ГРОМОС - GROMOS

ГРОМОС
Разработчики)Вильфред ван Гунстерен. Филипп Хюненбергер, Сереина Риникер, Крис Остенбринк
изначальный выпуск1978; 42 года назад (1978)
Стабильный выпуск
GROMOS 11 v1.3.0 / май 2011 г.; 9 лет назад (2011-05)
Написано вФортран <= 1996,
C ++ => 2011
Операционная системаUnix-подобный
Платформаx86
Доступно ванглийский
ТипМолекулярная динамика
ЛицензияПроприетарный
Интернет сайтwww.gromos.сеть

Молекулярное моделирование GROningen (GROMOS) это имя силовое поле за молекулярная динамика симуляция, и связанный компьютер программного обеспечения упаковка. Оба разработаны в Гронингенский университет, и в группе компьютерной химии[1] в лаборатории физической химии[2] в Швейцарском федеральном технологическом институте (ETH Цюрих ). В Гронингене, Герман Берендсен принимал участие в его разработке.[3]

Силовое поле объединенного атома было оптимизировано с учетом свойств конденсированной фазы алканы.

Версии

ГРОМОС87

Алифатические и ароматические водород атомы были включены неявно, представляя углерод атом и присоединенные атомы водорода как одна группа с центром на атоме углерода, единое силовое поле атома. В сила Ван дер Ваальса параметры были получены из расчетов кристаллических структур углеводороды, и дальше аминокислоты с использованием коротких (0,8 нм) несвязанных радиусов отсечки.[4]

ГРОМОС96

В 1996 году была выпущена существенная переработка программного пакета.[5][6] Силовое поле также было улучшено, например, следующим образом: алифатический CHп группы были представлены как объединенные атомы с репараметризованными ван-дер-ваальсовыми взаимодействиями на основе серии молекулярно-динамических симуляций модельной жидкости. алканы с использованием длинных (1,4 нм) несвязанных радиусов отсечки.[7] Эта версия постоянно совершенствуется, и доступно несколько различных наборов параметров. GROMOS96 включает исследования молекулярной динамики, стохастической динамики и минимизации энергии. Энергетический компонент также был частью предыдущего GROMOS, названного GROMOS87. GROMOS96 был спроектирован и задуман в течение 20 месяцев. Пакет состоит из 40 различных программ, каждая из которых выполняет свои основные функции. Примером двух важных программ в GROMOS96 являются PROGMT, отвечающий за построение молекулярной топологии, а также PROPMT, изменяющий классическую молекулярную топологию на молекулярную топологию с интегралом по путям.

GROMOS05

Обновленная версия программного обеспечения была представлена ​​в 2005 году.[8]

ГРОМОС11

Текущий релиз ГРОМОС датирован маем 2011 года.

Наборы параметров

Несколько из силовое поле наборы параметров, основанные на силовом поле GROMOS. Версия A применяется к водным или неполярный решения белки, нуклеотиды, и сахара. Версия B применяется к изолированным молекулы (газовая фаза).

54

  • 54A7[9] - 53A6 взяты и скорректированы слагаемые угла скручивания для лучшего воспроизведения склонности к спирали, изменено N – H, C = O отталкивание, новый CH3 группа заряда, параметризация Na+ и Cl− для улучшения свободной энергии гидратации и новых неправильных двугранных углов.
  • 54B7[9] - 53Б6 в вакууме взяты и заменены аналогично 53А6 на 54А7.

53

  • 53A5[10] - оптимизирован путем первой подгонки для воспроизведения термодинамических свойств чистых жидкостей ряда небольших полярных молекул и энтальпий без сольватации аналогов аминокислот в циклогексане, представляет собой расширение и изменение нумерации 45A3.
  • 53A6[10] - 53A5 взяты и скорректированы частичные заряды для воспроизведения энтальпий без гидратации в воде, рекомендованные для моделирования биомолекул в чистой воде.

45

  • 45A3[11] - подходит для применения липид агрегаты, такие как мембраны и мицеллы, для смешанных алифатических систем с водой или без нее, для полимеры, и другие аполярные системы, которые могут взаимодействовать с разными биомолекулами.
  • 45A4[12] - 45А3 модернизирован для улучшения ДНК представление.

43

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Группа компьютерной химии, ETH Zurich
  2. ^ Лаборатория физической химии, ETH Zurich
  3. ^ "Приз Берни Дж. Алдера CECAM". Centre européen de Calcul atomique et moléculaire. Архивировано из оригинал 13 апреля 2016 г.. Получено 25 апреля 2016.
  4. ^ В. Ф. ван Гунстерен и Х. Дж. К. Берендсен, Руководство по библиотеке молекулярного моделирования Гронингена (ГРОМОС), BIOMOS b.v., Гронинген, 1987.
  5. ^ van Gunsteren, W. F .; Billeter, S. R .; Eising, A. A .; Hünenberger, P.H .; Krüger, P .; Mark, A.E .; Scott, W.R.P .; Тирони, И.Г. Биомолекулярное моделирование: руководство и руководство пользователя GROMOS96; vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich и BIOMOS b.v .: Zürich, Groningen, 1996.
  6. ^ «Пакет программ биомолекулярного моделирования GROMOS», В. Р. П. Скотт, П. Х. Хуэненбергер, И. Г. Тирони, А. Э. Марк, С. Р. Биллетер, Дж. Феннен, А. Э. Торда, Т. Хубер, П. Крюгер и В. Ф. ван Гунстерен. J. Phys. Chem. А, 103, 3596–3607.
  7. ^ «Улучшенное силовое поле GROMOS96 для алифатических углеводородов в конденсированной фазе». Журнал вычислительной химии 22 (11), август 2001, 1205–1218 Лукас Д. Шулер, Ксавье Даура, Уилфред Ф. ван Гунстерен.
  8. ^ «Программа GROMOS для моделирования биомолекул: GROMOS05». Christen M, Hünenberger PH, Bakowies D, Baron R, Bürgi R, Geerke DP, Heinz TN, Kastenholz MA, Kräutler V, Oostenbrink C, Peter C, Trzesniak D, van Gunsteren WF. J Comput Chem 26 (16): 1719–51 PMID  16211540
  9. ^ а б Schmid N., Eichenberger A., ​​Choutko A., Riniker S., Winger M., Mark A. & van Gunsteren W., "Определение и тестирование версий силового поля GROMOS 54A7 и 54B7", Европейский биофизический журнал, 40(7), (2011), 843–856 [1].
  10. ^ а б Остенбринк К., Вилья А., Марк А. Э. и ван Гунстерен В. "Биомолекулярное силовое поле, основанное на свободной энтальпии гидратации и сольватации: наборы параметров силового поля GROMOS 53A5 и 53A6", Журнал вычислительной химии, 25, (2004), 1656–1676 [2].
  11. ^ Шулер Л. Д., Даура X. и ван Густерен В. Ф. Улучшенное силовое поле GROMOS96 для алифатических углеводородов в конденсированной фазе. Журнал вычислительной химии 22(11), (2001), 1205–1218 [3].
  12. ^ Соарес, Т. А., Хюненбергер, П. Х., Кастенхольц, М. А., Кройтлер, В., Ленц, Т., Линс, Р. Д., Остенбринк, К., и ван Гунстерен, В. Ф., Улучшенный набор параметров нуклеиновой кислоты для силового поля GROMOS. Журнал вычислительной химии, 26(7), (2005), 725–737, [4].
  13. ^ а б ван Гунстерен, В. Ф., Биллетер, С. Р., Экинг, А. А., Хийненбергер, П. Х., Кригер, П., Марк, А. Е., Скотт, В. Р. П. и Тирони, И. Г., Биомолекулярное моделирование, Руководство и руководство пользователя GROMOS96, vdf Hochschulverlag AG an der ETH Ziirich и BIOMOS b.v., Цюрих, Гронинген, 1996.

внешняя ссылка