Докинг белок-лиганд - Protein–ligand docking

Докинг белок-лиганд это молекулярное моделирование техника. Цель стыковки белок-лиганд - предсказать положение и ориентацию лиганд (небольшая молекула), когда она связана с белок рецептор или фермент.[1] В фармацевтических исследованиях используются методы стыковки для различных целей, в первую очередь виртуальный просмотр больших баз данных доступных химических веществ, чтобы выбрать вероятные кандидаты в лекарства.

Доступно несколько программных приложений для стыковки белок-лиганд, которые вычисляют сайт, геометрию и энергию небольших молекул или пептидов, взаимодействующих с белками, например AutoDock и AutoDock Vina, rDock, FlexAID, Молекулярная операционная среда, и Скольжение.

Гибкость белка

Вычислительные возможности резко возросли за последние два десятилетия, что сделало возможным использование более сложных и требовательных к вычислениям методов в компьютерном дизайне лекарств. Тем не менее, проблема гибкости рецепторов в методологиях стыковки все еще остается сложной.[2] Основная причина этой трудности - большое количество степеней свободы, которые необходимо учитывать при такого рода расчетах. Однако в большинстве случаев игнорирование этого приводит к плохим результатам стыковки с точки зрения прогнозирования позы привязки в реальных условиях.[3] Использование крупнозернистых белковых моделей для решения этой проблемы кажется многообещающим подходом.[2] Крупнозернистые модели часто применяются в случае белок-пептидный докинг, поскольку они часто связаны с крупномасштабными конформационными переходами белок рецептор.[4]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Taylor, R.D .; Jewishbury, PJ; Эссекс, Дж. (2002-03-01). «Обзор методов стыковки белков и малых молекул». Журнал компьютерного молекулярного дизайна. 16 (3): 151–166. Дои:10.1023 / А: 1020155510718. ISSN  1573-4951. PMID  12363215.
  2. ^ а б Antunes, Dinler A; Девор, Дидье; Кавраки, Лидия Э (28.09.2015). «Понимание проблем, связанных с гибкостью белков при разработке лекарств» (PDF). Мнение эксперта об открытии лекарств. 10 (12): 1301–1313. Дои:10.1517/17460441.2015.1094458. HDL:1911/88215. ISSN  1746-0441. PMID  26414598.
  3. ^ Cerqueira, Н. М. Ф. С. А .; Bras, N. F .; Fernandes, P.A .; Рамос, М. Дж. (10 июля 2009 г.). «MADAMM: многоступенчатая стыковка с автоматическим протоколом молекулярного моделирования». Белки: структура, функции и биоинформатика. 74 (1): 192–206. Дои:10.1002 / prot.22146. PMID  18618708.
  4. ^ Ciemny, Maciej; Курчинский, Матеуш; Камель, Кароль; Колинский, Анджей; Алам, Навсад; Шулер-Фурман, Ора; Кмесик, Себастьян (2018-05-04). «Белок-пептидный докинг: возможности и проблемы». Открытие наркотиков сегодня. 23 (8): 1530–1537. Дои:10.1016 / j.drudis.2018.05.006. ISSN  1359-6446. PMID  29733895.

внешняя ссылка

  • БиоЛиП, обширная база данных взаимодействий лиганд-белок