Топоизомераза типа II - Type II topoisomerase

ДНК-топоизомераза II (АТФ-гидролизующий)
Gyr.PNG
Структура 42 кДа фрагмента N-концевой АТФазы и трансдукторных доменов ДНК-гиразы, гомологичной всем другим топоизомеразам типа IIA.
Идентификаторы
Номер ЕС5.6.2.2
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
БРЕНДАBRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
PDB структурыRCSB PDB PDBe PDBsum

Топоизомеразы типа II находятся топоизомеразы которые разрезают обе нити спирали ДНК одновременно, чтобы управлять ДНК путаницы и суперспирали. Они используют гидролиз АТФ, В отличие от Топоизомераза I типа. В этом процессе эти ферменты изменяют номер ссылки кольцевой ДНК на ± 2.

Функция

После разрезания концы ДНК разделяются, и второй дуплекс ДНК пропускается через разрыв. После пассажа разрезанная ДНК повторно лигируется. Эта реакция позволяет топоизомеразам типа II увеличивать или уменьшать связующее число петли ДНК на 2 единицы и способствует распутыванию хромосом. Для реакций увеличения суперспирализации требуются две молекулы АТФ. Например, ДНК-гираза, топоизомераза типа II, наблюдаемая в Кишечная палочка и большинство других прокариоты, вводит отрицательные суперспирали и уменьшает число зацеплений на 2. Gyrase также может удалять узлы с бактериальная хромосома. Наряду с гиразой большинство прокариот также содержат топоизомеразу второго типа IIA, называемую топоизомеразой IV. Гираза и топоизомераза IV различаются своими С-концевыми доменами, что, как полагают, определяет субстратную специфичность и функциональность этих двух ферментов. Футпринтинг указывает на то, что гираза, которая образует след из 140 пар оснований и обертывает ДНК, вносит отрицательные суперспирали, в то время как топоизомераза IV, которая формирует след из 28 пар оснований, не обертывает ДНК.

Топоизомераза эукариот типа II не может создавать суперспирали; это может только расслабить их.

Роль топоизомераз типа IIB менее изучена. В отличие от топоизомераз типа IIA, топоизомеразы типа IIB не могут упростить топологию ДНК (см. Ниже), но они имеют несколько общих структурных особенностей с топоизомеразами типа IIA.

Упрощение топологии

Топоизомеразы типа IIA важны для разделения запутанных дочерних цепей во время репликации. Считается, что эту функцию выполняет топоизомераза II у эукариот и топоизомераза IV у прокариот. Неспособность разделить эти нити приводит к гибели клеток. Топоизомеразы типа IIA обладают особой способностью релаксировать ДНК до состояния ниже термодинамического равновесия, в отличие от топоизомераз типа IA, IB и IIB. Эта способность, известная как упрощение топологии, была впервые обнаружена Рыбенковым и др.[1] Гидролиз АТФ способствует этому упрощению, но четкого молекулярного механизма для этого упрощения все еще нет. Было предложено несколько моделей для объяснения этого явления, в том числе две модели, которые полагаются на способность топоизомераз типа IIA распознавать изогнутые дуплексы ДНК.[2] Биохимия, электронная микроскопия и недавние структуры топоизомеразы II, связанной с ДНК, показывают, что топоизомеразы типа IIA связываются на вершинах ДНК, что подтверждает эту модель.

Классификация

Существует два подкласса топоизомераз типа II, типа IIA и IIB.

  • Топоизомеразы типа IIA включают ферменты ДНК-гираза, эукариотическая топоизомераза II (topo II) и бактериальная топоизомераза IV (топо IV). Эти ферменты охватывают все сферы жизни и необходимы для функционирования.[3]
  • Топоизомеразы типа IIB структурно и биохимически различаются и включают единственного члена семейства, топоизомеразу VI (topo VI). Топоизомеразы типа IIB обнаружены у архей и некоторых высших растений.

У некоторых организмов есть две изоформы топоизомеразы II: альфа и бета. В раки, топоизомераза II-альфа высоко экспрессируется в сильно пролиферирующих клетках. При некоторых видах рака, таких как опухоли оболочек периферических нервов, высокая экспрессия кодируемого им белка также связана с плохой выживаемостью пациентов.

Два класса топоизомераз обладают схожим механизмом прохождения цепи и доменной структурой (см. Ниже), однако у них также есть несколько важных различий. Топоизомеразы типа IIA образуют двухцепочечные разрывы с выступами из четырех пар оснований, тогда как топоизомеразы типа IIB образуют двухцепочечные разрывы с двумя выступами оснований.[4] Кроме того, топоизомеразы типа IIA способны упростить топологию ДНК,[1] в то время как топоизомеразы типа IIB - нет.[5]

Структура

Тип IIA

Схематическая структура гиразы, ориентированной вверх ногами, по сравнению с другими примерами в этой статье.
Структура дрожжевой топоизомеразы II, связанной с 34-мерным дуплексом ДНК с двойным разрывом (PDB: 2RGR). Фальца Toprim окрашена в голубой цвет; ДНК окрашена в оранжевый цвет; HTH окрашен в пурпурный цвет; и C-образный элемент окрашен в фиолетовый цвет. Обратите внимание, что ДНК изогнута на ~ 160 градусов из-за инвариантного изолейцина (Ile833 у дрожжей).

Топоизомеразы типа IIA состоят из нескольких ключевых мотивов:

  • N-концевой GHKL АТФаза домен (для гиразы, Hsp, киназы и MutL),
  • а Домен Toprim (а Россманн фолд подкласс), который существует как в топоизомеразах типа II, так и в топоизомеразах типа IA и бактериальной примазе (DnaG),
  • центральное ДНК-связывающее ядро ​​(которое структурно образует структуру в форме сердца), и
  • вариабельный С-концевой домен.

Топоизомеразы эукариот II типа являются гомодимерами (A2), а прокариотические топоизомеразы II типа - гетеротетрамеры (A2B2). Прокариоты имеют домен АТФазы и складку Топрим на одном полипептиде (Pfam PF00204 ), в то время как ядро ​​расщепления ДНК и CTD лежит на втором полипептиде (Pfam PF00521 ). Для гиразы первый полипептид называется GyrB, а второй полипептид называется GyrA. Для topo IV первый полипептид называется ParE, а второй полипептид - ParC. Обе сигнатуры Pfam обнаружены в одноцепочечной эукайотической топоизомеразе.

Структуры N-концевого АТФазного домена гиразы[6] и дрожжевая топоизомераза II[7] были решены в комплексе с AMPPNP (аналог АТФ), показывая, что два домена АТФазы димеризуются с образованием замкнутой конформации. Для гираза в структуре есть значительное отверстие в середине, которое, как предполагается, предназначено для размещения Т-образного сегмента.

Связывание домена АТФазы со складкой Toprim представляет собой спиральный элемент, известный как домен-преобразователь. Считается, что этот домен сообщает о нуклеотидном состоянии домена АТФазы остальной части белка. Модификации этого домена влияют на активность топоизомеразы, а структурная работа, проделанная группой Verdine, показывает, что состояние АТФ влияет на ориентацию домена-преобразователя.[8]

Центральное ядро ​​белка содержит складку Toprim и ДНК-связывающее ядро, которое содержит домен крылатой спирали (WHD), часто называемый доменом CAP, поскольку он был впервые идентифицирован как похожий на WHD белка-активатора катаболита. Каталитический тирозин находится на этом WHD. Фолда Топрим - это складка Россмана, которая содержит три инвариантных кислотных остатка, которые координируют ионы магния, участвующие в расщеплении ДНК и лигировании ДНК.[9] Строение складки Toprim и ДНК-связывающего ядра дрожжевой топоизомеразы II было впервые решено Бергером и Вангом,[10] и первое ДНК-связывающее ядро ​​гиразы было решено Morais Cabral et al.[11] Структура, решенная Бергером, позволила получить важные сведения о функции фермента. ДНК-связывающее ядро ​​состоит из WHD, которая ведет к башенному домену. Область спиральной катушки ведет к С-концевому домену, который формирует главный интерфейс димера для этого кристаллического состояния (часто называемого С-затвором). В то время как исходная структура топоизомеразы II показывает ситуацию, когда WHD разделены большим расстоянием, структура гиразы показывает закрытую конформацию, где WHD близки.

Ядро топоизомеразы II было позже решено в новых конформациях, в том числе Fass et al.[12] и один Донг и др.[13] Структура Fass показывает, что домен Toprim является гибким и что эта гибкость может позволить домену Toprim координироваться с WHD с образованием компетентного комплекса расщепления. В конечном итоге это было подтверждено Dong et al. структура, которая была решена в присутствии ДНК. Эта последняя структура показала, что домен Toprim и WHD образуют комплекс расщепления, очень похожий на комплекс топоизомераз типа IA, и указали, как ДНК-связывание и расщепление могут быть разъединены, а структура показала, что ДНК изогнута на ~ 150 градусов через инвариантный изолейцин (в топоизомеразе II это I833, а в гиразе I172). Этот механизм изгиба очень похож на механизм интеграции фактора хозяина (IHF) и HU, двух архитектурных белков у бактерий. Кроме того, в то время как предыдущие структуры ДНК-связывающего ядра имели закрытые ворота C, эта структура захватила ворота открытыми, что является ключевым этапом в механизме двух ворот (см. Ниже).

Совсем недавно было решено несколько структур связанных с ДНК структур в попытке понять как химический механизм расщепления ДНК, так и структурную основу ингибирования топоизомеразы антибактериальными ядами. Первая полная архитектура Кишечная палочка ДНК-гираза была обнаружена с помощью криоэлектронной микроскопии с разрешением, близким к атомному.[14] Нуклеопротеиновый комплекс был захвачен длинным дуплексом ДНК и гепотидацином, новым ингибитором бактериальной топоизомеразы.

С-концевая область прокариотических топоизомераз была определена для многих видов. Первая структура C-концевого домена гиразы была решена Corbett et al.[15] и C-концевой домен топоизомеразы IV был решен Corbett et al.[5] Эти структуры сформировали новый бета-ствол, который изгибает ДНК, оборачивая вокруг себя нуклеиновую кислоту. Изгиб ДНК под действием гиразы был предложен в качестве ключевого механизма способности гиразы вводить в ДНК отрицательные суперспирали. Это согласуется с данными следа, которые показывают, что гираза имеет след 140 пар оснований. CTD как гиразы, так и топоизомеразы IV изгибают ДНК, но только гираза вводит отрицательные суперспирали.

В отличие от функции C-концевого домена прокариотических топоизомераз, функция C-концевого участка эукариотической топоизомеразы II до сих пор не ясна. Исследования показали, что эта область регулируется фосфорилированием, и это модулирует активность топоизомеразы, однако для изучения этого необходимы дополнительные исследования.

Тип IIB

Структура топо VI (PDB: 2Q2E) В ориентации, аналогичной примеру дрожжей. Цепочки окрашены по-разному. Домен Toprim расположен вверху, а домен АТФазы - внизу; каждый образует ворота ДНК.

Организация топоизомераз типа IIB аналогична организации типа IIA, за исключением того, что все типы IIB имеют два гена и образуют гетеротетрамеры. Один ген, названный topo VI-B (так как он похож на gyrB), содержит домен АТФазы, домен-преобразователь (Pfam PF09239 ), и C-концевой Ig-фолд-подобный H2TH домен (Pfam PF18000 ). Второй ген, названный topo VI-A (Pfam PF04406 ), содержит WHD и домен Toprim.

АТФазный домен topo VI B был расшифрован в множественных нуклеотидных состояниях.[16] Он очень похож на домен GHKL topo II и MutL и показывает, что состояние нуклеотида (АДФ по сравнению с АТФ) влияет на ориентацию домена-преобразователя (и 1MX0).

Структура топо VI-A была решена Bergerat et al.[17] показывая, что складки HTH и Toprim имели новую конформацию по сравнению с конформацией topo IIA.

Недавно была решена структура комплекса topo VI A / B, показывающая открытую и закрытую конформации, два состояния, которые предсказываются в механизме двух ворот (см. Ниже). Эти структуры, одна из которых представляет собой рентгеновскую кристаллическую структуру, а другая - реконструкцию малоуглового рентгеновского рассеяния (SAXS), показывают, что домен АТФазы может быть как открытым, так и закрытым.[18]

Механизм действия

Прямой переход

Топоизомераза типа IIA действует через механизм «двух ворот» (хотя это историческое обозначение), механизм, поддерживаемый биохимией.[19] а также структурными работами.[20]

Нить ДНК, называемая воротами, или G-сегментами, связана с центральными воротами связывания ДНК (ДНК-воротами). Вторая цепь ДНК, называемая транспортной, или Т-сегментом, захватывается димеризацией N-концевого домена АТФазы (ворота АТФазы), когда две молекулы АТФ связываются. Гидролиз АТФ и высвобождение неорганического фосфата приводит к расщеплению G-сегмента, поскольку каталитические тирозины образуют ковалентную фосфотирозиновую связь с 5'-концом ДНК. Это создает выступ из четырех оснований и двухцепочечный разрыв в G-сегменте. Когда ворота связывания ДНК отделяются, Т-сегмент переносится через G-сегмент. G-сегмент герметичен, что приводит к открытию ворот C-терминала (или C-образного элемента), что позволяет освободить T-сегмент. Выпуск ADP продукта приводит к перезагрузке системы и позволяет захватить второй T-сегмент.

Топоизомеразы типа IIB действуют аналогичным образом, за исключением того, что белок образует выступ из двух оснований в G-сегменте, а С-концевой гейт полностью отсутствует.

Расщепление ДНК

В механизме пассажа цепочки расщепление ДНК является ключевым фактором, позволяющим Т-сегменту проходить через G-сегмент. Механизм расщепления ДНК топоизомеразами типа IIA недавно был в центре внимания многих биохимических и структурно-биологических исследований.

Цепочка

Цепочка это процесс, с помощью которого две кольцевые нити ДНК соединяются вместе как звенья цепи. Это происходит после репликации ДНК, когда две одиночные нити сцеплены и все еще могут реплицироваться, но не могут разделиться на две дочерние клетки. Поскольку топоизомеры типа II разрывают двойную цепь, они могут исправить это состояние (топоизомеразы типа I могут сделать это, только если уже имеется одноцепочечный разрыв), и правильное число хромосом может остаться в дочерних клетках. Линейная ДНК в эукариоты так долго, что их можно рассматривать как бесконечные; топоизомеразы типа II необходимы по той же причине.

Торможение

Небольшие молекулы, нацеленные на топоизомеразу типа II, делятся на два класса: ингибиторы и яды. Из-за их частого присутствия в пролиферирующих эукариотических клетках ингибиторы топоизомераз типа II широко изучаются и используются в качестве противораковых препаратов.[21]

  • Ингибиторы топоизомеразы типа II включают: HU-331, ICRF-187, ICRF-193, и митиндомид. Эти молекулы действуют путем ингибирования активности АТФазы, действуя как неконкурентные ингибиторы АТФ. Это было показано структурными исследованиями.[7] и биохимические исследования, проведенные группой Линдсли.
  • Яды топоизомераз типа II включают: этопозид, новобиоцин, хинолоны (включая ципрофлоксацин ), и тенипозид. Эти небольшие молекулы нацелены на комплекс ДНК-белок. Некоторые из этих молекул приводят к усиленному расщеплению, тогда как другие, такие как этопозид, ингибируют религирование.

Экспериментальный противоопухолевый препарат м-AMSA (4 '- (9'-акридиниламино) метансульфон-м-анизидид) также ингибирует топоизомеразу 2 типа.[22]

Яды топоизомеразы широко используются как в противораковой, так и в антибактериальной терапии. Хотя антибактериальные соединения, такие как ципрофлоксацин, нацелены на бактериальную гиразу, они не могут ингибировать эукариотический топоизомеразы типа IIA. Кроме того, устойчивые к лекарствам бактерии часто имеют точечную мутацию в гираза (Serine79Alanine в E. coli), который делает хинолоны неэффективными.[нужна цитата ] Недавние структурные исследования привели к открытию соединения, которое больше не зависит от этого остатка и, следовательно, имеет эффективность против устойчивых к лекарствам бактерий.[нужна цитата ]

Бактериофаг Т4 гираза

Гираза бактериофага (фага) Т4 (топоизмераза типа II) представляет собой мультисубъединичный белок, состоящий из продуктов генов 39, 52 и, вероятно, 60.[23][24] Он катализирует расслабление отрицательно или положительно сверхспиральной ДНК и используется в фаге. Репликация ДНК во время заражения Кишечная палочка бактериальный хозяин.[25] Белок гена 52 фага гомологичен белку Кишечная палочка субъединица gyrase gyrA[26] и белок гена фага 39 имеет гомологию с субъединицей gyr B.[27] Поскольку хозяин Кишечная палочка ДНК-гираза может частично компенсировать потерю продуктов гена фага Т4, мутанты, дефектные по генам 39, 52 или 60, не полностью отменяют репликацию фаговой ДНК, а скорее задерживают ее начало.[25] Скорость удлинения ДНК при таких мутантных инфекциях не ниже, чем у дикого типа.[28] Мутанты, дефектные по генам 39, 52 или 60, показывают повышенное генетическая рекомбинация а также увеличение количества замен и делеций оснований мутация предполагая, что синтез ДНК с компенсацией хозяина менее точен, чем управляемый фагом дикого типа.[29] Мутант, дефектный по гену 39, проявляет повышенную чувствительность к инактивации ультрафиолетовый облучение на стадии фаговой инфекции после инициации репликации ДНК при множественных копиях фага хромосома присутствуют.[30] Мутанты, дефектные по генам 39, 52 и 60, обладают пониженной способностью выполнять реактивацию множественности, форму рекомбинационной репарации, которая может иметь дело с различными типами повреждений ДНК.[31] Гираза, заданная геномом неинфицированных Кишечная палочка также, по-видимому, участвует в рекомбинационной репарации, обеспечивая точку инициации для обмена реципрокной цепи, управляемого белком RecA.[32]

Рекомендации

  1. ^ а б Рыбенков В.В., Ульспергер С., Вологодский А.В., Коццарелли Н.Р. (август 1997 г.). «Упрощение топологии ДНК ниже равновесных значений за счет топоизомераз типа II». Наука. Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. 277 (5326): 690–3. Дои:10.1126 / science.277.5326.690. PMID  9235892.
  2. ^ Вологодский А.В., Чжан В., Рыбенков В.В., Подтележников А.А., Субраманиан Д., Гриффит Д.Д., Коццарелли Н.Р. (март 2001 г.). «Механизм упрощения топологии ДНК-топоизомеразами II типа». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 98 (6): 3045–9. Bibcode:2001PNAS ... 98.3045V. Дои:10.1073 / pnas.061029098. ЧВК  30604. PMID  11248029.
  3. ^ Рис Р.Дж., Максвелл А. (январь 1991 г.). «ДНК-гираза: структура и функции». Критические обзоры в биохимии и молекулярной биологии. 26 (3–4): 335–75. Дои:10.3109/10409239109114072. PMID  1657531.
  4. ^ Бюлер C, Леббинк JH, Bocs C, Ladenstein R, Forterre P (октябрь 2001 г.). «ДНК-топоизомераза VI генерирует АТФ-зависимые двухцепочечные разрывы с двухнуклеотидными выступами». Журнал биологической химии. 276 (40): 37215–22. Дои:10.1074 / jbc.M101823200. PMID  11485995. S2CID  24354635.
  5. ^ а б PDB: 1звт​; Корбетт К.Д., Шеффлер А.Д., Томсен Н.Д., Бергер Дж. М. (август 2005 г.). «Структурные основы субстратной специфичности ДНК-топоизомеразы IV». Журнал молекулярной биологии. 351 (3): 545–61. Дои:10.1016 / j.jmb.2005.06.029. PMID  16023670.
  6. ^ Вигли Д.Б., Дэвис Г.Дж., Додсон Э.Дж., Максвелл А., Додсон Г. (июнь 1991 г.). «Кристаллическая структура N-концевого фрагмента белка ДНК-гиразы B». Природа. 351 (6328): 624–9. Bibcode:1991 Натур.351..624Вт. Дои:10.1038 / 351624a0. PMID  1646964. S2CID  4373125.
  7. ^ а б PDB: 1ПВГ​; Классен С., Олланд С., Бергер Дж. М. (сентябрь 2003 г.). «Структура области АТФазы топоизомеразы II и ее механизм ингибирования химиотерапевтическим агентом ICRF-187». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 100 (19): 10629–34. Bibcode:2003PNAS..10010629C. Дои:10.1073 / pnas.1832879100. ЧВК  196855. PMID  12963818.
  8. ^ Вэй Х, Рутенбург А.Дж., Бечис СК, Вердин Г.Л. (ноябрь 2005 г.). «Нуклеотид-зависимое перемещение домена в АТФазном домене топоизомеразы ДНК типа IIA человека». Журнал биологической химии. 280 (44): 37041–7. Дои:10.1074 / jbc.M506520200. PMID  16100112. S2CID  35186716.
  9. ^ Аравинд Л., Лейпе Д.Д., Кунин Е.В. (сентябрь 1998 г.). «Топрим - консервативный каталитический домен в топоизомеразах типа IA и II, примазах типа DnaG, нуклеазах семейства OLD и белках RecR». Исследования нуклеиновых кислот. 26 (18): 4205–13. Дои:10.1093 / nar / 26.18.4205. ЧВК  147817. PMID  9722641.
  10. ^ PDB: 1BGW​; Бергер Дж. М., Гамблин С. Дж., Харрисон С. К., Ван Дж. К. (январь 1996 г.). «Структура и механизм ДНК-топоизомеразы II». Природа. 379 (6562): 225–32. Bibcode:1996Натура 379..225Б. Дои:10.1038 / 379225a0. PMID  8538787. S2CID  4360011.
  11. ^ PDB: 1AB4​; Мораис Кабрал Дж. Х., Джексон А. П., Смит К. В., Шикотра Н., Максвелл А., Лиддингтон Р. К. (август 1997 г.). «Кристаллическая структура домена разрыва-воссоединения ДНК-гиразы». Природа. 388 (6645): 903–6. Bibcode:1997Натура.388..903М. Дои:10.1038/42294. PMID  9278055. S2CID  4320715.
  12. ^ PDB: 1BJT​; Фасс Д., Богден С.Э., Бергер Дж. М. (апрель 1999 г.). «Четвертичные изменения в топоизомеразе II могут направлять ортогональное движение двух цепей ДНК». Структурная биология природы. 6 (4): 322–6. Дои:10.1038/7556. PMID  10201398. S2CID  947461.
  13. ^ PDB: 2RGR​; Донг К.С., Бергер Дж. М. (декабрь 2007 г.). «Структурная основа для распознавания ворот-ДНК и изгиба топоизомеразами типа IIA». Природа. 450 (7173): 1201–5. Bibcode:2007Натура.450.1201D. Дои:10.1038 / природа06396. PMID  18097402. S2CID  1756317.
  14. ^ Ванден Брок А., Лотц С., Ортис Дж., Ламур В. (октябрь 2019 г.). «Крио-ЭМ структура полного комплекса нуклеопротеидов ДНК-гиразы E. coli». Nature Communications. 10 (1): 4935. Bibcode:2019НатКо..10.4935V. Дои:10.1038 / s41467-019-12914-у. ЧВК  6821735. PMID  31666516.
  15. ^ PDB: 1ГУ​; Корбетт К.Д., Шульцабергер Р.К., Бергер Дж.М. (май 2004 г.). «С-концевой домен ДНК-гиразы А принимает изгибающуюся ДНК складку бета-вертушки». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (19): 7293–8. Bibcode:2004PNAS..101.7293C. Дои:10.1073 / pnas.0401595101. ЧВК  409912. PMID  15123801.
  16. ^ PDB: 1MU5​; Корбетт К.Д., Бергер Дж. М. (январь 2003 г.). «Структура субъединицы топоизомеразы VI-B: значение для механизма и эволюции топоизомеразы типа II». Журнал EMBO. 22 (1): 151–63. Дои:10.1093 / emboj / cdg008. ЧВК  140052. PMID  12505993.
  17. ^ Бергерат А., де Масси Б., Гадель Д., Варутас П.С., Николас А., Фортер П. (март 1997 г.). «Атипичная топоизомераза II из архей с последствиями для мейотической рекомбинации». Природа. 386 (6623): 414–7. Bibcode:1997Натура.386..414Б. Дои:10.1038 / 386414a0. PMID  9121560. S2CID  4327493.
  18. ^ PDB: 2Q2E​; Корбетт К.Д., Бенедетти П., Бергер Дж. М. (июль 2007 г.). «Сборка голоэнзима и АТФ-опосредованная конформационная динамика топоизомеразы VI». Структурная и молекулярная биология природы. 14 (7): 611–9. Дои:10.1038 / nsmb1264. PMID  17603498. S2CID  2159631.
  19. ^ Рока Дж., Ван Дж. К. (май 1994 г.). «Транспортировка ДНК с помощью топоизомеразы ДНК типа II: свидетельство в пользу механизма с двумя воротами». Клетка. 77 (4): 609–16. Дои:10.1016/0092-8674(94)90222-4. PMID  8187179. S2CID  19776252.
  20. ^ Бергер Дж. М., Ван Дж. К. (февраль 1996 г.). «Последние разработки в структуре и механизме ДНК-топоизомеразы II». Текущее мнение в структурной биологии. 6 (1): 84–90. Дои:10.1016 / s0959-440x (96) 80099-6. PMID  8696977.
  21. ^ Альбертс Б. (18 ноября 2014 г.). Молекулярная биология клетки (Шестое изд.). Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. ISBN  978-0-8153-4432-2. OCLC  887605755.
  22. ^ Уиллмор Э., де Ко С., Сантер Нью-Джерси, Тилби М.Дж., Джексон Г.Х., Остин, Калифорния, Дуркач, Б.В. (июнь 2004 г.). «Новый ингибитор ДНК-зависимой протеинкиназы, NU7026, усиливает цитотоксичность ядов топоизомеразы II, используемых при лечении лейкемии». Кровь. 103 (12): 4659–65. Дои:10.1182 / кровь-2003-07-2527. PMID  15010369.
  23. ^ Лю Л.Ф., Лю CC, Альбертс Б.М. (октябрь 1979 г.). «ДНК-топоизомераза Т4: новый АТФ-зависимый фермент, необходимый для инициации репликации ДНК бактериофага Т4». Природа. 281 (5731): 456–61. Bibcode:1979Натура.281..456л. Дои:10.1038 / 281456a0. PMID  226889. S2CID  4343962.
  24. ^ Стетлер Г.Л., Кинг Г.Дж., Хуанг В.М. (август 1979 г.). «Белки задержки ДНК Т4, необходимые для специфической репликации ДНК, образуют комплекс, обладающий АТФ-зависимой ДНК-топоизомеразной активностью». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 76 (8): 3737–41. Bibcode:1979PNAS ... 76.3737S. Дои:10.1073 / pnas.76.8.3737. ЧВК  383908. PMID  226976.
  25. ^ а б Маккарти Д. (январь 1979 г.). «Гираза-зависимая инициация репликации ДНК бактериофага Т4: взаимодействия гиразы Escherichia coli с новобиоцином, кумермицином и продуктами гена задержки ДНК фага». Журнал молекулярной биологии. 127 (3): 265–83. Дои:10.1016/0022-2836(79)90329-2. PMID  372540.
  26. ^ Хуан WM (сентябрь 1986 г.). «52-белковая субъединица ДНК-топоизомеразы Т4 гомологична gyrA-белку гиразы». Исследования нуклеиновых кислот. 14 (18): 7379–90. ЧВК  311757. PMID  3020513.
  27. ^ Хуан WM (октябрь 1986 г.). «Нуклеотидная последовательность гена топоизомеразы ДНК типа II. Ген T4 бактериофага 39». Исследования нуклеиновых кислот. 14 (19): 7751–65. Дои:10.1093 / nar / 14.19.7751. ЧВК  311794. PMID  3022233.
  28. ^ Маккарти Д., Миннер С., Бернштейн Н., Бернштейн С. (октябрь 1976 г.). «Скорость удлинения ДНК и распределение точек роста фага Т4 дикого типа и янтарного мутанта с задержкой ДНК». Журнал молекулярной биологии. 106 (4): 963–81. Дои:10.1016/0022-2836(76)90346-6. PMID  789903.
  29. ^ Муфтий С., Бернштейн Х (октябрь 1974 г.). «Задерживающие ДНК мутанты бактериофага Т4». Журнал вирусологии. 14 (4): 860–71. Дои:10.1128 / JVI.14.4.860-871.1974. ЧВК  355592. PMID  4609406.
  30. ^ Хайман П. (август 1993 г.). «Генетика эффекта Луриа-Латарджета в бактериофаге T4: доказательства участия множественных путей репарации ДНК». Генетические исследования. 62 (1): 1–9. Дои:10,1017 / с0016672300031499. PMID  8405988.
  31. ^ Miskimins R, Schneider S, Johns V, Bernstein H (июнь 1982). «Участие топоизомеразы в реактивации множественности фага Т4». Генетика. 101 (2): 157–77. ЧВК  1201854. PMID  6293912.
  32. ^ Кассуто Э (сентябрь 1984 г.). «Образование ковалентно замкнутой гетеродуплексной ДНК за счет комбинированного действия гиразы и белка RecA». Журнал EMBO. 3 (9): 2159–64. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1984.tb02106.x. ЧВК  557658. PMID  6092061.

дальнейшее чтение

  • Ван Дж.С. (июнь 2002 г.). «Клеточные роли топоизомераз ДНК: молекулярная перспектива». Обзоры природы. Молекулярная клеточная биология. 3 (6): 430–40. Дои:10.1038 / nrm831. PMID  12042765. S2CID  205496065.

внешняя ссылка