChem: комплексное и масштабируемое решение с открытым исходным кодом для крупномасштабного молекулярного моделирования». Компьютерная физика Коммуникации. 181 (9): 1477–1489. Bibcode:2010CoPhC.181.1477V. Дои:10.1016 / j.cpc.2010.04.018.
^ Кендалл, Рики А .; Апра, Эдоардо; Бернхольдт, Дэвид Э .; Bylaska, Eric J .; Дюпюи, Мишель; Fann, Джордж I; Харрисон, Роберт Дж .; Джу, Цзялинь; Николс, Джеффри А .; Ниеплоча, Ярек; Straatsma, T. P .; Windus, Theresa L .; Вонг, Адриан Т. (2000). «Высокопроизводительная вычислительная химия: обзор распределенного параллельного приложения NWChem». Компьютерная физика Коммуникации. 128 (1–2): 260–283. Bibcode:2000CoPhC.128..260K. Дои:10.1016 / S0010-4655 (00) 00065-5.
^ Авторы и участники, перечисленные в версии 6.5: Э. Апра, Э. Дж. Быласка, В. А. де Йонг, Н. Говинд, К. Ковальски, Т. П. Страатсма, М. Валиев, Х. Дж. Ван Дам, Д. Ван, Т. Л. Виндус, Дж. Хаммонд, Дж. . Autschbach, K. Bhaskaran-Nair, J. Brabec, K. Lopata, S. Krishnamoorthy, W. Ma, M. Klemm, O. Villa, Y. Chen, V. Anisimov, F. Aquino, S. Hirata, MT Hackler, T. Risthaus, M. Malagoli, A. Marenich, A. Otero-de-la-Roza, J. Mullin, P. Nichols, R. Peverati, J. Pittner, Y. Zhao, P.-D. Fan, A. Fonari, RJ Harrison, M. Dupuis, D. Silverstein, DMA Smith, J. Nieplocha, V. Tipparaju, M. Krishnan, BE Van Kuiken, A. Vazquez-Mayagoitia, L. Jensen, M. Swart, Q. Wu, T. Van Voorhis, AA Auer, M. Nooijen, LD Crosby, E. Brown, G. Cisneros, GI Fann, H. Fruchtl, J. Garza, K. Hirao, RA Kendall, JA Nichols, K. Цемехман, К. Волински, Дж. Анчелл, Д. Э. Бернхольдт, П. Боровски, Т. Кларк, Д. Клерк, Х. Даксель, М. Дж. Диган, К. Дьялл, Д. Элвуд, Э. Гленденинг, М. Гутовски, А. К. Гесс , J. Jaffe, BG Johnson, J. Ju, R. Kobayashi, R. Kutteh, Z. Lin, R. Littlefield, X. Long, B. Meng, T. Nakajima, S. Niu, L. Pollack, M. Розинг, К. Глеземанн, Г. Сандроне, М. Став, Х. Тейлор, Г. Томас, Дж. Х. ван Ленте, А. Т. Вонг, З. Чжан. https://nwchemgit.github.io/Developer_Team.html#authors-and-contributors
^ Бернхольдт, Дэвид Э .; Харрисон, Роберт Дж. (1996). «Крупномасштабные расчеты коррелированной электронной структуры: метод RI-MP2 на параллельных компьютерах». Письма по химической физике. 250 (5–6): 477–484. Bibcode:1996CPL ... 250..477B. Дои:10.1016/0009-2614(96)00054-1.

внешняя ссылка

Домашняя страница NWChem
Репозиторий NWChem на Github
Бинарные файлы NWChem для win32 и LINUX с Open-MPI с Генератор файлов волновых функций AIM Альваро Васкеса-Маяготиа в комплекте и оболочка с графическим интерфейсом для Windows

Графические оболочки

ВОДМ (официальный графический интерфейс для NWChem), поддерживает генерацию ввода, удаленную отправку, анализ, обширную визуализацию
Аскалаф Дизайнер, бесплатный программный пакет с открытым исходным кодом для построения моделей
Химкрафт, фирменное ПО для визуализации и анализа результатов

[1] Aprà, E .; Bylaska, E.J .; de Jong, W. A .; Govind, N .; Ковальский, К .; Straatsma, T. P .; Валиев, М .; van Dam, H.J.J .; Алексеев, Ю .; Anchell, J .; Анисимов, В. (2020-05-14). «NWChem: прошлое, настоящее и будущее». Журнал химической физики. 152 (18): 184102. arXiv:2004.12023. Дои:10.1063/5.0004997. ISSN 0021-9606.

[2] Валиев, М .; Bylaska, E.J .; Govind, N .; Ковальский, К .; Страацма, Т.П .; Van Dam, HJJ; Wang, D .; Nieplocha, J .; Aprà, E .; Windus, T. L .; Де Йонг, В. А. (2010). «NWChem: комплексное и масштабируемое решение с открытым исходным кодом для крупномасштабного молекулярного моделирования». Компьютерная физика Коммуникации. 181 (9): 1477–1489. Bibcode:2010CoPhC.181.1477V. Дои:10.1016 / j.cpc.2010.04.018.

[3] Кендалл, Рики А .; Апра, Эдоардо; Бернхольдт, Дэвид Э .; Bylaska, Eric J .; Дюпюи, Мишель; Fann, Джордж I; Харрисон, Роберт Дж .; Джу, Цзялинь; Николс, Джеффри А .; Ниеплоча, Ярек; Straatsma, T. P .; Windus, Theresa L .; Вонг, Адриан Т. (2000). «Высокопроизводительная вычислительная химия: обзор распределенного параллельного приложения NWChem». Компьютерная физика Коммуникации. 128 (1–2): 260–283. Bibcode:2000CoPhC.128..260K. Дои:10.1016 / S0010-4655 (00) 00065-5.

[4] Авторы и участники, перечисленные в версии 6.5: Э. Апра, Э. Дж. Быласка, В. А. де Йонг, Н. Говинд, К. Ковальски, Т. П. Страатсма, М. Валиев, Х. Дж. Ван Дам, Д. Ван, Т. Л. Виндус, Дж. Хаммонд, Дж. . Autschbach, K. Bhaskaran-Nair, J. Brabec, K. Lopata, S. Krishnamoorthy, W. Ma, M. Klemm, O. Villa, Y. Chen, V. Anisimov, F. Aquino, S. Hirata, MT Hackler, T. Risthaus, M. Malagoli, A. Marenich, A. Otero-de-la-Roza, J. Mullin, P. Nichols, R. Peverati, J. Pittner, Y. Zhao, P.-D. Fan, A. Fonari, RJ Harrison, M. Dupuis, D. Silverstein, DMA Smith, J. Nieplocha, V. Tipparaju, M. Krishnan, BE Van Kuiken, A. Vazquez-Mayagoitia, L. Jensen, M. Swart, Q. Wu, T. Van Voorhis, AA Auer, M. Nooijen, LD Crosby, E. Brown, G. Cisneros, GI Fann, H. Fruchtl, J. Garza, K. Hirao, RA Kendall, JA Nichols, K. Цемехман, К. Волински, Дж. Анчелл, Д. Э. Бернхольдт, П. Боровски, Т. Кларк, Д. Клерк, Х. Даксель, М. Дж. Диган, К. Дьялл, Д. Элвуд, Э. Гленденинг, М. Гутовски, А. К. Гесс , J. Jaffe, BG Johnson, J. Ju, R. Kobayashi, R. Kutteh, Z. Lin, R. Littlefield, X. Long, B. Meng, T. Nakajima, S. Niu, L. Pollack, M. Розинг, К. Глеземанн, Г. Сандроне, М. Став, Х. Тейлор, Г. Томас, Дж. Х. ван Ленте, А. Т. Вонг, З. Чжан. https://nwchemgit.github.io/Developer_Team.html#authors-and-contributors

[5] Бернхольдт, Дэвид Э .; Харрисон, Роберт Дж. (1996). «Крупномасштабные расчеты коррелированной электронной структуры: метод RI-MP2 на параллельных компьютерах». Письма по химической физике. 250 (5–6): 477–484. Bibcode:1996CPL ... 250..477B. Дои:10.1016/0009-2614(96)00054-1.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]