Аскалаф Дизайнер - Ascalaph Designer
 Ascalaph Designer отображает дезоксирибонуклеиновую кислоту (ДНК ) | |
| Оригинальный автор (ы) | Алексей Никитин |
|---|---|
| Разработчики) | Agile Molecule |
| Стабильный выпуск | 1.8.94 / 3 декабря 2015 |
| Написано в | C ++ |
| Операционная система | Windows |
| Платформа | x86 |
| Размер | 138,9 МБ |
| Доступно в | английский |
| Тип | Молекулярное моделирование |
| Лицензия | GNU GPL и другие, включая Открытая лицензия проекта кода |
| Интернет сайт | www |
Аскалаф Дизайнер это компьютерная программа для общего назначения молекулярное моделирование для молекулярного дизайна и моделирования. Он предоставляет графическую среду для общих программ квантового и классического молекулярного моделирования. ORCA, NWChem, Светлячок, CP2K и MDynaMix[1] .[2] В молекулярная механика расчеты охватывают создание модели, оптимизацию энергопотребления и молекулярная динамика. Светлячок (ранее назывался PC GAMESS)[3][4][5] охватывает широкий спектр квантовая химия методы. Ascalaph Designer - это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом, выпущенный под Стандартная общественная лицензия GNU, версия 2 (GPLv2).[6]
Ключевая особенность
- Молекулярная модель строительство: полимеры, нанотрубки, белки, нуклеиновые кислоты
- ЯНТАРЬ -OPLS силовое поле семья
- Геометрия оптимизация
- Молекулярная динамика
- Квантовая химия
- Гибкий SPC[7] водная модель
Использует
- Нуклеиновые кислоты[8]
- Белки
- Моделирование липидные бислои[9]
- Полиэлектролиты[10]
- Ионные жидкости[11][12]
- Термодинамические свойства жидкостей[13]
- Химическое силовое поле разработка[14]
Смотрите также
- Список программ для моделирования молекулярной механики
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
- Редактор молекул
- Морское ушко
Рекомендации
- ^ А.П. Любарцев, А.Лааксонен (2000). «MDynaMix - масштабируемый портативный пакет параллельного МД моделирования для произвольных молекулярных смесей». Компьютерная физика Коммуникации. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. Дои:10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9.
- ^ А.П. Любарцев, А.Лааксонен (1998). «Параллельное молекулярно-динамическое моделирование биомолекулярных систем». Прикладные параллельные вычисления Крупномасштабные научные и промышленные задачи. Конспект лекций по информатике. 1541. Гейдельберг: Springer Berlin. С. 296–303. Дои:10.1007 / BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8.
- ^ Вычислительная химия, Дэвид Янг, Wiley-Interscience, 2001. Приложение A. A.2.3, стр. 334, GAMESS
- ^ М. В. Шмидт; и другие. (1993). "Общая система атомной и молекулярной электронной структуры". J. Comput. Chem. 14 (11): 1347–1363. Дои:10.1002 / jcc.540141112.
- ^ М. С. Гордон и М. В. Шмидт, Успехи теории электронной структуры: GAMESS десятилетие спустя, в Теория и приложения вычислительной химии, первые 40 лет, К. Э. Дикстра, Г. Френкинг. К. С. Лим и Г. Э. Скузария, Elsevier, Амстердам, 2005.
- ^ http://sourceforge.net/projects/asc-designer/
- ^ Тукан К., Рахман А. (1985). «Молекулярно-динамическое исследование движений атомов в воде». Физический обзор B. 31 (5): 2643–2648. Bibcode:1985ПхРвБ..31.2643Т. Дои:10.1103 / PhysRevB.31.2643.
- ^ Ю. Ченг, Н. Королев и Л. Норденшельд (2006). «Сходства и различия во взаимодействии K+ и Na+ с конденсированной упорядоченной ДНК. Компьютерное моделирование молекулярной динамики ". Исследования нуклеиновых кислот. 34 (2): 686–696. Дои:10.1093 / нар / gkj434. ЧВК 1356527. PMID 16449204.
- ^ К.-Дж. Хёгберг; А. М. Никитин, А. П. Любарцев (2008). «Модификация силового поля CHARMM для липидного бислоя DMPC». Журнал вычислительной химии. 29 (14): 2359–2369. Дои:10.1002 / jcc.20974. PMID 18512235.
- ^ А. Вишняков, А.В. Неймарк (2008). «Особенности сольватации сульфированных полиэлектролитов в воде, диметилметилфосфонате и их смеси: исследование молекулярного моделирования». J. Chem. Phys. 128 (16): 164902. Bibcode:2008ЖЧФ.128п4902В. Дои:10.1063/1.2899327. PMID 18447495.
- ^ Г. Раабе и Й. Кёлер (2008). «Термодинамические и структурные свойства ионных жидкостей на основе имидазолия на основе молекулярного моделирования». J. Chem. Phys. 128 (15): 154509. Bibcode:2008JChPh.128o4509R. Дои:10.1063/1.2907332. PMID 18433237.
- ^ X. Wu; З. Лю; С. Хуанг; В. Ван (2005). «Молекулярно-динамическое моделирование ионно-жидкой смеси [bmim] [BF при комнатной температуре4] и ацетонитрил уточненным силовым полем ». Phys. Chem. Chem. Phys. 7 (14): 2771–2779. Bibcode:2005PCCP .... 7,2771 Вт. Дои:10.1039 / b504681p. PMID 16189592.
- ^ Т. Кузнецова, Б. Квамме (2002). «Термодинамические свойства и межфазное натяжение модельной системы вода – углекислый газ». Phys. Chem. Chem. Phys. 4 (6): 937–941. Bibcode:2002PCCP .... 4..937K. Дои:10.1039 / b108726f.
- ^ ЯВЛЯЮСЬ. Никитин и А.П. Любарцев (2007). "Новый шестиузельный ацетонитрил модель для моделирования жидкого ацетонитрила и его водной смеси ». J. Comput. Chem. 28 (12): 2020–2026. Дои:10.1002 / jcc.20721. PMID 17450554.