АТФ-фосфорибозилтрансфераза - Википедия - ATP phosphoribosyltransferase

АТФ фосфорибозилтрансфераза
4yb6.jpg
Гексамер АТФ-фосфорибозилтрансферазы, Campylobacter jejuni
Идентификаторы
Номер ЕС2.4.2.17
Количество CAS9031-46-3
Базы данных
IntEnzПросмотр IntEnz
БРЕНДАBRENDA запись
ExPASyПросмотр NiceZyme
КЕГГЗапись в KEGG
MetaCycметаболический путь
ПРИАМпрофиль
PDB структурыRCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтологияAmiGO / QuickGO
АТФ фосфорибозилтрансфераза
PDB 1h3d EBI.jpg
структура атр-фосфорибозилтрансферазы e.coli
Идентификаторы
СимволHisG
PfamPF01634
Pfam кланCL0177
ИнтерПроIPR013820
PROSITEPDOC01020
SCOP21nh8 / Объем / СУПФАМ
HisG, C-концевой домен
PDB 1nh8 EBI.jpg
atp-фосфорибозилтрансфераза (atp-prtase) из микобактерий туберкулеза в комплексе с amp и гистидином
Идентификаторы
СимволHisG_C
PfamPF08029
Pfam кланCL0089
ИнтерПроIPR013115

В энзимология, АТФ фосфорибозилтрансфераза (EC 2.4.2.17 ) является фермент который катализирует то химическая реакция

1- (5-фосфо-D-рибозил) -АТФ + дифосфат АТФ + 5-фосфо-альфа-D-рибозо-1-дифосфат

Таким образом, два субстраты этого фермента 1- (5-фосфо-D-рибозил) -АТФ и дифосфат, а его два товары находятся АТФ и 5-фосфо-альфа-D-рибоза 1-дифосфат.

Этот фермент принадлежит к семейству гликозилтрансферазы, в частности пентозилтрансферазы. В систематическое название этого класса ферментов 1- (5-фосфо-D-рибозил) -АТФ: дифосфатфосфо-альфа-D-рибозил-трансфераза. Другие широко используемые имена включают фосфорибозил-АТФ пирофосфорилаза, аденозинтрифосфатфосфорибозилтрансфераза, фосфорибозиладенозинтрифосфат: пирофосфат, фосфорибозилтрансфераза, фосфорибозил АТФ синтетаза, фосфорибозил АТФ: пирофосфатфосфорибозилтрансфераза, фосфорибозил-АТФ: пирофосфат-фосфорибозил фосфотрансфераза, фосфорибозиладенозинтрифосфатпирофосфорилаза, и фосфорибозиладенозинтрифосфатсинтетаза.

Этот фермент катализирует первый шаг в биосинтез из гистидин в бактерии, грибы и растения. Это член более крупного фосфорибозилтрансфераза надсемейство ферменты который катализировать конденсация 5-фосфо-альфа-D-рибозо-1-дифосфата с азотистые основания в присутствии двухвалентный металл ионы.[1]

Биосинтез гистидина - энергетически затратный процесс, и активность АТФ-фосфорибозилтрансферазы подлежит контролю на нескольких уровнях. Транскрипционная регуляция основан прежде всего на питательное вещество условий и определяет количество фермента, присутствующего в клетке, в то время как ингибирование обратной связи быстро модулирует активность в ответ на сотовый условия. Было показано, что фермент ингибируется 1- (5-фосфо-D-рибозил) -АТФ, гистидин, ppGpp (сигнал, связанный с неблагоприятными условиями окружающей среды) и ADP и AMP (которые отражают общую энергия статус ячейки). Поскольку этот путь биосинтеза гистидина присутствует только в прокариоты, растения и грибов, этот фермент является многообещающей мишенью для разработки новых противомикробный соединения и гербициды.

Фосфорибозилтрансфераза АТФ встречается в двух различных формах: длинная форма, содержащая два каталитический домены и С-концевой регуляторный домен, и короткая форма, в которой регуляторный домен отсутствует. Полная форма каталитически компетентный, но в организмы в краткой форме гистидил-тРНК синтетаза паралог, HisZ, требуется для ферментная активность.[2]

В структуры ферментов длинной формы из кишечная палочка и Микобактерии туберкулеза были определены.[3][4] Взаимопревращение между различными формами в значительной степени обратимо и зависит от связывания природных субстраты и ингибиторы фермента. Два каталитический домены связаны двухцепочечным бета-лист и вместе образуют "периплазматический связывающий белок "складка". Щель между этими доменами содержит активный сайт. С-концевой домен не принимает непосредственного участия в катализе, но, по-видимому, участвует в образовании гексамеров, вызванном связыванием ингибиторы такие как гистидин к ферменту, таким образом регулируя активность.

Структурные исследования

На конец 2007 г. 10 структуры были решены для этого класса ферментов, с PDB коды доступа 1H3D, 1NH7, 1NH8, 1O63, 1O64, 1Q1K, 1USY, 1VE4, 1Z7M, и 1Z7N.

Рекомендации

  1. ^ Sinha SC, Smith JL (декабрь 2001 г.). «Семейство белков PRT». Curr. Мнение. Struct. Биол. 11 (6): 733–9. Дои:10.1016 / S0959-440X (01) 00274-3. PMID  11751055.
  2. ^ Сисслер М., Делорм С., Бонд Дж., Эрлих С.Д., Рено П., Франклин С. (август 1999 г.). «Паралог аминоацил-тРНК синтетазы с каталитической ролью в биосинтезе гистидина». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 96 (16): 8985–90. Bibcode:1999PNAS ... 96.8985S. Дои:10.1073 / пнас.96.16.8985. ЧВК  17719. PMID  10430882.
  3. ^ Локамп Б., Макдермотт Дж., Кэмпбелл С.А., Коггинс Дж. Р., Лапторн А.Дж. (февраль 2004 г.). «Структура АТФ-фосфорибозилтрансферазы Escherichia coli: определение сайтов связывания субстрата и способ ингибирования АМФ». J. Mol. Биол. 336 (1): 131–44. Дои:10.1016 / j.jmb.2003.12.020. PMID  14741209.
  4. ^ Чо Й, Шарма В., Саккеттини Дж. К. (март 2003 г.). «Кристаллическая структура фосфорибозилтрансферазы АТФ из Mycobacterium tuberculosis». J. Biol. Chem. 278 (10): 8333–9. Дои:10.1074 / jbc.M212124200. PMID  12511575.

дальнейшее чтение

  • АМЕС Б.Н., МАРТИН Р.Г., ГАРРИ Б.Д. (1961). «Первый шаг биосинтеза гистидина». J. Biol. Chem. 236: 2019–26. PMID  13682989.
  • Мартин Р.Г. (1963). «Фосфоролиз нуклеозидов костным мозгом кролика: природа подавления обратной связи гистидином». J. Biol. Chem. 238: 257–268.
  • Волл MJ, Appella E, Martin RG (1967). «Очистка и изучение состава фосфорибозиладенозинтрифосфата: пирофосфатфосфорибозилтрансферазы, первого фермента биосинтеза гистидина». J. Biol. Chem. 242 (8): 1760–7. PMID  5337591.
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR013820
Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR013115