NAMD - NAMD

Наноразмерная молекулярная динамика
Разработчики)Университет штата Иллинойс в Урбане-Шампейн: Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB), Лаборатория параллельного программирования (PPL)
изначальный выпуск1995; 25 лет назад (1995)
Стабильный выпуск
2.14 / 5 августа 2020 г.; 4 месяца назад (2020-08-05)
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Написано вC ++
Операционная системаКроссплатформенность: Windows, Linux, macOS, Unix
Платформаx86, x86-64
Доступно ванглийский
ТипМолекулярная динамика симуляция
ЛицензияПроприетарный, бесплатное ПО для некоммерческого использования
Интернет сайтwww.ks.uiuc.edu/Исследование/ namd

Наноразмерная молекулярная динамика (NAMD, ранее Не другая программа молекулярной динамики)[1] компьютер программного обеспечения за молекулярная динамика моделирование, написанное с использованием Очарование ++ модель параллельного программирования. Он известен своей параллельной эффективностью и часто используется для моделирования больших систем (миллионы атомы ).[2] Он был разработан в сотрудничестве с Группой теоретической и вычислительной биофизики (TCB) и Лабораторией параллельного программирования (PPL) Университет штата Иллинойс в Урбане-Шампейн.

Он был представлен в 1995 году Нельсоном. и другие. как параллельный код молекулярной динамики, позволяющий интерактивное моделирование путем связывания с кодом визуализации VMD. С тех пор NAMD повзрослел, добавив множество функций и увеличив масштаб до 500 000 процессорных ядер.[3]

NAMD имеет интерфейс для квантовая химия пакеты ORCA и MOPAC, а также скриптовый интерфейс для многих других квантовых пакетов.[4] Вместе с Визуальная молекулярная динамика (VMD) и QwikMD,[5] Интерфейс NAMD обеспечивает доступ к гибридным QM / MM моделирования в интегрированном, всеобъемлющем, настраиваемом и простом в использовании пакете.[6]

NAMD доступен как бесплатное ПО для некоммерческого использования отдельными лицами, академическими учреждениями и корпорациями для внутреннего использования.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ «Гибкость и функциональная совместимость в коде параллельной молекулярной динамики» (постскриптум).
  2. ^ «NAMD - Программа параллельной объектно-ориентированной молекулярной динамики» (PDF).
  3. ^ «NAMD: масштабируемая молекулярная динамика». Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB). Иллинойсский университет в Урбана-Шампейн. Получено 1 августа 2016.
  4. ^ «Гибрид QM / MM NAMD». Группа теоретической и вычислительной биофизики (TCB). Иллинойсский университет в Урбана-Шампейн. Получено 26 марта 2018.
  5. ^ «QwikMD - Набор инструментов для интегративной молекулярной динамики для новичков и экспертов». Научные отчеты. Получено 24 мая 2016.
  6. ^ «NAMD выходит на новый уровень: комплексный пакет для гибридного моделирования». Методы природы. Получено 26 марта 2018.

внешняя ссылка