Ингибитор рибонуклеазы - Ribonuclease inhibitor

Повторение, богатое лейцином
2bnh topview.png
Вид сверху на ингибитор свиной рибонуклеазы, показывающий его форму подковы.[1] Внешний слой состоит из α-спирали и внутренний слой параллельные β-тяжи. Внутренний и внешний диаметры составляют примерно 2,1 нм и 6,7 нм соответственно.
Идентификаторы
СимволLRR_1
PfamPF00560
Pfam кланCL0022
ИнтерПроIPR003590
УМНАЯSM00368
SCOP21 млрд / Объем / СУПФАМ

Ингибитор рибонуклеазы (ИР) большой (~ 450 остатков, ~ 49 кДа), кислый (pI ~ 4,7), богатый лейцином повтор белок что образует чрезвычайно тесные комплексы с определенными рибонуклеазы. Это основной клеточный белок, составляющий ~ 0,1% от всего клеточного белка по весу, и, по-видимому, играет важную роль в регулировании продолжительности жизни РНК.[2]

RI имеет удивительно высокий цистеин содержание (~ 6,5%, сравните 1,7% в типичных белках) и чувствителен к окислению. RI также богат лейцин (21,5% по сравнению с 9% в типичных белках) и соразмерно ниже в других гидрофобных остатках, особенно. валин, изолейцин, метионин, тирозин, и фенилаланин.

Структура

Ингибитор свиной рибонуклеазы, вид сбоку;[1] лента окрашена в синий цвет (N-конец ) в красный (C-конец ).

RI - классический белок с высоким содержанием лейцина, состоящий из чередующихся α-спирали и β-тяжи вдоль его позвоночника. Эти вторичная структура элементы закручены в изогнутый правый соленоид, напоминающий подкова. Параллельные β-тяжи и α-спирали образуют внутреннюю и внешнюю стенки подковы соответственно. Похоже, что конструкция стабилизирована заглубленным аспарагины в основании каждого витка, когда он переходит от α-спирали к β-нити. Повторы αβ чередуются между 28 и 29 остатками в длину, эффективно формируя единицу из 57 остатков, которая соответствует его генетической структуре (каждый экзон коды для единицы с 57 остатками).

Связывание с рибонуклеазами

Рибонуклеаза I (желтый) и ингибитор (розовые спирали) комплексный гетеротетрамер, Human.

В близость РИ для рибонуклеаз - одно из самых высоких среди всех белок-белковое взаимодействие; то константа диссоциации РИ-РНКаза А комплекс находится в фемтомолярный (fM) в физиологических условиях, в то время как для RI-ангиогенин комплекс менее 1 фМ. Несмотря на это высокое сродство, RI способен связывать широкий спектр РНКаз A, несмотря на их относительно низкую идентичность последовательности. Оба биохимических исследования и кристаллографический структуры комплексов RI-РНКаза A предполагают, что взаимодействие в значительной степени регулируется электростатический взаимодействия, но также включает в себя существенные скрытые площадь поверхности.[3][4] Сродство RI к рибонуклеазам важно, поскольку многие рибонуклеазы имеют цитотоксический и цитостатический эффекты, которые хорошо коррелируют со способностью связывать РИ.[5]

RI млекопитающих неспособны связываться с некоторыми членами семейства панкреатических рибонуклеаз других видов. Особенно, амфибия РНКазы, такие ранпирназа и амфиназа от Леопардовая лягушка, избегают РИ млекопитающих и, как было отмечено, обладают дифференциальной цитотоксичностью в отношении рак клетки.[6]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б PDB: 2BNH​; Кобе Б., Дайзенхофер Дж. (1993). «Кристаллическая структура ингибитора свиной рибонуклеазы, белка с богатыми лейцином повторами». Природа. 366 (6457): 751–6. Дои:10.1038 / 366751a0. PMID  8264799. S2CID  34579479.
  2. ^ Шапиро Р. (2001). «Ингибитор цитоплазматической рибонуклеазы». Методы в энзимологии. 341: 611–28. Дои:10.1016 / S0076-6879 (01) 41180-3. ISBN  9780121822422. PMID  11582809.
  3. ^ Ли ФС, Шапиро Р., Валле Б.Л. (январь 1989 г.). «Ингибирование сильного связывания ангиогенина и рибонуклеазы А с помощью плацентарного ингибитора рибонуклеазы». Биохимия. 28 (1): 225–30. Дои:10.1021 / bi00427a031. PMID  2706246.
  4. ^ Папагеоргиу А.С., Шапиро Р., Ачарья К.Р. (сентябрь 1997 г.). «Молекулярное распознавание ангиогенина человека ингибитором плацентарной рибонуклеазы - рентгеновское кристаллографическое исследование с разрешением 2,0 A». Журнал EMBO. 16 (17): 5162–77. Дои:10.1093 / emboj / 16.17.5162. ЧВК  1170149. PMID  9311977.
  5. ^ Макаров А.А., Ильинская О.Н. (апрель 2003 г.). «Цитотоксические рибонуклеазы: молекулярное оружие и его мишени». Письма FEBS. 540 (1–3): 15–20. Дои:10.1016 / s0014-5793 (03) 00225-4. PMID  12681476. S2CID  30324366.
  6. ^ Арделт В., Шоген К., Дарзынкевич З. (июнь 2008 г.). «Онконаза и амфиназа, противоопухолевые рибонуклеазы из ооцитов Rana pipiens». Текущая фармацевтическая биотехнология. 9 (3): 215–25. Дои:10.2174/138920108784567245. ЧВК  2586917. PMID  18673287.

дальнейшее чтение